주 문

1. 피고가 2009. 11. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제2기분 부가가치세 712,811,770원 및 2008 사업연도 법인세 96,857,390원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 10. 2. 설립되어 전자부품 및 통신기기 등의 제조 · 판매업을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2008. 7. 14. 소외 CCCC 주식회사(이하 ’CCCC’이라 한다)에 납품 한 ’POE 스위치 외 18종 물품’(이하 ’이 사건 물품’이라 한다)과 관련하여 소외 주식회사 DD텔레콤(이하 ’소외 회사’라 한다)으로부터 공급가액 4,739,440,000원의 매입세금 계산(이하 ’이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취한 후, 2008년 제2기분 부가가치세 신고시 매출세액에서 이 사건 세금계산서상의 매입세액 473,944,000원을 공제하여 신고 하였다.

다. 서울지방국세청장은 2009. 7. 9.부터 2009. 8. 27.까지 원고 및 소외 회사에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 소외 회사가 아닌 다른 업체로부터 이 사건 물품을 공급받았다고 판단하여 피고에게 이를 통보하였고, 이에 피고는 위 통보내용을 기초로 이 사건 세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 구 부가가치세 법(2008.12.26.법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항에 따라 위 매입세 액 473,944,000원의 공제를 부인하고 2009. 11. 1. 원고에 대하여 2008년 제2기분 부가가치세 712,811,770원을 경정 · 고지하는 한편, 이 사건 세금계산서를 수취한 것이 구 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제76조 제5항 소정의 지출증빙서류를 수취하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 증빙미수취 가산세 등으로 2008 사업연도 법인세 96,857,390원을 경정 · 고지하였다(이하 위 부과처분을 모두 통틀어 ’이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 11. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 6. 9. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3, 16호증, 갑 2호증의 1, 2. 을 1, 11호증의 각 1, 2의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 소외 회사로부터 통신교환장비인 이 사건 물품을 납품받은 후 이를 가공 하여 원청업체인 CCCC에 납품하였고, 그 물품대금으로 이 사건 세금계산서의 공급 대가(부가가치세 포함)에 상당하는 5,213,384,000원을 소외 회사에 지급하였다. 따라서 이와 달리 원고가 소외 회사가 아닌 다른 업체로부터 이 사건 물품을 공급받았다고 보아 이 사건 세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

소외 회사는 서초세무서장이 2009. 5. 31. 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부과한 2008년 제271분 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송 (이 법원 2010구합16356)을 제기하였으나, 위 소송이 2회 쌍방 불출석으로 인한 소취 하 간주로 종료됨으로써 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임이 확정된 점, 소외 회사는 이 사건 물품의 공급과정에 실질적으로 관여한 바 없이 이 사건 세금 계산서만을 발급하여 이익금만을 취득하였을 뿐이고, 소외 회사의 하청업체인 주식회사 EEE(이하 ’EEE’라 한다) 또는 주식회사 FF시스템즈(이하 ’FF시스템즈’라 한다)가 이 사건 물품을 공급한 것으로 보이는 점, 원고는 이 사건 물품대금을 소외 회사 에 지급함에 있어서도 이를 소외 회사에게 모두 지급한 것이 아니라 소외 회사 및 그 하청업체인 FF시스템즈, EEE 등에 대하여 해당 수익금 상당의 금원을 나누어 지급한 점 등의 제반정황에 비추어 보면, 원고는 소외 회사가 아닌 다른 업체들로부터 이 사건 물품을 공급받았다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 세금계산서는 공급자를 허위로 기재한 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로, 이 사건 세금계산서의 매입세액 공제를 부인한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 한국전력공사로부터 IP기반 전자교환시스템 시설 공급계약을 수주한 CCCC은 위 공사와 관련된 이 사건 물품공급에 관한 공개입찰을 실시하였고, 주식회사 GGGGGG(이하 ’GGGGGG’라 한다)가 이를 낙찰받아 계약을 체결하였으며, 원고는 2008. 6. 24. GGGGGG와 사이에 이 사건 물품을 5,055,813,000원(부가가치세 별도) 에 공급하기로 하는 계약을 체결하였다.

