주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2011. 2. 10. 원고에게 한 2005년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는, 자신이 과천시 XX동 1-11 XX빌딩 5층에 있는 XX교회(이하 ’이 사건 교회’라 한다)에 000원(이하 ’이 사건 기부금’이라 한다)을 기부하였다는 내용의 기부금 영수증을 피고에게 제출하여 2006. 1.경 피고로부터 2005년 귀속 근로 소득세에 관하여 기부금 소득공제를 받았다.

나. 동안양세무서장은 2011. 1. 21.부터 2011. 5. 31.까지 XX교회에 대한 세무조사를 한 결과, XX교회는 주무관청에 등록되지 아니하여 지정기부금 단체에 해당하지 아니한다는 이유로 위 교회에 한 기부금은 소득공제 대상이 아니라는 과세자료를 피고에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2011. 5. 25. 원고에게 2005년 귀속 종합소득세 000원을 부과 • 고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2011. 6. 23. 이의신청절차를 거쳐 2011. 10. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 12. 9. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장은 다음과 같다.

가. 피고가 원고에게 2005년 귀속 종합소득세를 부과할 수 있는 부과 제척기간의 기산일은 원천징수의무자에게 원천징수세액을 부과할 수 있는 날인 2006. 2. 11.(원천징수세액의 법정 납부기한의 다음날)이라고 보아야 하므로, 그로부터 5년이 경과한 후인 2011. 5. 25.에 한 이 사건 처분은 국세부과의 제척기간을 도과하여 위법하다.

나. 이 사건 교회는 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당함에도 불구하고 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

다. 피고는 이 사건 교회를 종교단체로 취급하여 신도들에 대하여 기부금 공제를 하여왔는데 갑자기 이를 거부하는 것은 신의칙에 반하여 위법하다.

라. 가사 이 사건 교회가 지정기부금 소득공제 대상이 되는 종교단체에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고로서는 이 사건 기부금이 소득공제의 대상이 아님을 알 수 없었으므로, 원고에게 그 납세의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하고, 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 ’관계 법령’ 기재와 같다.

4. 판단

가. 원고의 위 2. 가. 주장에 대한 판단

(1) 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법’이라 한다) 제26조의 2 제1항에 의하면, 국세는 ① 납세자가 법정신고기간까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년(제2호), ② 그렇지 아니한 통상적인 경우는 5년(제3호)의 기간이 끝난 후에는 부과할 수 없다. 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법 시행령’이라 한다) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날을 국세를 부과할 수 있는 날로 한다. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법’이라 한다) 제70조 제1항, 제73조 제1항 제1호에 의하면, 종합소득금액이 있는 거주자는 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하지만, 근로소득만 있는 자는 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

(2) 살피건대, ① 종합소득세는 원칙적으로 과세표준확정신고를 하여야 하는 국세이므로 그 제척기간의 기산점이 되는 종합소득세를 부과할 수 있는 날은 그 과세표준 확정신고기한의 다음날인 당해 과세연도의 다음 연도 6. 1.임이 원칙인 점, ② 근로소득만 있는 자에 대한 원천징수 및 연말정산이 완료될 경우, 해당 근로자의 원천납세의무 과세표준 신고의무를 면제하는 것은 납세의무자의 편의를 도모하고 과세행정의 효율성을 추구하는 것일 뿐, 해당 소득에 대한 국세부과 제척기간의 적용과는 무관한 점, ③ 원고는 국세기본법 제12조의 3 제2항 제1호에 따라 원천징수세액의 납부기한의 다음 날이 제척기간의 기산점이라고 주장하나, 위 규정은 원천납세의무자가 아닌 원천징수의무자에게 적용되는 규정에 불과한 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 2005년 귀속 종합소득세 부과 제척기간의 기산점은 원고에게 근로소득 이외의 소득이 있었는지 여부와 관계없이 그 과세표준 확정신고 기한의 다음날인 2006. 6. 1.이므로, 이 사건 처분은 이로부터 5년의 제척기간이 경과하기 전에 이루어진 것이니, 원고의 주장은 이유 없다.

나. 원고의 위 2. 나. 주장에 대한 판단

(1) 구 소득세법 제52조 제6항 제2호에 의하면, 거주자가 당해연도에 지급한 기부금으로서 구 소득세법 제34조 제2항에 의한 기부금, 구 소득세법 제34조 제1항에 의한 기부금을 합한 금액에서 사업소득 또는 부동산임대소득의 계산시 필요경비에 산입한 기부금을 차감한 금액은 이를 당해연도의 합산과세되는 종합소득금액에서 공제한다. 구 소득세법 제34조 제1항, 구 소득세법 시행령 제80조 제1호, 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 (마)목에 의하면, 사회복지•문화•예술•교육•종교•자선 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금으로 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 대하여 당해 지정기부금단체의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 등을 들고 있다.

조세에 관한 법률은 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조).

