주 문

OOO세무서장이 2011.1.14. 및 2011.7.14. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원의 부과처분은 청구법인의 후순위차입금 약정이자율 13.9%가 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산의 부인 대상인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1995.10.27. OOO고속도로의 사업시행자로 설립되어 2000.12.27. 정부와 체결한 OOO고속도로 민간투자시설사업 실시협약에 따라 2001년부터 2030년까지 30년 동안 고속도로 관리운영권을 가지고, 2001.1.1.부터 20년 동안 매 사업연도 실제통행료 수입이 보장기준통행료(MRG) 수입에 부족할 경우 정부로부터 부족분 통행료 수입을 보장받고 있다.

나. 청구법인은 2003.12.20. 출자자 변경과 동시에 변경 후 출자자들로부터 OOO원을 13.9%의 이자율로 후순위 차입하는 거래를 주무관청인 건설교통부로부터 사전 승인받아, 이 사전 승인에 따라 2003.12.29. 출자자 변경이 이루어졌고, 2004.1.30. 유상감자 대금 OOO원OOO을 조달하기 위해 OOO공제회 등 7개사와 후순위대출약정을 체결하고 13.9%의 고정금리(이하 “쟁점후순위이자율”이라 한다)로 OOO원(이하 “쟁점후순위차입금”이라 한다)을 차입하였다.

다. OOO지방국세청장은 2010년 11월 OOO세무서에 대한 정기감사시 청구법인의 쟁점후순위이자율 13.9%에 포함되어 있는 회사 고유위험이자율 등 2.63%는 특수관계자에게 부당하게 적용한 이자율로 보았고, 이에 대하여 처분청은 청구법인의 2005～2010사업연도 지급이자를 손금불산입하여, 2011.1.14. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 OOO원, 2011.7.14. 청구법인에게 법인세 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.31. 이의신청을 거쳐 2011.8.3. 심판청구를 제기하였다.

(이의신청결정에 따라 2005사업연도 법인세 OOO원이 감액경정 되었음)

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「법인세법」 제52조의 시가는 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 “적용되거나 적용될 것”으로 판단되는 가격에 해당하는 것으로, 쟁점후순위차입금 이자율 13.9%에 대한 합의가 이루어진 주무관청 승인일(2003.12.20.) 현재 청구외 OOO생명보험 등은 청구법인과 특수관계가 없는 제3자의 입장에서 경제적 합리성을 바탕으로 청구법인에 대한 지분투자와 동시에 후순위차입금투자를 결정하였으므로, 쟁점후순위차입금 이자율의 본질(本質)은 특수관계를 전제로 한 부당한 조세회피목적의 이자율이 아닌, 제3자간의 경제적 합리성을 바탕으로 결정된 이자율에 해당되므로 쟁점후순위차입금 거래에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다.

 (2) 쟁점후순위차입금 거래에 포함된 이자율은 주무관청인 정부에 의해 면밀히 검토된 후 승인된 이자율이고, 「법인세법」기본통칙【52-88…3】에 따라 쟁점후순위차입금 거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없는 것으로, 청구법인은 ‘출자자 변경과 쟁점후순위 차입거래(이자율 13.9% 포함) 및 MRG 수정’에 대한 실시협약 변경을 신청하였고, 이에 대해 주무관청은 2003.12.6. 쟁점후순위차입금 거래로 인한 투자안 분석을 독립적인 제3자 회계법인에게 요청하여 분석보고서를 제출받아 쟁점후순위차입금 이자율 13.9%의 적정성 및 그 효과에 대해 면밀히 검토하고 승인한 것이다. 또한, 쟁점후순위이자율은 2004.1.30. 청구법인과 “비특수관계자인 OOO한국인프라투융자회사간에 정상적인 거래에서 적용된” 가격이므로 “시가”에 해당하고, 청구법인과 OOO생명보험 등은 시가에 따라 쟁점후순위차입금 거래를 하였으므로, 쟁점후순위차입금 거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

