주 문

OOO세무서장이 2011.3.30. 청구법인에게 한 2005사업연도 법인세 OOO원, 2011.5.17. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원, 2007사업연도 법인세 OOO원, 2008사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분 중 납부불성실가산세의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1967.5.28. OOO번지에서 OOO으로 설립된 이래 의료기관 운영을 주업으로 영위 중인 사업자로서 1995년 2월 OOO번지에 지점인 OOO병원(이하 “새로운 사업장”이라 한다)을 신설하였으며, 2005～2008 사업연도 중 새로운 사업장에 대한 투자(이하 “쟁점투자”라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」 제26조에 따른 임시투자세액 공제를 적용하여, 2005～2006 사업연도에 대하여는 2007년 3월 경정청구하여 2007년 11월 환급받았으며, 2007～2008 사업연도에 대하여는 당초 법인세 신고시 임시투자세액공제를 신청하여 법인세를 신고․납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 2008사업연도 법인사업자 통합조사(2011.03.14.～2011.4.10.)를 실시하여 쟁점투자는 수도권내의 투자에 해당하므로 조세감면을 배제하여 청구법인에게 2011.3.30. 법인세 2005사업연도분 OOO원(이하 “쟁점세액➀”이라 한다), 2011.5.17. 법인세 2006사업연도분 OOO원(이하 “쟁점세액➁라 한다), 2007사업연도분 OOO원(이하 “쟁점세액③”이라 한다), 2008사업연도분 OOO원(이하 “쟁점세액➃”라 하고, 쟁점세액➀, 쟁점세액➁, 쟁점세액③, 쟁점세액➃를 합하여 “쟁점세액”이라 한다)을 각각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 2001.12.29.「개정조세특례제한법」 부칙 제22조에서 법 제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행일인 2002.1.1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다고 규정되어 있어 청구법인은 1995년에 새로운 사업장을 신설하였으므로 감면배제 대상이 아니고, 국세청 예규는 수도권에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용 고정자산에 대한 증설투자의 경우, 동 투자금액은 임시투자세액공제가 가능한 것으로 해석하였는바, 임시투자세액의 감면을 배제하는 것은 부당하다.

(2) 처분청이 2005～2006사업연도의 임시투자세액의 감면을 적용하여 경정청구 후 환급받은 세액 및 2007～2008사업연도에 임시투자세액 감면을 적용하여 법인세를 과소 납부한 것에 대하여 납부불성실가산세를 부과하였으나, 처분청이 적법한 경정청구로 받아들여 임시투자세액을 환급하였다가, OOO지방국세청의 조사결과 쟁점세액이 세액공제에 해당되지 않는 것으로 보아 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우에 해당되며, 이후 사업연도에도 임시투자세액 공제를 신청하여 세액공제를 받았다면, 관련세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 것으로 보아야 하므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제130조 제1항에서 1990.1.1. 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우”에는 감면을 배제하는 것으로 규정되어 있어 청구법인은 1995년에 새로운 사업장을 신설하여 감면배제 대상이며, 부 칙 제22조에서 법 제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행일인 2002.1.1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다고 규정되어 있는 부분은 “새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우”에 대한 부분은 개정전 시행령에서 규정하던 “창업”의 정의를 모법의 위임규정 없이 규정되어 논란이 있어, 모법에 그대로 옮겨서 규정하여 입법불비를 해소한 것이고, 신설된 “종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우”에 대한 부분은 감면배제의 범위를 확대한 것이므로 2002.1.1. 이후 적용되는 사업장에 관한 부분은 추가로 감면이 배제되는 경우인 “종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우”에 해당되고, 청구법인이 예시한 국세청 예규는 증설투자에 관한 사항이나 청구법인은 “새로운 사업장”을 설치한 경우이므로 임시투자세액의 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

 (2) 처분청이 2005～2006 사업연도에 대한 청구법인의 경정청구를 받아들여 환급한 사실만으로는 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었던 것으로 볼 수 없으며, 국세행정의 관행에 해당하는 것으로 볼 수 없고, 이후 사업연도에 청구법인이 납부의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  ➀ 임시투자세액의 감면을 배제한 처분의 당부

