주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1993.9.10. 취득한 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 1998.7.23. OOOOO OOOO OOO OOO OOOOO OOOO OOOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2006.3.22. OOO에 양도하고, 「조세특례제한법」 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면소득금액으로 보아 감면세액을 OOO으로 보아 양도소득세를 신고하고, 양도소득세 OOO과 농어촌특별세 OOO을 납부하였다.

나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO을 종합소득세 기납부세액으로 공제하여 2012.5.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이의신청을 거쳐 2012.10.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

납세자들은 기존 예규(서면5팀-793, 2007.3.9.)에 따라 전체 양도소득금액이 과세특례대상 소득금액이라고 해석해 오고 있었고, 과세관청에서도 청구인 등 신축주택 양도자의 양도소득세 신고내용에 대하여 아무런 조치가 없다가 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액을 과세특례대상에서 제외하여 과세한 처분은 명백하게 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

과세관청이 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세에 대한 감면대상이 종전주택과 신축주택 전체의 양도소득금액이라는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 동 조문에 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득이고 감면세액의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 규정을 준용한다고 명시하고 있으므로 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분에 해당하는지 여부

나. 관련법령

 (1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실]

납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

    제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지]

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

 (2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략)

 (3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

    제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1993.9.10. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업에 따라 종전주택을 멸실한 후 1998.7.23. 신축주택을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 후인 2006.3.22. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

 (2) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 「조세특례제한법」 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면소득금액으로 보아 감면세액을 OOO으로 보아 양도소득세를 신고하고, 양도소득세 OOO과 농어촌특별세 OOO을 납부한 것으로 나타난다.

 (3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO을 종합소득세 기납부세액으로 공제하여 이 건 양도소득세 부과처분을 한 것으로 나타난다.

 (4) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」제99조의3에서 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 과세관청에서 신축주택의 취득전 양도소득금액을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 않는 점 등으로 볼 때, 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(OOO 2012.8.1. 등 다수 참고).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.