 (3) 당초 청구법인의 후순위 대주단에 포함되어 지분투자 및 쟁점후순위차입금 대출을 하고자 했던 OOO공단은 쟁점후순위차입금 이자율 13.9%가 보장되는 상황 하에서도 주무관청이 최소보장수입(“MRG")수준을 추정통행료의 90%에서 80%로 인하하고, 해당 인하를 2002∼2003사업연도까지 소급적용하는 등 투자조건을 변경함에 따라 OOO공단의 공문(투자 71301-289, 2003.12.23.)을 통하여 해당 투자를 철회하였는 바, 이는 쟁점후순위차입금 이자율이 경제적 합리성을 갖추고 결정되었음을 나타내는 것이고, 또한 쟁점후순위차입금은 무담보차입으로 담보차입보다 2～4%의 이자율이 높은 것이 인정되고, 만기가 길어 경제적 상황변동에 따른 불확실성이 크며, 선순위보다 열위인 원리금 변제순위 및 지급제한조건으로 인한 위험성도 존재하고, 청구법인이 채무상환을 불이행해도 채권자로서 가장 중요하고 기본적인 권리인 채권회수절차가 개시될 수 없으며, 초기 민자사업에 대한 대규모투자로서 대출채권의 유통시장 부존재로 인한 위험성도 존재하는바, 이와 같은 다양한 위험프리미엄이 반영되어 쟁점후순위차입금 이자율이 결정되었다. 처분청은 쟁점후순위차입금에 대해 채권 원리금 회수위험이 없어 실질적 대손리스크가 없다고 보고 있으나, 이러한 처분청의 주장은 제3자인 OOO은행이 제시한 선순위 차입금 이자율이 위험도가 낮은 국·공채 이자율보다 높은 신용등급 (BBB+)에 해당하는 이자율인 7.39%(시가)인 이유를 설명할 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 부당행위계산부인 판단의 기준이 되는 시가는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하는 것이므로, 쟁점후순위이자율 13.9%가 이 건 후순위차입금의 객관적인 교환가치를 의미한다고 볼 수 있는지 여부는 건전한 사회통념 및 상관행과 거래당시의 정황 등을 종합적으로 판단하여 결정하여야 하는 것이고, 특수관계자간의 거래 여부에 대한 판단시점은 청구법인과 후순위대출기관(주주)과의 후순위대출 약정 체결일(2004.1.15.)을 기준(거래행위 당시)으로 판단하여야 하므로 쟁점후순위 차입거래는 특수관계자거래에 해당하여 부당행위계산 부인대상이다.

 (2) 청구법인은 당초 감사해명 요구시부터 현재까지 쟁점후순위차입금 차입당시 이자율 13.9%의 산출근거를 제출하지 못하고 있으면서, 어떻게 주무관청으로부터 이자율의 경제적 합리성을 확인·사전승인·지시·통제 받았는지 납득할 수 없고, 이 건을 청구법인이 주무관청으로 승인을 받았다는 의미는 주무관청에서 청구법인을 민자사업자로 지정한 이후 청구법인 주주들의 투자부담 해소차원에서 자본금의 일부를 감자하여 부채(후순위차입금)로 전환하는 것을 허용하는 통상적인 행정행위 차원의 승인에 해당되므로, 주무관청의 승인이 곧바로 쟁점후순위차입금의 이자율이 「법인세법」상 시가에 해당한다거나 또는 동 이자율로 인해 청구법인이 법인세 부담을 회피 내지는 감소시키지 않았다고 확증하는 의미가 아닌 것이다. 또한, 후순위대출 약정체결 당시 특수관계자가 아닌 자가 있다고 해서 동 이자율이 반드시 시가임을 의미한다고 볼 수는 없다.

 (3) 청구법인은 쟁점후순위차입금 이자율 13.9%가 대출의 위험성이 적정히 반영된 이자율이라고 주장하나, 오히려 이 건 정부와 체결한 통행료 실시협약 조건을 고려하면 청구법인의 쟁점후순위차입금 이자율이 일반 대출보다 불리한 점을 발견할 수 없는 바, 청구법인의 후순위채는 명칭만 후순위채인 것이지 신용·위험부담 등 그 실질은 선순위채 또는 일반 차입금과 다르다고 할 수 없고, 청구법인의 후순위 차입금은 당초부터 대손될 위험이 없는 등 실질적인 리스크 프리미엄이 존재한다고 할 수 없어, 일반기업들이 부도를 내거나 파산했을 때 변제순위가 가장 늦어 높은 위험부담 요인에 의하여 높은 이자율로 결정되는 일반적인 후순위채의 이자율을 청구법인의 후순위채 이자율로 사용할 수 없으므로, 쟁점후순위차입금의 이자율은 비정상적이고 경제적인 합리성을 무시한 이자율에 해당하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점후순위차입금 거래에 있어 청구법인과 OOO공제회 등이 특수관계자에 해당하는지 여부

