주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2012. 4. 2. 원고에 대하여 한 2009년 제2기분 부가가치세 000원의 부과 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 비철 도매업을 영위하는 사업자인 원고는 2009년 제2기분 부가가치세 과세 기간 중 ’BB(대표자 원CCC)’라는 상호의 업체로부터 공급가액 000원(이하 ’이 사건 매입액’이라 한다)의 매입세금계산서 6장(이하 ’이 사건 세금계산서’라 한다)을 교부 받아 이 사건 매입액 관련 세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 2010. 9.경 중부지방국세청으로부터 ”BB는 배DD이 무자료 수집상으로 부터 비철을 매입하여 판매하고 그에 따른 부가가치세를 포탈하려는 목적에서 원CCC 명의로 사업자등록을 한 업체로 밝혀졌고， 다만 BB의 매출처인 원고의 경우 거래의 위장 또는 선의 여부에 관하여 별도의 판단을 요한다”는 내용의 과세자료를 통보받고 이 사건 세금계산서와 관련하여 원고에 대한 조사 후 원고를 선의의 거래당사자라고 판단하고 조사종결하였다.

다. 그 후 피고는 중부지방국세청의 업무감사 지적에 따라 이 사건 매입액이 위장 · 가공 매입세액이라는 이유로 2012. 4. 2. 원고에게 이 사건 매입액 관련 2009년 제2기분 부가가치세 000원을 추가로 부과하는 처분(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실， 을 제1， 2， 7호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 원고는 실제 BB로부터 비철을 매입하고 이 사건 세금계산서를 수취하였고，BB가 실제 공급자가 아니라 하더라도 원고는 BB가 실제 공급자라 믿은데 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당한다.

2) 피고는 2010. 9.경 중부지방국세청으로부터 BB에 대한 과세자료를 통보받고 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고를 션의의 거래당사자로 판단하였음에도 중부 지방국세청의 업무감사 지적에 따라 이를 번복하고 원고에 대하여 이 사건 처분을 한 것은 중복조사금지 원칙 에 반한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 선의의 거래당사자라는 주장에 대하여

특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 (2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호가 규정하는 ’사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원 칙이고(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조)， 실제 공급자와 세금계산서 상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 사람이 세금계산서의 명의위장 사실을 알 지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며， 공급받는 사람이 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한데 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 사람이 증명하여야한다 (대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 참조). 을 제2， 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，① 원CCC과 배DD은 원CCC을 대표자로 하여 ’BB’라는 상호의 비철 관련 자료상 업체를 설립하여 확인되지 아니한 매입처로부터 확보한 비철을 매출처에 납품하고 매출처에 BB 명의의 세금 계산서를 교부하여 온 사실，② BB의 사업장으로 등록된 의정부시 OO동 000에는 비철 적재를 위한 야적장이나 계근대 등 비철 판매에 필요한 시설 등이 전혀 없었고， 사무실에 상주하는 직원도 없었던 사실，③ 원CCC과 배DD은 이 사건 세금계산서와 같이 BB 명의로 발급한 세금계산서를 이용하여 부가가치세를 포탈하였다는 특정범죄 가중처벌등에관한법률위반(조세) 범죄사실로 2011. 1. 28. 징역 2년 6월에 집행유예 3년 및 벌금 0000원(원CCC)， 징역 3년 및 벌금 0000원(배DD)을 각 선고받아 확정된 사실(대전고등법원 2010노477)을 인정할 수 있다. 위와 같은 ’BB’라는 업체의 설립 경위와 운영 실태， 위 확정판결의 내용 등에 비추어 볼 때， 원고가 BB로부터 수취한 이 사건 세금계산서는 BB가 비철을 공급하지 않았음에도 마치 BB가 비철을 공급한 것처럼 작성， 발행된 것으로， 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 한편 갑 제3， 4호증의 기재에 의하면， 원고는 원CCC으로부터 명함을 받고 거래를 시작한 뒤 2009. 11. 26. - 12. 17. 이 사건 세금계산서상 공급금액 총액에 가까운 0000원을 원CCC 명의의 우리은행 계좌로 입금한 사실은 인정되나， 원고로서는 거래를 하면서 BB의 사업장을 확인하는 등 조금만 더 주의를 기울였더라면 BB가 비철의 실제 공급자가 아니고 이 사건 세금계산서가 실제 거래와 달리 작성된 세금계산서라는 점을 알 수 있었을 것으로 보이므로， 위 인정 사실만으로는 원고가 이 사건 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못한 데 과실이 없다고 보기 어렵고， 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2) 중복조사금지 원칙에 반한다는 주장에 대하여

이 사건 처분이 중복조사에 따른 것인지에 관하여 보건대， 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 피고는 중부지방국세청의 과세자료 통보에 따라 2010. 9. 6. - 10. 8. 원고에 대한 2009년 제1， 2기분 거래에 대한 조사를 실시한 후 BB와 의 거래분에 대하여는 선의의 거래당사자로 판단하여 정상거래로 인정하고 조사를 종 결한 사실， 그 후 피고는 중부지방국세청의 업무감사에서 원고가 선의의 거래당사자임을 인정할 근거가 없음에도 조사업무를 소홀히 하여 이 사건 매입세액을 부당하게 공제받도록 조사종결하였다는 이유로 원고로부터 부족 징수한 부가가치세를 즉시 징수하라는 내용의 시정명령을 받고 이에 따라 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있는바，이 사건 처분은 행정청 내부의 업무감사 및 시정명령에 따라 이루어진 것이지 피고가 원고에 대하여 위 조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사를 하고 그 재조 사 결과에 따라 행한 것이 아니므로， 이 사건 처분에 국세기본법 제81조의4 제2항이 정한 중복조사금지 원칙을 위반한 위법이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 다.