2) 이후 원고는 2008. 6. 30. 소외 회사와 사이에 이 사건 물품 중 94%에 상당하는 부분을 대금 4,739,440,000원(부가가치세 별도)에 소외 회사로부터 공급받는 내용의 계약을 체결하였고, 이후 소외 회사는 주식회사 HHH클라우드(이하 ’HHH클라우드’ 라 한다)에게, HHH클라우드는 주식회사 JJ(이하 ’JJ’라 한다)에게, JJ는 FF시스템즈에게, FF시스템즈는 EEE에게, EEE는 주식회사 IIIIII(이하 ’IIIIII’라 한다) 외 6개 업체에게 순차적으로 이 사건 물품을 공급하는 내용의 하도급 계약이 체결되었다(이하 HHH클라우드, JJ, FF시스템즈, EEE, IIIIII 외 6개 엽체를 통틀어 ’이 사건 하청업체들’이라 한다).

3) 원고는 2008. 7. 5.부터 같은 달 7.까지 사이에 소외 회사 및 이 사건 하청업체 로부터 이 사건 물품을 납품받고, 2008. 7. 8.부터 같은 달 10.까지 사이 에 발주자인 CCCC으로부터 검수를 받아 한국전력공사에 이 사건 물품을 납품 · 설치하였는바, 당시 소외 회사는 XML 서버(일종의 프로토콜1» 부분의 기술제공 및 설치 등을 담당하 였다.

4) 원고는 GGGGGG의 CCCC에 대한 매출채권 5,781,000,000원 중 제일아

이엔씨의 수익금(매출액에서 매입액을 공제한 후 부가가치세를 합산한 금원, 이하 같다)을 제외한 나머지 5,561,394,000원(= 공급가액 5,055,813,000원 + 부가가치 세 505,581,300원)의 채 권을 양도받았고, 2008. 8. 7. CCCC으로부터 위 5,561,394,300 원을 원고의 은행계화로 송금받았다. 원고는 같은 날 소외 회사의 수익금 165,000,000 원을 소외 회사의 은행계좌로 송금하는 한편, 소외 회사의 요청에 따라 이 사건 물품 대금 5,213,384,000원 중 위 수익금을 제외한 나머지 5,048,384,000원을 자기앞수표 3매(액면금 11,000,000원 1매, 액면금 209,000,000원 1매, 액면금 4,828,384,000원 1매) 로 인출하여 HHH클라우드에게 그 수익금에 상당하는 액면금 11,000,000원의 수표를, JJ에게 그 수익금에 상당하는 209,000,000원의 수표를, EEE에게 그 수익금에 상당하는 4,828,384,000원의 수표를 각 지급하였다(이후 EEE는 IIIIII 외 6개 업체에게 4,189,000,000원을 지급한 것으로 보인다). 한편 소외 회사는 같은 날 원고에 게 원고로부터 위 각 수표금의 합계액에 상당하는 5,048,384,000원을 지급받았다는 내 용의 입금표(갑 13호증)를 작성하여 주었다.

5) 피고는 원고가 소외 회사와 사이에 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 보아 원고, 소외 회사 등을 조세범처벌법위반 혐의로 서울중앙지방검찰청에 고발하였으나, 서울중앙지방검찰청은 2010. 5. 13. 원고와 소외 회사 및 이 사건 하청 업체들간에 이루어진 하도급계약 체결이 물품공급과정에서 최소한의 기술지원 및 사후 유지보수 참여를 전제로 하였고, 동종 업계에서는 이와 같은 하도급계약이 관례화되어 있어 실물거래 없이 허위 또는 가공의 세금계산서 발행을 목적으로 계약이 체결되었다 고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 사건 세금계산서가 원고와 소외 회사 사이에 실물 거래 없이 교부된 허위의 것이라고 할 수 없고, 달리 조세범처벌법위반 혐의를 인정할 만한 증거가 불충분하다는 이유로 원고에 대하여 혐의없음의 불기소처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 6, 14호증의 각 1, 2, 갑 9, 12, 17, 18호증, 갑 10호증 의 1 내지 5, 갑 15호증의 1, 2, 3, 을 2호증의 1, 2, 을 3, 4, 5호증의 각 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

라.판단

1) 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세 법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ’사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2009 두9397 판결 참조).

