주 문

OOO세무서장이 2011.3.16. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은, 주식회사 OOO씨엔에스, OOO에프디에스 주식회사로부터 재위탁 용역을 받은 기업이 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]의 제2호 가목에서 규정한 연구기관 또는 전담부서를 보유하였는지 여부를 재조사하여 연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 금융업(은행업)을 영위하는 법인으로서, 2008사업연도에 연구전담부서를 보유한 주식회사 OOO씨엔에스, OOO에프디에스 주식회사, 주식회사 OOO소프트, OOO 주식회사, 노OOO, OOO엔시스(이하 “수탁업체”라 한다)에게 인터넷뱅킹 개선, 마이카드론 시스템 구축 등의 전산시스템 연구개발(이하 “이 건 연구개발용역”이라 한다)을 위탁하고 위탁개발비로 OOO원을 지출한 후 당해 사업연도 법인세 신고시 연구․인력개발비 세액공제 OOO원을 신고하였다.

나. OOO지방국세청장은 2010년 7월경 법인세 감면 사후관리를 실시한 결과, 수탁업체 중 주식회사 OOO씨엔에스, OOO에프디에스 주식회사가 청구법인으로부터 위탁받은 이 건 연구개발용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁한 사실을 확인하고, 청구법인이 지출한 위 위탁개발비 OOO원 중 제3자에게 재위탁한 부분에 상당하는 비용은 「조세특례제한법」 제10조 제1항 등에서 규정하는 연구․인력개발비에 해당하지 않는 것으로 보아, 관련 연구․인력개발비 세액공제 OOO원을 배제하는 것으로 하여 처분청에게 법인세 경정결의서안을 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2011.3.16. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 청구법인의 수탁업체가 제3자에게 이 건 연구개발용역의 일부를 재위탁하였음을 이유로 연구․인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 부당하다. 즉, 「조세특례제한법」 제10조 등에서 연구․인력개발비 세액공제 대상 위탁개발비용이란 내국법인이 「기술개발촉진법」에 따라 인정받은 전담부서를 보유한 업체에 기술개발용역을 위탁함에 다른 비용으로 규정되어 있을 뿐, 위탁한 연구개발비 중 수탁업체가 제3자에게 재위탁할 경우 세액을 공제대상에서 제외한다고 명시하지 않았음에도, 기획재정부 예규OOO에서 제외 대상으로 해석하는 것은 조세법률주의상 엄격해석의 원칙에 반한다 할 것이고, 청구법인은 수탁업체의 제3자 재위탁에 관여할 수도 관여한 사실이 없음에도 그 책임을 청구법인에게 묻는 것은 자기책임의 원리 및 조세평등의 원리에 위배되며, 연구개발활동이 고도로 세분화된 오늘날 전산개발용역의 일부를 재위탁하는 IT업계의 관행을 인정하는 것이 사회통념상 타당하므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

 연구․인력개발비에 대한 세액공제는 국가정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도이고, 이와 같이 납세자에게 혜택을 주는 규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격해석하여야 하므로 연구․인력개발비 중 수탁업체가 제3자에게 재위탁한 비용은 「조세특례제한법」 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 [별표6]의 규정에 의하여 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다. 또한, 청구법인은 재위탁에 대한 책임을 자신에게 묻는 것은 부당하다고 주장하나, 통상 전산시스템 개발은 철저한 보안 등이 요구되므로 연구에 참여하는 인원 등에 대하여 위탁자가 철저히 통제하고 관리하여야 하는 것이 일반적이며, 그 밖에 청구법인은 전산개발용역을 재위탁하는 것이 IT업계의 관행이라고 주장하나, 수탁업체가 재위탁할 경우 재위탁비용으로 일정 부분 이윤을 차감하고 지원하는 것이 일반적이므로, 수탁업체가 개발능력도 없이 무분별하게 위탁용역계약을 체결하고 재위탁하는 경우 해당 비용은 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액을 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2008사업연도 법인세 신고시 수탁업체에게 이 건 연구개발용역을 위탁하고 위탁개발비로 OOO백만원을 지출한 후 연구․인력개발비 세액공제로 OOO백만원을 신고하였으나, 처분청은 청구법인으로부터 이 건 연구개발용역을 위탁받은 수탁업체가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 관련된 연구․인력개발비 세액공제 OOO백만원을 수정신고할 것을 안내한 후 청구법인이 이에 응하지 않자 이 건 과세처분을 한 것으로 확인된다.

 (2) 청구법인이 제출한 2008사업연도 연구․인력개발비 명세서, 연구개발비 현황 및 재위탁업체 현황에 의하면, 청구법인은 2008사업연도 중 연구․인력개발비로 OOO백만원(중소기업 등에의 위탁 연구․인력개발비 OOO백만원, 중소기업 등에의 위탁 연구․인력개발비 외의 연구․인력개발비 OOO백만원)을 지출하였는데, 중소기업 등에의 위탁 연구․인력개발비 외의 연구․인력개발비 OOO백만원은 청구법인이 수탁업체에 전산시스템 개발을 위탁한 것으로서, 동 금액에는 수탁업체 중 OOO에프디에스 주식회사 및 주식회사 OOO디엔에스가 주식회사 OOO파트너스, 주식회사 OOO 등 5개업체(이하 “이 건 재위탁업체”라 한다)에게 이 건 연구개발용역의 일부를 재위탁한 연구개발비 9건 합계 금액 OOO백만원이 포함되어 있는 것으로 나타난다.

 (3) 「조세특례제한법」제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항에서 연구․인력개발비 세액공제 대상인 “연구․인력개발비”란 같은 법 시행령 [별표6]의 비용을 말하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 [별표6] 제1호 나목 ①의 ㉲에서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 연구․인력개발비 세액공제 대상 비용의 하나로 규정하고 있다.

 (4) 살피건대, 청구법인의 수탁업체가 이 건 연구개발용역을 직접 수행하지 않고 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 「조세특례제한법」 제10조 등에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 같은 법 시행령 [별표6]에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 업체가 위 [별표6]의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 수탁업체가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임).

  다만, 이 건 심리자료에 의하면 2008사업연도에 청구법인의 수탁업체로부터 이 건 연구개발용역을 재위탁 받은 업체가 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]에 의한 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는지 여부는 확인되지 아니하므로, 처분청이 이 부분을 확인하여 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는 업체가 재위탁 받은 부분에 대하여는 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.