주 문

OOO세무서장이 2013.4.10. 청구법인에게 한 2012년 제2기분 부가가치세 OOO원의 환급거부처분은 청구법인이 주식회사 영신종합건설로부터 수취한 2012.7.5.자 세금계산서의 매입세액 OOO원을 매출세액에서 공제함과 함께 초과환급신고가산세 OOO원을 부과하지 아니하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구법인은 1997.11.3. 설립되어 OOOOO OOO OOO OOO-O OOOO OO에서 건물신축판매업을 영위하는 사업자로, 2011.11.8. OOO 신축공사(지하 3층, 지상 10층 건축연면적 27,230.57㎡의 업무용 건물로, 이하 “쟁점건축공사”라 한다)를 주식회사 OOO(수급인으로, 이하 “OOO”이라 한다)와 공사도급계약한 후, 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO로부터 수취한 매입세금계산서 11매OOO를 포함하여 당해 과세기간의 부가가치세를 신고OOO하였다.

 나. 처분청은 2013.2.26.부터 2013.3.6.까지 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인을 실시하여, 청구법인이 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO로부터 수취한 세금계산서 중 2012.7.5.자 세금계산서(1매, 공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원으로, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 공급시기 이후에 수취한 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 OOO원 및 초과환급신고 가산세(초과신고분 환급세액의 10%) OOO원과 동일 과세기간에 지연수취한 세금계산서(7매, 공급가액 OOO원)에 대하여 지연수취 가산세(공급가액의 1%) OOO원 등 합계 OOO원을 청구법인의 환급받을 세액 OOO원에서 제외하고 잔액 OOO원을 환급세액으로 결정하여 2013.4.10. 청구법인에게 환급하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

   쟁점건축공사에 대한 청구법인과 OOO 간의 공사도급계약서를 보면, ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조(기성부분금)에서는 OOO이 기성금 지급일 7일 전에 청구법인에게 25일 기준 기성부분에 대한 검사를 요청하면 검사 완료 후에 확정된 기성분에 대하여 매월 말일에 기성부분금을 지급하도록 되어 있는데, 25일을 기준으로 기성을 청구하기 위해서는 최소한 25일에 기성청구서가 작성되어야 하고, 그로부터 7일 후는 통상 다음달 2일이 되며, 결국 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조에 매월말로 규정된 지급시기는 기성부분 대금을 매월단위로 수회로 나누어 결제하는 원칙을 선언하고 있는 것에 불과하다.

   위와 같이 청구법인이 계약서상 기성금지급일을 매월 말일로 명시한 이유는 기성청구를 매달 25일 기준으로 할 때 기성검사가 통상 기성청구 후 5일 이내에 완료된다고 판단한 것으로 보이나, 공사가 누적적으로 진척됨에 따라 기성청구와 기성검사 시간이 예상보다 길게 소요되고 시공사와의 사이에 기성고에 대한 이견이 생김으로 인해 기성고가 5일 이내에 확정되지 못한 경우가 발생한다.

   쟁점세금계산서의 경우, 6월분(제5차 기성고분) 기성고 금액 OOO원(부가가치세 포함)의 기성청구서가 2012.6.29.자로 청구법인에 접수되었는데, 청구법인은 이를 확인하여 기성고 금액을 OOO원(부가가치세 포함)으로 감액하고 2012.7.2.자로 시공사인 OOO에 확정을 요청하였으며, 양자는 이에 합의하고 청구법인은 그 공급가액인 OOO원을 2012.7.4.자로 OOO에 송금하고, 기성대금을 입금확인한 OOO이 그 다음날인 2012.7.5.자로 쟁점세금계산서를 교부한 것이며, 세금계산서가 2012.7.5.자로 하루 늦게 발행된 것에 대하여는 전자발행으로 인해 당시에 확인할 수 없어서 시정을 요구하지 못하였다.

   청구법인이 기성금 지급일을 매월 말일로 명시함으로써 공급시기에 대한 오해의 소지가 있었음은 인정하지만 기성금 지급약정일에 지급하는 금액은 검사 후 대가의 지급이 확정되어야만 지급을 할 수 있는 것이므로 말일까지 기성대가가 확정되지 않은 경우에는 말일에 지급할 수 없는바, 쟁점세금계산서의 경우 기성고가 OOO원으로 확정된 날은 2012.7.4.(이날 대금 OOO원을 지급했기 때문)이며, 공급시기에 관한 부가가치세법령에 의하면 이날이 공급시기가 된다고 할 수 있다(2012.7.5.자로 발행된 것은 OOO의 실무자 착오이다).