  ➁ 임시투자세액의 감면을 적용하여 경정청구 후 환급받거나 임시투자세액 감면을 적용하여 법인세를 과소 납부한 것에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부

 나. 관련법령

(1) 「조세특례제한법」

  제26조【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  제130조【수도권안의 투자에 대한 조세감면배제】① 내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치된 사업장을 포함한다)을 이전하여 설치하는 경우 수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비를 제외한다)에 대하여는 제5조 제1항 제1호ㆍ 제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호ㆍ제2호, 제25조, 제25조의 2 및 제26조 및 제94조의 규정을 적용하지 아니한다. (2001. 12. 29 개정)

 (2) 2001.12.29. 개정되기 전 「조세특례제한법」 제130조【수도권 과밀 억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제】① 내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권안에서 창업하는 경우(수도권외의 지역에 소재하는 기업이 수도권안에 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다) 수도권안에 소재하는 당해 사업용고정자산에 대하여는 제5조ㆍ제11조ㆍ제24조 내지 제26조 및 제94조의 규정을 적용하지 아니한다.

 (3) 2001.12.29 개정되기 전 「조세특례제한법 시행령」 제124조【수도권안의 투자에 대한 조세감면배제】① 법 제130조제1항에서 "창업"이라 함은 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다.

(4) 부 칙 (2001.12.29 법률 제6538호)

  제1조 【시행일】이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다.

  제22조【수도권안의 투자에 대한 조세감면 배제에 관한 적용례】제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행 후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다.

 (5) 법인세법

  제76조【가산세】① 납세지관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수하여야 한다. (단서 생략)

     3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항ㆍ제31조 제4항 및 「조세특례제한법」에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 (2001. 12. 31. 개정)

      납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

 (6) 국세기본법

제47조의 5 【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액의 100분의 300을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

  납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

  제48조 【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

< 쟁점➀에 대하여 본다 >

 (1) 이 건 과세경위를 보면, 청구법인은 1967.5.28. OOO번지에서 OOO으로 설립된 이래 의료기관 운영을 주업으로 영위 중인 사업자로서 1995년 2월 OOO번지에 새로운 사업장을 신설하였으며, 2005～2008 사업연도 중 쟁점투자를 하여 「조세특례제한법」 제26조에 따른 임시투자세액 공제를 적용하여, 2005～2006 사업연도 법인세에 대하여는 2007년 3월 경정청구하여 2007년 11월 환급받았으며, 2007～2008 사업연도 법인세에 대하여는 당초 법인세 신고시 임시투자세액공제를 신청하여 법인세를 신고․납부하였으나, OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 2008사업연도에 대한 조사(2011.03.14.～2011.4.10.)를 실시하여 쟁점투자는 수도권내의 투자에 해당하므로 조세감면을 배제하여 이건 법인세를 경정․고지하였으나, 청구법인은 2011.12.29.「개정조세특례제한법」 부칙 제22조에서 법 제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행일인 2002.1.1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다고 규정되어 있어 1995년에 새로운 사업장을 신설하였으므로 감면배제 대상이 아니고, 국세청 예규에서 수도권에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용 고정자산에 대한 증설투자의 경우, 동 투자금액은 임시투자세액공제가 가능한 것으로 해석하였는 바, 임시투자세액의 감면을 배제하는 것은 부당하다고 주장한다.

 (2) 처분청의 답변서 등에 의하면, 처분청은 청구법인의 주장에 대하여 아래와 같은 의견을 제시한 것으로 나타난다.

