주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 11. 1.(소장의 2010. 11. 4.은 착오로 보인다) 원고에 대하여 한 2009년

귀속 양도소득세 122,496,250원 및 농어촌특별세 20,665,270원(청구취지 및 원인 변경 신청서의 양도소득세 122,496,256원과 농어촌특별세 20,665,274원은 착오로 보인다)의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1964년 이전에 ’화성군동탄면AA1리수리계’란 이름으로 수리계 구역안의 농지 수리시설의 효율적인 유지·관리를 도모하여 계원의 농업생산력 증대에 기여함 을 목적으로 결성된 비법인사단으로 그 GG지역은 화성시 동탄면 AA1리 내에 소재하는 수리계의 토지원부에 기재된 토지로 정하였고, 그 명칭을 2001. 3. 5. ’화성군AA1리새마을회’를 거쳐 원고로 변경하였다.

나. 한편 원고는 1964. 10. 6.에 화성시 동탄면 AA리 000-0 유지 2,002㎡와 같은 리 000-0 유지 2,484㎡(이하 위 두 유지를 합하여 ’이 사건 유지’라 한다)를, 1984. 11. 29.에 화성시 동탄면 AA리 000-0 답 296㎡(이하 ’이 사건 답’이라 한다)를 각 취득하 여 소유하다가 2009. 9. 24. 이 사건 유지 및 답(이하 이를 합하여 ’이 사건 부동산’이 라 한다)을 포함한 원고 소유의 총 18필지 토지 6,770㎡에 대하여 공공용지의 협의취 득을 원인으로 한국토지공사에게 양도하였다.

다. 이에 원고는 피고에게 양도소득세 신고(양도가액 2,122,100,630원, 취득가액 401,862,855원)를 하면서 위 전체 토지에 대하여 구 조세특례제한법(2010.1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것 이하 ’구 조특법’이라 한다) 제77조 제1항 제1호의 공익 사업용 토지 감면규정을, 이 사건 부동산에 대하여는 제69조 제1항의 8년 이상 자경농지 감면규정을 각 적용한 감면신청과 함께 193,109,212원을 납부하였다.

라. 그러나 피고는 2010. 11. 1. 공익사업용 토지 감면규정은 적용하여 양도소득세 82,913,156원을 감면하되, 이 사건 부동산이 양도 당시 농지에 해당하지 않는다는 이유로 8년 이상 자경요건에 따른 양도소득세 감면신청은 거부하고, 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 315,605,468원(가산세 포함, 이하 ’이 사건 양도소득세’라 한다) 및 농어촌 특별세 20,665,270원(가산세 포함, 이하 ’이 사건 농어촌특별세’라 한다)을 경정결정하였다(단, 양도소득세는 기납부세액을 공제한 122,496,250원을 납부 · 고지하였는데, 이하 농어촌특별세 부과처분과 함께 ’이 사건 처분’이라 한다, 당초 원고의 회장 박FF가 개인 명의로 양도소득세를 신고하였으나, 피고의 세무조사 결과 토지 소유자가 원고로 확인되어 박FF가 신고한 부분에 대하여는 과세제외 처리하고 원고에게 이 사건 처분을 한 것이다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 4. 25. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제I, 3호증의 각 1 내지 3, 갑 제2호증의 1 내지 4.

갑 제4, 10호증의 각 1'2, 을 제1호증의 1·2 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 이 사건 양도소득세 부과처분에 대 한 판단

(1) 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 취득한 이래 45년간 보유하면서 한국토지공사에 협의 매수될 때까지, 이 사건 유지를 경부고속도로 지하를 통과하여 연결된 수로를 통하여 그 GG지역인 화성시 동탄면 AA1리 농지의 농업용수로 사용하였고, 이 사건 답을 8년 이상 직접 경작하여 왔으므로, 이 사건 부동산은 구 조특법 제69조 제1항 소정의 ’8년 이상 자경농지’에 해당하여 그에 관한 양도소득세는 감면되어야 할 것임에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 관련 법령

별지 관련법령 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 구 조특법 제69조 제l항 및 구 조세특례제한법 시행령(2010.2.18.대통령 령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 조특법 시행령’이라 한다) 제66조 제1항, 제4항, 제5항에 의하여 양도소득세가 감면될 수 있는 토지는 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 양도일 현재 농업소득세의 과세대상이 되는 농지라야 한다. 한편, 농지 판단의 기준이 되는 양도일은, 구 조특법시행령 제66조 제5항 및 구 소득세법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제162조 제l항의 규정에 따라 원칙적으로 대금 청산일이 될 것이나 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의 개서일이 된다고 할 것이다. 그리고 조세특례제한법 시행규칙 제27조 구 농지법(2009.4.1. 법률 제 9620호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호의 각 농지에 관한 규정 및 구 지방세법 (2010.1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제197조의 농업소득에 관한 규정에 의하면 여기에서의 농지는 전·답 및 과수원 등 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 농작물 등의 경작에 사용되는 토지이고, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 해석되며, 이와 같이 농지에 해당하는 사실에 대 하여는 이를 주장하는 양도자가 증명하여야 한다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

(나) 이 사건 유지가 양도 당시인 2009. 9. 24.까지 농지였는지에 관하여 보건대, 우선 농지경영에 직접 필요한 양수장은 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정에 의한 농지의 범위에 포함됨은 앞서 본 바와 같다.

