주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 7. 23. 원고에 대하여 한 법인세 138,938,670원의 환급거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 5-9호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하변 인정할 수 있다.

가. 원고는 1986. 10. 15. 성남시 중원구 XX동 00-0 전 1,248㎡(2009. 11. 24 같은 동 00에 합병되었다. 이하 합병 전 위 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 같은 동 00-0 외 4필지 임야 9,815㎡를 취득하였다.

나. 원고는 2007. 10. 10. 성남시에 공공용지의 협의취득을 원인으로 위 각 토지를 양도하고, 비사업용 토지의 양도소득에 대한 법인세 356,880,010원을 신고 · 납부하였다.

다. 원고는 2010. 7. 7. 피고에 대하여 위 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는 다고 주장하면서 납부한 위 법인세 356,880,010원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2010. 7. 23. 원고에 대하여 위 각 토지 중 임야 9,815㎡는 비사업용 토지에서 제외된다고 보아 그 양도분에 대한 법인세 217,941,330원을 환급하면서 이 사건 토지는 비사업용 토지라고 보아 그 양도분에 대한 법인세 138,938,670원에 대한 환급을 거부하였다(이하 위 거부처분을 ‘이 사건 처분‘이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 10. 21. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2011. 6. 3. 위 청구를 기각하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

법인세법 시행령 제92조의4에 따라 비사업용 토지를 판단할 때에는 우선 사실상의 혐황에 따라야 한다. 그런데 이 사건 토지는 공부상으로만 전(田)일 뿐, 실제 이용 상황은 원고가 취득 이후 장기간 사용하지 아니하여 자연적으로 수목이 생장하면서 인접 토지와 같이 ‘임야’가 되었거나 법인세법 제55조의2 제2항 제4호에서 정한 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’가 되었다. 전자라면 이 사건 토지가 개발제한구역 안에 위치하고 있으므로, 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 가목, 같은 법 시행령 제92조의6 제1항 제7호에 따라 비사업용 토지에 해당되지 않고, 후자라면 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에서 정한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지로서 비사업용 토지에 해당되지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

원고가 이 사건 토지를 양도할 당시 이 사건 토지의 사실상 현황이 ‘임야’ 또는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’였는지에 관하여 보건대, 갑 제14호증의 1-3의 각 기재, 갑 제15호증의 영상만으로는 이를 인정하기에 부족하다. 오히려 이 법원의 주식회사 AA평가법인, 주식회사 BB평가법인에 대한 각 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 주식회사 AA평가법인 및 주식회사 BB평가법인이 2007년경 성남시에서 시행하는 ‘XX-공단로간 도로공사’에 편입되는 이 사건 토지의 보상을 위한 감정평가를 각 실시하면서 이 사건 토지의 실제 현황을 임야가 아닌 전(田)으로 평가한 사실을 인정할 수 있는바, 원고가 이 사건 토지를 양도할 당시 이 사 건 토지의 사실상 현황은 공부상 지목과 마찬가지로 전(田)이었다고 할 것이다. 따라서 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목에 따라 비사업용 토지에 해당 한다. 그러므로 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.