주 문

1. 피고 파주세무서장이 2009. 10. 15. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 2，000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2006사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 피고 파주세무서장에 대한 나머지 청구와 피고 중부지방국세청장에 대한 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 파주세무서장 사이에 생긴 부분의 15%는 원고가， 나머지 는 피고 파주세무서장이 각 부담하고， 원고와 피고 중부지방국세청장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담한다.

청구취지

피고 파주세무서장이 2009. 10. 15. 원고에 대하여 한 2004사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2006사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2007사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분， 2008사업연도 법인세 00원의 부과처분 및 피고 중부지방국세청장이 2009. 10. 14. 원고에 대하여 한 2004사업연도 귀속 000원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 GGGG(이하 ’GGGG’이라 한다)은 1995. 11. 1. 개업하여 파주시 HH읍

OO리 HH첨단산업단지 OO지구 0000에서 구조금속제품 제조업을 영위하다가 2010. 4. 27. 원고 법인으로 흡수합병된 법인이다.

소외 조JJJ은 GGGG의 대주주(지분 45%)로서 1995. 10. 23.부터 2006. 3. 6.까지 GGGG의 대표이사로 재직하였고， 조JJJ의 배우자 김II(지분 18.2%)과 아들 조KK (지분 81.8%)은 원고의 지분 100%를 보유하고 있다.

나. 피고 파주세무서장은， GGGG이 2004. 6. 28. 당시 대표이사였던 조JJJ으로부터 공기조절용 댐퍼부착기술 등 2건의 특허권(이하 ’이 사건 특허권’이라 한다)을 000원 에 양수하였으나， 이 사건 특허권은 비록 그 출원자가 조JJJ 개인으로 되어 있다 하더라도 GGGG의 기술팀과 공동으로 연구하여 발명한 성과로 보는 것이 타당하다고 판 단하고， 위 취득가액의 50%인 000원을 손금 불산입하기로 하였다(이하 ’특허권 취득 가액 부인’ 건이라 한다).

다. 또한， 피고 파주세무서장은， GGGG이 LL건설의 파주 LCD크린룸 공사(공사기간 : 2005.1. 14.-2006.6.30.)를 000원에 수주하여 2005. 1. 14.부터 2005. 6. 30.까 는 직접 시공(공사금액 000원)하고， 2005. 7. 1.부터 2006. 6. 30.까지의 잔여공사 (이하 ’이 사건 잔여공사’라 한다)는 특수관계법인인 원고 법인에게 000원에 하도급 주었으나(이하 ’이 사건 하도급계약’이라 한다)， 이는 법인세법 제52조의 부당행위계산 의 부인 규정이 적용될 사안이라고 보아 위 하도급금액 000원에서 원고의 공사 원가 000원 및 다른 공사 수주시 견적서에 나타나는 이윤 등 000원을 차감한 000원을 익금 산입하기로 하였다(이하 ’특수관계법인 이익분여’ 건이라 한다).

라. 피고 파주세무서장은 특허권 취득가액 부인， 특수관계법인 이익분여건 등과 관 련하여 2009. 10. 15. 원고에 대하여 2004λ}엽 연도 법인세 000원， 2005사업 연도 법인세 000원， 2006사업 연도 법인세 000원， 2007사업 연도 법인세 000원， 2008사업연도 법인세 000원을 경정 · 고지하였는데， 그 산정내역은 아래 표와 같다.

마. 피고 중부지방국세청장은 특허권 취득가액 부인 건과 관련하여 2009. 10. 14. QQQ에 대하여 이 사건 특허권 취득가액 중 20억 원을 조JJJ에게 상여로 소득처분하 는 내용의 소득금액변동통지를 하였다(위 라.항의 법인세 부과처분 및 마.항의 소득금 액변동통지를 통틀어 이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 특허권 취득가액 부인 건에 관하여

첫째， 조JJJ은 이 사건 특허를 단독으로 발명하였고， GGGG은 이 사건 특허 출원 이전에 연구개발에 관한 인적 · 물적 시설을 갖추지 못하였으며， 연구개발비를 지출 한 적도 없으므로， 이 사건 특허가 공동발명에 해당한다는 전제에 선 피고들의 이 사 건 처분은 이유 없다.

