주 문
OOO세무서장이 2010.8.4. 청구법인에게 한 법인세 5건 합계 OOO원(2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원)의 부과처분은 가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1994.11.10. 개업한 이래 미국의 유통업체OOO로부터 OOO으로 주문을 받아 니트 의류 등을 해외에서 위탁생산하여 전량 수출하는 제조업 및 수출업을 영위하는 법인으로,「조세특례제한법」제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 2005사업연도부터 2009사업연도까지(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 법인세를 신고․납부하였다.
나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인이 쟁점사업연도에 받은 중소기업에 대한 특별세액감면은「조세특례제한법」제7조 및 같은 법 시행령 제6조에서 규정하는 감면요건을 충족하지 못하는 것으로 확인하여 청구법인이 공제받은 감면세액을 배제하는 등 하고 다른 적출사항과 함께 2010.8.4. 청구법인에게 법인세 5건 합계 OOO원(2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원)을 경정․고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1)「조세특례제한법」제2조 제3항에 업종의 분류가 특별히 규정되어 있는 경우 그에 따라야 하는 바, 같은 법 제7조 제1항 제1호 ‘허’목에서 ‘대통령령으로 정하는 주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업’을 중소기업에 대한 특별세액감면 업종으로 열거하면서, 같은 법 시행령 제6조 제2항에서 위 ‘수탁생산업’이란 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 의한 제품생산을 수탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산․공급하는 사업을 말한다고 규정하고 있는 바, 동 ‘주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업’은 제품을 생산․공급하는 사업으로 제조업의 일종임을 명시하고 있는 셈이다.
「조세특례제한법」제7조 제1항 제1호의 감면업종은 2003.1.1.부터 시행되는 법령의 개정으로 ‘주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업’이 추가되었고, 같은 법 시행령 제6조 제2항을 추가한 것은 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업을 제조업의 일종으로 본다는 취지인 바, 만약 그렇지 아니하다면 이미 도매업으로 보아 조세감면혜택을 받고 있는데 굳이 개정할 이유가 없는 것이다. 구 재정경제부에서 2003년 발간한 ‘2002 간추린 개정세법’(국세청이 2003년 2월 발간한 ‘2002 개정세법해설’도 같은 내용임)의 ‘3. 중소기업특별세액감면 적용대상 업종 조정(법 제7조, 영 제6조)’에는, (1) ‘개정내용’란에서 ‘주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업’을 포함한 9개 업종을 추가하였다고 설명하면서, (2) ‘개정이유’란에서 ‘국내 임금상승에 따라 해외 현지법인 등에 제품생산을 재위탁하는 방법 등으로 제품을 제조하여 주문자상표를 부착하여 수출하는 기업에 대하여는 제조업과 같은 수준으로 지원”한다고 해설하고 있고, 서울지방국세청장이 국세청장의 공문(국세청 법인 46012-54, 2003.1.21.)을 받아 관할 세무서장에게 보낸 공문(법인 46012-10035, 2003.1.24.)에는, 제목은 ‘OOO에 대한 중소기업특별세액감면적용’으로, ‘2. 2003.1.1. 세법개정(2002.12.11. 공포)으로 위탁자로부터 OOO으로 제품생산을 수탁받아 다른 업체(해외업체 포함)에 위탁하여 제품을 생산하는 사업은 중소기업특별세액감면 대상업종에 포함된다’, ‘3. 이는 관련산업의 활성화를 위한 정책적 필요에 의하여 종전에 도매업으로 보던 OOO을 제조업의 일종으로 보아 감면을 적용하도록 개정한 것이다’라고 지시되어 있는 바, 청구법인은 ‘2002 간추린 개정세법’, ‘2002 개정세법해설’ 및 국세청장(서울지방국세청장)이 관할 세무서장에게 하달한 공문을 신뢰하여 청구법인의 사업형태인 OOO방식에 의한 수탁생산업을 제조업의 일종으로 보아「조세특례제한법」제7조의 감면을 적용하여 쟁점사업연도의 법인세를 신고․납부하였음에도, 처분청이 위와 같은 사실관계를 무시하고 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인한 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.
