주 문

OOO세무서장이 2012.12.12. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 일반과소신고가산세를 적용하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009년 제2기 과세기간에 OOO전설(주)로부터 매입세금계산서 2매 OOO천원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하였는 바, OOO세무서장은 OOO전설(주)에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인과의 거래에 대하여 위장 및 가공거래로 확정하여 과세자료를 통보하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 조사를 실시하여 2009년 제2기 과세기간에 자료상으로 확정된 매입처 OOO전설(주)에서 수취한 쟁점세금세금계산서를 위장세금계산서로 보아 매입세액을 부인하여 2012.12.12. 2009년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.18. 이의신청을 거쳐 2013.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 전기공사 용역이 완료된 시점에 당초 청구법인의 하도급업체인 ㈜OOO종합건설이 폐업되어 세금계산서를 발급할 수 없는 상태에서 실제 공사를 한 OOO전설(주)와 전기공사 계약을 변경하여 쟁점세금계산서를 정당하게 수취한 것이므로 쟁점세금계산서 금액에 대하여 매입세액 공제를 부인하고 과세한 처분은 취소되어야 한다.

(2) 쟁점세금계산서는 조세포탈 의도나 고의성을 가지고 수취한 위장의 가공거래가 아니며 주어진 상황에서 최선의 절차에 따라 수취한 세금계산서로 부당과소가산세 40% 부과는 부당한 처분이므로 부당과소가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 자료상 확정업체인 OOO전설(주)와의 거래를 실체적 진실에 따라 세법규정을 충실히 이행한 거래라고 주장하고 있으나, OOO전설(주)와의 거래는 위장거래로 당초 처분은 정당하고, 이는 「국세기본법 시행령」 제27조에서 규정한 부당한 방법에 해당하므로 부당과소가산세 40%를 적용한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 수취한 세금계산서가 정상적인 세금계산서인지 아니면 사실과 다른 세금계산서인지 여부

② 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. <개정 2010.1.1>

 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

 2. 공급받는 자의 등록번호

 3. 공급가액과 부가가치세액

 4. 작성 연월일

 5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다. <개정 2010.1.1>

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. <개정 2010.1.1>

④ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급ㆍ전송할 수 있다. <개정 2010.1.1>

⑤ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다. <개정 2010.1.1>

⑥ 세금계산서를 발급하기 어렵거나 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니할 수 있다. <개정 2010.1.1>

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 작성ㆍ발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1>

(2) 부가가치세법 제17조 【세금계산서】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31, 2013.1.1>

 1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 2의2. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

 4. 「개별소비세법」 제1조제2항제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차(賃借) 및 유지에 관한 매입세액

 5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

 6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

 7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

③ 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우(제12조제4항에 따라 부가가치세를 면제받지 아니하기로 하고, 제11조에 따라 영세율이 적용되는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다. <개정 2010.1.1>

④ 제3항은 사업자가 제18조 및 제19조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다. <개정 2010.1.1>

⑤ 제1항에 따라 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)이나 그 밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제19조에 따른 해당 과세기간의 확정신고(確定申告)와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31>

⑥ 제2항제6호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 그 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. <개정 2010.1.1>

⑦ 제2항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1>

(3) 국세기본법 제47조의3 【과소신고·초과환급신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항·제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. <개정 2013.6.7>

 1. 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은 「종합부동산세법」 제9조제1항 또는 제14조제1항·제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조제3항·제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다.

 2. 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다. <개정 2013.1.1, 2013.6.7>

 1. 부정행위로 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세 및 종합부동산세(이하 이 항에서 "소득세등"이라 한다)의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

  가. 부정행위로 인한 과소신고분 과세표준(이하 "부정과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부정과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 부정행위로 과소신고(「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 부정과소신고가산세액과 부정과소신고과세표준 관련 수입금액(이하 "부정과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

  나. 과소신고분 과세표준에서 부정과소신고과세표준을 뺀 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액(이하 "일반과소신고산출세액"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액

 1의2. 부정행위로 소득세등의 세액감면 또는 세액공제를 신청한 경우: 부정행위로 세액감면 또는 세액공제를 받은 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

 2. 부정행위로 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액. 다만, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항·제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 다음 각 목의 금액을 합한 금액에 그 과소신고분 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액으로 한다.

