주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 ‘비금속광물 제조업’을 영위하고 있는 법인으로, 특수관계자인 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO 소재 토지, 건물, 기계장치 공구 등을 임차하여 사용하면서 임차료(보증금 OOO만원, 2006.4.～2008.4. 월 OOO만원, 2008.5～2009.12. 월 OOO만원)를 지급하고 있고, 1986년～1996년에 OOO 외 42필지의 전답 45,313㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 대표이사 김OOO 등의 명의로 취득하였으나, 이를 장부에 계상하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 임차료를 과다지급한 것으로 보아「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에서 규정하고 있는 시가상당액을 초과하여 지급한 임차료OOO만원(이하 “쟁점임차료”라 한다)을 익금산입하고, 청구법인이 장부에 계상하지 아니한 쟁점토지의 취득가액을 OOO만원으로 평가하여 그 평가액을 장부가액으로 2005사업연도 익금에 산입하는 한편, 쟁점토지를 비업무용자산으로 보아 관련 지급이자 OOO만원을 손금불산입하는 등의 방법으로 청구법인의 소득금액을 재계산하여 OOOO.OO.OO. 청구법인에게 법인세 2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원을 각각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOOO.OO.OO. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 특수관계자간의 거래라 하더라도 납세의무자가 선택한 법률상의 행위 또는 계산이 주위의 경제적 사정과 합목적성에 비추어 적합한지 여부를 우선 판단하여 적합하지 아니하다고 판단되는 경우에 한하여 부당행위계산 부인규정을 적용하는 것인데, 청구법인이 지급한 임차료는 시장원리와 경제적이고 합리적인 방법에 의하여 상호 약정하여 지급한 것으로 건전한 사회통념이나 기업간의 상관행에 비추어 적합한 거래이어서 처분청이 쟁점임차료에 대하여 부당행위계산 부인한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점토지는 청구법인이 1984년 6월부터 1997년 2월까지의 기간 중 취득하였고, 쟁점토지 중 1996년에 취득한 16필지의 토지가액은 이미 장부에 반영되어 있는 등 쟁점토지의 취득가액이 신고누락되었다고 보기 어려운데도, 처분청은 쟁점토지를 부외자산으로 보고, 그 취득가액을 청구법인이 2000년에 평가한 다른 토지의 감정평가액을 기준으로 산정한 다음, 부과제척기간이 경과하지 아니한 2005사업연도 장부가액으로 익금에 산입하였는 바, 이는 부과제척기간이 경과한 후에 한 처분에 해당하므로 취소하여야 하고, 설사 부과제척기간이 경과하지 아니한 것으로 본다 하더라도, 그 장부가액은 계상당시의 개별공시지가에 의하여야 하며, 쟁점토지는 청구법인이 채굴․생산하는 석회석으로 인하여 피해를 입은 인근 전․답 소유주의 요청에 의하여 부득이하게 매입하였으므로 업무용 토지로 보아 지급이자 손금불산입 처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 특수관계자간에 수수된 임차료에 대하여 부당행위계산 부인을 함에 있어 적정임대료의 산정은 당해 거래와 유사한 상황에서 당해법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가액 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가액으로 하되 이러한 금액이 없을 경우에는「법인세법 시행령」제89조에 제4항 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하는 것이나, 청구법인이 OOO에게 지급한 임차료는 위「법인세법 시행령」에서 규정하고 있는 시가상당액이 아니어서 초과지급 상당액인 쟁점임차료에 대하여 부당행위계산 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 1986～1996사업연도 중 취득하였는데도 처분청이 쟁점토지의 취득가액 상당액을 2005사업연도 장부가액으로 익금산입한 것이 부과제척기간이 경과한 처분에 해당된다고 주장하나, 처분청은 쟁점토지가 장부상 계상누락된 부외자산임을 확인하고, 부과제처기간 이내인 2005사업연도 장부에 계상한 것이므로 부과제척기간 경과를 이유로 이를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

