주 문

OOO세무서장이 2012.6.8. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 OOO원, 2008년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분 및 2012.7.5. 청구인에게 한 2007년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2005.12.28. 개업하여 OOO동에서 ‘OOO메디칼’이라는 상호로 의료용품 도․소매업을 영위하는 사업자이다.

나. OOO세무서장은 주식회사 OOO(OOO동 000-0에 소재하는 의료용기기를 제조하는 사업자이며, 이하 “OOO”라 한다)의 2005～2008사업연도에 대한 법인세 세무조사(조사기간 2010.11.1.～2010.11.12.) 결과,

 OOO가 청구인에게 실물 없이 공급가액 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원, 2007년 제1기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원 합계 OOO원의 세금계산서(동 세금계산서 관련 거래를 이하 “전체거래”라 하고, 동 세금계산서 중 2006년 제1기～2008년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 청구인이 수취한 공급가액 OOO원의 세금계산서 관련 거래를 이하 “쟁점거래”라 한다)를 발급하였다 하여 이를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 따라, 처분청은 쟁점거래 관련 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 필요경비 부인하여 2012.6.8. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2008년 귀속 종합소득세 OOO원, 2012.7.5. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 OOO을 각각 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.4. 이의신청을 거쳐 2013.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  (1) 처분청은 OOO의 매출처별 원장과 대표이사 황OOO이 가공거래를 하였다는 확인서(2010년 11월, 이하 “1차 확인서”라 한다)만을 근거로 청구인이 2005년 제2기～2008년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO로부터 SPLINT(접골치료용부목), CAST(깁스)를 매입하고 수취한 세금계산서 중 공급가액 OOO원의 세금계산서 관련 거래(전체거래)를 가공거래로 보았으나, 황OOO이 가공매출이라고 확인한 1차 확인서(2010년 11월)는 증거자료로 인정하면서, 이후 황OOO이 청구인과의 거래는 가공거래가 아니라고 작성한 확인서(2011.11.25., 이하 “2차 확인서”라 한다)를 인정할 수 없다는 처분청의 논리는 납득하기 어렵다.

 (2) 청구인이 2005년부터 2009년까지 OOO의 제품(SPLINT, CAST)을 구입하고, 대금을 결제한 현황은 다음 <표1>과 같으며, 이 중 2005년 제2기부터 2008년 제1기까지 OOO에게 어음결제한 금액은 OOO원(청구이유서에 기재된 금액)이고, 여기에 계좌이체한 금액 OOO원을 합할 경우 지급금액은 OOO원인바, 처분청이 실지거래로 인정하지 않은 현금결제분을 제외하더라도 같은 기간 동안 청구인의 실지거래(매입)금액이라고 본 OOO원(표3)을 초과한다.

OOOOOOOOOOOOOO OOOO OO OO

(OO : O)

  통상적으로 매출대금은 주로 현금으로 결제되며, 병원에서 매출대금을 받으러 오라고 연락이 오면, 다른 판매업체들과 함께 대기하다가 간호사가 현금으로 지급하는 것이 관례이며, 청구인의 성향상 일반적으로 병원으로부터 매출대금으로 수령한 현금은 은행에 입금하지 아니하고 보유하였다.

  과세관청에서 2008년 8월 이후부터는 사업용 계좌의 사용을 의무화하라고 하여 이를 개설하여 사용하고 있으나, 2004년부터 2008년까지는 은행거래를 의무화하지 아니하였고, 거의 모든 상거래가 현금으로 결제되던 시기였으므로, 전체거래에 있어 금융거래 증빙이 없는 것은 당연하며, 현금결제를 입증하는 입금표가 실지거래를 입증할 만한 증거자료가 될 수 없다는 처분청의 의견은 납득하기 어렵다.

