주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2011. 5. 27. 원고에 대하여 한 2010년도 법인세 원천징수 기납부세액 000원의 환급경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 1999. 9. 30.경 설립되어 100여개 나라에 선교사를 보내 교회•학교•병원 설립 및 복지사업을 영위하는 비영리내국법인이다.

나. 원고는 2011. 3. 28. 2010년도 법인세 과세표준 및 세액신고를 하면서 국민은행 및 외환은행으로부터 수취한 이자소득금액 합계 000원에 대한 원천징수세액 합계 000원을 환급받기 위하여 위 이자소득금액을 소득금액으로 신고함과 동시에 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입함으로써 과세표준을 ‘0’으로 신고하고 2011. 4. 19.경 위 원천징수세액 000원을 환급받았다.

다. 이후 원고는 2010년에 XX증권 및 XX생명으로부터 수취한 이자소득 합계 000원을 누락하였음을 이유로 2011. 5. 3. 다시 총 이자소득금액 합계 000원(= 000원 + 000원)을 소득금액으로 신고함과 동시 에 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입함으로써 과세표준을 ‘0’으로 신고하고 XX 증권 및 XX생명으로부터 수취한 이자소득 합계 000원에 대한 원천징수세액 000원을 추가로 환급하여 줄 것을 요구하는 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였다.

라. 이에 피고는 2011. 5. 27. 원고에게 법인세법 제62조 제1항 같은 법 시행령 제99조에 따라 과세표준 신고시 누락된 이자소득은 수정신고 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없다는 이유로 원고의 경정청구를 기각하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이의신청을 거쳐 2011. 9. 26. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 2011. 11. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 첫 번째 주장

원고는 XX증권 및 XX생명으로부터 수취한 이자소득이 매년 발생하던 수익이 아니었을 뿐만 아니라 업무담당자의 교체에 따른 업무미숙으로 인하여 위 이자소득이 신고대상에 포함되는지 여부를 잘 알지 못하는 바람에 XX증권 및 XX생명으로부터 수취한 이자소득을 누락한 것인바, 단 한 번의 과세표준신고 누락으로 원고의 유일한 소득원인 이자소득에 대한 경정청구를 허용하지 않은 이 사건 처분은 형평성에 어긋나고, 재산권을 지나치게 침해하는 것으로서 위법하다.

2) 두 번째 주장

이 사건 처분의 근거법령인 법인세법 제62조 제l항 및 같은 법 시행령 제99조는 원천징수된 이자소득에 대하여 과세표준신고를 하지 아니한 비영리내국법인으로 하여금 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 기납부세액을 환급받을 수 있는 통로를 원천적으로 차단한 위헌적 법령이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

살피건대, 이 사건 처분은 법인세법 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조에 따라 이루어진 것으로서 아래에서 보는 바와 같이 위 각 규정이 적법, 유효한 이상 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 형평성에 어긋난다거나 재산권을 지나치게 침해하여 위법하다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

살피건대, 법인세법 제60조 제1항에 의하면 납세의무 있는 내국법인은 각 사업 연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하나, 법인세법 제62조 제1항은 내국법인 중 하나인 비영리내국법인으로 하여금 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준신고를 하지 아니할 수 있도록 함으로써 예외를 인정하고 있고, 법인세법 제62조 제2항에 따른 같은 법 시행령 제99조 제2항은 위와 같이 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있는바, 법인세법 제62조 제1항, 같은 법 시행령 제99조 제2항은 비영리법인에게 원천징수된 이자소득을 소득금액에 합산하고 원천징수세액을 공제 하여 과세표준신고를 하는 방법과 소득금액에 합산하지 아니하고 원천징수로써 과세절차를 종결하는 방법 중 한 가지를 선택할 수 있는 권한을 부여하는 한편, 이자소득에 대하여 과세표준신고를 하지 아니하는 것을 선택한 경우 추후 그 이자소득에 대하여 다시 과세표준신고를 할 수 없도록 함으로써 조세행정의 법적 안정성을 추구하고 있는 점 등의 사정을 종합하면, 이 사건 처분의 근거가 된 법인세법 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조가 위헌적 법령에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.