주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 ‘○○○○○건축’이라는 상호로 건설업을 영위하는 사람이다.

나. 원고는 2011. 11. 25. 곽BB 외 2인(이하 ‘이 사건 도급인’이라 한다)과 사이에

원고가 광양시 중동 0000-0에 상가를 신축하는 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 완공일 2012. 2. 3.으로 정하여 공사하고, 이 사건 도급인으로부터 공사대금 240,000,000원(부가가치세는 별도로 지급하기로 하였고, 공사대금 중 계약금 72,000,000원은 계약시, 중도금 96,000,000원은 골조공사 착공 시, 잔금 72,000,000원은 준공검사 후 15일이내에 각 지급하기로 약정하였다)을 지급받기로 하는 내용의 도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 원고는 이 사건 도급인으로부터 이 사건 도급계약 당시 계약금 72,000,000원을

지급받았고, 2011. 11. 29. 중도금의 일부인 65,000,000원을 지급받아 총 137,000,000원(72,000,000원 + 65,000,000원, 이하 ‘이 사건 지급금’이라 한다)을 수령하고 이 사건 공사를 진행하다가 이 사건 도급인과의 분쟁으로 공사를 중단하였다.

라. 원고는 이 사건 도급인으로부터 이 사건 지급금을 지급받고도 이 사건 도급인에

게 세금계산서를 발행하지 않았고 세무서에 부가가치세 신고·납부도 하지 않았다.

마. 이 사건 도급인은 2012. 2. 20. 순천세무서장에게 구 조세특례제한법(2013. 6. 7.

법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제126조의4에 따라 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인신청을 하였다.

바. 피고는 원고에 대한 관할 세무서장으로서, 순천세무서장으로부터 위 거래사실 확

인신청을 통보받고 이 사건 공사에 대하여 확인을 한 결과, 원고가 이 사건 도급인으

로부터 받은 이 사건 지급금은 원고가 이 사건 공사 착공일부터 공사가 중단된 시점까

지 이 사건 도급인에게 제공한 이 사건 공사의 대가로 받은 것임을 확인하여 구 조세

특례제한법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특

법 시행령’이라 한다) 제121조의4 제8항에 따라 2012. 3. 원고와 순천세무서장에게 거

래사실 확인통지를 하는 한편, 2013. 1. 7. 원고에게 원고가 위와 같이 이 사건 공사에 대한 부가가치세 신고·납부를 하지 않았다는 사유로, 2012년 제1기분 부가가치세 16,316,430원을 부과·고지하는 내용의 부가가치세 경정 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 8호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

1) 이 사건 도급계약은 해제되어 무효이므로, 원고가 이 사건 공사에 관하여 부가

가치세 부과 대상이 되는 용역의 공급을 하였다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 도급인이 순천세무서장에게 거래사실의 확인을 신청한 2012. 2. 20.은

원고와 이 사건 도급인이 법적 다툼을 벌이던 시기로 아직 세금계산서 교부시기가 도

래하지 아니하여 거래사실 확인신청을 할 수 없으므로, 피고가 원고에게 통보한 거래

사실 확인통지는 무효이고, 이를 원인으로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 원고와 이 사건 도급인은 이 사건 도급계약에서 공사대금에 대한 부가가치세를

별도로 지급하기로 약정하였고, 원고는 이 사건 도급인에게 부가가치세를 징수한 바

없음에도, 피고는 이 사건 공사대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보고 한 이 사건

처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가

가치세법’이라 한다) 제1조 제1항, 제7조는 부가가치세는 계약상 또는 법률상의 모든

원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 용역의 공

급에 대해 부과하도록 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항은 용역이 공급되는 시기는

역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 규정하고 있으며, 같은

법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법

시행령’이라 한다) 제22조는 용역의 공급시기에 관하여, 통상적인 공급의 경우에는 역

무의 제공이 완료되는 때(제1호), 완성도 기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조

건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는

경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(제2호), 제1호와 제2호의 규정을 적용할

수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(제3호)로 규정

하고 있다.

한편 공사도급계약에 의하여 공사를 진행하다가 완공 전에 중단된 경우에는 그 기성

고가 결정되어 그에 상응한 공사대금을 지급받을 수 있게 된 날을 건설용역의 공급시

기로 봄이 상당하다(대법원 1997. 6. 27. 선고 96누16193 판결 등 참조).