  한편, OOO는 SPLINT, CAST의 매입대금을 현금으로 결제하면, 00%를 할인하여 준다고 하여 현금으로 결제한 것이고, 한때는 황OOO이 입금표를 가지고 다니면서 청구인이 현금으로 결제하면, 즉시 입금표를 작성해서 교부해 주기도 하였으며, 청구인은 어음으로 결제시 주로 지급기일이 많이 남아있는 어음을 주었고, 동 어음은 복사한 후 어음뒷면에 배서하였다.

 (3) 가공거래라 하면 실물이 없어야 하지만, 청구인이 OOO로부터 매입한 제품을 실제 판매한 거래처가 있고, 판매대금도 현금, 신용카드, 계좌이체 등의 방법으로 지급받았기 때문에 이는 실지거래의 증거자료가 된다 할 것이다. 청구인이 해당 제품을 병원에 매출하여야 함에도 불구하고, OOO로부터 가공매입을 하고, 다른 업체로부터 실물을 구입하여 이를 병원에 납품할 이유가 없다 할 것이다.

 (4) 청구인에 대한 부가가치세 부과처분과 관련하여 OOO지방국세청장에게 불복[이의신청(2011.11.28. 취하)]하는 과정에서 처분청의 과세내용을 파악하고 OOO 및 황OOO에게 수차례 통화를 시도한 결과, 황OOO으로부터 전체거래가 실지거래라는 2차 확인서를 등기우편으로 수령한 사실이 있음에도, 동 확인서가 실지거래 사실을 입증하는 증거자료가 되지 아니한다는 처분청의 의견은 납득할 수 없다.

 (5) 처분청은 황OOO의 1차 확인서를 근거로 전체거래가 가공거래라 하였으나, 청구인은 매입․매출을 정확히 신고하였고, 부가가치세 및 종합소득세 등 관련 세금을 빠짐없이 성실납부하였는바, 이 건 부과처분의 정당성을 인정할 수 없으며, 현금을 주고받으면서 입금표, 확약서 등을 받고, 받은 사람이 이에 서명함으로써 그 서류는 충분히 증거자료가 되는 것임에도, 황OOO이 직접 금액을 확인하고 서명까지 한 서류가 실지거래 사실을 입증하는 증거자료가 되지 않는다는 것은 이해할 수 없다. 실물 없이 세금계산서만 주고받은 것이 가공거래인바, 청구인은 OOO로부터 매입한 제품을 모두 판매하였고, 판매한 거래처가 존재하며, 매출처인 OOO병원 및 OOO의료재단의 어음결제금액만으로도 처분청에서 인정한 실지거래금액을 초과한다.

  청구인의 매출처인 병원에 제품(SPLINT, CAST)을 납품하는 경우 제조업체마다 코드번호가 다르고 의료보험 수가가 다르기 때문에 다른 업체의 제품을 OOO의 제품으로 속일 수 없으며, 병원에서는 환자에게 제품을 처치하면 그에 대한 대금을 의료보험공단 심사평가원에 청구한다. 제품의 코드번호를 입력하면, 제조업체명, 의료보험 수가가 확인되고, 의료보험공단 심사평가원은 병원이 해당 제품을 얼마나 사용하였는지, 환자에게 적정하게 처치되었는지를 심사한 후 병원에 대금을 지급한다. 이와 같이 의료기기의 납품 및 사용은 청구인, 매출처인 병원, 의료보험공단 심사평가원이 함께 검증하는 시스템이기 때문에 가공거래가 있을 수 없다.

  전체거래가 가공거래라면, 청구인이 해당 제품을 판매한 00여개의 병원 등의 매출처가 모두 가공거래를 한 것이 되고, 의료보험공단 심사평가원이 병원에게 지급한 금액도 모두 가공지급액이 되는 결과가 된다. 청구인의 연도별 매출금액은 2005년 제2기 OOO천원, 2006년 제1기 및 제2기 OOO천원, 2007년 제1기 및 제2기 OOO천원, 2008년 제1기 OOO천원 합계 OOO천원이고, OOO의료재단이 청구인에게 어음으로 결제한 금액은 OOO천원, OOO병원의 경우 OOO천원 합계 OOO천원으로 이는 모두 청구인으로부터의 매입대금을 결제한 것이다.