둘째， 이 사건 특허가 직무발명에 해당한다 하더라도， GGGG이 조JJJ에게 지급 한 40억 원은 직무발명 보상액으로 과다한 금액이 아니다.

(2) 특수관계법인 이익분여 건에 관하여

첫째， GGGG은 원고와 이 사건 하도급계약을 체결함으로써 철구조물 생산 시스템 구축， 양질의 서비스 제공 및 충분한 경제적 이익 등을 얻었는바， 위 하도급계약은 충분히 경제적 합리성 있는 거래에 해당한다.

둘째， 피고 파주세무서장은 이 사건 잔여공사 용역의 시가를 계산함에 있어 원고와 소외 주식회사 OO코리아， 주식회사 MM(이하 ’소외 회사’라 한다) 사이에 있었던 2006년도 하도급계약을 기준으로 수익률을 산정하였는데， 이는 ’당해 사업연도’ 의 ’유사한 용역’ 제공거래의 수익률을 기준으로 시가를 산정토록 한 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호의 규정에 반한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판 단

(1) 특허권 취득가액 부인 건에 관하여

(가) 일반적으로 과세처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나， 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면， 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격 이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한，당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못 한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002 두6392 판결， 대법원 2005. 1. 13. 선고 2003두10343 판결 등 참조).

(나) 이 사건에서 보건대， 갑 제5호증， 을 제1 내지 3호증의 각 기재에 변론 전 체의 취지를 종합하면 ① 조JJJ이 이 사건 특허가 출원된 1995. 10. 23.부터 2006. 3. 6.까지 GGGG의 대표이사로 근무하였던 사실，② GGGG이 1998. 10. 15. 중소기업 청으로부터 연구개발투자기업으로 지정받는 등 이 사건 특허출원 전부터 연구개발에 상당한 투자를 해온 사실，③ 이 사건 특허권은 알루미늄판낼에 랩퍼를 부착함에 있어 일반적으로 사용되던 피스고정 방식을 크립고정 방식으로 대체하는 것을 주 내용으로 하는 것으로서， GGGG이 설계 · 제조 · 시공하는 크린룸에 적용되는 기술인 사실，③ QQQ은 1999. 12. 17. 위 기술을 OO마크 신기술로 인정받을 당시， GGGG이 1999. 6.부 터 1999. 8.까지 6，000만 원의 기술개발비와 3명의 기술개발인력을 들여 위 기술을 개 발하였다고 주장한 사실이 인정된다. 나아가 위 인정사실 및 일반적인 경험칙상 이 사건 특허권은 크린룸을 설계 · 제조 · 시공하는 GGGG이 그 설계 · 제조 · 시공 과정에서 크린룸의 기능향상 및 생산비 절감에 관하여 얻은 아이디어 등을 토대로 한 것이거나， 동종 업체와 신제품 · 신기술 개발을 위해 경쟁하는 과정에서 획득된 것일 가능성이 크고， 그 기술의 내용에 비추어 단순한 구상만으로는 개발이 불가능하며， 기술의 실현가능성， 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하고，거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요 될 것이므로 어느 한 개인의 힘으로 이를 모두 고안해 내는 것은 매우 어려운 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면， 이 사건 특허권이 조JJJ 명의로 되어 있기는 하지만， 실제로는 GGGG이 개발하였거나 조JJJ과 공동으로 개발한 것으로서 GGGG과 조JJJ 의 공동소유이고 GGGG의 지분비율이 최소 50%를 상회한다는 사실이 충분히 추정된 다고 할 것이다. 따라서 앞서 본 법리에 따라， 이 사건 처분이 위법하다고 주장하는 원고에게 이 사건 특허권이 GGGG과 조JJJ의 공유가 아니라 조JJJ의 단독소유라는 사정(조OO의 단독발명이었다는 사정) 또는 조JJJ의 지분비율이 GGGG의 지분비율보다 더 높다는 사실을 입증하여야 할 부담이 돌아간다고 할 것인데， 갑 제5， 6호증(가지번호 포 함)의 각 기재만으로는 이 사건 특허권을 조JJJ 단독으로 발명하거나 고안하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(다) 한편， 원고는 이 사건 특허에 대한 조JJJ의 기여율이 50%에 그친다 하더라도 GGGG이 조JJJ에게 지급한 000원은 위 특허에 대한 정당한 대가로 보기에 충분한 액수라고 주장하나， 원고가 제출한 자료들 만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부 족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며， 오히려 갑 제4호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， GGGG이 조JJJ으로부터 이 사건 특허를 양수 하면서 QQ회계법인 및 OOOOO법률사무소에 기술가치 평가를 의뢰하여 그 취득가 액을 40억 원으로 정한 사실이 인정될 뿐이다.

