주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 2. 25. 원고에 대하여 한 2008년 제271분 부가가치세 158,550,833원의

환급청구거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울특별시 성동구청장으로부터 2006. 12. 22. 조합설립인가를, 2007. 8. 10. 사업시행인가를, 2008. 9. 10. 관리처분계획인가를 각 받은 도시 및 주거환경정비 법상 주택재개발정비사업조합으로 서울 성동구 하AAA 일대를 사업시행구역으로 하여 주택재개발정비사업(이하 ’이 사건 사업’이라 한다)을 추진 중에 있다.

나. 원고는 2008년 제271분 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 사업의 시행에 따른 총 매입세액 752,129,461원 중 토지 관련 매입세액 15,726,075원(소유권이전 및 대지조성 비용)을 제외한 시공사 등(설계회사 및 철거회사 포함)의 매출로 인한 공통매 입세액 309,099,598원1) 및 기타 공통매입세액 427,303,788원에 대하여 구 부가가치세 법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항, 제4항, 제61조의2 제2호에 따라 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예 정사용면적의 비율로 매입세액을 안분계산하여 공제되는 매입세액을 산정한 후 180,848,548원을 환급세액으로 신고하였다.

다. 그러나 피고는 위 토지 관련 매입세액 외에도 원고가 공통매입세액으로 신고한 철거비용, 감정평가수수료, 교통 . 환경영향평가비용, 측량비용, 소송비용 등(이하 ’이 사건 철거비 등’이라 한다)이 매입세액이 불공제되는 토지 관련 매입세액이라고 보아 매입세액을 경정 분류하여 토지 관련 매입세액을 553,828,393원으로 확정한 후 이를 매입세액 공제대상에서 제외하고, 나머지 매입세액을 총 예정사용면적에 대한 면세사 업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분계산하여 공제되는 매입세액을 36,711,427원 으로 산정한 다음, 여기에서 신고불성실가산세 14,413,712원을 공제하여 2009. 2. 25. 원고에 대한 2008년 제2기분 환급세액을 22,297,715원으로 결정하였다[이하 위 환급세액 결정에 따른 158,550,833원(= 180,848,548원 - 22,297,715원)의 환급거부처분을 ’이 사건 처분’이라 한다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원

은 2010. 10. 29. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 l호증, 을 1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재,

변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는, 원고가 주택 및 상가를 건설하기 위하여 조합원들로부터 토지 및 그 지상의 기존 건축물을 취득함을 전제로 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에 근거하 여 이 사건 철거비 등을 매입세액이 불공제되는 토지 관련 매입세액이라고 보았다. 그러나 원고가 조합원들로부터 그 소유의 토지 및 그 지상의 기존 건축물을 현물출자받 아 기존 건축물을 철거하고 주택 및 상가를 신축한다고 하더라도, 실질적으로는 원고 의 조합원들이 그 소유의 토지 위에 있는 기존 건축물을 철거하고 주택 또는 상가를 재건축하는 것이지, 원고가 조합원들로부터 건축물이 있는 토지를 취득한 것으로 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 철거비 등을 토지 관련 매입세액으로 보아 원고의 환급청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 설령 그렇지 않다고 하더라도, 기존 건축물의 철거비용은 토지 관련 매입세액으로 볼 수 있으나, 나머지 매입세액인 감정평가수수료, 환경 • 교통영향평가비용, 측량비 용, 소송비용, 정비기반시설 토목설계비, 정비기반시설 설치비는 원고의 사업비에 해당 할 뿐 토지 관련 매입세액으로 볼 수는 없으므로, 피고가 위 각 비용을 토지 관련 매 입세액으로 보아 위 각 비용과 관련한 매입세액을 불공제한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다.인정사실

1) 이 사건 사업의 시행에 따라 건축이 예정된 주택 및 상가의 면적과 그와 관련한 부가가치세 매출구조는 아래 표와 같다.

2) 이 사건에서 문제되는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항, 제61조의2 제2호에 따른 매입세액 안분계산에 관한 원고의 신고내역과 피고의 경정내역은 아래 표와 같다(아래 표 기재의 공제율에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다).

3) 원고는 이 사건 사업에 관한 관리처분계획에 대하여 인가를 받은 후 사업시행구역 내의 기존 건축물을 철거하는 등 토지 조성을 완료한 상태이나 주택 및 상가의 신축에 착공하지 못한 상태이다.