 (가) 청구법인은 수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제를 규정하고 있는 「조세특례제한법」 제130조 제1항이 2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되었으며, 동 개정 부칙 제22조(이하 “개정부칙”이라 한다)에서 “제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행후(2002.1.1. 이후) 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용”하는 것으로 규정하고 있고, 새로운 사업장인 청구법인의 OOO병원은 동 개정법률 시행일 이전인 1995년 2월에 수도권 안에 새로이 사업장을 설치한 경우이므로 감면배제 대상에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나, 개정전 「조세특례제한법」(이하 “「구조세특례제한법」”이라 한다) 제130조 제1항 및 「조세특례제한법」시행령(이하「구조세특례제한법」시행령“이라 한다) 제124조 제1항에 따라 1990.1.1. 이후 수도권안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우 임시투자세액의 감면이 배제대상이었으며, 2000.12.29. 개정된 「조세특례제한법」(이하 ”「개정조세특례제한법」“이라 한다) 제130조 제1항의 “새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우”에 대한 부분은「구조세특례제한법」시행령 제124조 제1항에서 규정한 창업의 개념에 해당되는 내용으로 이를「개정조세특례제한법」 제130조 제1항에 옮겨서 규정하면서,「구조세특례제한법」 제130조 제1항에 규정되어 있던 창업이라는 용어를 삭제하였고,「개정조세특례제한법」 제130조 제1항도「구조세특례제한법」 제130조 제1항과 마찬가지로 내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우 감면배제대상으로 규정하고 있으며,「개정조세특례제한법」 제130조 제1항이 종전부터 감면 배제되어 오던 수도권내 새로운 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우에 임시투자세액의 감면 혜택을 부여하거나 추가적인 불이익을 부여하기 위하여 개정된 것이 아니므로 개정부칙에서 별도로 감면배제를 이 법 시행일 이후로 적용하여 이 법 시행일 이전에 내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우에 해당되면, 감면을 배제하던 쟁점투자 등에 임시투자세액의 감면을 소급하여 적용하여야 할 이유가 없다.

(나) 개정부칙 제22조의 이 법 시행일인 2002.1.1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다는 규정은「개정조세특례제한법」제130조 제1항이 이법 시행일이전부터 수도권내 새로운 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우에 임시투자세액감면을 배제하여 오던 것을 2001.12.31. 이전에 수도권내에 새로운 사업장을 설치하여 사업을 개시한 경우에는 감면을 소급하여 적용하기 위한 특례규정으로 해석하여서는 아니 되고,「개정조세특례제한법」 제130조 제1항이「구조세특례제한법」 제130조 제1항에 규정되어 있는 창업이라는 용어를 삭제하고「구조세특례제한법」시행령 제124조에 규정된 창업의 개념(새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것)으로 대체하여 규정한 효력이 발생하는 시기 및「개정조세특례제한법」 제 130조 제1항에 추가로 규정되어 감면이 배제되는 경우인 “종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우”의 감면이 배제되는 시기를 규정한 것으로 해석되어야 한다.

  (다) 처분청이 의뢰하여 회신한 국세청의 법률자문단의 의견에 의하면, 개정 부칙에서 이 법 시행후 최초로 수도권안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있으며, 새로운 사업장인 지점은 1995년 2월에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하였는 바, 개정 부칙에 따라 개정 후 규정이 적용되지 않으므로 개정 전 규정을 적용해야 하며, 법령이 개정된 경우로서 그 개정이 전문개정이 아닌 이상, 개별사실관계가 부칙에 따라 개정후 법령이 적용되지 않는 경우에도, 동 사실관계에 대하여 개정전 법령이 실효되는 것이 아니므로 개정전법률을 적용(대법2006두19419, 2008.11.27. 참고 )하여야 하고, 「구조세특례제한법」제 130조 제1항에서 1990.1.1. 이후 수도권안에서 새로이 설치한 사업장투자에 대하여는 임시투자세액공제를 배제하는 것으로 규정되어 있으므로 1995년 2월에 설립된 새로운 사업장의 투자에 대하여는 임시투자세액공제 배제 대상이며, 나아가, 법령의 개정에 있어 부칙을 두는 이유는 일정한 법적 지위나 생활관계를 형성하여 왔음에도 국가가 이를 전혀 보호하지 않는다면, 법질서에 대한 국민의 신뢰는 무너지고 현재의 행위에 대한 장래의 법적효과를 예견할 수 없게 되어 법적안정성이 크게 저해되기 때문이라 할 것이나(대법2005두4649,'07.10.29. 참고),「구조세특례제한법」제 130조 제1항에서도 1990.1.1. 이후 수도권안에서 새로이 설치한 사업장 투자에 대하여는 임시투자세액공제를 배제하였는 바, 동 규정의 개정으로 인하여 기왕에 형성된 신뢰의 침해 또는 법적안정성의 저해가 발생하지 않으며, 감면 배제되는 창업의 범위 확대라는 개정취지에도 부합하지 아니하므로 개정 부칙은 시행일 이후 수도권내로 이전하는 경우 감면이 배제된다는 취지로 해석함이 타당하므로 이건은 개정부칙의 적용대상에 해당하지 아니한다고 회신하였다.