(2) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그에 따라 일정한 행위를 하여야 하고, 과세관청이 동 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인 바(대법원 1999두10131, 선고 2001.11.27. 외 다수 같은 뜻), 청구법인은 구 재정경제부에서 2003년 발간한 ‘2002 간추린 개정세법’, 국세청에서 2003년 2월 발간한 ‘2002 개정세법해설’ 및 국세청장(서울지방국세청장)의 지시공문 등의 내용을 신뢰하고 쟁점사업연도의 법인세를 신고․납부하였는 바, 국세청장 및 처분청의 공적인 견해표시를 신뢰한 청구법인에게 귀책사유가 없음에도, 처분청이 중소기업에 대한 특별세액감면적용을 배제한 처분은「국세기본법」제15조의 신의성실의 원칙을 위반한 것이므로 취소하여야 한다.
(3) 세법에서 규정한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재라 할 것이므로 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 과세할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없는 것인 바(대법원 2001두403, 2003.9.5. 외 다수 같은 뜻), 청구법인은 위 (2)에서 본 바와 같이 과세관청의 개정법령 해설, 지시공문에 나타난 내용을 신뢰하여 법인세를 신고․납부하였으며, 청구법인에게는 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청한 것에 대한 귀책사유가 없어「국세기본법」제48조에 의한 ‘정당한 사유’에 해당하므로 납부불성실가산세는 감면하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 직접 제품을 생산하지 아니하고 국외에 소재하는 기업 등에 위탁하여 생산하는 업종을 영위하므로 제조업에 해당하지 아니하고, OOO 바이어로부터 제품을 주문받아 청구법인이 일부의 디자인을 하는 것으로 보이나, 당해 제품을 자기가 아니라 OOO의 주문자 명의로 제조하고 있음은 부인할 수 없는 사실이며, 제품을 국내가 아닌 해외에서 위탁생산하여 이를 OOO의 주문자에게 납품하는 방식이어서 자기 책임 하에 직접 판매하는 것으로도 볼 수 없으므로 청구법인이 영위하는 업종은「조세특례제한법 시행령」제2조의 제조업 및 「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제1항 각호에서 규정하고 있는 제조업에 포함되는 유사제조업에 해당하지 아니한다.
「조세특례제한법」제7조 제1항에서 감면대상 업종을 열거하면서 가목에 제조업을, 허목에 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업을 별도로 구분하여 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제6조 제5항에서는 소기업으로 보는 범위를 상시 종업원 수가 제조업의 경우는 100인 미만, 광업 등은 50인 미만, 기타 사업은 10인 미만이라고 다르게 규정하고 있는 바, 명문으로 달리 규정하고 있는 제조업과 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업에 대한 소기업 판단기준을 동일하게 적용할 수는 없는 것이며, 수도권에 소재하는 법인의 경우 도매업이나 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업 등 기타 사업을 영위할 경우에는 상시 종업원 수가 10인 미만의 소기업에 해당될 때에만 중소기업에 대한 특별세액감면대상에 해당되는 바, 2005사업연도 이후 청구법인의 상시 종업원 수는 32인 이상이라 소기업에도 해당하지 아니하므로 중소기업에 대한 특별세액감면규정의 적용을 배제한 처분은 정당하다.
(2) OOO국세청장은 시달한 공문에서 2003.1.1.부터 시행되는 법령개정으로 인하여「조세특례제한법」제7조 제1항 제1호의 감면업종에 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업이 포함되었다는 사실과 그 취지를 설명하고 있을 뿐이며, 그 문서에 기재된 ‘제조업의 일종으로 보아 감면을 적용한다’는 문구만으로 개정되지도 아니한 시행령까지 확대하여 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업을 같은 법 시행령 제6조 제5항 제1호에서 규정하는 제조업에 해당하는 것으로 유추하거나 확대하여 해석하고 소기업의 요건을 적용하는 것은 잘못이며, 구 재정경제부가 발간한 ‘2002 간추린 개정세법’, 국세청이 발간한 ‘2002 개정세법해설’ 및 위 지시공문은 외부에 공표되지 아니하는 내부문서 또는 개정된 세법에 대한 설명이 담겨 있는 책자에 불과하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해의 표명이라고 볼 수는 없을 뿐만 아니라 신의성실의 원칙은 조세법률주의를 본질적으로 훼손하지 아니하는 범위 내에서 제한적으로 적용되어야 하고 나아가 법령상 명백한 것은 신뢰의 대상이 되지 못하며, 청구법인의 경우 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음이「조세특례제한법」의 관련규정에 명시되어 있고, 최근의 예규 및 판례도 일관되게 해석하고 있는 점 등을 청구법인이 충분히 검토하였어야 함에도 이를 간과한 후 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 하는 내용으로 제시하는 청구주장은 이유없다.