  가. 부정행위로 인한 과소신고분 납부세액(이하 "부정과소신고납부세액"이라 한다)과 부정행위로 인한 초과신고분 환급세액(이하 "부정초과신고환급세액"이라 한다)을 합한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

  나. 과소신고분 납부세액에서 부정과소신고납부세액을 뺀 금액과 초과신고분 환급세액에서 부정초과신고환급세액을 뺀 금액을 합한 금액(이하 "일반과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 제1항 및 제2항은 「부가가치세법」에 따른 사업자가 아닌 자가 환급세액을 신고한 경우에도 적용한다.

④ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이와 관련하여 과소신고하거나 초과신고한 부분에 대해서는 제1항 또는 제2항의 가산세를 적용하지 아니한다. <개정 2013.6.7>

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 상속세·증여세 과세표준을 과소신고한 경우

  가. 신고 당시 소유권에 대한 소송 등의 사유로 상속재산 또는 증여재산으로 확정되지 아니하였던 경우

  나. 「상속세 및 증여세법」 제18조부터 제23조까지, 제23조의2, 제24조, 제53조 및 제54조에 따른 공제의 적용에 착오가 있었던 경우

  다. 「상속세 및 증여세법」 제60조제2항·제3항 및 제66조에 따라 평가한 가액으로 과세표준을 결정한 경우

 2. 「부가가치세법」 제45조제3항 단서가 적용되는 경우

⑤ 기납부세액이 있는 경우에는 다음 각 호와 같이 계산한다.

 1. 제1항을 적용할 때에는 같은 항 각 호에 따른 금액에서 기납부세액을 뺀다.

 2. 제2항제1호를 적용할 때에는 일반과소신고산출세액에서 기납부세액을 뺀다.

 3. 제2항제2호를 적용할 때에는 일반과소신고납부세액등에서 기납부세액을 뺀다.

⑥ 이 조에 따른 가산세의 부과에 대해서는 제47조의2제3항, 제6항 및 제7항을 준용한다.

⑦ 부정과소신고과세표준, 부정과소신고수입금액 및 가산세액의 계산과 그 밖에 가산세의 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 국세기본법시행령 제27조 【무신고가산세】

① 법 제47조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 세액"이란 다음 각 호의 세액을 말한다.

 1. 소득세의 경우

  가. 「소득세법」 제76조제3항(제125조에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 공제되는 세액

  나. 「소득세법」 제106조제3항 및 제111조제3항(제118조의8에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 공제되는 세액(같은 법 제114조에 따라 결정·경정한 세액은 제외한다)

 2. 법인세의 경우

  가. 「법인세법」 제64조제1항(제1호의 세액은 제외하며, 제97조제1항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 공제되는 세액

  나. 「법인세법」 제76조의19제1항(제1호의 세액을 제외한다)에 따라 공제되는 세액

  다. 「법인세법」 제86조제1항에 따라 공제되는 세액

 3. 개별소비세 또는 교통·에너지·환경세의 경우 : 「개별소비세법」 제12조 또는 「교통·에너지·환경세법」 제10조에 따른 수시부과세액

 4. 상속세 또는 증여세의 경우 : 「상속세 및 증여세법」 제28조 또는 제58조에 따라 공제되는 증여세액

② 법 제47조의2를 적용하는 경우 수입금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입금액으로 한다.

 1. 개인: 「소득세법」 제24조부터 제26조까지 및 제122조의 규정에 따라 계산한 사업소득에 대한 해당 개인의 총수입금액

 2. 법인: 「법인세법」 제60조·제76조의17·제97조에 따라 법인세 과세표준 및 세액 신고서에 적어야 할 해당 법인의 수입금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 2004.7.30. OOO동 554-3외 3필지 상에 부동산/주택임대 사업을 개업하였다.

(나) OOO세무서장은 2012년 3월 OOO전설(주)에 대한 세무조사 결과, 위장세금계산서를 발행한 것으로 확인하고 OOO전설(주)를 검찰에 고발하였으며, OOO전설(주)로부터 쟁점세금계산서를 수취한 청구법인의 관할세무서인 처분청에 자료상 확정자료를 통보하였고, 이에 대하여 처분청은 청구법인에 대하여 2012년 9월 거래질서관련 세목별 조사를 실시하여, 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 공제를 부인하였다.

(다) 처분청이 제시한 OOO동 554-3외 3필지상의 OOO 신축공사(이하 “OOO 신축공사”라 한다)에 따른 건설공사 표준하도급계약서의 발주자는 ㈜OOO, 원사업자는 ㈜OOO종합건설, 수급사업자는 OOO전설(주)로 하여 2009.10.16. 작성되었음이 확인된다.