그러나 이 사건 유지가 양도 당시 농지경영에 직접 필요한 양수장이었다는 점에 부합하는 갑 제5호증의 기재는 이 사건 처분과 이해관계가 있는 이장, 마을주민들의 확인서인데다가 을 제2, 4호증, 을 제5호증의 1·2의 각 기재, 갑 제8호증의 1, 을 제3호증의 1 내지 3의 각 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 믿기 어렵고, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7호증의 각 기재와 갑 제8호증의 1 내지 8의 각 영상만으로는 이를 인정하기 부족하며[특히 갑 제8호증의 1 내지 8(사진)은 이 사건 유지와 GG지역 농지 및 이를 연결하는 경부고속도로의 지하 수로를 각 촬영한 것이나 그 촬영시기가 이 사건 양도일의 훨씬 이전인 2000. 5.경 이전인 사실은 원고 스스로 인정하고 있으므로, 위 사진들만으로는 이 사건 유지가 양도 당시까지 농지경영에 직접 필요한 양수장이었다는 점을 인정하기에 부족하다, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 즉, ① 이 사건 유지는 서쪽으로 경부고속도로와 인접해 있고, 경부고속도로 너머에 그 GG지역이 존재하는 점, ② 2000. 5.경 촬영된 항공사진에 의하면 이 사건 유지 동쪽 인접지역에 이마 BBBB자동차 공단이 조성되기 시작하였고, 남쪽에는 야산이, 북쪽에는 건물과 야적장으로 보이는 잡종지가 있어 촬영 당시부터는 그 일대에는 농지가 존재하지 않았던 점, ③ 2006. 9.경 촬영된 항공사진에 의하면 당시 이 사건 유지 안에 가두리 양식장 시설이 설치되어 있었고, 그 후 2010. 5. 6.경까지도 이 사건 유지에 여전히 가두리 양식장 시설이 설치되어 있고, 그 주변에 ’이곳 저수지는 양식장 입니다’라고 쓰인 플래카드가 설치되어 있었던 점(이 사건 유지에 2001. 7. 23.부터 2009. 7. 22.까지 권HH 명의로 양식업을 하기 위하여 내수면 어업신고가 있었던 점 등에 비추어 원고가 수질오염을 막기 위해 외관상으로만 가장하여 양식장을 설치하였다는 원고 주장은 그대로 믿기 어렵다 다만 권HH가 원고 대표자의 처로서 관할관청에 물고기 입식신고가 없었다는 점에서는 원고의 주장이 사실일 수 있겠으나 그렇더라도 이 사건 결론에는 크게 영향이 없다), ④ 또한 피고 소속 공무원이 2010. 5. 6.과 7 22. 두차례 현지확인 결과 이 사건 유지에 설치된 수로는 BBBB자동차 공단수로와 합쳐져 농업용수로는 부적절하고, 합쳐진 수로가 도로 반대편으로 흘러가 농업용수로 사용되었다는 사실도 확인할 수 없으며, 이 사건 유지 밑으로 수로가 있다는 사실도 확인할 수 없었던 점, ⑤ 더구나 이 사건 유지의 GG지역인 경부고속도로 동쪽 건너편 농지도 2006. 6. 22. 도로구역으로 결정·고시된 후 2006. 9. 4.부터 2007. 5. 28.까지 농지 소유자에 대한 토지보상을 거쳐 2008. 1. 28.부터 동탄IC 진입도로가 임시개통되어 사용되고 있었으므로 적어도 이 당시부터는 이 사건 유지로부터 농업용수를 공급받는 농지가 전부 사라진 것으로 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 이 사건 유지가 이 사건 양도 당시까지 농지경영에 직접 필요한 농업용수의 공급을 위해 사용되고 있었다고 인정하기 어렵다.

(다) 이 사건 답이 양도일인 2009. 9. 24. 당시 농지였는지에 관하여 보건대, 이 사건 답이 이 사건 양도 당시 실제로 경작되고 있었다는 점을 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 그 당시부터 이 사건 답의 실제 현황은 농지가 아닌 도로였던 사실을 인정할 수 있을 뿐이다.

(라) 따라서 이 사건 부동산은 그 양도 당시 모두 농지에 해당하지 아니하므로, 이와 같은 전제에서 피고가 구 조특법 제69조 제l항의 8년 이상 자경농지 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 한 이 사건 양도소득세 부과처분은 적법하다.

나. 이 사건 농어촌특별세 부과처분에 대한 판단

(1) 관련 법령

별지 관련법령 기재와 같다.

(2) 원고의 주장 및 판단

원고는 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하므로 이 사건 농어촌특별세 부과처분 역시 위법하다고 주장하나, 원고가 구 조특법 제77조 제1항 제1호 소정의 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면규정에 따라 82,913,156원(산출세액 414,565,791원 x 20%)의 양도소득세를 감면받은 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로, 원고는 구 농어 촌특별세법(2010.1. 1. 법률 제9909호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1호에 의거 농어촌특별세의 납세의무자가 된다고 할 것이다. 따라서 구 농어촌특별세법 제5조에 따라 위 감면세액 82,913,156원에 대하여 20/100의 세율을 적용한 16,582,631원(늑 82,913,156원 x 0.2)에 납부불성실가산세 4,082,643원을 가산하여 농어촌특별세 20,665,270원(늑 16,582,631원 + 4,082,643원)을 원고에게 부과한 피고의 이 사건 농어촌특별세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.