(3) 청구법인은 구 재정경제부가 발간한 ‘2002 간추린 개정세법’, 국세청이 발간한 ‘2002 개정세법해설’ 및 OOO국세청장의 지시공문을 신뢰하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받은 것은「국세기본법」제48조에 의한 ‘정당한 사유’에 해당된다고 주장하나, 과세관청이 청구법인에게 영위하는 업종이 감면대상이라는 공적인 견해를 표시한 사실이 없고, 위와 같이 청구법인의 경우 동 감면을 적용받을 수 없음이 매년 공포되는「조세특례제한법」의 관련규정에 명시되어 있으며, 판례 및 예규도 일관되게 해석하고 있는 점 등을 신중히 검토하지 아니하고 간과한 점 등이 인정되므로「국세기본법」에서 규정한 정당한 사유가 있는 것으로 보아 납부불성실가산세를 취소할 수는 없다고 하겠다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 청구법인이 OOO으로 주문을 받아 해외에서 위탁생산하여 제3국으로 수출하는 경우 청구법인이 제조업을 영위한 것으로 보아「조세특례제한법」제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 있는지 여부
② 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하고 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
③ 청구법인에게 납부불성실가산세가 감면되는 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 인정할 수 있는지 여부
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법 제2조【정의】③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는「통계법」제17조(현 제22조)에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종은 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.(2007.12.31. 단서 개정)
제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2011년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에서 규정하는 감면 비율을 적용한다.
1. 감면 업종
가. 제조업, 나. 광업, 다. 건설업, 라. 물류산업, 마. 운수업 중 여객운송업, 바. 어업, 사. 도매업
허. 대통령령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업
2. 감면 비율
가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10
나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 20
다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30
라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업” 이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장 : 100분의 5
마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 : 100분의 10
바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15
(2) 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, (중략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상，자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준” 이라 한다) 이내일 것
3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호의 규정에 적합할 것
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】② 법 제7조 제1항 제1호 허목에서 “대통령령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업”이라 함은 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 의한 제품생산을 수탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산ㆍ공급하는 사업을 말한다.
⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.(단서 2009.2.4. 신설)
1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것
2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것
3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것
(3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】① 「조세특례제한법 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 사업”이란 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우를 말한다.(2006.4.17. 개정으로 괄호안 추가)
1. 생산할 제품을 직접 기획(고안ㆍ디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것(2003.3.24. 신설)
2. 당해 제품을 자기명의로 제조할 것(2003.3.24. 신설)
3. 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것(2003.3.24. 신설)
(4) 통계법 제22조【표준분류】① 통계청장은 통계작성기관이 동일한 기준에 따라 통계를 작성할 수 있도록 국제표준분류를 기준으로 산업, 직업, 질병ㆍ사인 등에 관한 표준분류를 작성ㆍ고시하여야 한다. 이 경우 통계청장은 미리 관계 기관의 장과 협의하여야 한다.
(5) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. (단서 생략)(2006.12.30. 신설)
납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율
제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(6) 구 법인세법 제76조 【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.(단서 생략)
3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항ㆍ제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액
납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
다. 사실관계 및 판단
(1) 법인세 경정결의서, 조사복명서, 답변서, 과세전적부심사결정서, 국세청 전산자료 등 심리자료에 의하여 과세근거 등의 내용을 보면 아래와 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 1994.11.10. 개업한 이래 OOO 소재 유통업체로부터 OOO으로 주문을 받아 해외에 있는 현지공장에 임가공 형태로 재위탁하여 니트 의류 등을 생산하고 전량 OOO으로 수출하는 제조업 및 수출업을 영위하는 업체이며, 제품을 생산하는 공정은 ① 청구법인이 미국의 바이어에게 트렌드에 맞게 다양한 디자인 및 원단을 고안하여 견본들을 제시한 후, ② 바이어가 디자인 및 원단 등의 조건을 결정하면, ③ 소요되는 원단 및 부자재를 대부분 국내에서 제조․가공한 후, ④ 국내 및 해외 봉제공장에 송출하여 재단 및 봉제 등의 공정을 완료하여, ⑤ 생산한 완제품에 주문자상표를 부착하여 전량 OOO으로 수출하는 것이다.