② 자금재조달계획에 대한 건설교통부의 승인이 있었고, 후순위차입약정일 현재 비특수관계자인 OOO와의 거래가 있어 쟁점후순위이자율을 시가로 보아야 한다는 청구주장의 당부

 ③ 쟁점후순위이자율을 시가로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자”란 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 사업연도에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

(3) 법인세법 시행규칙 제43조【가중평균차입이자율의 계산방법 등】

② 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율"이란 연간 1000분의 85를 말한다.

③ 영 제89조 제3항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 특수관계자가 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우

2. 차입금 전액이 채권자가 불분명한 사채 또는 매입자가 불분명한 채권ㆍ증권의 발행으로 조달된 경우

3. 제4항 후단에 따라 가중평균차입이자율이 없는 것으로 보는 경우

4. 대여한 날(계약을 갱신한 경우에는 그 갱신일을 말한다)부터 해당 사업연도 종료일까지의 기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 주주 및 지분율 변동현황은 아래의 〈표1〉과 같고, 청구법인은 OOO지방국세청장의 처분청에 대한 정기 감사시 쟁점후순위차입금 이자율이 시가라는 증빙으로 아래 〈표2〉의 후순위차입금의 적정 프리미엄 연구보고서(2005.10.11., 작성)를 제출하였고, OOO지방국세청장은 회사고유위험 이자율 등 2.63%는 특수관계자에 대한 부당행위계산 부인대상으로 지적하였으며, 주요 사실관계는 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 2003.12.15. 「OOO고속도로 주식양수도 관련한 변경사항 제출」공문(경영지원팀 2003-106)을 건설교통부에 발송하였는바, 그 내용은 아래와 같다.

   1) OOO주식회사 양도 출자자들을 대표하여 제출한 출자자변경계획서의 내용 중 일부와 OOO공제회 등 양수인들이 제출한 확약서 내용 중 일부가 첨부와 같이 그 내용이 조정되어 공문으로 송부되어 왔기에 다시 제출하오니 주식양수도의 승인이 조속히 이루어질 수 있도록 바랍니다. 또한, OOO공제회 등 양수인들은 주식매매 완결예정일인 2003.12.29. 이전까지 확약서(날인본)를 제출할 예정이며 주식양수도 이후에는 동 확약서의 내용대로 사업조건이 변경될 수 있도록 조치할 예정이오니 업무 참조하시기 바랍니다.

   2) 첨부된 주식매매관련 확약서에는 보장기준통행료수입을 90%에서 80%로 수정하고, 사업시행자는 자기자본비율을 15%이상 유지하며, 자본금중 금 2,144억원을 감자하여 후순위차입금으로 대체할 수 있다고 기재되어 있다.

  (나) 청구법인은 2003.12.6. 주무관청인 건설교통부로부터 「OOO고속도로 민간투자사업 출자사 변경 요청에 대한 회신」공문(공계 58700-331, 2003.12.6.)을 접수하였는바, 그 내용은 아래와 같다.

   1) 우리부 공계 58700 - 92(‘02.12.14.), 귀사의 경영지원팀 2003 - 82(’03.11.5.) 및 경영지원팀 2003 - 89(‘03.11.20.)호와 관련입니다.

   2) 귀사에서 요청한 출자자 지분변경 신청에 대해서는 귀사에서 제시한 신청서 내용과 별도로 11.20일 제출한 확약서에 새로운 조건들을 포함시킨 사실이 확인되어 세부자료를 확인한 결과, 채무변경(Refinancing)으로 이자율이 오히려 약 2.5%이상 올라가고, 자기자본 OOO원을 감축하는 대신 후순위 차입채무로 충당하고, 이에 대해 연 13.9%의 고이율을 부담하는 사안을 새로이 포함시키고 있다고 보여지는 바, 좀 더 면밀한 검토가 필요하다고 판단되므로 현재로써는 승인할 수 없음을 알려드리오니 업무에 착오 없으시기 바랍니다.

