주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다.

피고가 2011. 6. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래 제2항과 같이 추가하는 부분 이외에 는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로， 「행정소송법」 제8조 제2항，「민사소송법」 제 420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가하는 부분

제1심 판결문 제7면 제13행의 ”이유 없다” 다음에 아래의 내용을 추가한다.

4) 이에 대하여 원고는，▲ 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서는 소외 회사의 2003사업연도 법인세를 추계결정하였던 2005. 7. 당시에 시행되던 법령을 적용해야 하는데， 피고는 2009. 2. 4. 개정된 「법인세법」 시행령 제104조 제2항 제3호를 적용하여 이 사건 처분을 하였으므로 이는 소급과세금지에 위반되고，▲ 또한 이 사건 처분은 법률， 시행령， 시행규칙 등에 열거되지 아니하고 상위 법령의 위임범위를 초과하거나 내부규칙을 위반한 업무지침을 근거로 하였으므로 이는 조세법률주의에 위반되거나 불합리한 것이라고 주장한다. 앞서 본 바에 의하면， ▲ 「법인세법」 시행령이 2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되어 제104조 제2항 제3호가 신설되고， 이러한 규정은 부칙 제14조에 의하여 2004. 1. 1. 이후 추계결정 및 경정하는 분부터 적용되게 되었는데，▲ 위 제104조 제2항 제3호는 " 「소득세법」 시행령 제143조 제3항 제1호의2의 규정을 준용하는 방법(단순경비율) 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법”으로 추계결정 또는 경정을 하도록 규정하였고，▲ 이에 기하여 국세청장이， 조세탈루혐의가 없는 소기업이 폐업한 경우에는 단순경비율을 적용하고， 가공세금계산서를 수취하는 등 조세탈루혐의가 있는 소기업이 폐업한 경우에는 기준경비율을 적용하는 업무지침(법인세무 선고법인 처리기준)을 각 세무서에 시달하였다. 위와 같은 「법인세법」 시행령 제104조 제2항 제3호는 원고가 주장하는 2005. 7. 당시에도 그대로 유지되었는바，▲ 이 규정은 ’단순경비율 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법‘으로 추계결정 또는 경정을 하도록 하였으므로， 소기업이 폐업한 경우에 일률적으로 단순경비율을 적용하도록 한 것이 아니고，▲ 국세청장의 위 업무지침은 위 「법인세법」 시행령 제104조 제2항 제3호에 근거하여 시달된 것이고， 그 내용에 있어 상위 법령의 위임범위를 초과하거나 내부규칙을 위반한 것이라고 볼 수 없다. 그렇다면 피고가 국세청장의 위 업무지침에 따라 이 사건 처분을 한 것이 원고의 주장과 같이 위법하다거나 불합리하다고 할 수 없다. 한편으로 위 「법 인세법」 시 행 령 제104조 제2항 제3호가 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되면서，▲ 소기업이 폐업한 때에는 단순경비율과 직접 사업연도의 소득률 중 작은 비율을 곱하여 계산한 금액을 과세표준으로 결정 또는 경정하도록 규정 하면서，▲ 조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유 가 있는 경우는 제외한다고 규정하였다. 피고는 국세청장의 위 엽무지침에 따라 이 사건 처분을 하였고， 원고의 주장과 같이 2009. 2. 4. 개정된 위 「법인세법」 시행령 제104조 제2항 제3호를 적용하여 이 사건 처분을 한 것이 아니므로， 이 사건 처분이 소급과세원칙에 위반하였다고도 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인 바， 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.