주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.4.26. 취득한 OOO시 OOO구 OOO동 OO-OOO 토지(이하 “종전토지”라 한다)가 재개발됨에 따라 2003.6.7. 취득(사용승인일)한 OOO시 OOO구 OOO동 OOO아파트 OOO-OOO(이하 "신축주택“이라 한다)를 2006.4.3. 양도한 후「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에 근거하여 양도소득세 OOO원 전액을 감면신청하였다.

나. 처분청은 신축주택을 취득한 경우「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에 의하여 종전토지 취득시점부터 신축주택 사용승인일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보고 감면금액을 재산정하여 2012.4.20. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.27. 이의신청을 거쳐 2012.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

당초 구조조정 대상 부동산 취득자에 대한 세제지원을 위해 제정된 법령인「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항은 1998년 외환위기 당시 기업의 구조조정용 부동산의 매각을 촉진하기 위해 1998.9.16. 이후 기업의 구조조정 대상 부동산을 취득한 자가 취득일로부터 5년 이내 양도할 때는 양도세를 100% 감면하고, 5년 경과 후에 양도할 때는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득을 양도세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정한 것으로, 신축주택의 감면소득은 종전토지 취득일부터 신축주택 양도일까지의 전체 양도소득을 감면소득으로 하며, 단지 신축주택 취득일 이후 5년이 경과되어 양도하는 경우 해당 산식에서 정한 소득에 대해서만 감면하는 것이 명백하다 할 것이므로 처분청의 이건 처분은 조세법률주의와 세법해석의 기준에 반하는 자의적인 해석에 따른 부당한 처분이며, 감면소득 신고양식에 취득 당시 기준시가를 이원화하여 감면소득을 산정할 수 없음에도 이를 무시한 신고를 강요하는 것은 조세법률주의 원칙에 위반되는 것이고, 과세관청의 업무처리 지침 등 종전의 유권해석을 신뢰하여 누구나 동일한 방식으로 계산해 온 방식을 변경된 예규(국세청 재산세과-220, 2009.1.20.)에 따라 소급적용하는 것은 조세법률주의 및 소급과세금지 원칙에 반하는 위법한 처분이며, 납세자의 고의과실이나 법의 무지 또는 오인의 문제 등 청구인의 귀책사유가 아닌 과세당국의 법해석상 잘못을 청구인에게 전가하여 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 국세청이 새로운 예규를 소급적용하여 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 장기간 유지된 국세청의 유권해석을 믿고 따른 데 대한 가산세의 부과는 위법하다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 이 건을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인은 보유하고 있던 종전토지가 재개발됨에 따라 2003.6.7. 취득한 신축주택을 2006.4.3. 이OOO에게 양도하고, 2006.4.30. 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 양도차익 계산 후「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액 감면을 신청하였으며, 처분청은「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 따라 청구인의 감면신청 세액 OOO원 중 OOO원을 부인하고 납부불성실가산세를 가산하여 2012.4.20. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 규정을 들어 청구인의 경우와 같이 5년 이내 양도하는 경우 발생하는 소득에 대한 양도소득세 전액을 감면하여야 하며, 국세청이 새로운 예규(재산세과-227,2009.1.20.)를 소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 청구인의 고의․과실이나 법의 무지 또는 오인에 의한 것이 아닌 과세관청의 법해석상 잘못을 청구인에게 전가하면서 장기간 유지된 국세청의 유권해석을 믿고 따른 데 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당한 처분이라고 주장한다.

(3) 살피건대, 조세특례제한법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 재개발로 취득한 신축주택에 대하여 종전토지 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도차익은 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.