  (다) 청구법인은 2003.12.15. 건설교통부에 OOO회계법인이 작성한 자본금 OOO원중 총 민간투자비의 15%수준인 OOO원은 자본금으로 유지하고, 나머지 OOO원OOO은 후순위 차입금으로 자본구조를 변경에 따른 「OOO주식양수도 관련 재무구조 변경계획 검토」보고서를 제출하였다.

  (라) 청구법인은 2003.12.20. 건설교통부로부터 「OOO고속도로 민간투자사업 출자사 변경승인」공문(공계 58700-348)을 접수하였는바, 그 내용은 아래와 같다.

   1) 귀사 경영지원팀 2003-106호(2003.12.15)와 관련으로, 귀사에서 우리부에 제출한 OOO고속도로 민자사업 출자사 변경 승인요청에 대하여는, 출자자 변경계획서 및 확약서에 따라 향후 실시협약을 변경하는 조건으로 출자자 변경을 승인합니다.

   2) 아울러, 귀사에서는 OOO공제회 등 양수인들이 연명 날인한 확약서를 2003.12.29.까지 제출하여 동 확약서 내용대로 사업조건이 신속히 변경될 수 있도록 조치하여 주시기 바라며, 만일 승인되는 신규 출자사의 지분 변경이 있는 경우에는 별도로 우리부의 승인을 받으시기 바랍니다. 끝.

  (마) 청구법인은 2003.12.24. 사업시행에 필요한 자금을 조달하기 위하여 주주인 OOO공제회 등 7개사와 선순위대출약정을 체결하고 모두OOO원을 고정금리 연 9%로 차입하였고, 같은 날에 특수 관계없는 OOO은행으로부터 OOO원을 변동금리 7.39%(3년 만기, AA- 기준금리에 연 1.85% 가산)로 차입하였다.

  (바) 청구법인은 2004.1.30., 유상감자대금(OOO원)을 조달하기 위하여 동일자에 OOO공제회 등 7개사와 후순위대출약정을 체결하였다.

 (2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  청구법인은 청구법인과 후순위대주와의 특수관계 여부의 판단 기준시점은 쟁점후순위이자율을 건설교통부로부터 승인받음으로 인해 쟁점후순위이자율이 확정된 건설교통부의 승인일(2003.12.20.)을 기준으로 하여야 하고, 쟁점후순위차입금의 대주인 OOO공제회 등이 청구법인의 주주가 된 시점이 2003.12.29.로, 쟁점후순위이자율 결정시점인 2003.12.20. 현재 청구법인과 OOO공제회 등은 부당행위부인규정 적용대상이 되는 특수관계에 있지 않다는 주장이나, 특수관계자에 해당하는지 여부는 「법인세법 시행령」 제88조 제2항에서 행위당시를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는 바, 청구법인과 OOO공제회 등이 특수관계에 해당하는 지의 판단시점은 후순위대출 약정 체결일인 2004.1.15.을 기준으로 판단하여야 하는 것이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 (3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  청구법인은 쟁점후순위이자율이 건설교통부의 승인을 받은 이자율로 정부의 승인을 믿고 자금재조달을 실행한 것이고, 후순위대출약정을 체결한 2004.1.30. 현재 OOO는 비특수관계자이므로 쟁점후순위이자율이 시가라는 주장이나, 주무관청의 승인사항은 민자사업 추진에 대한 일반적인 승인일 뿐 세법상 후순위 차입이자율의 시가 해당 여부나 청구법인이 동 이자율로 인해 법인세 부담을 회피하거나 감소시키지 않았다고 인정한 것은 아닌 것으로 보이는 점, OOO의 경우 후순위차입금 약정일인 2004.1.30. 현재에는 비특수관계자에 해당되나 민자사업의 경우 건설사에서 재무적투자자로의 변경시 주무관청의 승인을 받도록 하고 있어, OOO가 후순위차입금 약정일 이후 주주로 참여가 예정된 상태에서 후순위차입금 약정이 이루어진 것으로 보이는 점, OOO가 후순위차입금 약정일 이후 주무관청의 승인을 받아 2004.10.29. 주주로 구성된 점 등을 종합하여 볼 때, 자금재조달계획에 대한 건설교통부의 승인이 있었고, OOO가 비특수관계자이므로 쟁점후순위이자율이 시가라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 (3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  (가) 쟁점후순위이자율에 대한 청구법인의 주요 주장내용은 아래와 같다.