  청구인이 2006년부터 2008년까지 OOO의 제품(SPLINT, CAST)을 판매한 현황은 다음 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOOO OO OO OO

(OO : O)

나. 처분청 의견

  (1) OOO세무서장의 OOO에 대한 세무조사 결과, OOO가 청구인에게 가공으로 발급하였다는 세금계산서 등 내역은 다음 <표3>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOOO OOOO OO OOOOO OO OO

(OO : O)

  위의 가공금액은 OOO세무서장의 조사 당시 확보한 OOO의 2005～2008사업연도의 외상매출금 거래처 원장에 의해 확인된 금액으로, 거래처 원장에 따르면, 해당 금액은 매월 말일 발급하는 정상적인 세금계산서와 달리 분기말 또는 분기중 거래가 없는 날에 기입 및 발급된 세금계산서상 금액의 합계액이며, OOO세무서장은 이러한 원장에 근거하여 OOO가 청구인 외 4개 업체에 OOO천원의 가공세금계산서를 발급한 사실을 확인하였고, OOO 대표이사인 황OOO은 1차 확인서(2010년 11월)를 통해 이러한 사실을 인정한 바 있다.

 (2) 청구인이 2004년 제2기부터 2009년 제1기까지 OOO로부터 매입한 의료기기 SPLINT 및 CAST에 대한 매입대금 지급내역은 다음 <표4>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOOOOO OOO OOOO OO

(OO : OO)

  청구인은 위 매입대금 OOO천원 중 어음결제와 온라인입금 이외의 금액 OOO천원을 현금으로 지급하고 입금표를 수취하였으며, OOO의 대표이사 OOO도 입금표에 기재된 작성일자에 입금표를 작성하여 주었다고 주장하고 있는바, 청구인은 주매출처인 OOO의료재단과 OOO병원으로부터 수취한 어음을 할인하여 현금으로 보관하고 있다가 황OOO이 청구인의 사업장을 방문하면 그때마다 매입대금을 현금으로 지급하고 입금표를 수취하였다고 주장하고 있다.

  그러나 황OOO은 외상매출금 거래처 원장에서 가공금액으로 확인된 금액은 실제 매출이 아니라 단순히 세금계산서만 발급하였으므로 주문서 등 증빙이 존재하지 않는다고 확인하였고, OOO의 외상매출금 거래처 원장은 OOO세무서장이 OOO의 내부고발자로부터 입수한 자료로서 신빙성이 높은 것으로 판단된다.

 (3) 황OOO은 청구인을 통해 제출한 2차 확인서(2011.11.25.)에서 2004년부터 청구인과 거래하면서 가공세금계산서를 발급한 사실이 없다고 주장하면서 OOO세무서장의 세무조사 당시 작성한 1차 확인서의 내용을 번복하였는바,

  황OOO이 2012.11.7. 처분청에 출석하여 작성한 문답서에 따르면, 황OOO은 청구인의 배우자인 정OOO의 수차례에 걸친 요청에 따라 청구인에게 조금이라도 도움이 되기 위해 1차 확인서(2010년 11월)의 내용을 번복하였고, 정OOO의 요청 외에 이를 번복한 특별한 이유는 없으며, 번복을 입증할 만한 증빙 서류도 없다고 답변하였다.