(나) 청구법인이「조세특례제한법」제7조 제1항 제2호 나목 및 같은 법 시행령 제6조 제2항, 제5항 제1호를 적용하여 중소기업에 대한 특별세액감면액을 산정하여 아래 <표>와 같이 적용받은 것에 대하여, 처분청은 청구법인이 영위하는 업종은 도매업이고 상시 종업원수가 10인을 초과하여 위 규정에 의한 감면요건을 충족하지 못한다 하여 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 부인하는 등 하고 다른 적출사항과 함께 이 건 법인세를 과세하였고, 청구법인의 상시 종업원수는 2005년 32명, 2006년 40명, 2007년 50명, 2008년 50명, 2009년 43명이다.
<표> 청구법인의 법인세 신고상황 등
(OO : OO)
(2) 쟁점①에 대하여 본다.
(가) 청구법인은「조세특례제한법」제7조 제1항 제1호 ‘허’목에서 ‘대통령령으로 정하는 주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업’을 중소기업에 대한 특별세액감면업종으로 열거하면서, 같은 법 시행령 제6조 제1항에서 위 ‘수탁생산업’이란 위탁자로부터 주문자상표부착방식에 따른 제품생산을 수탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산․공급하는 사업을 말한다고 규정하고 있는 바, 동 ‘주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업’은 제품을 생산․공급하는 사업이므로 제조업의 일종임을 명시하고 있고, 구 재정경제부에서 2003년 발간한 ‘2002 간추린 개정세법’(국세청이 2003년 2월 발간한 ‘2002 개정세법해설’도 같은 내용임)의 개정이유에 “국내 임금상승에 따라 해외 현지법인 등에 제품생산을 재위탁하는 방법 등으로 제품을 제조하여 주문자상표를 부착하여 수출하는 기업에 대하여는 제조업과 같은 수준으로 지원”한다고 되어 있으며, OOO국세청장이 국세청장의 공문(국세청 법인 46012-54, 2003.1.21.)을 받아 관할 세무서장에게 보낸 공문(법인 46012-10035, 2003.1.24.)에도 ‘2003.1.1. 세법개정으로 위탁자로부터 OOO으로 제품생산을 수탁받아 다른 업체(해외업체 포함)에 위탁하여 제품을 생산하는 사업은 중소기업특별세액감면 대상업종에 포함되며 이는 관련산업의 활성화를 위한 정책적 필요에 의하여 종전에 도매업으로 보던 OOO수탁제조업을 제조업의 일종으로 보아 감면을 적용하도록 개정한 것이다’라고 지시되어 있으므로 이러한 내용을 신뢰하여 청구법인이 영위한 사업형태인 OOO방식 수탁생산업을 제조업의 일종으로 보아「조세특례제한법」제7조의 감면을 적용하여 쟁점사업연도의 법인세를 신고․납부하였음에도, 처분청이 위와 같은 사실관계를 무시하고 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
(나) 구 재정경제부에서 2003년 발간한 ‘2002 간추린 개정세법’(* 국세청이 2003년 2월 발간한 ‘2002 개정세법해설’도 같은 내용임)의 ‘3. 중소기업특별세액감면 적용대상업종 조정(법 제7조, 영 제6조)’에는, (1) ‘개정내용’란에서 ‘주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업’을 포함한 9개 업종을 추가하였다고 설명하면서, (2) ‘개정이유’란에서 ‘국내의 임금상승에 따라 해외 현지법인 등에 제품생산을 재위탁하는 방법 등으로 제품을 제조하여 주문자상표를 부착하여 수출하는 기업에 대하여는 제조업과 같은 수준으로 지원한다’라고 설명되어 있다.