   1) 후순위차입금은 선순위차입금에 비해 담보유무, 만기, 원리금 변제순위 및 지급조건 제한 등에 있어 불리한 조건의 차입으로 실질적 대손위험이 존재하여 선순위차입금과는 전혀 다른 차입금이고, 쟁점후순위차입금 이자율 13.9%는 차입거래 당시 민자시장의 자금조달 상황과 선순위차입금에 비해 불리한 조건 및 정부의 각종 규제와 통제를 받는 초기 민자사업에 대한 대출의 위험성 등 적절히 반영된 이자율이다.

    가) 무담보차입의 경우 담보차입보다 차입이자율이 2～4% 높아야 한다는 것을 과세관청도 인정(심사법인 2005-116)했고, 만기가 길수록 경제적 상황변동에 따른 불확실성이 커지므로 이에 대한 위험프리미엄을 법원도 인정(행법 2007구합47138)하고 있으며, 원리금 변제순위 및 지급제한 조건으로 선순위에 비해 열위에 있으므로 이에 대한 프리미엄이 이자율에 당연히 반영되는 것이다.

    나) 쟁점후순위차입금은 채무자인 청구법인이 채무상환을 불이행하더라도 채권자로서의 가장 중요하고 기본적인 권리인 채권회수절차조차도 개시할 수 없어 청구법인이 상환해 주기만을 기다려야하고, 초기 민자사업에 대한 대규모 투자로서 다른 금융상품과 달리 제3자에게 매각할 수 있는 유통시장도 없는 차입금 대출거래였으며, 2004년 MRG 일부OOO가 정부예산에 반영되지 않아 2006년에서야 지연지급 되었고, 나아가 80%의 MRG가 보장된다 하더라도 실제교통량 하락으로 인한 현금흐름의 유동성 감소에 따른 차입금이자 연체 위험이 여전히 존재하였다.

   2) 처분청은 쟁점후순위차입금이 후순위채가 가지는 실질적인 리스크가 없어 신용·위험 부담 등 그 실질은 일반차입금과 다르지 않다는 의견이나, 민자사업에 대한 쟁점후순위차입금은 선순위 차입금 및 일반 금융대출에 비해 매우 불리한 조건의 차입거래로서, 일반적 금리결정 고려요소(경제성장율, 기대인플레이션, 차주의 신용등급, 시장의 유동성 프리미엄 등) 뿐만 아니라 수많은 변 수(담보유무, 원리금 변제순위, 지급제한조건, 만기 등)가 고려되어야 하고, 쟁점후순위차입금 이자율 결정시에도 다수의 변수들이 고려되어 결정되었으므로, 쟁점후순위차입금이 실질적으로 일반적인 금융대출과 민자사업 선순위 차입금에 비해 매우 불리한 조건의 차입금임을 여실히 보여주고 있어 처분청의 주장은 타당하지 않다.

   3) 2011년 이자율 보고서는 「국제조세 조정에 관한 법률」상 정상가격 산출방법 등 세법에서 요구하고 있는 이자율 결정요소(신용도, 원금 규모, 만기, 보증여부 등)를 모두 고려하여(국조법 시행령 제6조), 발행주체가 청구법인으로 동일한 선순위차입금 이자율(7.41%)을 기준이자율로 사용하여 선·후순위차입금 발행주체간의 위험수준을 고려하였으며, 신용등급(제3자인 OOO은행이 선순위 대출 이자율 결정시 적용하였던 신용도인 BBB+ 이상의 사모ABS 거래), 채무액(쟁점후순위 차입금 원금의 +-50% 내외 거래), 발행시기(2003∼2004년 3월), 보증여부(무보증 조건 거래)면에서 청구법인과 유사한 회사가 발행한 거래만을 선정한 후 지급순위 및 만기차이를 조정하여 시가(정상이자율)를 산정하였다.

    가) 2011년 이자율 보고서는 비교가능성 측면에서 상당한 오류를 포함한 2005년 이자율보고서와는 달리 세법상 시가를 비교하는데 적합한 보고서에 해당하는 것이고, 이러한 검토방법을 통하여 산출된 쟁점후순위차입금의 이자율은 13.9%를 상회함이 확인된다.