나) 이 사건에서, 이 사건 공사의 완공 기한이 2012. 2. 3.이고, 이 사건 도급인

이 그 무렵까지 원고에게 공사대금으로 137,000,000원을 지급한 상태에서 이 사건 공

사가 중단된 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제4, 5호증의 기재에 변론 전체의 취지를

종합하면, 이 사건 도급인은 2012. 2. 7. 원고에게, 원고가 이 사건 공사에 관하여 설계도와 다르게 시공하였고 이 사건 도급인에게 추가 공사대금을 요구한다는 이유로, 이 사건 도급계약을 해제한다는 내용의 통보를 한 사실, 원고는 2012. 2. 27. 이 사건 도급인에게 이 사건 도급계약에 따른 중도금 미지급금 31,000,000원 및 추가공사금

58,000,000원을 지급하라면서, 이를 이행하지 않으면 자동으로 이 사건 도급계약이 해

지된다는 내용의 통보를 하고, 2012. 2. 28. 이 사건 도급인을 사기죄로 고소한 사실,

그런데 원고와 이 사건 도급인은 2012. 2. 29. 원고가 이 사건 공사를 포기하고, 이날

이후부터는 상호 어떠한 법적 책임도 묻지 않으며, 현재 진행 중인 소송을 상호 취하

한다는 내용의 공사포기각서를 작성한 사실, 원고는 이미 수령한 이 사건 지급금을 보

유한 채, 이 사건 도급인에게 이 사건 공사에서 완성한 부분을 인도한 사실을 인정할

수 있다.

다) 위 인정 사실에 따르면, 원고와 이 사건 도급인은 2012. 2. 29. 이 사건 도

급계약을 장래를 향하여 합의해지하면서, 서로 상대방이 그때까지 이행한 부분을 보유

하고 이행하지 않은 부분에 대한 이행청구는 서로 포기하는 것으로 하여 이 사건 도급

계약상 권리·의무를 정산하였고, 원고는 위 기성 부분에 관하여는 이 사건 도급계약에

따라 용역을 제공하였고 그 대가로 이 사건 지급금을 지급받았는바, 위 합의해지 시점

에 그 용역의 제공이 완료되고 공급가액이 확정되었다고 봄이 타당하므로, 원고는 이

사건 공사의 기성 부분에 관한 부가가치세 납부 의무가 있다.

라) 따라서, 이 사건 도급계약이 해제되어 무효라거나, 그에 따라 원고가 이 사

건 공사에 관하여 용역의 공급을 하였다고 볼 수 없다는 취지인 원고의 첫 번째 주장

은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

가) 조특법 제126조의 4, 조특법 시행령 제121조의4에 따른 매입자발행세금계산

서 특례 규정은 재화 또는 용역의 공급자가 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 교부

하지 않는 경우 그 공급받는 자가 세무서로부터 거래사실 확인을 받아 세금계산서를

직접 발행할 수 있도록 한 것으로서, 이는 매입자가 매출자의 조력 없이도 매입세액

공제를 받을 수 있도록 부가가치세법에 대한 특례를 규정한 것인바, 위 규정에 의해

비로소 재화 또는 용역의 공급자에게 부가가치세 납부 의무가 발생하는 것은 아니다.

나) 이 사건에서, 원고가 이 사건 공사에 관하여 부가가치세 납부 의무를 부담하

는 것은 이 사건 도급계약에 따른 용역을 공급하고 그 대가로 이 사건 지급금을 지급

받았기 때문이고, 이 사건 도급인이 세무서로부터 거래사실 확인을 받아 매입자발행세

금계산서를 발행한 것에 비롯된 것이 아니다.

다) 따라서 이 사건 공사에 관하여 세금계산서 교부시기가 도래하지 않아 피고

가 원고에게 한 거래사실 확인통지가 무효이고 그에 따른 이 사건 처분은 위법하다는

취지인 원고의 두 번째 주장은 나아가 살펴 볼 것 없이 이유 없다.

