주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 9. 9. 원고에 대하여 한 2007년도 귀속 양도소득세 64,255,790원, 2007년도(소장 기재 ‘2010년’은 착오기재로 보인다) 귀속 지방소득세 6,425,570원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 2. 2. 서울 서초구 XX동 000 전 4.299㎡ 중 330.5/4,299 지분(이하 ‘이 사건 종전농지’라 한다)을 매입하고 2004. 3. 23. 매매를 원인으로 소유권이전 등기를 마쳤다.

나. 원고는 2007. 3. 24. 이 사건 종전농지를 공공용지의 협의취득을 원인으로 OO공사에 양도하고 2007. 3. 26. 소유권이전등기를 마쳐준 다음, 2007. 5. 29. 이 사건 종전농지의 양도에 따른 양도소득세 51.669.180원을 신고 · 납부하였다.

다. 원고는 2007. 11. 14. 용인시 처인구 양지면 OO리 000 전 3,180㎡중 398/3,180분 지분(이하 ‘이 사건 대토농지’라 한다)을 취득하고, 같은 해 12. 18. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 2008. 1. 9. 이 사건 대토농지의 취득이 농지의 대토로서 양도소득세 감면요건에 해당하는 것으로 보고 이 사건 종전농지에 대한 양도소득세 51,669,180원의 감면신청을 하여 2008. 4. 30. 위 양도소득세 전액을 환급받았다.

마. 피고는 서초세무서장의 이 사건 대토농지에 대한 현지확인조사결과에 따라 원고가 이 사건 대토농지 소재지에 거주하지 아니하여 농지 대토로 인한 양도소득세 감면 요건에 해당하지 아니한다는 이유로 2010. 9. 9. 원고에 대하여 2007년도 귀속 양도소득세 64,255,790원, 2007년 귀속 지방소득세 6,425,570원을 경정 · 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 11. 9. 조세심판원에 심사청구를 하였으나 2010. 12. 30. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 종전농지를 취득하여 3년 이상 자경하면서 종전농지의 소재지에서 3년 이상 거주하였고 이 사건 종전농지의 양도일로부터 1년 이내에 이 사건 대토농지를 취득하였으며 2008. 9. 1. 용인사 처인구 모현면 AA리 000-0 지상 건물(이하 ‘이 사건 AA리 건물’이라 한다) 2층의 방 1칸을 임차하여 2008. 9. 5. 전입신고를 하여 거주하고, 2010. 5. 20. 용인시 처인구 BB동 0000 ◇◇마을 ◇◇아파트 000동 0000호(이하 ‘이 사건 BB동 아파트’라 한다)에 전입하여 거주하면서 현재까지 이 사 건 대토농지에서 백일홍, 소나무, 남천, 옥수수, 고추, 콩, 깨 등을 경작하고 있으므로, 이 사건 종전농지의 양도로 인한 소득은 조세특례제한법 제70조의 자경농지 대토로 인한 양도소득세의 감면대상임에도 불구하고 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 쟁점 및 판단

(1) 자경농지 대토로 인한 양도소득세의 감면요건

조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제67조 제1항, 제2항, 제3항 제1호는 ① 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 자가 ② 종전 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수 · 수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 ③ 3년 이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 ④ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상인 경우에, 농지의 대토로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있다.

다만 위 ②,③의 요건과 관련하여, 특별한 사정이 없는 한 새로 취득한 농지소재지에서 3년 이상 거주하고 자경하는 것은 그 기간을 같이 하여야 하며, 적어도 종전 농지의 양도일로부터 1년 이내에 거주와 자경을 시작하여야 한다고 봄이 상당하고(대법원 2003. 9. 5. 선고 2002두5924 판결 등 참조), 이 사건 종전농지와 같이 공공용지의 협의취득을 원인으로 양도된 경우에는 2년 이내에 거주와 자경을 시작하여야 한다고 보아야 한다(원고는 이 사건 종전농지의 양도일부터 2년 이내인 2008. 9.경부터 거주를 시작하였다는 것이다).

(2) 이 사건의 쟁점

앞서 본 자경농지 대토로 인한 양도소득세의 감면요건 중의 요건과 관련하여, 원고가 이 사건 대토농지의 소재지에서 거주하였는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.

(3) 판단

살피건대, 을 제4 내지 13호증의 각 기재 및 증인 임DD의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 서초세무서 소속 담당직원이 2009. 10.경 및 2010. 2.경 현지확인조사를 할 당시, 이 사건 AA리 건물의 등기부상 소유자인 임EE은 원고에게 위 건물 중 주택 부분을 임대한 사실이 없다고 진술하였고, 원고가 이 사건 AA리 건물로 전입신고하기 직전의 주소지인 서울 서초구 XX동 0-00 CC빌라 000호를 방문하여 조사한 결과 원고의 자녀인 김YY이 1년여 전에 원고를 포함한 가족 4인이 위 빌라로 이사왔다고 진술한 점, 원고는 2008. 9. 1. 위 임EE의 형인 임DD과 이 사건 AA리 건물의 주택 부분 방 1칸을 임대차보증금 2,000,000원, 차임 월 100,000원에 임차하는 계약을 체결하였으나, 위 임DD은 원고의 고모부이고 위 담당직원이 2010. 4. 위 건물에 대한 현지확인조사를 한 결과 임차하였다는 방에는 책상 2개와 컴퓨터 옷걸이가 놓여 있었으나 여성이 사용하는 물품이나 이불 등은 없었고, 당시 임DD은 위 직원에게 원고가 가끔 사용할 목적으로 위 방을 임차한 것이라고 진술하고 추후 농번기에 주 2, 3회 방문하여 잠은 자지 않고 하루 약 2시간씩 머물며 식사와 세면을 하는 데 이용하였다는 내용의 진술서를 작성하여 제출한 점, 임DD은 이 법정에서 위 방 1칸을 임대할 당시 원고와 계속 상주하지 않고 농번기에만 사용하기로 구두로 약정하였고, 위 방에 원고의 물건은 없었으며, 원고가 농사일을 할 때 밥을 지어먹기도 하고 가끔 자고 간 적도 있으나 상시 거주한 것은 아니라는 취지로 진술한 점 원고는 2008. 10.경부터 2009. 12.경까지 신용카드를 대부분 위 XX동 CC빌라 부근 등 서울지역에서 사용한 점 이 사건 처분 전 서초세무서장이 실제 원고의 거주지로 본 위 XX동 CC빌라 000호에 보낸 과세예고통지를 원고 본인이 직접 수령한 점, 원고가 2010. 5. 20. 전입한 이 사건 BB동 아파트는 이KK가 임차한 것으로 그 면적(118.92㎡)과 방실의 수(4칸), 이KK와 동거하는 가족의 수 (배우자, 자녀와 사위, 손자 등 총 7인)를 고려할 때 임대차계약이나 차임 등의 지급에 관한 객관적 자료가 없는 이상 그 방 1칸을 원고가 빌려 거주하였다는 점은 경험칙상 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면 을 제2, 4 내지 24호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상만으로는 원고가 이 사건 대토농지의 소재지에 거주하였다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 원고의 주장은 이유없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.