(라) 공사를 진행하던 중 발주자인 ㈜OOO의 부도로 공사가 중단되었고 청구법인 및 수분양자들이 대책위원회를 구성하였으며 청구법인이 발주자로서 ㈜OOO종합건설 현장 총괄책임자인 최OOO과 계약하여 공사를 진행하였다.

(2) 처분청은 답변서 등 심리자료에서 다음과 같이 과세근거를 제시하고 있다.

(가) OOO전설(주)는 OOO 신축공사의 원사업자인 ㈜OOO종합건설(2007.10.31. 직권폐업)과 하도급 계약을 체결(2009.10.16)하고 청구법인이 발주한 공사에 참가하였으며, 공사대금도 청구법인이 아닌 ㈜OOO종합건설의 현장 공사책임자인 최OOO으로부터 지급받았고 OOO전설(주)와 ㈜OOO종합건설의 계약체결시에 이미 ㈜OOO종합건설은 직권폐업된 상태여서 사업자적인 지위를 가지고 있지 않았음에도 ㈜OOO종합건설의 현장소장과 계약을 맺고 공사를 진행하였다.

(나) 청구법인은 ㈜OOO, ㈜OOO종합건설의 부도로 OOO 신축공사가 중단되어 있던 건물을 청구법인 및 수분양자들이 마무리공사를 진행한 것이며 마무리 공사를 위해 최OOO과 평당 OOO원씩 계약(2009.12.30.)하여 공사를 재개하였으며, 청구법인이 ㈜OOO종합건설 공사책임자인 최OOO과의 계약시 ㈜OOO종합건설은 이미 직권폐업된 상태였고 공사책임자인 최OOO은 별도의 사업자등록이 되어있지 않아 세금계산서를 수취할 수 없음을 알 수 있었음에도 공사계약을 하고 공사비 명목으로 최OOO에게 이체하고 직접 거래가 없었던 OOO전설(주)의 세금계산서를 수취하였다.

(다) 청구법인의 대표이사 한OOO은 심문조서 문답시 OOO전설(주)와는 전기공사와 관련하여 직접 계약 체결을 한 바 없고, ㈜OOO, ㈜OOO종합건설 도급자인 ㈜OOO종합건설 현장소장 최OOO과 계약 체결한 것이며, 대금지급도 ㈜최OOO에게 지급한 것이라고 진술하였고, 처분청에서 청구법인에 대한 거래질서 조사시 청구법인의 대표가 OOO전설(주)로부터 위장세금계산서를 받았음을 시인하였다.

(라) 2009년～2011년 12월까지 ㈜OO종합건설 현장소장 최OOO이 청구법인의 대표이사 한OOO으로부터 추가 공사비를 지급받은 내용에 의하면 2009년에 지급받은 OOO천원 중 OOO천원(2009.10.19. 812호, 310호, 309호, 909호, 1410호 근저당권 설정양도)이 추가공사비와 관련하여 아래 [표1]과 같이 ㈜OOO, ㈜OOO종합건설 소유의 부동산에 대하여 청구법인의 대표이사 한OOO에게 근저당권을 설정하였다가 이를 OOO전설(주)에게 채권양도한 것으로 청구법인에서 OOO전설(주)에 직접 대금지급 결제한 금액이 아닌 것으로 나타나고, 대금결제에 대하여 OOO전설(주)에 확인한 바, 대금수취 없이 근저당권을 해제하여 주었다고 진술하고 있어 청구법인에서 실제로 결제한 내역은 없는 것으로 확인된다.

(마) 위와 같이 실제 계약도 이루어지지 않았고 대금지급도 OOO전설(주)에 지급되지 않은 점 등을 볼 때 OOO전설(주)로부터 수취한 세금계산서는 위장세금계산서로 봄이 타당하며, 청구법인은 위장세금계산서 수취시 조세를 포탈할 의도나 고의성을 가지지 않았으므로 부당과소 가산세 적용은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인은 OOO전설(주)로부터 세금계산서 수취당시 실제로 청구법인과 OOO전설(주)와의 거래가 직접적으로 이루어지지 않은 사실을 알고 있었고, 공급자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받았으며, 위장세금계산서를 통하여 매입세액을 공제받은 것은 「국세기본법 시행령」 제27조에서 규정한 부당한 방법에 해당하므로 부당과소신고가산세를 부과한 처분은 적법하다.

(바) 처분청의 세무조사 담당공무원과 청구법인의 대표이사 한OOO이 2012.9.24. 문답한 내용은 아래와 같다.