구 재정경제부에서 다음 연도에 시행될 각종 세법의 신설․개정을 하면서 그 요강과 문답자료 등의 ‘보도자료’를 작성하여 외부에 발표하고 동 자료의 내용대로 입법화하는 과정 등을 거쳐 세법이 확정되는 바, 그 요강 중 ‘중소기업 및 정보화 투자 등에 대한 조세지원 강화’를 위하여 중소기업특별세액감면 적용대상업종 조정(「조세특례제한법」제7조)에서 ‘주문자상표부착방식 수탁생산업’을 추가하면서 개정이유에서 ‘국내의 임금상승에 따라 해외현지법인 등에 제품생산을 재위탁하는 방법 등으로 제품을 제조하여 주문자상표를 부착하고 수출하는 기업에 대하여는 제조업과 같은 수준으로 지원하여 수출을 장려하며, 이 때 지원대상을 수출업체에만 한정하는 경우에는 WTO보조금지급 금지규정 등에 위반될 소지가 있어 OOO방식의 모든 수탁업체를 동일하게 지원’한다고 밝히고 있으며, 문답자료는 중소기업 특별세액감면제도의 대상업종 조정내용에 대하여 ‘국내 임금상승에 따라 해외현지법인 등에 제품생산을 재위탁하는 방법OOO 등으로 제품을 제조하여 주문자상표를 부착하여 수출하는 기업의 경우 현재 도매업으로 분류되어 10%의 감면율을 적용받고 있으나 앞으로는 제조업과 같은 수준인 20～30%의 감면율을 적용하여 지원하려는 것임’이라고 밝히고 있다.
구 제정경제부에서는 연도 초에 당해 연도에 시행되는 신설․개정된 세법에 대하여 주요 단체 등을 대상으로 ‘2002 개정세법 해설’을 홍보하고 강의하는 바, 대상은OOO 및 각 OOO 등의 주요한 단체이다.
(다) OOO국세청장이 국세청장의 지시사항 공문(국세청 법인 46012-54, 2003.1.21.)을 하달받아 관할 세무서장에게 보낸 공문(법인 46012-10035, 2003.1.24.)은, 제목이 ‘OOO에 대한 중소기업특별세액감면적용’, ‘2. 2003.1.1. 세법개정(2002.12.11. 공포)으로 위탁자로부터 OOO으로 제품생산을 수탁받아 다른 업체(해외업체 포함)에 위탁하여 제품을 생산하는 사업은 중소기업특별세액감면 대상업종에 포함되었습니다’, ‘3. 이는 관련산업의 활성화를 위한 정책적 필요에 의하여 종전에 도매업으로 보던 OOO을 제조업의 일종으로 보아 감면을 적용하도록 개정한 것입니다. 이에 따라 관련업계의 어려운 상황을 감안하여 2003.1.1.부터 OOO에 대한 경정시 업종에 의한 감면세액의 추징을 배제하기로 하였으니 업무에 착오가 없도록 하기 바랍니다’라는 내용이다.
(라) 살피건대, 처분청은 청구법인이 영위하는 업종은 제조업이나 유사제조업이 아닌 주문자상표부착방식에 의한 OOO이고 상시 종업원수가 10인 이상으로 소기업에 해당하지 아니하므로 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제한 처분은 정당하다는 의견이고, 청구법인은 국내에 제조공장을 가지고 있지 아니하고 쟁점사업연도 중 상시 종업원수가 10인 이상이나 앞에서 본 바와 같이 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업은 제조업으로 보는 것이고 소기업의 요건을 충족하고 있으므로 중소기업에 대한 특별세액감면이 적용되어야 한다고 주장한다.
「조세특례제한법」제7조 제1항에서 감면업종으로 제조업과 OOO에 의한 수탁생산업을 별도의 “목”으로 규정하고 있어 OOO에 의한 수탁생산업은 제조업에 포함되는 것은 아니며, 같은 법 시행령 제6조에서 소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우와 광업 건설업 물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우 및 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우로 구분하여 규정하고 있어 OOO에 의한 수탁생산업은 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우로서 상시 사용하는 종업원 수가 10명 미만이어야 소기업에 해당한다고 하겠다.
또한 같은 법 시행규칙 제2조에서는 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 생산할 제품을 직접 기획(고안 디자인 및 견본제작 등을 말한다)하고, 당해 제품을 자기명의로 제조하며, 당해 제품을 인수하여 자기 책임하에 직접 판매하는 경우는 제조업과 유사한 사업으로 본다고 규정하고 있으나, 청구법인이 운영하는 OOO에 의한 수탁생산업은 외국주문자로부터 OOO으로 제품생산을 수탁받고 국외에 소재하는 기업 등에 위탁하여 생산하는 형태로 이는 당해 제품을 자기 명의로 제조하지 아니하여 유사 제조업에 해당하지 아니한다.
