주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분내용

 청구인은 부동산 임대사업에 공하던 ○○시 ○○동 832-7 소재 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 함)을 동 부동산임대사업의 공동사업자인 △△이 대표자로 되어 있는 의료법인 △△의료재단에 2009.1.15. 출연(감정평가액 6,930백만원)시 당초 쟁점부동산에 설정되어 있던 채무액 2,892백만원을 인수하는 조건의 부담부증여를 한 사실이 있다.

 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 함)은 국세청의 세원관리 취약분야에 대한 기획감사에서 쟁점부동산의 건물은 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당된다는 통보를 받고 청구인에게 2009년 제1기 부가가치세 124,662,670원을 경정고지 하였다.

2. 청구주장

가. 공익단체인 의료법인에게 쟁점부동산을 출연하는 경우 부가가치세 과세표준은 당해 의료법인이 인수하는 채무액으로 하는 것으로써 이를 적용하여 부가가치세 과세표준을 계산하여야 한다.

나. 재산 출연당시 신청인외 △△은 자신소유의 건물에서 개인병원을 운영하여 부가가치세 면세용으로 사용하고 있었으므로, 출연재산의 건물 평가는 기준시가를 적용해야 하고 면세분 1/2은 차감하여 전체 건물분 기준시가 384,782,046원의 1/2인 192,391,023원을 과세표준으로 하여 부가가치세가 경정 되어야 한다.

3. 처분청 의견

가. 청구인의 부가가치세 과세표준은 부가가치세과-1197(2012.11.30)에 따라 의료법인 △△의료재단이 인수한 채무액인 2,892백만원에 대하여 부가가치세 과세표준을 산정하는 경정 결정을 직권시정 하였다.

나. 또한, 청구인은 공동사업자인 △△이 의료법인에 출연하기 전까지 면세대상인 개인병원을 직접 운영하였으므로 동 면적은 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나,

 1) 서면인터넷방문상담3팀-897(2008.5.7.)호를 보면 “공동사업자와 당해 공동사업자의 구성원이 임차인으로서 운용하는 면세사업자는 별개의 사업자로서 공동사업자가 자기의 부동산임대사업과 관련하여 취득한 당해 건물에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제가 가능한 것”이라고 해석하고 있고,

 2) 쟁점부동산 임대업에 대한 부가가치세 신고시 첨부한 부동산임대공급가액명세서를 조회한 바, △△이 운영하는 개인병원과 개별적으로 임대계약(계약기간 : ’06.4.6.∼’08.12.31.)을 체결하고 보증금 400백만원, 월세 4,600천원을 수령을 하였으며,

 3) 종합소득세 신고 시에는 쟁점 부동산임대 용역에서 발생한 임대소득을 각각 1/2씩 지분대로 안분하여 종합소득금액에 합산하여 신고한 내역이 조회되는 점 등을 볼 때 부동산 임대사업과 개인병원 면세사업은 별개의 사업장으로 운영된 사실이 확인되므로 개인병원을 운영했던 면적을 과세표준에서 제외하여 재경정하여야 한다는 청구인의 주장 또한 받아들일 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   공익법인에 출연된 공동사업자의 면세사업장에 대하여 공동사업자 지분 1/2이 부가가치세가 면세되는지 여부 및 부가가치세 과세표준을 건물기준시가로 하여야 하는지 여부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

 2) 부가가치세법 제12조【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   19. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

 3) 부가가치세법 시행령 제39조【공익단체의 범위】

  ① 법 제12조 제1항 제18호에 규정하는 공익단체는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각호의 1에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다.

② 공익사업을 위하여 주무관청의 승인을 얻어 금품을 모집하는 단체는 제1항의 규정에 해당하지 아니하는 경우에도 법 제12조 제1항 제18호의 적용에 있어서는 공익단체로 본다.

 4) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

   2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

 5) 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】

  ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

 6) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인 등의 범위】

   법 제16조 제1항에서 공익법인 등 이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

   4. 「의료법」또는「정신보건법」의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업

 7) 소득세법 제88조 【양도의 정의】

  ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

다. 사실관계

1) 청구인은 2004.2.17. 쟁점부동산으로 임대사업을 개시하고 2009.1.15. 쟁점부동산을 의료법인 △△의료재단에 출연하고 폐업하였으며, 개업 시에는 지분 20%로 공동사업자로 참가하였으나 2006.9.25. △△과 각각 50%씩 지분을 취득하여 폐업 시까지 부동산 임대업을 하였음이 국세통합시스템에 의해 확인된다.

2) 청구인이 부가가치세 신고 시 제출한 ‘부동산임대공급가액명세서’를 수록한 국세통합시스템을 확인한 결과 임차인에 대한 내용은 다음과 같다.

                                                           (단위 : 천원)

* A의원 대표자는 △△으로 청구인과 공동사업자임

3) 청구인과 쟁점부동산의 공동사업자인 △△이 2008년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 사업소득명세서의 내용을 보면 다음과 같음.

                                                              (단위 : 천원)

 4) 부가가치세 과세표준 계산 시 의료법인 △△의료재단이 2,892백만원을 인수한 사실에 대하여 부가가치세 과세표준은 채무액으로 해야 한다는 청구인의 주장에 대해서는 처분청에서 다음과 같이 부가가치세 과세표준을 직권시정한 사실이 확인된다.

라. 판단

   청구인이 부담부증여에 대한 부가가치세 과세표준은 의료법인 △△의료재단이 인수한 채무액으로 하여야 한다는 주장에 대해서는 처분청에서 직권시정 하였으므로 심리 제외하고, 공동사업자인 △△이 의료법인에 출연하기 전까지 부가가치세 면세대상인 개인병원을 직접 운영하였으므로 △△의 지분 50%는 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나,

   쟁점부동산 임대업에 대한 부가가치세 신고 시 첨부한 부동산임대공급가액명세서에서 공동사업자인 △△이 운영하는 개인병원과 개별적으로 임대계약을 체결하고 보증금 및 월임대료를 수령을 하였으며, 종합소득세 신고 시에는 쟁점 부동산에서 발생한 임대소득을 공동사업자 지분에 따라 안분하여 종합소득금액에 합산하여 신고한 점 등을 볼 때 부동산 임대사업과 개인병원 면세사업은 별개의 사업장으로 운영된 사실이 확인되므로, 공동사업자 △△이 개인병원을 운영하였다고 하여 △△의 지분에 해당되는 1/2을 부가가치세 과세표준에서 제외하여 재경정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

   또한, 부가가치세 과세표준은 건물 기준시가에 의해 산정하여야 한다는 주장을 살펴보면,

   사업자가 부가가치세법 시행령제39조제1항에서 규정하는 공익단체인 의료법인에게 무상으로 공급하는 재화는 같은 법 제12조제1항제19호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하나, 동 사업자의 채무를 당해 의료법인이 인수하는 조건으로 기부하는 경우 그 채무액에 상당하는 부분은 같은 법 제6조제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것으로, 이 경우 부가가치세 과세표준은 당해 의료법인이 인수하는 채무액으로 하는 것으로(부가가치세과-1197, 2012.11.30), 청구인의 경우 토지와 건물 등을 함께 출연하였으므로 출연한 쟁점부동산의 기준시가(건물기준시가 + 토지기준시가)에서 건물기준시가가 차지하는 비율이 의료법인이 인수한 채무액에서 차지하는 금액을 쟁점부동산의 부가가치세 과세표준으로 산정한 처분청은 달리 잘못이 없다고 하겠다.

5. 결 론

   이 건 심사청구는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제 65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.