2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지를 통하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 을 2 내지 10호증 (각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 세금계산서가 공급자가 허위로 기재된 ’사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거 가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분 은 위법하다.

가) 앞서 본 바와 같이 원고와 소외 회사와 사이 에 이 사건 물품의 납품과 관련하여 공급계약서(갑 6호증의 1, 2), 납품확인서(갑 9호증), 입고전표(갑 10호증의 1, 2), 입금표(갑 13호증) 등이 작성되었고, 위 각 서류가 사후 조작되었다거나 그 내용이 허 위의 것으로 볼 만한 객관적인 자료가 없다.

나) 피고는, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 물품대금 5,213,384,000원(이 사건 세금계산서상 공급대가) 중 소외 회사의 수익금에 상당하는 165,000,000원만을 소외 회사에게 지급하였을 뿐 나머지 금원을 이 사건 하청업체들에게 해당 수익금 상당의 수표를 직접 교부하는 방법으로 지급하였던 사정을 가공거래의 유력한 근거로 들고 있다. 그러나 앞서 본 사실 및 갑 18호증의 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 하청업체들은 소외 회사의 자금사정이 좋지 아니하 여 원고가 소외 회사에게 이 사건 물품대금 전체를 지급할 경우, 압류 등의 강제집행 또는 소외 회사의 대금지급 회피 등의 문제가 발생할 소지가 있어 소외 회사 및 원고 에 대하여 각 수익금 상당 금원을 직접 지급하여 줄 것을 요구하였던 것으로 보이는 점, 이에 앞서 본 바와 같이 원고가 CCCC으로부터 이 사건 물품대금을 송금받은 날인 2008. 8. 7.에 원고 회사의 사무실에 모인 이 사건 하청업체들(HHH클라우드, JJ, EEE)에게 각 해당 업체별 수익금에 상당하는 금원을 직접 지급하게 된 것인 점 등에 비추어 보면, 원고가 위와 같이 이 사건 하청업체들에게 수익금 상당 금원을 배분하여 직접 지급한 것은 소외 회사에 대한 대금지급의 한 방법에 지나지 아니하므로, 소외 회사가 원고로부터 이 사건 물품대금을 모두 지급받은 후 이 사건 하청업체 에게 배분하는 형태의 지급방법을 사용하지 아니하였다고 하여 소외 회사와 원고 사이에 이 사건 물품거래가 없었다고 단정할 수 없다(또한 피고는 위 각 수표에 소외 회사 의 배서가 되어 있지 않은 사정을 들어 소외 회사가 원고로부터 이 사건 수표를 지급 받아 이 사건 하청업체들에게 지급한 것이라고 보기 어렵다고 주장하나, 이 사건 수표는 중소기업은행이 발행한 소지인 출급식 자기앞수표로서 이를 양도함에 있어 배서를 요하지 아니하고 그 교부만으로도 충분할 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 설령 소외 회사가 이 사건 수표를 지급받은 후 이 사건 하청업체들에게 배분하는 형태의 지급방법을 사용하지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다). 따라서 피고가 들고 있는 위 와 같은 사정만으로 소외 회사가 이 사건 물품의 공급자가 아니라고 인정하기는 어렵다.

다) 피고는 소외 회사가 서초세무서장을 상대로 제기한 앞서 본 소송에서 이 사건 세금계산서가 공급자가 허위로 기재된 세금계산서임이 밝혀졌다는 취지로 주장하나, 위 소송은 쌍방 2회 불출석으로 인한 소취하 간주로 종료되었을 뿐이어서 이러한 사정만으로 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서라고 판명되었다고 볼 수는 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.