주 문

  심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.8.5. OOO동 4가 1-1 외 110필지 일대에서 재래시장정비를 목적으로 설립된 조합으로, 제반 건축용역을 제공받고 부담한 매입세액 중 공통매입세액을 예정사용면적 비율로 안분계산하여 부가가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 2011년 제1기분 환급신고에 대한 현지확인 결과, 조합원에게 공급되는 것으로서 해당 정비사업의 시행으로 종전 토지를 대신 하여 공급하는 토지 및 건물은 재화의 공급에 해당하지 아니함에도 청구법인이 판매시설(4,904.963㎡) 중 면세사업에 관련된 예정사용 면적에서 조합원에게 공급할 예정사용면적(2,553.324㎡, 이하 “쟁점 면적”이라 한다)을 차감하여 공통매입세액을 안분계산함으로써 매입세액을 부당하게 공제받은 것으로 보아 판매시설 중 조합원에게 공급할 예정사용면적을 면세사업에 관련된 예정사용면적으로 하여, 공통매입세액을 재산정한 후 2011.10.17. 청구법인에게 부가가치세 OOO원(2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원, 2010년 제2기분 OOO원, 2011년 제1기분 OOO원)을 경정고지하였고, 2011.10.18. 환급신고액 OOO원(2011년 제1기분) 중 OOO원을 공제한 잔액에 대하여만 환급 결정을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「부가가치세법 시행령」제61조 제1항에는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 해당과세기간에 공급가액이 있을 경우 총 공급가액 중 면세공급가액의 비율로 계산하도록 규정되어 있음에도, 처분청이「부가가치세법시행령」제61조 제4항 단서규정을 적용하여 총예정사용면적 중 면세사업에 관련된 예정사용면적 비율로 안분 계산하여 공통매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  청구법인은 조합설립 이후 계속하여 공통매입세액을 예정사용면적 비율로 안분계산하여 왔는 바, 쟁점과세기간(2009년 1기～2011년 1기)에도 당초 신고시 공통매입세액을 예정사용면적 비율로 안분계산하여 신고하였고,「부가가치세법시행령」제61조 제6항이 2010.12.30. 신설 되어 예정사용면적 비율로 공통매입세액을 안분계산한 경우에는 그 다음 과세기간에 과세․면세 공급가액이 발생하더라도「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 제3호를 적용하였다가 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 정산하도록 규정하였는 바, 2009년 제1기 과세기간에는 과세분 매출만 OOO만원을 신고하고, 면세분 매출은 신고한 사실이 없으며, 과세분 매출도 분양수입금액이 아니라, 매입처OOO로부터 민원처리비용을 돌려받고 발급한 매출세금계산서로, 실제로는 (-)수정매입세금계산서를 수취하여야 할 것이며, 2009년 제1기 과세기간 이전에는 과세분 및 면세분 공급가액이 없는 것으로 확인되므로 판매시설 중 조합원 분양분을 면세사업에 관련된 예정사용면적으로 하여 공통매입세액을 안분계산한 결과 발생된 과다공제분을 불공제한 처분은 정당 하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 쟁점면적에 대한 공통매입세액을「부가가치세법 시행령」제61조 제1항에 의한 공급가액 기준으로 안분계산할 것인지,「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 단서규정에 의한 면적기준으로 안분계산할 것인지 여부

나. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 제출한 심리자료에는 아래와 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구법인은 2006.7.7. 건축허가를 받아, 아파트 162세대와 상가 1개동을 신축하여 2009.2.6. 관리처분계획에 따라 162세대는 조합원들에게, 상가면적 4,904.963㎡중 2,351.639㎡은 일반인에게, 나머지 2,553.24㎡는 조합원들에게 분양하기로 하였고, 2009년 제1기～2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 부가가치세를 신고하면서 조합원분 공급예정면적(2,553.324㎡)을 포함한 판매시설(4,904.963㎡)에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고․납부하였다.

(나) 2009년 제1기～2011년 제1기 부가치세 과세기간 중에 청구 법인이 부가가치세를 신고한 내역과 처분청의 과세처분 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OO O OOOOOO

(OO : OO)

  (다) 처분청의 조사종결복명서에는 “청구법인은 2005.8.5. 수익사업개시 이후 건축용역 등을 제공받고 부담한 매입세액을 실지귀속에 따라 공제 또는 불공제하고, 부가가치세법시행령 제61조 제4항 단서 규정을 적용하여 공통매입세액을 예정사용면적 비율로 안분계산하여 신고하였고, 정비사업조합이 관리처분인가계획에 따라 조합원에게 공급되는 것으로서 해당정비사업의 시행으로 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은「조세특례제한법」제104조의7 제3항의 규정에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 것이므로 판매시설 4,904.963㎡ 중 조합원분 공급예정면적 2,553.324㎡에 대하여는 공통매입세액을 안분계산하여 불공제하여야 하는 것임에도 그 면적 상당액을 부당공제받은 사실을 확인하여 예정사용면적 비율에 의한 안분계산은 2011년 제1기 이전 과세기간에도 연결되어 있고, 시공사에 부담한 매입세액이 발생한 2009년 제1기 과세기간 이후 부가가치세 신고서 검토결과, 공통적 오류가 있으므로 각 과세기간에 대한 부가가치세를 경정한다”는 조사내용이 나타난다.

 (2) 살피건데,「조세특례제한법」제104조의7 제3항에 의하면, 정비 사업조합이「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급 하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은 부가가치세법 제6조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정되어 있고,

  「부가가치세법시행령」제61조 제4항의 규정에 의하면 공통매입세액 안분계산을 함에 있어 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로써 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 관련된 예정 사용면적의 비율로 안분계산 하도록 규정하고 있으며,

  같은 법 시행령 제61조의2에는 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세 사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세 사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다고 규정되어 있는 바,

  이 건의 경우 총공급가액이 아직 확정되지 아니하였고, 청구법인이 2005.8.5. 수익사업개시 이후 건축용역 등을 제공받고 부담한 매입세액은 실지귀속에 따라 공제 또는 불공제하고, 공통매입세액은「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 단서규정을 적용하여 예정사용면적의 비율로 안분계산하여 신고하였으므로, 처분청이「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 제3호의 규정을 적용하여 매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.