   나) 처분청은 MRG를 근거로 청구법인의 연체 및 대손위험 등 실질적 리스크 프리미엄이 없으므로 회사고유위험은 배제되어야 한다고 주장하나, 회사고유위험이란 모든 이자율 결정요소〔채권 발행기업(사업)의 특성, 원금규모, 발행시기, 보증여부, 발행형식(사모 vs 공모) 등과 MRG 감소로 인한 예상 현금흐름의 변경, 거래 당시 금융시장 상황에 따른 수요와 공급 및 향후 채권의 유통가능성 등〕를 포함하는 것으로 원리금회수가능성이 보장되더라도 다른 이자율 결정요소들로 인한 회사고유위험이 발생하므로, 원리금회수가능성만을 회사고유위험에 반영하여야 한다는 처분청 주장은 타당하지 않다.

   다) 또한, 처분청처럼 원리금회수 가능성만을 이자율 결정요소로 고려하여 쟁점후순위차입금을 무위험채권으로 가정한다면, 제3자인 OOO은행이 제시한 선순위차입금 이자율이 위험도가 낮은 국·공채 이자율이 아니라 7.39%(시가)인 이유를 설명할 수 없다. 제3자 선순위차입금 이자율도 국·공채 이자율이 아닌 위험요소가 반영되어 결정되었다는 것은 민자사업 자체의 불확실성 및 초기 민자사업 당시의 금융시장의 수요·공급의 법칙에 따라 공급자 우위의 조건에서 이자율이 결정되었음을 나타난다.

   4) 비록 현재까지 MRG가 계획대로 지급되어 안정적인 현금흐름을 보이고 있어 후순위 채권이 회수되지 못할 가능성이 사실상 제로이므로 후순위 차입이자 13.9%중 2.63%가 부인되어야 한다는 처분청의 주장과 관련해서는, 민자사업에 있어 정부와 실시협약에 대한 분쟁이 발생(예 : OOO전철, OOO인천항만 민자사업 사례)한 경우 분쟁이 해결될 때까지 MRG가 지급되지 않아 원리금 회수를 예측할 수 없는 바, MRG로 인해 후순위차입금의 연체가능성이 없다는 처분청 주장은 타당하지 않으며 현재까지 연체가 되지 않았다고 하여 대출시점에서도 연체 가능성이 없다고는 할 수 없어 타당하지 않으며, 실제로 주무관청은 2004년 MRG의 일부인 OOO원을 정부예산에 반영하지 않았다는 이유로 해당 보조금을 2006년에 지연 지급했던 사실 등에 비추어 볼 때 처분청 주장은 타당하지 않다.

 (나) 쟁점후순위이자율에 대한 처분청의 주요 의견은 아래와 같다.

   1) 정부와 체결한 통행료 실시협약 조건을 고려하면 청구법인의 후순위차입금 이자율이 일반대출보다 불리한 점을 발견할 수 없고, 청구법인의 후순위차입금은 당초부터 대손될 위험이 없는 등 실질적인 리스크 프리미엄이 존재한다고 할 수 없는 바, 일반기업들이 부도를 내거나 파산했을 때 변제순위가 가장 늦어 높은 위험부담 요인에 의하여 높은 이자율로 결정되는 일반적인 후순위채의 이자율을 청구법인의 후순위채 이자율로 사용할 수 없는 것이다.

   2) 청구법인에게 통행료 수입이 전혀 발생하지 않더라도 실시협약에서 정한 통행료수입의 80%를 정부로부터 지급받게 되고, 동 지급받는 금액(국고보조금)만으로도 선·후순위차입금의 이자와 고속도로 운영에 소요되는 비용을 충당하고도 지속적으로 순이익이 창출되는 사업구조이며, 일반기업들이 부도나 파산시 원금조차 회수하지 못하는 등의 위험을 정부로부터 담보받고 있으므로 실질적인 후순위채권으로서의 리스크가 없다. 청구법인은 2009년말 현재 투하자금 OOO원 중 OOO원을 회수하였고, 실시협약에 따라 향후 청구법인의 추정 수입금액이OOO원인 점 등을 고려하면 후순위 채권자인 주주들이 후순위채권을 회수하지 못할 가능성은 사실상 없다.

