주 문

○○세무서장이 2012.12.12. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 1983.3.18. 매매를 등기원인으로 하여 1994.12.22. 박OOO으로부터 OOO 전 1,980㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 소유권이전등기를 접수하여 취득한 후 2007.6.8. 손OOO 외 3인에게 OOO원에 양도하고, 취득가액은 취득시기를 1994.12.22.로 보아 환산한 가액인 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 등기원인이 ‘1983.3.18. 매매’로 기재되어 있다 하여 동 등기원인일을 취득시기로 보고, 취득가액을 의제취득일(1985.1.1.)을 기준으로 환산한 가액인 OOO원으로 계산하여 2012.12.12. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 특별조치법에 따라 보증서를 발급받아 쟁점토지의 소유권등기를 접수하였는바, 보증서에는 청구인이 1983.3.18.부터 쟁점토지를 매수하여 현재까지 보유하고 있다는 사실만 기재되어 있을 뿐 매매매대금 청산일은 확인되지 아니하며, 대금청산일을 확인할 수 있는 매매계약서도 없다.

「소득세법」상 자산의 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 규정 하고 있고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명 부 등에 기재된 등기․등록접수일로 규정되어 있으며, 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 취득 및 양도시기에 대하여는 달리 특별한 규정을 두고 있지 않고 있다.

  따라서, 쟁점토지의 취득시기는 등기접수일인 1994.12.22.로 보아야 하므로 처분청 의 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다. 이에 불복하여 2013.2.26. 심판청구를 제기하였다.

나. 처분청 의견

처분청은 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조의 규정에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 취득 및 양도시기는 대금을 청산한 날로 보는 것이 원칙이고, 다만 대금청산일이 분명하지 않은 경우 등기접수일로 보도록 규정되어 있는바, 이는 일반적으로 등기접수는 대금청산이 있은 후 얼마 지나지 않아 이루어지게 되므로, 대금청산일이 불분명하더라도 등기접수일을 그 취득시기로 보는 것이 최대한 실제 권리관계에 부합하게 된다는 입법 취지로 해석되며, 특조법에 따른 등기는 일반적인 경우가 아니므로 등기접수일을 취득시기로 볼 수 없다.

  청구인이 쟁점토지의 소유권이전등기를 위하여 1994년 경주군에 제출한 확인서발급 신청서에는 청구인이 쟁점토지를 1983.3.18.부터 매수하여 사실상 소유하고 있음을 확인하여 줄 것을 요청하며, 그에 대한 근거로 인근주민 3인의 확인을 받은 보증서 를 제출하였고, 보증인들은 보증한 사항에 대하여 민·형사상 책임을 질 것을 서약하 였으므로 소유권이전등기의 추정력이 인정되며, 추정력을 부인하려면 등기원인 사실 이 허위임이 밝혀져야 하는데 청구인은 그 사실이 허위임을 입증하지 못하므로 등기 원인일을 취득시기로 하여 결정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」에 따라 등기한 쟁점토지의 취득시기가 등기원인일인지, 아니면 소유권이전등기접수일인지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 청구인은 특별조치법에 따라 1983.3.18. 매매를 원인으로 1994.12.22. 소유권이전등기 접수하여 취득한 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 특별조치법에 의하여 쟁점토지의 소유권이전등기를 하면서 제출된 확인서발급신청서 및 박OOO 외 2인의 보증서에는 청구인이 쟁점토지를 1983.3.18.부터 매수하여 소유하고 있다는 내용이 나타난다.

(3) 소득세법」제98조(양도 또는 취득의 시기)에는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항에는 법 제98조 제1항에는 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.

  한편, 특별조치법 제1조(목적)에는 이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재 가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제3조(적용범위)에는 이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매․증여․교환 등 법률행 위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있 지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 특별조치법은 1995.6.30. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대한 등기부의 정리를 간편한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것에 불과하므로 특별조치법에 의한 소유권 이전등기가 있었다 하더라도 동법에 의하여 소유권 이전등기가 된 법률행위가 언제나 1995.6.30. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니고(대법원 83누283, 1983.12.13. 참고), 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 기재된 등기원인일은 확인서발급신청서 및 인근주민의 보증서에서 확인되는 매매일이기는 하나, 이 날에 매매대금이 청산되었다고 보기는 어려우므로「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기접수일을 취득시기로 봄이 타당한바(조심 2012광100, 2012.3.20., 국심 95구2814, 1996.8.8. 합동회의 등 다수 참고), 처분청이 특별조치법에 따른 쟁점토지의 소유권이전등기시 등기원인이 ‘1983.3.18. 매매’로 기재되어 있다 하여 의제취득일(1985.1.1.)을 취득시기로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.