주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 138,860,660원의 부과 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 5. 4. 성남시 수정구 XX동 000-0 전 2,092㎡ 중 826.45/2109지분, 위 XX동 000-00 전 10㎡ 중 826.45/2109지분, 위 XX동 000-00 전 4㎡ 중 826.45/2109지분, 위 XX동 000-00 전 3㎡ 중 826.45/2109지분(이하 위 각 토지를 합쳐 ’이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2009. 3. 6. 한국토지공사에 이 사건 토지를 양도하였다.

나. 원고는 2009. 5. 27. 피고에게, 이 사건 토지가 8년 이상 자경농지로서 조세특례제한법 제69조의 감면대상에 해당한다고 하면서 2억 원의 세액감면을 적용하여, 양도 소득세 78,525,390원을 예정·신고하였다.

다. 그러나 피고는 2010. 12. 1. 원고에 대하여, 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나 양도되어 자경농지 감면대상이 아니라고 보아 자경농지에 대한 세액감면을 하지 않고 2009년 귀속 양도소득세 138,860,660원을 경정 결정 · 고지(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다. 즉,

① 원고는 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였고, 또 이 사건 토지가 주거지역으로 편입된 후 3년이 지나 양도된 것은 사업시행자인 한국토지공사가 토지보상을 지연시킴으로 인한 것이므로 이러한 경우에는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 및 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항의 규정에 의하여 주거지역 편입일로부터 3년이 경과 하였더라도 양도소득세 감면대상이 된다.

② 아니라 하더라도 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 의하여 주거지역 편입일 이전까지의 소득에 대하여는 일부라도 감면되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1993. 5. 4. 이 사건 토지를 취득하여 이를 보유하다가, 2009. 3. 6. 한국토지공사에게 이 사건 토지를 양도하였다.

(2) 이 사건 토지가 포함되어 있는 성남시 수정구 XX동 일대는 2005. 6. 27. 제1 종 일반주거지역으로 지정고시(경기도 고시 제2005-202호)되었고, 2006. 7. 21. 송파거여택지개발예정지구로 지정고시(건설교통부고시 제2006-272호)되었으며, 그 후 2008. 8. 5. 위례택지개발예정지구로 변경(국토해양부 고지 제2008-393호)되었다.

(3) 송파거여택지개발예정지구는 송파구 YY동, MM동, 성남시 XX동, OO동, 하남시 AA동, BB동 일원으로 면적은 6,768,000㎡이다.

[인정근거] 위 증거들, 갑 제3호증, 을 제2, 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라.판단

(1) 위 ① 주장(한도액 전액 감면 주장)에 대하여

조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항 제1호 나목, 같은 법 시행규칙(2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제27조 제5항의 규정을 종합하면, 8년 이상 자경농지로서 양도소득세를 감면받기 위해서는 ’국토의 계획 및 이용에 관한 법률’에 의한 주거지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년 이내에 양도하여야 하고, 다만 ’개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지’로서 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에 있다고 인정되는 경우에는 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대하여도 양도소득세를 감면받을 수 있다.

이 사건에서 이 사건 토지가 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 소정의 감면요건을 갖추었는지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 토지는 개발사업이 시행되기 전인 2005. 6. 27. 주거지역에 편입되었고, 그로부터 3년이 지난 2009. 3. 6. 양도되었으며, 또 이 사건 토지가 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 것도 아니므로, 이 사건 토지는 조세특례제한법 및 같은 법 시행령 소정의 감면요건을 갖추었다고 할 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(2) 위 ② 주장(양도소득세 일부 감면 주장)에 대하여

조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 의하면, 주거지역에 편입된 자경농지의 경우 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있으나, 위 규정은 주거지역에 편입된 농지가 조세특례제한법 제69조 제1항 본문 소정의 자경농지에 대한 감면요건을 갖춘 경우에 그 감면되는 세액의 범위에 관하여 정하고 있는 것으로서, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지가 자경농지에 대한 감면요건을 갖추지 못하여 위 단서 규정이 적용되지 않는다 할 것이다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 소결론

따라서 원고가 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 갖추었다고 할 수 없으므로, 이와 같이 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.