3) 원고의 세 번째 주장에 관하여

가) 원고와 이 사건 도급인은 이 사건 도급계약에서 공사대금과 별도로 부가가

치세를 지급하기로 약정하였고, 원고가 이 사건 도급인으로부터 이 사건 지급금을 지

급받았음은 앞서 본 바와 같고, 한편, 대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이

상 실제로 그 대가를 받았는지의 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부를 결정하는

데 아무런 영향을 미칠 수 없는바(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두8534 판결 등 참

조), 원고가 이 사건 도급인으로부터 이 사건 지급금과 별도로 부가가치세를 거래징수

하지 않았다고 하여 원고에게 부가가치세 납부의무가 없다고 할 수 없다.

나) 또한, 을 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 이 사건

처분을 하면서 이 사건 지급금 중 부가가치세가 포함되었다고 보고 부가가치세의 과세

표준을 124,545,000원으로 산정하고, 이에 따라 원고의 매출세액을 그 10%인

12,454,500원으로 계산한 다음, 여기에서 매입세액 1,499,100원을 공제한 나머지인

10,955,400원을 본세로 하고, 이에 가산세 5,361,035원을 더하여 16,316,435원을 부가가치세로 산정한 사실이 인정되는바, 피고가 부가가치세의 과세표준을 이 사건 지급금 액수인 137,000,000원으로 하지 않고 11분의 1 가량을 공제한 124,545,000원으로 하여 내린 이 사건 처분은 다음과 같은 이유에서 취소대상이 될 수 없다.

(1) 원고와 이 사건 도급인이 이 사건 도급계약을 합의해지하면서 현상태에

합의하고 이후에 서로 법적 책임을 묻지 않기로 약정하였으므로, 이 사건 도급인이 원

고에게 별도로 부가가치세를 지급할 의무가 남아있다고 단정하기 어려운바, 이 사건

지급금에서 11분의 1을 공제한 나머지를 과세표준으로 본 것이 위법하다고 할 수 없

다.

(2) 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 부과·고지된 세액이 원래

당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그

잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당

세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아닌바(대법원 1992. 7.

28. 선고 91누10695 판결 등 참조), 가사 이 사건 도급인이 원고에게 이 사건 지급금

과 별도로 이에 대한 부가가치세를 지급할 의무가 남아있다고 하더라도, 피고가 이 사

건 지급금 137,000,000원 전체를 이 사건 공사의 부가가치세 과세표준으로 산정하지

않고, 위와 같이 11분의 1을 공제한 나머지인 124,545,000원만을 과세표준으로 산정한 것은 결과적으로 부가가치세액 산정에 있어 원고에게 유리한 처분이고, 그 산정 결과는 이 사건 지급금 전체를 과세표준으로 하여 정당하게 산정한 부가가치세액의 범위

내에 있다.

다) 따라서 원고의 세 번째 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 주장은 모두 이유 없으므로 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

관계 법령

▣ 부가가치세법 (2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제1조(과세대상)

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(역무) 및 그 밖의 행

위를 말한다.

제2조(납세의무자)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무

가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른

재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급

하는 자(이하 "사업자"라 한다)

2. 재화를 수입하는 자

제7조(용역의 공급)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·

시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제9조(거래 시기)

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때

로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가

의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서

또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역

의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제13조(과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(가액)

을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니

한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

제15조(거래징수)

사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제13조에 따른 과세표준에 제14조에

따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한

다.

▣ 부가가치세법 시행령 (2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제22조(용역의 공급시기)

법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공

급가액이 확정되는 때

▣ 조세특례제한법 (2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제126조의4(매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례)

① 「부가가치세법」 제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령

으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제16조에 따른 세

금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받

은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이

하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령

으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」 제17조제1항 및 제26조제3항에 따라 공제할

수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한

사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 조세특례제한법 시행령 (2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제121조의4(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등)

① 법 제126조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 「부가가치세법」 제16

조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(「부가가치세법」 제25조제1항에 따른

간이과세자를 제외하며, 「부가가치세법 시행령」 제79조의2제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제126조의4제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출

된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재

및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음

각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다. <개정 2008.2.29>

1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일,

공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시

신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청

인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산

서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으

로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로

본다.

⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 「부가가치세법」 제18조

에 따른 예정신고 및 동법 제19조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」 제45조의2제

1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한

경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 「부가가치세법」 제17조제1항 및 제26조제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다. 끝.