(2) 살피건대, 앞서 본 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 교회는 구 소득세법 제34조 제1항, 구 소득세법 시행령 제80조 제1호, 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 (마)목 소정의 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당하지 아니하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(가) 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 이외에 같은 호 각목에서 규정하고 있는 ’지정기부금단체등’은 사회복지사업법에 의한 사회복지법인(가목), 초•중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 기능대학법에 의한 기능대학 또는 평생교육법에 의한 원격대학(나목), 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체•장학단체•기술진흥단체(다목), 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체 또는 환경보호운동단체(라목), 의료법에 의한 의료법인(바목), 가목 내지 바목의 지정기부금단체등과 유사한 것으로서 재정경제부령이 정하는 지정기부금단체 등(사목)으로서 모두 관련 법령에 따라 주무관청에 의하여 관리 • 감독을 받고 있는 단체들인 것으로 보인다.

(나) 비록 구 국세기본법 제13조 제1항 제1호는 주무관청의 허가 • 인가 • 등록을 구분하고 있기는 하나, 법원의 법보충작용으로서의 해석상 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 ’종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’의 범위에는 주무관청에의 등록에 있어서보다 주무관청의 엄격한 통제를 받은 주무관청의 허가 • 인가를 받아 설립된 단체가 포함된다고 해석함이 타당하다.

(다) 나아가 종교단체의 경우 민법 제32조에 의한 법인설립허가 외에 이를 관리•감독하는 주무관청인 문화체육관광부장관에 등록 또는 신고하는 제도가 따로 존재하지 않는다고 하더라도, 이는 입법자가 사회복지, 문화, 예술, 교육, 종교 등의 ’공익성’을 감안하여 ’일정 범위의 기부금’만을 소득공제의 대상으로 삼을 수 있도록 하는 과세 정책상 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 ’종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’의 범위에 민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받은 종교단체로서 ’문화체육부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙’ 제6조에 따라 주무관청인 문화체육관광부장관이 관리하는 법인설립대장에 등재한(이를 등록에 준하는 것으로 볼 수도 있을 것이다) 단체만이 해당되고, 그렇지 않은 종교단체는 이에 해당되지 않는다고 판단한 것으로 보아야 한다(결국 이러한 입법자의 과세정책적 판단이 반영되어 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목은 !종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인’이라고 명확하게 규정하였다).

(라) 한편 이 사건 교회가 1993. 10. 15. 소재지 관할구청인 안양시 동안구청으로부터 종교단체등록증(등록번호 31094-00000)을 부여받은 것은 구 부동산등기법 (1993. 12. 10. 법률 제4592호로 개정되기 전의 것) 제41조의2 제1항 제3호에 따라 부동산 등기 시 필요한 법인격 없는 단체의 등기용 등록번호를 부여받은 것에 불과하다. 또한, 구 국세기본법 제13조 제2항에 따라 관할세무서인 동안양세무서로부터 ’법인으로 보는 단체’로 승인(고유번호 138-82-00269) 받은 것 역시 과세자료의 효율적 처리를 위한 절차에 불과하므로, 이를 주무관청에 등록된 것과 동일하게 평가할 수 없다.

(마) 그밖에 이 사건 교회가 종교단체로서 주무관청인 문화체육관광부에 등록되었다고 볼만한 아무런 증거도 없다.

다. 원고의 위 2. 다. 주장에 대한 판단

(1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다(대법원 2002. 3. 29. 션고 99두1861 판결 참조).

국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결 참조).

(2) 살피건대 ① 동안양세무서가 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 ’법인으로 보는 단체’로 승인하였다거나 안양시 동안구청이 이 사건 교회에 종교단체등록증을 교부 하였다는 사실만으로는 과세당국이 이 사건 교회에 대하여 제반 세무상의 혜택을 받을 수 있는 종교단체라는 점에 대해 공적인 견해의 표명을 하였다고 보기에 부족하고, ② 피고가 상당한 기간에 걸쳐 이 사건 교회가 발행한 기부금 영수증에 기초하여 이 사건 교회 소속 선자들이 이 사건 교회에 기부한 헌금에 대하여 한 지정기부금 소득공제신청에 관하여 별다른 이의를 하지 않았다 하더라도, 이는 그 헌금을 지정기부금에 해당 하는 것으로 오인한 것에 기인한 것일 뿐이므로, 해당 기부금에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해나 의사를 표명한 것은 아니라고 할 것이니, 원고의 주장은 이유 없다.

라. 원고의 위 2. 라. 주장에 대한 판단

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 • 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과 되어야 한다(대법원 2003. 2. 14. 선고 2001두8100 판결 참조).

(2) 살피건대, 이 사건 교회가 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 소정의 ’종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당하지 않는 점, 이 사건 교회에 대한 기부금에 대하여 소득공제를 인정하여 주겠다는 과세관청의 공적 견해의 표명이나 비과세관행이 형성된 것이 아닌 점 등은 앞서 본 바와 같고, 원고가 그동안 이 사건 교회에 대한 헌금이 기부금으로 공제됨으로 인하여 비과세 관행이 형성된 것으로 오인하였다는 사정만으로는 그 납세의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.