   만약 기성확정일이 불분명하다고 본다면, 제5차 기성고에 대한 공급시기는 기성청구일 7일 후인 2012.7.6.이다. 공사도급계약서의 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조 제1항에 의하면 “갑(청구법인)은 지체없이 검사를 하고 그 결과를 을(OOO)에게 통지하여야 하며, 기성청구일로부터 7일 이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다”고 하였는데, 2012.6.25. 기준 기성청구서는 2012.6.29. 청구법인에 접수되었으므로 그 사이에 기성확정이 있었다는 증거가 없는 한 기성확정일은 그로부터 7일 후인 2012.7.6.이 된다.

   또한, 공사도급계약서상 기성금지급약정일(매월 말일)인 2012.6.30.은 토요일이어서 대금을 지급할 수 없었다. 처분청의 의견대로 계약서에 따른 제5차분 기성고 지급약정일인 2012.6.30.에 기성고가 확정되었다 하더라도 그 날은 토요일인 관계로 그 대금을 지급할 수 없으며 다음 주 월요일인 2012.7.2.에서야 대금을 지급할 수 있다. 따라서 2012년 6월분 기성고 지급약정일은 2012.7.2.로 보아야 하고, 그 날이 공급시기가 된다.

   결국, 2012년 6월분 기성고의 공급시기는 기성고가 확정되어 대금을 지급한 날인 2012.7.4.이고, 설령 그 날을 확정일로 인정할 수 없다면 기성청구일로부터 7일후인 2012.7.6.이 되는 것으로, 2012.7.5.자로 발행한 쟁점세금계산서는 어느 모로 보나 「부가가치세법」상 공급시기와 세금계산서 공급일자가 동일한 과세기간에 속한 세금계산서의 매입세액에 해당되어 매입세액공제대상이 된다 하겠다.

나. 처분청 의견

   청구법인은 2011.11.8. OOO과 2011.11.25.부터 2013.4.25.까지 매월 1회 기성금지급조건으로 쟁점건축공사도급계약을 체결하고 쟁점건축공사에 대한 공사용역을 제공받았는바, 시공사인 OOO은 공사도급계약서의 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조(기성부분금)에 의거 2012.6.25. 책임감리자인 ㈜OOO(이하 “책임감리자”라 한다)의 공정확인서를 첨부하여 청구법인에게 기성청구하였고, 청구법인이 2012.6.29. 이를 접수하였다.

   공사도급계약서의 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조(기성부분금) 제2항에는, 검사완료 후 기성부분금에 대한 기성지급일이 매월 말일에 지급하는 것으로 되어 있고, 착공일이 지연된 경우 지연 월을 더한 해당 월의 말일을 기성지급일로 하고 있다”고 명시되어 있는바, 청구법인은 2012년 6월분의 기성확정일을 대금 OOO원을 지급한 2012.7.4.임을 주장하나 책임감리자의 제5차 공정확인서에 의하여 검사합격되어 OOO이 2012.6.25. 기성청구하였으므로 기성확정일은 2012.6.25. 내지 기성청구서 접수일인 2012.6.29.로 보아야 하며, 공급시기는 기성금을 받기로 한때인 2012년 6월말이다.

   2012년 제2기에 청구법인이 OOO로부터 수취한 세금계산서를 보면, 2012.8.25. 청구된 7회 기성에 대한 세금계산서는 2012.8.31.과 2012.9.10. 및 2012.9.17.에 각각 수취하는 등 기성청구 시점에 검사합격되어 기성청구 금액이 확정되었음에도 세금계산서 수취일을 각각의 기성확정일로 보는 청구법인의 주장은 기성청구금액과 기성확정금액을 별개의 거래로 보는 것에 해당되어 논리에 맞지 않는 것(세금계산서 지연수취로 가산세 부과한 6～10회 기성청구 또한, 같은 논리로 세금계산서지연수취가산세를 부과한 것이다)으로, 실제 공급시기 이후에 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  공급시기 이후에 과세기간을 달리하여 수취한 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