(라) 2002년 개정세법 해설책자의 개정취지에서 기술하고 있는 바와 같이「개정조세특례제한법」 제130조 제1항에 “종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우”에 대한 부분은, “감면이 배제되는 창업의 범위를 추가한 것이다”라고 규정하고 있어 이는 감면배제의 범위를 확대한 것으로 보아야 한다.

(마) 청구법인은 국세청예규가 “중소기업이 아닌 의료법인이 1989.12.31. 이전에 설치된 본원과 2001.1.1. 이후에 설치된 분원의 법 제26조에 따른 임시투자세액공제 가능여부에 대한 질의에 대하여 수도권과밀억제권역안에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용고정자산에 대하여 증설투자의 경우, 동 투자금액은 임시투자세액공제가 가능한 것”으로 회신하였다고 주장하나, 질의사항 중 쟁점 투자와 유사한 분원에 관한 질의에 대하여는 회신하지 않은 것이며, 동 회신에 대한 검토서상에도 조세감면이 배제되나 구두회신 하였으므로 서면회신은 생략한다고 기재되어 있고, 쟁점투자는 증설투자가 아니라 새로운 사업장에 대한 투자이므로 「조세특레제한법」 제130조 제1항에 의거 당연히 감면배제 대상이다.

 (3) 청구법인은 심판청구서에서 쟁점투자는 임시투자세액 공제 대상이라고 하면서 아래와 같이 주장한다.

  (가) 청구법인은 본점소재지를 OOO에 두고 1967.5.28. 재단법인 「OOO」으로 설립되어 의료기관 운영, 의료인 및 의료기 관계자의 양성 및 보수교육을 사업목적으로 하고 있으며, 1981년 8월 OOO에 「OOO병원」을 개설하였으며, 1995년 2월 OOO소재에 「OOO병원」을 개설하여 운영하고 있다.

  (나) 청구법인은 의료기기 등에 대한 투자는 「조세특례제한법」 제26조【임시투자세액공제】대상이지만 법 제130조【수도권과밀억제권역의투자에 대한 조세감면배제】의 규정에 해당되어 세액공제 신청하지 않았으나, 2001.12.29. 개정(법률 제6538호) 법 부칙 제22조에서 2002.1.1. 이후 최초로 수도권안에서 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존 사업장을 이전하여 설치하는 분부터 법 제130조 제1항을 적용한다는 규정을 확인하고, 2007년 3월 처분청에 「2004～2006사업연도에 대한 임시투자세액공제」를 경정․청구하여 2007년 11월 처분청에서 환급받았으나, OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 2008사업연도에 대한 법인사업자 통합조사 과정에서 청구법인이 조세특례제한법 제26조의 규정에 따라 공제받은 세액(이하 ‘쟁점세액’이라 함)이 관계규정을 잘못 적용한 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 경정․고지하였다.

<표1> (OO : O)

(다) 1989.12.31. 이전부터 수도권안에서 계속하여 사업을 영위한 청구법인이 1990.1.1. 이후 수도권안에 새로운 사업장을 설치하였더라도, 개정 부칙 제22조에서 2002.1.1. 이후 최초로 수도권안에서 사업장을 설치하여 사업을 개시한 내국인만이 법 제130조 제1항의 대상으로 규정하고 있어 청구법인도 이에 해당되고, 개정 전후의 신구조문 대비표는 <표2>와 같다.

