주 문

1. 제1심 판결 중 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원 부과처분, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 부과처분 중 14,015,720원을 초과하는 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하한다.

2. 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 부과처분 중 14,015,720원 부분에 관한 피고의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원 부과처분, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 부과처분을 각 취소한다(제1심 법원은 원고의 2007년 귀속 지방소득세 1,947,540원 부과처분 취소청구 부분에 대하여 소 각하판결을 선고하였는데, 원고가 이에 대하여 항소하지 않았으므로, 위 청구 부분은 이 법원의 심판범위에서 제외되었다).

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 8.경부터 서울 송파구 XX동 000-00에서 XX약국(이하 ’이 사건 사업장’이라 한다)이라는 상호로 소매업을 영위하고 있다.

나. 피고는 2010. 4. 5.경부터 같은 해 4. 21.경까지 이 사건 사업장에 대하여 2007년 귀속 소득세 통합조사(이하 ’이 사건 조사’라 한다)를 실시하여 전체 매출원가 5,545,502,510원 중 조제의약품 매출원가 5,469,942,840원을 차감한 75,559,670원 (82,020원이 과다 산정되었다)을 일반의약품의 매출원가로 보고 위 금액에 매매총이익율(부가율 17.42%)을 적용하여 산정한 매출액 91,498,752원과 원고의 일반의약품 매출 신고액 36,510,000원과의 차액 54,988,752원을 매출누락분으로 계산하여 2010. 6. 1. 원고에 대하여 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원을 각 부과하였다.

다. 원고는 2010. 8. 7. 위 각 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 3. 2. 기각결정을 받았다.

라. 한편 피고는 당심 계속 중이던 2011. 11. 17. 위 부가가치세 9,113,830원 부과처분을 전부 취소하였고, 위 종합소득세 19,475,470원 부과처분 중 5,459,750원을 감액하여 14,015,720원으로 감액경정결정을 하였다(이하 위 종합소득세 부과처분 중 감액경정결정에 의하여 취소되지 않고 남아 있는 부분을 ’이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 8호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증, 을 제7호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 부적법한 부분에 관한 직권 판단

위 처분의 경위에서 본 바와 같이 피고의 2011. 11. 17.자 취소 및 감액경정으로 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원 전부, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 중 14,015,720원을 초과하는 부분은 이미 소멸하였으므로, 이 소멸된 부분에 대한 원고의 부과처분 취소청구는 소의 이익이 없으므로 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고가 피고에게 신고한 총매출이익이 이 사건 사업장의 전산시스템상 총매출이익 보다 적은 것은 신고한 총매출원가의 산정과 관련하여 조제의약품의 기말재고가 과소 계상되어 결과적으로 조제의약품의 매출원가가 과대 산정된 결과이지 일반의약품 매출을 누락하였기 때문이 아님에도 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

원고의 손익계산서의 매출원가가 원고가 보관하고 있는 전산장부의 매출원가보다 과다하게 계상되어 매출총이익이 과소하게 신고된 이상 과세요건을 갖추었다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 사업장의 매출은 처방전에 기초한 조제의약품 매출과 처방전 없이 판매하는 일반의약품 매출로 구성되어 있고, 매출총이익은 급여조제료, 비급여조제료, 일반의약품 판매이익으로 구성되어 있으며, 조제의약품 매출이 신고된 총매출의 약 99.5%를 차지하고, 조제의약품 매출은 이 사건 사업장 내 전산시스템에 의하여 관리되고 있는데, 조제의약품 매출은 전산시스템에서 관리되고 있어 일자별, 월별 조제의약품 매출내역을 확인할 수 있었다.

2) 이 사건 사업장의 2007년 조제의약품 매출액, 매출원가, 매출이익은 다음과 같다.

3) 원고는 일반의약품 매출 및 매입 내역을 조제 의약품과 구분하여 별도로 관리 하고 있지 않았고, 이 사건 조사 당시 일반의약품 매출내역을 포함한 일자별 판매장부가 없다는 이유로 이를 제시하지 않았으며, 일반의약품 매출액은 당기 매입분을 전부 판매한 것으로 보고 산정하였다고 진술하였다.

4) 이 사건 처분 당시 이 사건 사업장의 2007년 매출원가 5,545,502,510원 중 조제의약품에 대한 매출원가는 5,470,024,860원(급여약가 4,920,743,899원 + 비급여약가 549,280,961원)인데, 피고는 원고가 제출한 결산서, 재고명세, 전산자료, 원고의 보험청구내역 등에 근거하여 매출누락 및 가공원가 계상 등을 조사하여 신고된 총매출원가 5,545,502,510원(조제의약품 매출원가 5,517,734,331원 + 일반의약품 매출원가 27,768,179원)에서 이 사건 사업장 전산시스템상 총매출원가 5,470,024,860원을 공제한 금액 75,559,670원(실제로는 82,020원이 과다 계상되었다)을 일반의약품 매출원가로 산정한 다음 이를 기초로 일반의약품 매출액을 91,498,752원으로 산정하였다.