 (4) OOO가 실제매출을 가공매출로 인정함으로써 얻을 수 있는 이익이 없다는 점, 청구인은 일반적인 상거래의 대금결제와 달리 황OOO이 직접 청구인의 사업장을 방문하면, 보관중인 현금으로 대금 결제를 하였다고 주장하나, 황OOO은 이러한 사실을 부인하고 있는 점, 황OOO이 1차 확인서의 내용을 번복한 사유가 청구인의 배우자의 요청 외에 특별히 없다고 진술한 점 등을 감안할 때, 전체거래를 실지거래로 볼 수 없으므로, 전체거래 관련 거래금액을 필요경비 부인하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 쟁점거래를 가공거래로 보아, 쟁점금액을 필요경비 부인하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 OOO세무서장으로부터 전체거래가 실지거래가 아니라는 과세자료를 통보받아 청구인의 신고내역을 부인하고, 2006년 제1기～2008년 제1기 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점기간”이라 한다)에 대해 관련 금액을 매입세액불공제하여 고지한 부가가치세 과세내역 및 필요경비 부인하여 고지한 종합소득세 과세내역은 각각 다음 <표5> 및 <표6>과 같으며, 처분청은 부가가치세에 대해 2011년 11월 청구인에게 경정․고지하였으나, 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 제기하였다가 취하하였다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOO OO OOOOO OOOO

(OO : O)

 (2) 청구인이 제출한 자료에 대하여 본다.

  (가) 청구인이 OOO의 제품에 대한 매입대금을 지출한 증빙자료로 제출한 약속어음 사본 등의 내역(2006년 제1기～2008년 제1기)은 다음 <표7>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOO OO O OOOO OOOO

(OO : O)

  (나) 청구인이 OOO로부터 매입한 SPLINT, CAST를 매출하였다고 주장하고 있는 거래처가 확인한 확인서상 거래금액 내역(2006년～2008년)은 다음 <표8>과 같고, 확인서가 아닌 다른 증빙자료 관련 거래금액 내역은 다음 <표9>와 같으며, 증빙자료가 없는 거래금액 내역은 다음 <표10>과 같다.

OOOOOOOOOO OOO OOOO OOOO OOOO OO

(OO : O)

  (다) OOO의 대표이사인 황OOO의 2차 확인서(2011.11.25.)에서 황OOO은 2004년부터 청구인과 거래하면서 가공세금계산서를 발급한 사실이 없음을 확인하고 있다.

  (라) 그밖에 청구인은 매출처에게 발급한 세금계산서, OOO로부터 수취한 세금계산서, OOO의 사업자등록증, 황OOO의 OOO은행 통장사본, 입금표 등을 제출하였다.

 (3) 처분청이 제출한 자료에 대하여 본다.

  (가) 국세통합전산망에 따른 청구인의 총사업내역은 다음 <표11>과 같다.

OOOOOOOOOOO OOOO OOOOO

  (나) OOO세무서 소속 세무공무원의 OOO에 대한 조사종결보고서(2010년 11월)의 주요내용은 다음 <표12>와 같다.

OOOOOOOOOOO OOOOOO OO OOOOOOOO OOOO

  (다) 위 OOO에 대한 조사종결보고서에 첨부된 황OOO의 1차 확인서(2010년 11월)에 따르면, 황OOO은 2000.11.5. 설립되어 현재까지 의료기기 제품을 제조하여 판매하는 OOO의 대표이사로서 2005.1.1.～2009.12.31.의 기간 중 매출처인 OOO의료기상사 외 4개 업체(청구인 포함)에게 다음 <표13>과 같이 재화․용역의 공급 없이 공급가액 OOO원의 세금계산서를 과다하게 발급하여 상대방으로 하여금 2005년 제1기～2009년 제2기 부가가치세 신고시 부당하게 매입세액을 공제받게 한 사실이 있음을 확인하였고, 확인서에 첨부된 업체별 가공매출세금계산서 발급금액 명세서에서 OOO는 2005.1.1.～2008.12.31.의 기간 중 청구인에게 다음 <표14>과 같이 재화․용역의 공급 없이 공급가액 OOO원의 세금계산서를 과다하게 발급한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOOOO OOOO OOO OOOOOO OOOOOOO OO OO

(OO : O)

  (라) OOO세무서장이 처분청에게 통보한 청구인에 대한 과세자료 내역은 다음 <표15>와 같다.

OOOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOOO OOO OOOO OO

(OO : OO)

  (마) 이 건 심판청구의 전심절차인 이의신청에 대한 결정서(OOO지방국세청 OOO, 이하 “이의신청결정서”라 한다) 및 과세전적부심사청구에 대한 결정서에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

   1) 처분청이 제출한 청구인에 대한 과세전적부심사결정서에서 청구인은 전체거래가 실지거래라고 주장하면서 입금표, 무통장거래명세표, 어음사본 및 당좌수표 사본 등을 제출하였고, 청구인이 제출한 세금계산서 수취․결제금액 내역은 다음 <표16>과 같다.

OOOOOOOOOOO OOO OOOOO OO O OOOO OO

(OO : O)

   2) 이 건 부과처분에 대한 이의신청 결과, OOO지방국세청장은 청구인이 2006년～2008년의 기간 중 OOO가 제조한 SPLINT, CAST를 매입하였는지, 매입하였다면 실제 매입한 금액이 얼마인지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 2006년～2008년의 각 과세연도에 대한 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 하였다.

  (바) 위 청구인의 이의신청에 대한 결정에 따라 처분청은 이에 대해 재조사하였는바, 처분청 소속 세무공무원이 작성한 재조사종결보고서(2012.11.20.)의 주요내용은 다음 <표17>과 같다.

OOOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOOO

  (사) 위 재조사종결보고서에 첨부된 문답서(2012.11.7.)에 따르면, 황OOO은 청구인의 배우자인 정OOO의 요청에 따라 청구인에게 조금이라도 도움이 되기 위해 1차 확인서(2010년 11월)를 번복하고, 2011.11.25.자 확인서(2차 확인서)를 작성하여 주었으며, 정OOO의 요청 외에 이를 번복한 특별한 이유는 없고, 번복을 입증할 만한 증빙서류도 없다고 답변하고 있다.

 (4) 살피건대, 처분청은 청구인의 매입처인 OOO 대표이사 황OOO의 1차 확인서(2010년 11월) 및 문답서(2012.11.7.), OOO의 매출처별 원장 등에 근거하여 쟁점거래가 실물의 공급 없이 세금계산서만 발급 및 수취한 거래라는 의견이나,

  2006년 제1기～2008년 제1기의 부가가치세 과세기간(쟁점기간) 동안 청구인의 매출처(병원)가 청구인으로부터 매입하였다고 확인한 금액(공급가액)이 OOO원[세금계산서가 제출되지 아니한 OOO원(OOO의료재단의 확인서에 기재된 2008.2.14. OOO원, 2008.3.17. O,OOO,OOO원)을 제외한 금액임]인데 반해, 처분청이 같은 기간 동안 청구인이 OOO로부터 실제 매입한 금액으로 인정한 금액(공급가액)이 OOO원[가공으로 본 거래금액은 OOO원(쟁점금액)임]인바, 일정수준의 이윤을 감안하더라도 위 금액 간의 차이가 상당한 점,

  쟁점기간 동안 청구인이 매입대금으로 OOO에게 어음결제한 금액(공급가액) OOO원[어음사본이 없어 입금표가 증빙자료로 제출된 OOO원(2006.12.4. OOO원, 2007.4.5. OOO원) 및 증빙자료가 제출되지 아니한 OOO원(2008.2.25.) 합계 OOO원을 제외한 금액임]과 계좌이체한 금액 OOO원의 합계 OOO원(제외된 OOO원을 포함시 OOO원)이 처분청이 같은 기간 동안 청구인이 OOO로부터 실제 매입한 금액으로 본 OOO원을 초과하고 있는 점 등을 감안할 때,

  청구인이 쟁점기간 동안 쟁점거래 관련 세금계산서상 공급가액에 상당하는 SPLINT, CAST를 실제 매입하여 매출처에 판매한 것으로 보이는바, 처분청이 쟁점금액을 필요경비 부인하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.