심판청구를 각하한다.

이 유

1. 본안 심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 본다.

 가. 청구법인은 OOO에 있는 한국철도공사에게 고속철도 선로 등 사용용역(이하 “쟁점선로사용용역”이라 한다)을 공급하고 선로사용료를 지급받는 한편, 고속철도 선로 등에 대하여 시설유지·보수 수탁용역을 제공받고 유지보수비를 지급하였다.

나. 청구법인은 2008.5.9. 한국철도공사와 ‘고속철도 선로 등 사용계약’(이하 ‘선로사용계약’이라 한다)을 체결한 후 2008년 제1기 부가가치세 과세기간의 선로사용료(이하 “쟁점선로사용료”라 한다)를 같은 기간의 유지보수비와 같은 금액인 OOO원으로 하여 2008.7.25. 부가가치세를 신고하였으나, 2008년 8월 대전지방국세청의 청구법인에 대한 세무조사 중 2008년도 제1기분의 쟁점선로사용료는 유지보수비가 아닌 고속철도 영업수입의 31%가 타당하다는 세무조사반의 권고에 따라, 2008.9.12. 청구법인은 과소신고한 2008년 제1기분 쟁점선로사용료 OOO원(공급가액)을 수정신고 및 부가가치세 OOO원을 추가납부하고, 2008년 제2기 예정분 부가가치세 신고시 선로사용료 수입금액을 한국철도공사의 고속철도 영업수입의 31%인 OOO원으로 신고한 후, 쟁점선로사용용역의 공급시기에 관하여 2008.9.19. 국세청장에게 질의한바, 국세청장은 2008.11.28. ‘쟁점선로사용료의 공급시기는 사용료의 각 부분을 받기로 한 때’라는 취지로 회신하였고(부가가치세과-4475), 청구법인은 이에 근거하여 2008.12.10. 위 수정신고로 인한 추가납부세액에 대하여 경정청구하였으며, 2009.1.23. 처분청은 당해 수정신고로 인한 추가납부세액을 환급하였다.

 다. 2010.1.12. 처분청은 국세청의 처분청에 대한 종합감사 지적에 따라 쟁점선로사용용역의 「부가가치세법」상 공급시기와 공급가액에 대하여 국세청장(법규과)에게 과세기준자문을 신청하였고, 2010.3.30. “2008년의 경우 쟁점선로사용용역의 공급시기는 실제 영업수익의 31%를 확정하여 정산하는 때”라는 취지의 자문 결과에 따라, 청구법인이 한국철도공사에게 발행한 2008년 제2기 예정분 선로사용료 관련 세금계산서는 공급시기 이전에 발행된 선세금계산서에 해당하며, 당해 선세금계산서상 공급가액의 일부 금액인 OOO원을 세금계산서 교부일로부터 7일 이내에 대가를 수수하지 아니하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 2010.8.27. 한국철도공사에게 2008년 제2기분 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였고, 이에 한국철도공사가 불복하여 2010.11.24. 우리 원에 심판청구를 제기한바, 2012.1.16. 우리 원은 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역으로서 계속적으로 공급받은 쟁점선로사용용역의 공급시기는 「부가가치세법 시행령」제22조 제2호에 따라 판단하여야 하며, 같은 영 및 「부가가치세법 시행규칙」제9조 제2항 제3호에 따라 한국철도공사가 쟁점선로사용용역에 대한 세금계산서를 교부받은 때가 쟁점선로사용용역의 공급시기가 된다고 보아야 할 것이다’라고 청구주장을 인용결정(조심 2010전4070)하였다.

 라. 이에 처분청은 2012.2.8. 청구법인에게 쟁점선로사용용역에 대하여 위 조세심판결정에 따라 수정신고(쟁점선로사용용역의 공급시기는 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’)를 안내하였고, 청구법인은 2012.3.16. 부가가치세 2008년 제1기분을 수정신고{공급가액 OOO만원 증액, 추가납부세액 OOO원(가산세 OOO원 포함)}하고 2009년 제1기분을 경정청구(공급가액 OOO원 감액, 환급세액 OOO원으로 2012.5.11. 처분청이 청구내용대로 환급결정하였다)한 후, 2012.3.29. 처분청에 2012.3.16. 수정신고한 2008년 제1기분 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구서(이하 “쟁점경정청구”라 한다)를 제출하였고, 이에 대하여 2012.5.17. 처분청은 청구법인의 2012.3.16.자 수정신고가 정당하여 쟁점경정청구를 받아들일 수 없다는 취지로 거부통지하였다.

 마. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.13. 심판청구를 제기하였다.

 바.「국세기본법」제45조의2 제1항 제1호에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있되, 다만 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다고 하고 있다.

 사. 처분청의 심리자료에 의하면, 처분청이 청구법인의 2008년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 과세표준 및 세액을 증가시키는 결정 또는 경정을 한 사실은 없는 것으로 나타난다.

 아. 살피건대, 이 건 쟁점경정청구가 청구법인이 신고한 2008년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세의 법정신고기한(2008.7.25.)으로부터 3년을 초과한 2012.3.29.에 제기되었고, 처분청이 당해 과세기간에 대하여 부가가치세의 과세표준 및 세액을 증가시키는 처분을 한 사실이 없으므로 경정청구기간이 경과한 후에 이루어진 부적법한 경정청구에 해당하며, 이에 대한 처분청의 거부통지도 단순한 민원회신에 불과하다 할 것이므로, 이 건 심판청구는 불복대상이 없는 부적법한 청구로 판단된다(국심 2010중288, 2010.9.29. 외 다수 같은 뜻).

2. 결론

  이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.