(라) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 특수관계법인 이익분여 건에 관하여

(가) 구 법인세법(2010.12.30.법률 제10423호로 개정되기 전의 것， 이하 ’법’이 라 한다) 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래 에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 (2007.2.28.대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것， 이하 ’시행령’이라 한다) 제88 조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하 게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방

법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서， 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고， 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되， 비특수관계자 간의 거래가격， 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 여기서 경제적 합리성을 판단하는 구체적 기준으로 우선 고려되어야 할 것은 법 제52조 제2항，시행령 제89조 제1항 등에서 말하는 ’시가’로 보아야 할 것이다. 즉，당해 거래가격이 시가와 부합하지 아니함을 과세관청이 입증하지 못하면(부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ’시가’에 대한 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세 관청에게 있다. 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조) 다른 요소를 고려할 필요 없이 경제적 합리성이 있는 행위로 보아야 할 것이다. 반면 시가와 상당히 차이가 나는 가액으로 거래가 이루어졌음이 입증된 경우에는 당해 거래가 이루어진 경위 등 다른 사정을 종합하여 경제적 합리성 유무를 판단하여야 한다. 따라서 이 사건에서 피고 파주세무서장이 산정한 시가가 적정한 것인지 여부를 먼저 살펴보기로 한다.

(나) 이 사건에서 피고 파주세무서장은 이 사건 하도급계약을 경제적 합리성 없는 행위로 보고， 원고의 이 사건 잔여공사 원가 000원을 그대로 시가로 인정하되，과세쟁점자문위원회의 의결결과를 수용하여 원고가 소외 회사에 교부한 견적서를 토대로 원고의 공사이익 기여분을 14억 원(= 공과잡비 000원 + 판매비 및 일반관리비 000억 원 + 이윤 및 공구손료 000원)으로 평가한 후，위 각 금원의 합계액 96억 원과 이 사건 하도급대금 174억 원의 차액인 92억 원을 익금 산입하는 방식을 취하였다(결국 위 피 고는 96억 원을 시가로 인정한 결과가 된다). 피고 파주세무서장의 위와 같은 계산방식은 시행령 제89조 제4항 제2호의 평 가방법과 그나마 유사하다고 보이는데，3) 을 제9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 ① GGGG이 원고에게 하도급 한 LCD크린룸 공사는 먼지 차단， 환풍， 온도 · 습도 유지， 지진 대비 및 공사기간 단축 등에 있어 최첨단기술을 요하는 공사로서 그 수익률 역시 일반 공사에 비해 윌등히 높 을 수밖에 없는 점，② 더욱이 원고와 소외 회사 사이의 위 견적서 상의 공사는 그 대금 및 규모 등에 있어 위 LCD크린룸공사와 차이가 큰 점 등에 비추어 보면， 위 피고가 시행령 제89조 제4항 제2호에 따른 ’유사한 용역제공거래’로 볼 수 없는 위 견적서 상의 이윤 등 계산법을 그대로 적용하여 이 사건 잔여공사용역의 시가를 산정한 것은 적법하다고 볼 수 없다.

(다) 따라서 피고 파주세무서장이 이 사건 잔여공사 용역의 시가를 적정하게 산정하였음을 입증하지 못하여 GGGG이 원고로부터 고가로 용역을 제공받았음이 인정되지 아니하는 이상， 원고가 주장하는 경제적 합리성과 관련된 나머지 쟁점들에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 처분 중 특수관계법인 이익분여와 관련된 부분，즉 위 피고가 2009. 10. 15. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 000원의 부과처 분 중 000원을 초과하는 부분， 2006사업연도 법인세 70000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면， 원고의 피고 파주세무서장에 대한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하고， 원고의 피고 중부지방국세청장에 대한 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.