<표2>

(라) 처분청은 2001.12.29. 개정 「조세특례제한법」 제130조 제1항이 수도권안의 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우에 조세감면배제하도록 개정된 것이므로, 1990.1.1. 이후 수도권안에 사업장을 설치하여 사업을 개시한 청구법인은 부칙규정에도 불구하고 감면배제되어야 한다고 하나, 구 「조세특례제한법」 제130조 제1항에서는 1990년 1월 1일 이후 수도권안에 창업한 경우에 감면배제 대상으로 하고, 구 「조세특례제한법」시행령 제124조에서 “창업”이란 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것으로 규정하고 있는 바 이는 “창업”에 대한 정의가 법에서의 위임규정이 없는데 시행령에서 “창업”을 정의하고 있기 때문에 위임한계를 벗어나는 규정이라 하여 다툼이 계속되어 2001.12.29. 개정법률에서는 “창업”이라는 용어대신 분명하게 “사업장”단위로 수도권내에 신설하거나 이전하는 경우에 감면배제하는 것으로 개정한 것으로 보이고, 개정부칙(2001.12.29 법률 제6538호) 제22조에서 “제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행후 최초로 수도권안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다”로 규정하고 있어, 법 제130조 제1항에서의 “사업장”은 2002.1.1. 이후 신설되거나 이전하는 것만이 대상인 것으로 분명하게 규정하고 있으며, 이는 기존 “창업”에 대하여 납세자가 혼동하기 쉽고 계속적으로 다툼이 있어서 이와 같이 개정한 것으로 보이고, 기획재정부에서 발간하는 2002개정세법 해설에서도 “창업 개정부분은 2002. 1. 1이후 최초로 수도권안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존 사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용”하는 것으로 되어 있다.

(마) 「조세특례제한법」 제130조는 2003.12.30. 및 2004.12.31.에 개정이 있었으나, 개정내용은 “수도권안”을 “수도권과밀억제권역안”으로 하는 것과, 중소기업의 경우 대체투자는 감면배제에서 제외하는 것과, 대통령령이 정하는 디지털방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비는 제외하는 등의 개정만이 있었으므로 “사업장”에 관한 것은 개정된 바 없고, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 조세의 요건과 부과징수 절차에 관한 사항을 규정하거나 또는 법률에 규정된 내용을 함부로 유추․확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의의 원칙에 위반된다.

  (바) 처분청은 청구법인의 주장과 같이 쟁점 개정부칙에 따라 개정후 규정이 적용되지 않는 것으로 해석하는 경우 개정 전 규정을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 개정 「조세특례제한법」 제130조는 개정부칙 제1조에 의거 2002.1.1.부터 시행하는 것으로 되어 있으며, 처분청이 주장하는 개정 전 규정이 적용되는 경우에는 부칙에 별도로 규정하여야 하는데 그와 같은 규정이 없으므로, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 처분청은 “개정부칙은 쟁점규정 개정 후 수도권내 이전시 감면배제 된다는 취지로 해석함이 타당”하다고 하나, 법 제130조와 부칙 제22조의 규정이 명백하므로 처분청과 같이 해석될 수는 없다.

(사) 국세청예규도 “....중소기업이 아닌 의료법인이 1989.12.31. 이전에 설치된 본원과 2001.1.1. 이후에 설치된 분원의 법 제26조에 따른 임시투자세액공제 가능여부에 대한 질의에 대하여 수도권과밀억제권역안에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용고정자산에 대하여 증설투자의 경우, 동 투자금액은 임시투자세액공제가 가능한 것”으로 하고 있다.