또한, 청구법인은 2000.10.1. 청구법인 소유의 제자산(토지․건물)을 재평가법에 따라 감정평가를 의뢰하여 OOO평가법인이 재평가한 가액을 장부상 취득가액으로 계상한 사실은 있으나, 동 감정평가서와 결산서에서도 쟁점토지가 누락되어 있으므로 쟁점토지 중 1996사업연도에 취득한 16필지에 대한 토지가액이 장부상 반영되어 있다는 청구법인의 주장은 이유없으며, 취득가액이 불분명한 자산의 가액을 산정함에 있어 감정가액이 있는 경우 개별공시지가보다 우선하여 감정가액을 적용하도록 하고 있으므로 처분청이 인근토지의 재평가당시 당시 감정평가법인이 한 감정평가액을 기초로 쟁점토지의 취득가액을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

한편, 쟁점토지는 대부분 전․답으로 석회가공 운장을 운영하는 청구법인의 업무와 관련성이 없으므로 비업무용 부동산으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 특수관계자에게 공장임차료를 과다하게 지급한 것으로 보아 쟁점이차료를 손금불산입한 처분의 당부

(2) 부외자산인 쟁점토지의 장부가액 계상이 부과제척기간이 경과한 후에 한 처분에 해당되는지 여부와 장부가액이 적정한지 여부 및 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

 2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 법인세법 제41조【자산의 취득가액】 ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 제42조 【자산·부채의 평가】 ① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1.～3. (생 략)

(4) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(5) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)

 7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

(6) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

 1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

 2.「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(7) 상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

 1. 토지

   「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법으로 평가한 가액으로 한다.

(8) 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

 1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10연간

 2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7연간

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5연간

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

 (가) 청구법인은 2006사업연도부터 2009사업연도까지의 기간 중 특수관계자인 OOO으로부터 공장부지 및 공장설비 일체를 임차하면서 2006년 4월부터 2008년 4월까지는 보증금 OOO만원에 월 OOO만원을 지급하고 2008년 5월부터 2009년 12월까지는 보증금 OOO만원에 월 OOO만원을 지급한 사실이 심리자료에 나타난다.

 (나) 청구법인은 위 임차료를 산출함에 있어 토지와 건물에 대하여는「법인세법 시행령」제89조 제4항에 따라 임대료를 산출하였으나, 기계장치에 대하여는 장부가액을 적용하지 아니하고, 감가상각비와 기계장치 설치비용에 대하여 당좌이자율(9%)을 곱하여 연간임차료를 산정한 사실이 나타난다.

 (다) 처분청은 청구법인이 지급한 임차료가 「법인세법 시행령」제89조에 규정하고 있는 적정임차료 시가에 비하여 약 7배 차이가 나므로 같은 법 시행령 제89조 제4항 제1호에 따라 임대차의 목적물인 자산가액의 50%에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 보아 적정임대료 산정하여 초과지급한 쟁점임차료 상당액을 각 사업연도에 손금불산입한 사실 등이 심리자료에 나타난다.

 (라) 이에 대하여 청구법인은 특수관계자 OOO에게 지급한 임차료가 시장원리와 경제적이고 합리적인 방법에 의하여 상호 약정하여 지급한 것이며, 건전한 사회통념이나 기업간 상관행에 비추어 적합한 거래라고 주장하고 있으나, 유사부동산에 대한 임대사례가액 등 청구주장이 사실임을 입증할 객관적인 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.

 (마)「법인세법 시행령」제89조 등 특수관계자간 부당행위계산 부인시 적용할 적정임대료의 시가 산정에 관한 규정을 종합해 보면, ① 당해 거래와 유사한 상황에서 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고, ② 그와 같은 가격이 없는 경우에는「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액 및「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법으로 평가한 가액을 순차로 적용하며, ③ 이와 같은 방법에 의하여도 시가로 볼만한 가액이 확인되지 않는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 보도록 규정하고 있다.

