주 문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26 법률 제9272호로 개정되기 전의 것 및 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 '연구 · 인력개발비'라 한다)이 있는 경우에는 그 각 호에서 정한 금액을 해당과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 별표6 및 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 별표6은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 '기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 '전담부서'라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자 의 인건비'를 연구 · 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 2008 내지 2010 사업연도 법인세 신고 당시 연구개발 전담부서에서 근무하는 직원들에 대한 퇴직급여충당금 설정액 합계 OOOO원을 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구 · 인력개발비 세액공제 대상에 포함시키지 아니하였다가, 2012. 3. 31. 피고에게 이를 세액공제 대상금액에 포함시켜 달라는 취지의 법인세 감액경정청구를 한 사실, 피고는 퇴직급여충당금이 연구 · 인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하지 않는다고 보아 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 해당 사업연도의 퇴직급여충당금 적립액도 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구 · 인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당한다는 이유로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.

조세특례제한법상 연구 · 인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 퉁이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조), 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이다. 그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금 은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법 상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아니다.

따라서 퇴직급여충당금은 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구 · 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한다.

그렇다면 이와 다른 전제에 선 원심판단에는 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구 · 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리 · 판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.