  (1) 국세기본법

  제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」및 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

 2. 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액

  (2) 부가가치세법

  제9조(거래시기) ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

 2. 공급받는 자의 등록번호

 3. 공급가액과 부가가치세액

 4. 작성 연월일

 5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

  제17조(납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

⑦ 제2항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (3) 부가가치세법 시행령

  제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

 1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

 2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청에서 2013년 3월에 작성한 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인 복명서 및 청구법인의 심판청구이유서 등에 의하면, 처분청은 2013.2.26.부터 2013.3.6.까지 청구법인에 대한 2012년 제2기 확정 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하여 제5회 기성분인 쟁점세금계산서의 공급시기가 2012년 제1기분에 해당됨에도 청구법인이 2012년 제2기 과세기간인 2012.7.5.자에 수취한 것으로 보아 동 매입세액 OOO원을 불공제하고 초과환급신고가산세(매입세액의 10%인 900만원)를 적용하는 한편, 쟁점세금계산서 이외에 OOO로부터 동일 과세기간내에 지연수취한 세금계산서OOO에 대하여 지연수취가산세OOO를 적용하여 환급받을 세액에서 차감하였고(아래 <표1> 참조), 청구법인은 쟁점세금계산서의 매입세액에 대하여만 매입세액불공제 처분이 부당하다고 주장하면서 이 건 심판청구를 제기하였다.

  (2) 2011.11.8. 작성된 청구법인과 OOO 간의 공사도급계약서를 보면, 공사명은 ‘OOO’이고, 공사장소는 OOO, 착공예정연월일은 2011.11.25., 준공예정연월일은 2013. 4.25.이며, 총계약금액은 OOO원OOO이고, 선급금은 없으며, 기성지급조건은 현금 100%이되, 기성금은 대물지급을 15%로 하고, 착공 후 2개월째부터 매월 공정율에 의거하여 계약금액의 85%를 지급하며, 준공금은 계약금액의 15%로서 대물부분으로 하기로 하며, 건물인수·인계완료 후 15-30일 이내 지급하는 것으로 되어 있는바, 동 공사도급계약서에서 쟁점건축공사의 기간이 17개월이고, 도급금액은 공정에 따라 매월 지급하는 것으로 되어 있으므로 쟁점건축공사는 완성도지급기준 또는 중간지급조건부 용역제공에 해당되며, 이 점에 대하여는 청구법인과 처분청은 다투지 아니한다.

  한편, 위 공사도급계약서의 부속서류인 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조(기성부분금)에는 제1항에 “OOO(시공사)은 매 기성금 지급일 7일전에 청구법인(감리원을 포함한다)에게 25일 기준 기성부분에 대한 검사를 요청하며, 이 때 청구법인은 지체없이 검사를 하고 그 결과를 OOO에게 통지하여야 하며, 7일 이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다”라고 규정되어 있고, 제2항에 “청구법인은 검사완료 후 기성부분금을 아래 정한 바(<표2> 참조)에 따라 OOO에게 지급하되, 은행 및 신탁사와 별도의 약정이 있을시엔 그 조건에 따르도록 한다”라고 규정되어 있으며, 제3항에는 “OOO(시공사)은 착공일이 2011.12.15. 이후일 경우에 제2항의 기성지급일은 착공지연 월을 더한 해당 월의 말일을 기성지급일로 한다”라고 규정하고 있는바, 쟁점건축공사의 관할관청인 남양주시청의 착공신고필증에 의하면, 착공(예정)일이 2011.12.20.로 위 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조 제3항의 규정에 의하면 공사기성이 1월씩 순연되어 5회 기성이 2012년 5월말이 아닌 2012년 6월말이 됨을 알 수 있다.

