주 문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항(이하 ’이 사건 안분계산조항’이라 한다)은 ’양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 이를 각각 구분하여 기장하되 그 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고, 그 위임에 의한 소득세법 시행령 제166조 제6항과 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호, 구 소득세법 제99조 제1항 제1호는, 토지의 경우 부동산 가격공시 및 감 정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가, 주택의 경우 같은 법률에 의한 개별주택가 격 및 공동주택가격, 주택 등 외 건물의 경우 매년 l회 이상 국세청장이 산정․고시하는 가액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 제102조 제2항은 부동산의 양도에 따른 양도소득금액을 계산함에 있어 양도차손이 발생한 부동산이 있는 경우에는 다른 부동산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하도록 규정하고 있다.

2. 가. 원심은 그 채용증거에 의하여, ① 원고는 2004. 3. 9. 서울 마포구 OO동 000-0 대지 274.4㎡ 및 그 지상 건물 687.04㎡(그 중 상가부분을 ’이 사건 상가부분’, 주택부분을 ’이 사건 주택부분’이라 한다)를 일괄하여 1,460,000,000원에 취득하였다가 2008. 2. 29. 일괄하여 1,580,000,000원에 양도하고 이 사건 상가부분에 대한 양도소득세 4,490,250원을 신고 · 납부한 사실, ② 피고는 이 사건 주택부분은 1세대 1주택에 해당하여 비과세대상이고 이 사건 상가부분은 과세대상임에도 양자가 함께 취득되고 양도되어 그 가액의 구분이 불분명하다는 이유로, 이 사건 안분계산조항에 따라 이 사건 상가부분의 양도차익을 166,340,719원으로 산정하여 그에 대한 양도소득세 31,828,830 원을 증액경정하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다. 원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, 이 사건 안분계산조항을 유추적용하면 양도소득세 비과세대상인 이 사건 주택부분의 경우 취득시의 실지거래가액이 양도시의 실지거래가액보다 높아 46,340,719원의 양도차손이 발생하는 반면, 양도소득세 과세대상인 이 사건 상가부분의 경우 양도시의 실지거래가액이 취득시의 실지거래가액보다 훨씬 높아 이 사건 주택분분과 상가부분의 전체 양도차익 120,000,000원보다 더 많은 166,340,719원의 양도차익이 발생하는 점 이러한 결과는 이 사건 상기분의 기준시가가 취득시에 비하여 양도시에 대폭 상승한 반면 이 사건 주택부분의 기준시가인 개별주택 가격은 취득시에 비하여 양도시에 소폭 상승하는 데 그쳤기 때문인 점, 이 사건 주택부분의 개별주택가격이 소폭이나마 상승한 이상 전체 양도차익 120,000,000원에는 이 사건 주택부분의 가격상승으로 인하여 발생한 양도차익이 당연히 포함되어 있을 것임에도 이 사건 안분계산조항에 따른 안분계산방법에는 이러한 사정이 전혀 반영되지 않는 점 등을 고려할 때, 이 사건 안분계산조항의 유추적용이 실제 거래내용에 부합하지 아니하는 불합리한 결과를 가져오므로 이 사건 상가부분의 양도차익을 계산함에 있어서는 그 유추적용을 하면 아니 된다면서, 이에 반하여 이 사건 안분계산조항을 유추적용 한 처분은 위법하다고 판단하였다.

나. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

(1) 이 사건 안분계산조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반 적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 과세대상 자산들 상호간에 적용됨은 물론이고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호간에도 유추적용 된다 할 것이며, 과세대상 자산과 비과세대상 자산의 기준시가 상승률이 서로 다르다 는 점만으로는 이 경우에 부합하는 다른 합리적인 방법을 상정하기 어려운 이상 그 유 추적용을 원천적으로 배제할 만한 불합리한 사정이 있다고 하기 어렵다. 다만 헌법상의 실질적 조세법률주의와 과잉금지의 원칙, 그리고 일정한 범위내의 과세대상 자산들 에 대하여 양도차손과 양도차익을 통산하도록 규정한 구 소득세법 제102조 제2항의 입법취지 등에 비추어 보면, 이 사건 안분계산조항을 과세대상 자산과 비과세대상 자 산 상호간에 유추적용하더라도 그에 따라 산정되는 과세대상 자산의 양도차익이 과세 대상 자산과 비과세대상 자산의 전체 양도차익을 초과할 수는 없다고 할 것이다.

(2) 원심이 인정한 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 안분계산조항을 유추적용한 결과 이 사건 상가부분의 양도차익이 166,340,719원으로 산정되더라도 이 사건 주택부분과 상가부분의 전체 양도차익인 120,000,000원을 초과할 수는 없으므로 결국 이 사건 처분은 양도차익 120,000,000원을 초과하는 범위 내에서만 위법하다고 할것이다.

(3) 그럼에도 불구하고 원심은 그 판시와 같은 사정만으로 이 사건 안분계산조항을 유 추적용할 수 없다고 단정한 나머지 이 사건 처분이 전부 위법하다고 판단하였는바, 이러한 원심판결은 이 사건 안분계산조항의 해석, 적용에 관한 법리를 오해하여 판단을 그르친 것이다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리 · 판단하게 하기 위하여 원심법원 에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.