(아) 제시된 국세청 예규는 질의 (1) 1989.12.31.이전에 설치된 서울소재 본원의 경우 증설투자에 대하여 임투세액공제가 가능한지 여부 및 질의 (2) 수도권 과밀억제권역에 2001.1.1. 이후에 설치된 분원의 대체투자 및 증설투자에 대한 임시투자세액공제가 가능한지에 대한 회신으로 처분청은 회신내용이 질의 (1)에 대하여만 회신하고, 질의 (2)에 대하여는 회신하지 않은 것이며, 동 회신에 대한 검토서상에도 질의(2)에 대하여는 조세감면이 배제되는 것으로 구두회신하였으므로 서면회신은 생략한다고 기재되어 있다고 하나, 질의(1)은 1989.12.31. 이전에 설치된 본원의 증설투자에 대한 것으로 이는 법 규정에 명백하게 규정하고 있으므로 질의자는 질의(2)에 대한 것을 회신받기하기 위하여 질의한 것으로 보이는 바, 명백한 (1)에 대한 회신만 하고 (2)에 대하여는 구두회신하였다고만 하고, 검토서상의 내용을 처분청에서 인용하지 않은 것은 납득할 수 없다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면,「구조세특례제한법」 제130조 제1항에서 규정한 창업이라는 용어의 정의를「구조세특례제한법」 시행령 제124조에서 모법의 근거 없이 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우로 규정하여 논란이 되어 왔고, 「개정조세특례제한법」 제130조 제1항은 창업이라는 용어를 삭제하고,「구조세특례제한법」시행령 제124조에서 규정된 창업의 정의에 해당되는 내용을 그대로 옮겨서 규정하여「구조세특례제한법」 제130조 제1항과 동일한 효력을 지니면서도 모법의 위임규정 없이「구조세특례제한법」시행령 제124조에서 창업의 뜻을 정의한 논란을 해소하였으나,「구조세특례제한법」제130조 제1항 및「개정조세특례제한법」 제130조 제1항의 본문 규정내용 및 효력이 서로 다른 것은 사실이므로 향후「구조세특례제한법」 제130조 제1항 및「구조세특례제한법」시행령 제124조의 효력에 대하여 논란이 있는 경우에는「구조세특례제한법」 제130조 제1항의 효력소멸 시기 및「개정조세특례제한법」 제130조 제1항의 효력발생 시기 등을 구분할 필요가 있으므로「개정조세특례제한법」부칙 제22조에서 법 제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행일인 2002.1.1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다고 규정한 것은 첫째,「개정조세특례제한법」 제130조 제1항이「구조세특례제한법」 제130조 제1항에 규정되어 있는 창업이라는 용어를 삭제하고「구조세특례제한법」시행령 제124조에 규정된 창업의 개념(새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것)을 그대로 옮겨서 규정한 효력이 발생하는 시기를 2002.1.1. 이후로 하여 종전의「구조세특례제한법」 제130조 제1항의 효력과 구별하여 시행하고, 둘째, 추가로 임시투자세액의 감면이 배제되는 경우인 기존사업장을 이전하여 설치하는 경우는 소급하여 감면을 배제할 수 없으므로 시행일을 이법 시행일인 2002.1.1. 이후 분부터 적용하는 것으로 해석하는 것이 타당해 보이므로, 청구법인이 2011.12.29.「개정조세특례제한법」 부칙 제22조에서 법 제130조 제1항의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행일인 2002.1.1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용하는 것으로 규정되어 있어 청구법인은 1995년에 새로운 사업장을 신설하였으므로 감면배제 대상이 아니라고 주장하는 것은 앞서 살펴본 바와 같이「구조세특례제한법」 제130조 제1항 및「개정조세특례제한법」 제130조 제1항의 본문 규정의 내용 및 효력의 차이점을 구분하지 아니한 해석으로 타당해 보이지 아니한 점,「구조세특례제한법」제130조 제1항에서도 1990.1.1. 이후 수도권안에서 새로이 설치한 사업장 투자에 대하여는 임시투자세액공제를 배제하였는 바, 「조세특례제한법」제130조 제1항의 개정으로 인하여 기왕에 형성된 신뢰의 침해 또는 법적안정성의 저해가 발생하지 아니하며,「개정조세특례제한법」 제130조 제1항이 종전부터 감면 배제되어 오던 수도권내 새로운 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우에 임시투자세액의 감면 혜택을 부여하거나 추가적인 불이익을 부여하기 위하여 개정 된 것이 아니어서 청구법인이 별도의 불이익이 발생한 것도 아니므로 개정부칙에서 감면배제를 이법 시행일(2002.1.1.) 이후로 적용하여 이법시행일 이전에 내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우에 해당되면, 감면을 배제하던 쟁점투자 등에 대하여 임시투자세액의 감면을 소급하여 적용하여야 할 이유가 없어 보이는 점, 청구법인은 국세청 예규가 수도권에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용 고정자산에 대한 증설투자의 경우, 동 투자금액은 임시투자세액공제가 가능한 것으로 해석하였는 바, 임시투자세액의 감면을 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 「조세특례제한법」 제130조 제1항 본문에서 내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우에는 임시투자세액의 감면이 배제되는 것으로 규정되어 있고, 청구법인이 예시한 국세청 예규는 증설투자에 관한 것으로 새로운 사업장의 신설에 관한 내용은 없어 이건에 적용하기 어려운 점 등에 비추어 보아 처분청이 청구법인의 임시투자세액의 감면신청을 배제한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