5) 원고가 피고에게 신고한 연도별 총매출액 중 일반의약품 매출액은 다음과 같다.

6) 한편 이 사건 사업장의 손익계산서상 2007년 기말상품 재고액은 374,192,647원, 2007. 12. 31. 현재 재고조사 명세서상 재고액은 588,168,050원이었는데, 피고는 이 사건 조사를 할 당시는 물론 이 사건 처분을 하기 전까지도 이 사건 사업장의 기말재고가 374,192,647원임을 전제로 매출원가를 산정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 과세요건이 있었는지 여부나 과세표준액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이므로, 단지 과세관청에 신고된 매출원가가 납세의무자가 관리하는 장부상의 매출원가보다 많다고 하여 그 입증책임이 납세의무자에게 전환된다고 할 수 없고 (대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 등 참조), 수입금액의 추계가 정당한 것으로 시인되기 위해서는 수입금액을 추계할 수 있는 요건을 갖추었다는 것만으로 부족하고 그 추계의 내용과 방법이 구체적인 사안에 있어서 가장 진실에 가까운 수입금액의 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하며 이러한 추계방법의 적법 여부가 다투어지는 경우에 그 합리성과 타당성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두7687 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 사업장의 총매출이익은 총매출액에서 총매출원가를 공제한 금액이므로 원고가 피고에게 신고한 이 사건 사업장의 2007년 총매출이익 보다 전산시스템상 총매출이익이 많은 것은 신고한 총매출이 실제보다 적은 것이 원인일 수도 있지만 신고한 총매출원가가 실제보다 많은 것이 원인일 수도 있는 점, ② 따라서 원고가 신고한 이 사건 사업장의 2007년 총매출원가가 이 사건 사업장의 전산시스템상 총매출원가보다 많은 것이 확인되더라도 그 원인이 총매출액의 과소 신고로 인한 것인지 아니면 총매출원가의 과대 신고인지 여부 및 총매출원가의 과대 신고라면 조제의약품 매출원가의 과대 신고인지 아니면 일반의약품 매출원가의 과대 신고인지 여부를 조사해 보아야 하는데, 피고는 이 사건 조사 당시 신고한 2007년 총매출원가가 전산시스템상 총매출원가보다 47,791,491원(5,517,734,331원 - 5,469,942,840원) 많은 것은 신고한 2007년 조제의약품 매출원가가 전산상의 조제의약품 매출원가보다 47,791,491원 많기 때문인 것을 확인하였음에도 위와 같은 총매출원가의 차액이 전적으로 누락된 일반의약품 매출액에 관련된 것으로 판단한 점, ③ 그러나 이 사건 사업장이 조제의약품 매출을 전산시스템으로 관리하고 있다고 하더라도 위와 같은 조제의 약품 매출원가의 차액은 전산시스템상 조제의약품 매출이 실제보다 많은 것으로 입력된 반면 전산시스템상 조제의약품 매출원가는 사실대로 입력되어 결과적으로 신고된 조제의약품 매출 및 매출원가가 과대 계상된 결과일 가능성을 배제할 수 없는 점, ④ 피고가 산정한 이 사건 사업장의 2007년 일반의약품 매출액 91,498,752원은 위 사업장의 2003년 내지 2006년 일반의약품 매출액보다 2-4배 많은 금액인 점, ⑤ 원고가 변론과정에서, 이 사건 조제의약품 매출원가가 과대산출된 것은 원고가 결산서를 작성하는 과정에서 기말재고를 과소계상한 때문인 것으로 보이고 이는 수정신고의 대상이지 경정과세의 대상이 아니라는 취지로 주장하였으나, 이는 원고가 피고의 위 각 부과처분이 잘못되었음을 밝히기 위해 한 주장으로 보이는 점, ⑥ 2007년 기말재고는 2008년 매출원가를 산정하는 기초재고로 사용되므로 원고가 이를 과소계상한다고 하여 원고에 게 특별한 이익이 발생한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 기말재고를 수정하는 것으로 위 종합소득세 부과처분 중 일부를 감액한 이 사건 처분이 추계방법의 합리성과 타당성을 갖추었다고 할 수 없으므로, 이 사건 처분은 과세요건을 갖추지 못하여 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원 부과처분, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 부과처분 중 14,015,720원을 초과 하는 부분에 관한 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 피고의 이 사건 처분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로 이 사건 처분에 관한 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심 판결 중 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원 부과처분, 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 부과처분 중 14,015,720원을 초과하는 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하하며, 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원 부과처분 중 14,015,720원에 관한 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이 부분에 관한 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.