 (바) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구법인이 산정한 임대료 상당액을 시장원리에 따른 경제적이고 합리적인 방법에 의하여 산정한 것으로 볼 만한 입증자료가 나타나지 아니하므로 처분청이「법인세법 시행령」제89조 등을 적용하여 적정임대료를 산정한 후 초과지급한 임대료 상당액인 쟁점임차료를 각 사업연도에 손금불산입한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

 (가) 청구법인은 1986년～1996사업연도 중 쟁점토지를 당시 대표이사 및 이사 등의 명의로 취득하였으나, 장부에 계상하지 아니하였고, 2000.10.1. 여타 자산(토지 및 건물)에 대한 재평가를 실시하였음에도 쟁점토지는 재평가 대상에 포함하지 아니하였다.

 (나) 처분청은 2007년에 청구법인에 대한 세무조사를 실시하면서 이와 같은 사실을 확인하고, 부외자산인 쟁점토지를 장부에 계상하기 위하여 청구법인이 2000.10.1. 여타 자산을 재평가하기 위하여 감정평가법인에게 의뢰하여 감정평가한 여타 자산의 감정평가액을 기초로 쟁점토지의 취득가액 OOO만원으로 평가하여 이를 익금산입 대상인 장부가액으로 하였고, 쟁점토지의 장부 계상시기는 부과제척기간이 경과하지 아니한 2005사업연도로 하였으며, 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 관련 지급이자 OOO만원을 손금불산입하였다.

 (다) 이와 같이 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 명의로 취득하지 아니하고 대표이사 등의 명의로 취득한 이유에 대하여 청구법인은 쟁점토지는 농가 소유주의 피해보상 차원에서 취득하였는데, 농지는 법인의 명의로 취득할 수 없기 때문에 부득이 임직원의 명의로 취득할 수 밖에 없었다고 소명하고 있으며, 처분청이 부외자산으로 본 쟁점토지 중 1996년 이후 취득한 16필지는 청구법인의 별도의 자산에 부기하여 회계장부에 기표하였다고 주장하고 있으나, 이러한 사실은 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하고 있다.

 (라) 먼저, 처분청이 쟁점토지의 장부가액을 평가하여 익금산입한 처분이 부과제척기간이 경과한 처분에 해당하는지 여부와 익금에 산입할 쟁점토지의 취득가액이 적정하게 평가되었는지 여부에 대하여 살펴본다.

   1) 장부에 계상되지 아니한 부외자산은 발견즉시 그 취득가액을 평가하여 영업외수익 등으로 익금산입하는 것이 타당하며, 이 경우 익금의 귀속시기는 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도 중 최초 사업연도로 할 수 있다고 판단되나, 이 경우에도 토지는 재평가 및 감가상각 등이 허용되지 아니하므로 최초 취득가액을 장부가액으로 하는 것이 원칙이라 하겠으며, 취득가액이 확인되지 않는 경우에는 감정가액 등을 취득가액으로 볼 수도 있으나 이와 같은 가액들도 확인되지 않는 경우에는 개별공시지가를 취득가액으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2008중749, 2010.9.7. 참조).

   2) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 장부가액을 평가하여 부과제척기간이 경과하지 아니한 2005사업연도 익금에 산입한 처분이 부과제척기간이 경과한 처분에 해당되므로 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠으나, 익금에 산입할 장부가액은 쟁점토지의 최초 취득당시의 개별공시지가에 의하여 평가하는 것이 합리적이라고 판단된다.

 (마) 한편, 청구법인은 쟁점토지를 업무용 토지로 보아 지급이자 손금불산입 처분을 취소하여야 한다는 취지의 주장도 하였으나, 청구법인이 농지인 쟁점토지를 업무용으로 사용하였다는 객관적인 증빙이 없으므로 이 부분에 대한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 그러나, 위 (라)에서 쟁점토지의 장부가액을 최초 취득당시의 개별공시지가로 보도록 하였으므로 이에 띠라 손금불산입 대상 지급이자도 재산정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.