< 쟁점➁에 대하여 본다 >

(1) 처분청은 청구법인이 2005～2006사업연도의 임시투자세액의 감면을 적용하여 경정청구 후 환급받은 세액 및 2007～2008사업연도에 임시투자세액 감면을 적용하여 법인세를 과소 납부한 사실에 대하여 OOO지방국세청장의 청구법인에 대한 조사결과의 통보에 따라 쟁점투자에 대한 임시투자세액공제를 배제하여 납부불성실가산세를 부과하였으나, 청구법인은 처분청이 적법한 경정청구로 받아들여 임시투자세액을 환급하였다가, 쟁점세액이 세액공제에 해당되지 않는 것으로 보아 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우에 해당되며, 이후 사업연도에도 임시투자세액 공제를 신청하여 세액공제를 받았다면, 관련세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 것으로 보아야 하므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장한다.

 (2) 처분청이 쟁점세액을 경정․고지와 관련된 납부불성실가산세의 경정내역은 아래 <표1>과 같이 나타난다.

<표1> (OO : O)

(3) 처분청의 답변서에서 청구법인의 청구주장에 대하여 아래와 같은 의견을 제시하는 것으로 나타난다.

  2005～2006 사업연도 납부불성실가산세 부과와 관련하여 보면, 납세자가 납부의무를 불이행한 것에 대하여 "정당한 사유"가 있는 때에는「국세기본법」제48조 제1항에 따라 납부불성실가산세를 부과하지 아니하나 이때의 "정당한 사유"란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당 되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단해야 하는 것으로서 처분청이 2005～2006 사업연도에 대한 청구법인의 경정청구를 받아들여 환급한 사실만으로는 과세관청의 공적인 견해 표명 또는 국세행정의 관행에 해당하는 것으로 볼 수 없는 바, 임시투자세액 상당액을 납부하지 않은 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없으며, 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액에 대하여 부과하는 행정상 제재로서 납부하지 아니한 세액 그 자체를 대상으로 하는 바, 2005～2006 사업연도에 대하여 청구법인의 경정청구로 인하여 처분청이 법인세를 환급하였다가 환급대상에 해당하지 않는 것으로 확인되어 동 환급세액 상당액을 추징함에 있어 납부불성실가산세 산정시 환급일의 다음 날부터 고지일까지를 미납기간으로 하여 부과한 처분은 정당하다.

 (4) 청구법인은 예비적 청구로 쟁점투자가 임시투자세액 공제 대상이 아니라고 하더라도 청구법인의 과실이 없고, 납세자가 의무를 불이행한 것에 정당한 사유가 있으므로 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 하면서 아래와 같이 주장한다.

(가) 처분청은 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바, 청구법인이 납부의무를 이행하지 아니한데에는 대한 정당한 사유가 없다고 하나, “정당한 사유가 있는 때”란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할만한 사정이 있는 때를 말하며, 처분청이 청구법인이 경정청구한 것을 받아들여 세액을 환급하였다면, 납세자는 당해 법 조항을 경정청구한 내용대로 받아들여진 것으로 보고 신고 등을 하였으므로 청구법인이 그 의무를 알지 못한 것에 대하여 정당화 할 수 있는 사정이 있다고 보아야 한다.

  (나) 기획재정부가 2011년 6월에 발표한 「국세기본법 집행기준」을 보면, 가산세 감면 등(집행기준 48-0-1)에서 정당한 사유로 본 사례로 “당초 관할세무서가 정당하게 경정·고지하여 납세자가 납부한 종합소득세를 관할지방국세청이 고충민원처리로 시정․의결하여 납세자에게 환급하였다가 감사원의 시정요구에 의하여 다시 고지한 경우(조세정책과-945, 2009. 9.22. 참고)”를 예시하고 있다.