   3) 2011년 이자율 보고서상 이자율 산출방법이 후순위차입금 이자율 산출을 위한 가장 일반적이고 보편·타당한 방법이며, 2005년 이자율 보고서가 비교가능대상거래와 후순위차입금과 원금규모, 발행시기 및 발행형식 등에 있어 비교가능요건을 충족하지 못하고 있다는 주장은 근거 없고, 청구법인은 후순위차입금 이자율 13.9%가 시가로서 적정한지에 대한 감사해명요구를 받고, 시가로서 정당하다는 근거로 「후순위차입금의 적정 프리미엄 연구보고서(13.86%로 결정)」를 제출하였는 바, 과세근거로 삼을 수 없다는 청구법인의 주장은 타당성이 없다.

   4) 회사고유위험은 원금과 이자의 연체 및 대손위험 등 채권 위험도에 따라 가감되는 이자율 산정요소를 의미하고, 청구법인은 80%의 MRG를 지급받음으로써 선·후순위 차입금원리금을 전부 상환할 수 있어 연체 및 대손위험 등 실질적 리스크 프리미엄이 없으므로 회사고유위험은 배제되어야 한다.

   5) 2011년 이자율 보고서는 채권발행주체간의 위험수준 및 상환기간·방법, 민자사업 수익성 등을 고려하지 않았고, 적정하지 않은 기준이자율을 사용하여 자의적인 만기·지급순위 차이조정을 하였으므로 동 이자율 보고서의 산정된 시가를 적정한 시가로 볼 수 없다.

    가) 채권발행주체간의 위험수준이 고려되어야 하고, 상환기간·방법, 대출시장 유통수준, 민자사업 수익성·발전정도에 따라 이자율 차이가 발생한다.

    나) 기준이자율인 제3자(OOO은행) 선순위차입금 변동금리 이자율은 금융기관에서 변동금리로 결정된 이자율로서 후순위차입금 이자율과 경제적 실질이 다르고, 자의적으로 만기 및 지급순위 차이조정을 하고, 타 민자사업의 후순위 차입이자율은 모두 특수관계자간에 형성된 이자율이므로 시가로 볼 수 없다.

    다) 채권이자율은 발행주체의 위험수준과 민자사업의 수익성 등 요인에 따라 차이가 나므로 단순 비교할 수 없고, 청구법인 사업과 가장 유사한 인천대교 후순위차입 이자율은 12%이고, 특수관계자 아닌 자간의 거래가 존재하는 용인경전철의 이자율은 12%로 후순위차입금 이자율보다 낮게 형성되어 있다.

  (다) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 2002년부터 MRG가 90%에서 80%로 감소됨에 따라 청구법인이 산정한 회사고유위험 프리미엄 등 2.63%는 후순위차입금을 회수하지 못할 가능성이 없어 배제되어야 한다는 의견이나, 당초 후순위 대출투자 컨소시엄에 참여하였던 OOO공단이 MRG 인하조건을 포함한 13.9%의 후순위차입금 이자율 등의 투자조건 하에서 후순위 대출투자를 결정하였으나, 이후 정부가 MRG 인하와 관련하여 추가 투자조건을 요구하자 쟁점후순위이자율(13.9%)로는 투자할 수 없다고 하여 2003.12.23. 투자컨소시엄에서 임의 탈퇴한 사실이 있어 쟁점후순위이자율을 시가로 볼 수 있는 측면이 있고, 쟁점후순위차입금은 선순위차입금에 비해 담보․원리금 변제순위․지급제한 조건 등에서 매우 불리한 조건의 차입이고, 민자사업에 있어 정부와 실시협약에 대한 분쟁이 발생할 경우 분쟁이 해결될 때까지 MRG가 지급되지 않아 원리금 회수를 예측하기 어렵다는 청구법인의 주장이 타당성이 있는 것으로 보이는 점, 청구법인이 2005년 이자율보고서에 이어 이를 보완한 2011년 이자율보고서를 이 건 과세처분 이후 새로이 제시하고 있어, 동 보고서의 이자율 산정에 대한 적정성 여부를 검토할 필요가 있어 보이는 점, 후순위차입금의 이자율은 발행주체 및 민자사업의 수익성 등에 따라 차이가 있어 단순히 다른 민자사업의 후순위차입금 이자율과의 비교를 통하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없는 점, 청구법인은 수익이 지속적으로 발생하여 매년 법인세를 납부하고 있고, 후순위차입금 대주들 역시 이자수익으로 인한 법인세를 납부하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점후순위이자율의 적정성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.