주 문

○○○세무서장이 1994. 3. 16 청구법인에게 한 1993. 2기 부가가치세 42,865,250원의 환급처분은 매출세액에서 공제하는 매입세액 99,311,328원을 103,891,328원으로 하여 그 환급세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

청구법인은 경기도 양주군 광적면 ○○리 산 23-1번지에서 골프장업을 영위하기 위하여 골프장 조성공사를 하고 있는 법인으로 1994. 1. 25 1993.2기 부가가치세 658,137,255원을 환급 신청하는 확정신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 환급 신청한 매입세액중 골프장 조성공사와 관련된 매입세액 559,012,727원은 토지조성등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당된다는 사유로 이를 매출세액에서 공제하지 아니하고, 여기에 초과환급신고세액에 대한 가산세 56,259,272원을 부과하는 경정결정을 한 다음 1994. 3. 16 청구법인에게 1993. 2기 부가가치세 42,865,250원의 환급통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1994. 5. 13 심사청구를 거쳐 1994. 7. 21 심판청구를 하였다.

2. 청구법인주장과 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

부가가치세법시행령 제60조 제6항에서 규정한 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라 함은 당해토지의 조성등이 면세사업을 영위하기 위한 목적이거나 매매용 토지나 간척지의 조성등 토지라는 재화를 공급하기 위하여 토지의 가치를 증가시키기 위한 지출과 관련된 매입세액으로 해석하여야 하므로 부가가치세법상 과세사업인 골프장 영업과 관련된 매입세액은 전액 매출세액에서 공제되어야 하며, 또한 골프장 조성을 위한 토목공사는 토지의 조성을 위한 것이 아니라 골프코스라는 독립된 운동시설을 설치하기 위한 것이므로 이와 관련된 매입세액은 전액공제되어야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

토지는 그 자체가 부가가치세 면세 재화이므로 토지조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 토지의 용도에 관계없이 불공제하여 이를 취득원가로 계상하여야 함을 명확히 하기 위한 취지에서 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 규정을 1991. 12. 31 신설한 바 있고, 1993. 12. 31 부가가치세법 제17조 제2항 제4호를 개정하여 위와 같은 근거를 더욱 명확하게 하였으며, 골프장 조성을 위한 청구법인의 토목공사는 골프장 부지와는 별개의 독립된 시설물을 설치하기 위한 것이라 볼 수 없고 골프장용 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사에 해당되므로 이와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 골프장 조성을 위한 토목공사에 관련된 부가가치세 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조 제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 그 제12호에서 “토지”를 열거하고 있다. 같은법 제17조 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 한편, 같은법 제17조 제2항 제4호(1993. 12. 31 개정되기 전의 것)에서는 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 같은법시행령 제60조 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에서 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있다.

다. 이 건 골프장 조성 토목공사에 관련된 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지에 대하여

(1) 부가가치세는 사업자가 거래단계에서 창출한 부가가치를 과세객체로 하는 조세이며 우리나라의 현행 부가가치세제는 소외 “전단계 세액공제방식”을 택하고 있으므로 토지와 같은 생산요소에 대하여 과세하는 경우 거래단계에서 창출된 부가가치에 대하여 완전하게 과세하지 못하고 오히려 생산요소 구입에 대한 최종 소비자의 부담만을 증가시키게 된다. 그러므로 토지와 같은 생산요소는 이와 같은 부가가치세의 기본원리상 면세로 하는 것이며 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서는 위와 같은 취지를 명문으로 규정하고 있는 것이다. 따라서 사업자가 토지를 바탕으로 창출한 부가가치가 면세재화 또는 용역에 관련된 것이든 과세재화 또는 용역에 관련된 것이든 관계없이 토지자체의 공급은 면세이므로 과세사업자가 토지 조성후 당해토지를 양도할 경우에도 부가가치세의 과세대상이 되지 아니하는 것이다. 기업회계기준 제76조에 의하면 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 자본적 지출은 당해 고정자산 가액에 가산하는 것인 바, 토지의 조성에 관련된 비용은 토지의 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당되므로 토지가액에 가산하여야 하는 것이고 당해 토지를 양도하는 때에 취득가액으로 인정하여야 하는 것이다. 만약 부가가치세 과세사업자가 지출한 토지조성비라고 하여 이를 매입세액에서 공제한다면, 당해 토지를 양도하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 부가가치세 면세사업자인지 여부에 관계없이 동 토지의 공급은 면세가 되므로 결과적으로 볼 때 부가가치세법상의 영세율을 적용하는 결과가 되어 토지를 면세재화로 규정한 취지에도 모순되는 결과를 초래하게 된다. 면세재화 또는 용역에 관련된 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하므로 이전의 거래단계에서 창출된 부가가치에 대한 부가가치세가 그 때에 최종적으로 귀착되게 되는 것이다. 사업자가 부가가치세 과세대상인 건설용역 등을 제공받아 면세재화인 토지를 조성한 경우에도 동 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하여야 면세제도의 기본원리에 부합되게 되는 것이다. 또한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은법시행령 제60조 제6항에서 이를 보다 구체적으로 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있는바, 법조문의 문리해석상으로도 사업자가 자기의 사업과 관련하여 면세재화인 토지에 투자한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 당연히 공제할 수 없다는 것이다. 그러므로 골프장 사업이 부가가치세 과세사업이므로 골프장 조성을 위한 공사비에 대한 매입세액은 그 공사비가 토지조성등을 위한 자본적지출에 해당되는지 여부에 관계없이 전액 매출세액에서 공제되어야 한다는 청구주장은 위 관련법령 규정에 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다.

(2) 그러나 골프장 조성토목공사와 관련된 매입세액중에서도 부가가치세법시행령 제60조 제6항에서 규정한 토지조성등을 위한 공사와 관련되지 아니한 매입세액이나 법인세법시행규칙 『별표 1』 기계장치 이외의 고정자산 내용연수표상 감가상각대상 자산인 구축물 공사에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아야 할 것이며(국심 93광 2773 1994. 8. 26 94중 0033 1994. 10. 24 같은뜻임) 토지조성등을 위한 공사와 관련된 매입세액인지 여부는 구체적인 공사내용별로 판단하여 결정하여야 할 것이다. 그런데 처분청이 제출하는 관련자료에 의하면 처분청에서 토지조성등을 위한 자본적지출에 관련된 것으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 매입세액중 1993. 9. 11 ○○상운 주식회사에 지급한 ○○리 마을회관 신축공사비에 대한 매입세액 2,600,000원과 1993. 12. 31 ○○건설 주식회사에 지급한 골프장진입도로 공사비에 대한 매입세액 1,980,000원은 토지조성공사와는 관련이 없는 부가가치세 과세사업과 관련된 공제대상이 되는 매입세액임에도 이를 매출세액에서 불공제하였음은 잘못된 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.