4) 위 2)항 표 기재의 철거비용은 원고의 사업시행구역 내 기존 건축물을 철거하는데 소요된 비용, 감정평가수수료는 관리처분계획 수립을 위하여 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격을 평가함에 소요된 비용, 환경 . 교통영향평가비용은 이 사건 사업에 관한 사업계획을 수립함에 있어 실시하여야 할 환 경 . 교통영향평가를 위하여 소요된 비용, 정비기반시설 토목설계비용과 정비기반시설 설치비용은 원고의 사업시행구역 내에 정비기반시설을 설치하기 위하여 소요된 비용, 측량비용은 원고의 사업시행구역 내 지적현황과 건물 및 도로현황에 대한 측량에 소요 된 비용, 소송비용은 원고가 조합원들과 사이의 소송들(주거이전비지급채무부존재확인 의 소, 주택재개발정비사업시행인가일부취소의 소, 관리처분계획취소의 소, 조합원지위 확인의 소, 분양거부처분취소의 소, 분양대상자지위확인의 소, 건물인도의 소)과 관련 하여 원고의 소송대리인인 변호사에게 수임료로 지출한 비용에 관한 각 매입세액이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1내지 20호증, 을 2 내지 4호증(각 가지번호 포함)의

각 기재, 변론 전체의 취지

라.판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

가) 먼저, 이 사건 사업의 시행에 따라 건축이 예정된 주택 및 상가 중 원고의 조합원들에게 공급이 예정된 주택 및 상가의 면적에 관련된 매입세액의 공제 주장에 대하여 본다. 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)

을 공제한 금액이므로[구 부가가치세법(2008.12.26.법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제l항 제1호], 공제될 수 있는 매입세액이란 ’재화의 공급’에 대한 것이어야 한다. 그런데 구 조세특례제한법(2008.12.26.법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의7 제3항에 의하면, 도시 및 주거환경정비법(이하 ’도시 정비법’이라 한다) 제18조의 규정에 의하여 설립된 정비사업조합이 도시정비법에 의하 여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원들에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한한다)은 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 원고가 조합원들에게 분양할 주택 및 상가의 면적과 관련된 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행 령 제60조 제6항에 따라 불공제되는 토지 관련 매입세액으로서가 아니라, 구 부가가치 세법 제17조 제1항 제1호 및 구 조세특례제한법 제104조의7 제3항 규정에 따라 공제 될 매입세액에서 제외되는 것이다(비록 피고가 위 조합원 분양분에 상응하는 금액을 매입세액으로 공제하지 아니하면서 그 불공제의 근거규정을 잘못 적용하였다 하더라 도, 과세처분 취소소송의 심판대상은 과세처분에 의하여 확인된 조세채무인 과세표준 및 세액의 객관적 존부이므로 그 과세표준 및 세액에 오류가 없는 이상 피고의 부과처

분에는 아무런 위법이 없다 할 것이다). 따라서 이 부분 매입세액은, 원고가 조합원들로부터 조합원 분양분 주택 및 상가가 신축될 토지를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부와 관계없이, 공제 내지 환급의 대상이 될 수 없다 할 것이다.

나) 다음으로, 이 사건 사업의 시행에 따라 건축이 예정된 국민주택 규모 초과 주택 중 부가가치세 과세대상인 일반분양분 주택(이하 ’일반분양분 주택’이라 한다)의 면적에 관련된 매입세액 공제 추장에 대하여 보건대, 이 사건 사업의 시행에 따라 일반 분양분 주택이 건축되는 토지는 도시정비법상 법인으로 설립된 원고가 그 목적 사업인 주택재개발정비사업을 수행함에 따른 사업비용에 충당하기 위하여 조합원들로부터 출자받아 이를 취득한 것으로 봄이 상당하다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의하면, 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제1호 내지 제3호에 의하면, ,토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), '건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 철거비용에 관련된 매입세액’(제2 호), '토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 불공 제 대상 매입세액으로 규정하고 있는바, 원고가 공제되어야 한다고 주장하는 이 사건 철거비 등2)은 위 인정사실에서 본 바와 같이 궁극적으로 일반분양분 주택이 건축될 토지를 취득 . 조성 . 사용하거나 위 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출 한 비용으로서 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 각 호에 해당하는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라 할 것이고(원고가 조합원들과 사이의 소송들과 관련하여 지출한 변호사 수임료는 이 사건 사업의 속행을 위한 비용이므로 그와 관련한 매입세액은 결국 일반분양분 주택이 건축될 토지의 취득과 관련된 매입세 액으로 볼 수 있다), 이를 원고의 사업비로 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.