  (다) 「국세기본법」 제48조에서 규정하는 정당사유인 경우 가산세를 부과하지 않는 것은 납세자의 권리를 강화하기 위한 것으로서, 납세자에 대한 과세관청의 회신이나 납세지도가 잘못된 경우, 과세관청의 태도변경에 대해서는 정당한 사유로 인정하도록 하는 대법원 판례가 다수 있고, 조세심판원은 사실관계가 이 건과 거의 동일한 사례에 대해 납세불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 결정한 바 있다(조심2009서2689, 2010.9.30. 참고)

(라) 청구법인은 2005～2006 사업연도에 대하여 당초 신고납부기한내에 신고납부한 후 2007년 3월 임시투자세액 경정청구하여 환급받은 것으로서 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우에 해당하며, 2007～2008 사업연도 법인세 신고시 임시투자세액 공제를 받은 것은 상기 경정청구에 따른 환급건과 동일한 규정을 적용한 것으로서 관련세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 것으로 보아야 하기 때문에 청구법인이 신고․납부의무를 이행한 것이 정당하지 못하다고 탓할 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과함은 부당하다고 주장한다.

  (마) 처분청은 2005～2006사업연도 청구법인의 법인세 경정청구에 대한 환급세액을 추징하면서 환급일 다음 날부터 고지일까지를 미납기간으로 하여 납부불성실가산세를 부과하였으며, 2007～2008사업연도에 대하여 청구법인이 공제한 쟁점세액에 대한 세액을 추징하면서 신고일 다음날부터 고지일까지를 미납기간으로 하여 납부불성실가산세를 부과하였으나, 세법에서 규정한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재라 할 것이므로, 청구법인은 2005～2006사업연도의 법인세를 신고․납부기한내에 신고․납부한 후 경정청구기간 내인 2007년 3월에 의료시설 등의 투자에 대한 임시투자세액에 해당하는 법인세 환급을 구하는 경정청구를 제기하자, 처분청이 2007.11.2. 이를 적법한 경정청구로 받아들여 해당 세액을 환급하였다가, OOO지방국세청장의 조사결과 쟁점세액이 세액공제에 해당되지 않는 것으로 보아 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우에 해당되며(조심 2009서 2689, 2010. 9.30.외 다수), 경정청구하여 환급결정된 2005～ 2006사업연도와 동일하게 법 제26조 및 법 제130조의 규정이 2007～2008사업연도에도 적용되기 때문에 청구법인이 해당 사업연도의 법인세과세표준 및 세액신고․납부시 쟁점세액을 공제신청하여 세액공제를 받았다면 관련세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 것으로 보아야 하기 때문에 청구법인이 신고․납세 등의 의무를 이행한 것이 정당치 못하다고 탓할 수는 없다는 의견이다.

 (5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 일반적으로 납세자의 경정청구에 대하여 처분청이 잘못된 환급결정을 하였다 하여 이를 과세관청의 공식적 견해표명이 있었다고 보기는 어려우나, 이 건의 경우에는「개정조세특례제한법」 부칙 제22조의 규정을 문리적으로만 해석하면, 쟁점투자 등이「개정조세특례제한법」 제130조 제1항에서 규정된 감면배제 대상에서 제외되는 경우로 해석할 수 있는 측면이 있어 보이고, 「국세기본법」 제48조 【가산세 감면 등】제1항은 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정되어 있고, “정당한 사유가 있는 때”란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한사정이 있는 때를 말하므로, 처분청이 청구법인이 경정청구한 것을 받아들여 세액을 환급하였고, 이후 청구법인은 당해 법 조항을 경정청구한 내용대로 받아들여진 것으로 보고 신고․납부를 하였으므로 청구법인이 그 의무를 알지 못한 것에 대하여 정당화 할 수 있는 사정이 있다고 보이는 점(조심2009서2689, 2010.09.30. 등 다수 참조), 기획재정부 및 국세청 예규에서 환급결정의 주체가 과세관청임에도 동 처분의 잘못에 따른 책임을 납세자에게 귀속시키는 것은 부당하다고 보고 있는 점 등에 비추어 보아 처분청이 청구법인의 경정청구에 따라 환급결정을 하였고, 이후 사업연도에는 이에 따라 임시투자세액 감면을 공제하여 각 사업연도법인세 과세표준 및 세액을 신고․납부하였으나 다시 과세관청의 조사에 의하여 임시투자세액의 감면을 배제하여 경정․고지한 사실에 대하여 청구법인에게는 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어렵다고 보이므로 이 건 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.