따라서 위탁자로부터 OOO에 의한 제품생산을 수탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산 공급하는 OOO에 의한 수탁생산업은 제조업에 해당하지 아니하므로 쟁점사업연도 중 상시 사용하는 종업원 수가 10인 이상인 청구법인은 소기업에 해당하지 아니하므로 처분청이「조세특례제한법」제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(국심 2005서3268, 2006.6.13. ; 조심 2009중1998, 2011.1.28. 참조)
(3) 쟁점②에 대하여 본다.
(가) 일반적인 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 이를 신뢰하고 그에 따라 일정한 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이고(국심 2008서3857, 2010.4.29. 외 다수 같은 뜻), 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로 납세자의 신뢰보호에 그 법리의 핵심적 요소가 있다 할 것이다(대법원 2008두1115, 2008.6.12. ; 대법원 2008두23276, 2009.2.26. 참조).
(나) 청구법인은 위 (2)에서 본 바와 같이 OOO의 수탁생산업은「조세특례제한법」제7조에서 규정한 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용대상이라며 ① 구 재정경제부는 같은 법 제7조의 개정요강 등을 보도자료를 통하여 공개하였고, ② 또한 자체 발간한 ‘2002년 간추린 개정세법’의 내용을 대한상공회의소, 한국공인회계사회 등 관련 단체를 대상으로 하여 강의, 홍보 등을 하였으며, ③ 국세청도 이를 근거로 동일한 내용의 ‘2002 개정세법해설’을 발간하여 납세자에게 공개적으로 알리고 있었고, ④ 또한, OOO국세청장은 일선 세무서장에게 업무지시공문을 내려 이 건과 같은 경우 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용이 가능하다고 명백하게 밝히고 있었으므로 신의성실의 원칙이 적용되어야 한다고 주장하나, 동 원칙은 조세법률주의를 본질적으로 훼손하지 아니하는 범위 내에서 제한적으로 적용되어야 하고 나아가 법령상 명백한 것은 적용대상이 되지 못하고, 구 재정경제부 발간 ‘2002 간추린 개정세법’, 국세청 발간 ‘2002 개정세법해설’ 및 OOO국세청장의 지시공문은 외부에 공표되지 아니하는 내부문서 또는 개정된 세법에 대한 설명이 담겨 있는 책자에 불과하여 납세자에게 일반적으로 받아들여질 수 있고 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해의 표명이라고 보기는 사실상 어려운 점 등을 감안할 때, 청구법인에게 신의성실의 원칙을 적용하는 것은 무리라고 판단된다.
(4) 쟁점③에 대하여 본다.
(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에서 규정한 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반하는 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이고, 다만, 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 당해 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 불가피한 사정이 있을 때 등과 같이 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수가 없다 할 것이다(대법원 2002두10780, 2004.6.24. 다수 같은 뜻임).
(나) 위 (2)와 (3)의 (나)에서 이미 살펴본 바와 같이, 청구법인은 구 재정경제부의「조세특례제한법」제7조의 개정요강 등의 보도자료 내용과 자체 발간한 ‘2002년 간추린 개정세법’의 홍보내용, 이를 따르는 국세청의 ‘2002 개정세법해설’의 홍보내용 및 OOO국세청장의 업무지시공문 등을 신뢰하고 그 것에 대한 아무런 이의 없이 법인세를 자진하여 신고․납부한 점, 그 내용이 청구법인의 업종은 같은 법 제7조의 적용대상이라고 되어 있을 뿐만 아니라 표현 또한 납세자가 혼돈을 일으킬 만한 것으로 되어 있어 입법․해설․집행의 과정에서 전후 사정에 관심이 있는 경우 적용대상에 해당한다고 믿을 수밖에 없었을 것인 점, 게다가 청구법인은 이 건 처분에 신의성실의 원칙이 적용되어야 한다고 주장하고 있는 사정을 감안하여야 하는 점 등을 고려할 때, 청구법인이 같은 법 제7조의 적용대상으로 하여 쟁점사업연도의 법인세를 신고․납부한 것에 대하여 가산세의 부과요건에 해당된다고 하는 것은 지나치게 가혹하다 할 것이고 또한 청구법인에게 책임이 있다고 속단하기도 어려운 바, 사실관계가 이러하다면 청구법인에게는 예외적으로 그 의무의 이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다고 판단되므로 납부불성실가산세는 감면되어야 할 것이다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