  (3) 청구법인이 제시한 쟁점세금계산서와 관련한 기성청구 및 세금계산서 발급·수취내역을 보면, 쟁점건축공사의 시공사인 OOO이 2012년 6월분인 제5회 기성청구서OOO를 책임감리자가 작성(2012.6.25.)한 공정확인서, 도급기성청구서, 도급기성집계표, 공정사진 및 공정표 등 각 1부를 첨부하여 2012.6.25.자로 청구법인에게 제출하였고, 2012.6.29.(금요일) 청구법인의 현장감독원과 대표자가 접수(결재)하고, 2012.7.2.(월요일) 청구법인은 OOOOOO이 청구한 기성금액OOO중 OOO원을 감액하여 OOO원(공급가액)으로 확정[청구법인이 2012.7.2. OOO 앞으로 작성한 제5회 기성청구 및 확정 관련 문서(문서번호: 2012-영신-05)에는 확정금액을 한글로는 “OOO원”으로, 아라비아숫자로는 “￦OOO원”으로 서로 상이하게 기재되어 있으나 청구법인의 기성검토상세내역 및 세금계산서에 의하면 기성확정금액은 OOO원(부가가치세 포함)으로 기재되어 있고, 이에 대하여 청구법인은 실무자의 착오에 따른 것이라고 소명하고 있다]하여 OOOOOO에 통보하여 2012.7.3. OOO이 이를 접수하고, 2012.7.4. 청구법인이 기성확정액 OOO원을 OOO에게 지급(청구법인이 신한은행 OOO지점에서 OOO의 기업은행 계좌 18701778******로 입금하였음이 입금확인증에 의하여 확인된다)하였고, 이에 OOO은 2012.7.5.자를 작성일자로 하여 쟁점세금계산서를 발행한 것으로 나타난다.

  (4) 「부가가치세법」제9조(거래시기) 제2항에는 ‘용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다’라고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제22조(용역의 공급시기)에 의하면, ‘완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(제2호)’를 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기로 하도록 규정되어 있으며, 부가가치세법 기본통칙 9-22…4(완성도기준 지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기)에는 ‘사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 해당 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다’라고 규정되어 있다.

  (5) 살피건대, 처분청은 쟁점건축공사의 공사수급인인 OOO의 제5회 기성청구서에 첨부된 책임감리자OOO의 제5차 공정확인서에 의하여 기성청구가 검사합격되어 2012.6.25. 청구법인에게 기성청구된 것이므로, 기성확정일은 2012.6.25. 내지 기성청구서 접수일인 2012.6.29.로 보아야 하고, 따라서 쟁점세금계산서에 대한 공급시기는 공사도급계약서상 기성금을 받기로 한 때인 2012년 6월말이라는 의견이나,

  위 공사도급계약서의 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조에 청구법인이 “검사완료 후” 매월 말에 기성부분금을 지급하도록 규정되어 있는 반면, 책임감리자가 작성한 공정확인서를 청구법인의 검사완료 또는 합격으로 본다고는 규정되어 있지 아니한 점, 공사수급인(시공사)의 기성청구서에 첨부된 공정확인서는 책임감리자가 확인한 공정율(기성고)이고 이를 공사도급인(시행사)이 검토하여 기성금액을 최종 확정하고 있는 점, 청구법인도 공사도급인(시행사)으로서 기성청구에 대하여 자체적으로 검토하여 기성을 확정하고 있다고 주장하고 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점세금계산서에 대한 공급시기를 청구법인과 OOO 간의 ‘공사도급계약 일반조건’ 제20조 제2항을 들어 2012년 6월말이라는 처분청의 의견은 타당하지 아니한 것으로 보인다.

  또한, 「부가가치세법 시행령」제22조에는 완성도 기준지급 조건부로 용역을 공급하는 경우 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 용역의 공급시기라고 규정하고 있고, 완성도 기준지급 조건부의 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 해당 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 보는 것(부가가치세법 기본통칙 9-22…4 같은 뜻)인바, 위에서 살펴본 바와 같이 시공사인 OOO의 제5회분 기성청구에 대하여 청구법인이 그 기성청구내역을 검토하여 OOOOOO에게 확정통지한 날인 2012.7.2.을 ‘검사 후 대가의 지급이 확정된 때’로서 쟁점세금계산서의 공급시기로 봄이 타당하다고 하겠다.

  따라서, 청구법인이 OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 과세기간을 달리하여 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액 OOO원을 매출세액에서 불공제하고 동 매입세액의 10%인 OOO원을 초과환급신고가산세로서 환급할 세액에서 차감한 처분청의 이 건 부가가치세 환급거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.