(3) 청구법인은 이건 부과처분이 다음과 같은 이유로 부당하다고 주장하며 관련증빙 등을 제출하였다.

(가) 쟁점세금계산서는 위장세금계산서가 아니라 실제 사실에 근거한 정상적인 세금계산서로 전기공사 용역이 완료되어 세금계산서 발급 요청 시점에서 ㈜OOO종합건설은 2007.10.31. 직권폐업되어 세금계산서를 발급할 수 없었고 최OOO 또한 사업자등록이 없어 세금계산서를 발급할 수 없는 상태에서 실제공사를 한 OOO전설(주)와 전기공사 계약을 변경하여 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 계약서는 절대 불변이 아니며 공사가 진행되다가 상황에 따라 수시로 변경될 수 있는 것으로 거래가 계약서대로 진행되지 않았다 하여 위장거래로 처분한 것은 부당하다.

(나) 청구법인은 OOO전설(주)가 실제로 OOO 신축공사 현장에 와서 공사를 하였으며, 공사대금 지급 근거로 위 [표1]과 같이 부동산에 대한 근저당권을 설정하여 양도하였으므로 위장세금계산서를 수취한 것이 아니다.

(다) 쟁점세금계산서는 조세포탈 의도나 고의성 있는 거래가 아니라 공급자를 누구로 볼 것인가라는 사실판단의 문제이며, 처분청이 쟁점세금계산서를 부정한 거래로 간주하여 부당과소가산세 40%를 부과하는 것은 부당한 처분으로 쟁점세금계산서는 조세포탈 의도나 고의성을 가지고 수취한 위장거래가 아니라 주어진 상황에서 최선의 절차에 따라 수취한 세금계산서다.

(4) 청구법인 및 처분청은 청구주장 및 과세의견에 대한 근거로 이의신청결정서, 등기사항전부증명서, 범칙혐의자신문조서, 건설표준하도급계약서, 영수증 등 사본을 제출하였다.

(5) 「부가가치세법」 제16조 규정에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 같은 법 제9조의 시기에 공급하는 자의 성명, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성년월일 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 하며, 같은 법 제17조 제1항에서 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액)에서 매입세액을 공제한 금액으로 하며, 제2항에서 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 같은 법 제21조에서 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액은 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때, 확정신고에 있어서 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때에는 결정 또는 경정한다고 규정되어 있고, 「국세기본법」 제47조의 3에서 가산세액으로 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(부당과소신고가산세액)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다고 규정되어 있다.

(6) 위와 같은 사실관계를 종합하여 먼저, 쟁점ⓛ에 대하여 본다.

청구법인은 ㈜OOO종합건설과 계약체결을 하였으며, 청구법인의 대표이사 한OOO의 진술에 의하면, OOO전설(주)와는 전기공사 계약을 체결한 바 없으며 공사대금을 ㈜OOO종합건설 현장소장 최OOO에게 지급하였다고 진술한 점, ㈜OOO종합건설 공사책임자인 최OOO에게 매입세금계산서를 요구하였으나 세금계산서를 발행하여 주지 않아 OOO전설(주)로부터 세금계산서를 수취하는 것도 문제가 없을 것이라고 생각하였고 이에 따라 ㈜OOO종합건설의 하도급업체인 OOO전설(주)로부터 세금계산서를 수취한 점, 청구법인이 OOO전설(주)에 대금결제를 하였다고 주장하는 OOO동 554-3외 3필지상의 3개 물건(309호, 310호, 909호)의 부동산 근저당권은 ㈜OOO, ㈜OOO종합건설 소유의 부동산에 대하여 청구법인의 대표이사 한OOO에게 근저당권을 설정하였다가 OOO전설(주)에 채권양도한 것으로 최종적으로 선순위 가처분에 의해 실효됨으로써 직접적으로 대금을 결제한 내역은 없는 것으로 확인된 점 등을 종합할 때, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 본다.

처분청은 쟁점세금계산서를 위장세금계산서로 보아 부당과소신고가산세를 과세하였으나, 「국세기본법」제47조의3 및 같은 법 시행령 제27조에서 부당과소신고가산세를 일반과소신고가산세와 달리 이중장부의 작성 등 허위기장이나 허위증빙 등의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산 은닉이나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 등, 사기 그 밖에 부정한 행위에 대하여 가산세를 중과하도록 규정하고 있는 바, OOO 신축(전기)공사를 OOO전설(주)가 하였다는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없는 점, OOO 신축(전기)공사 용역이 완료되고 청구법인이 세금계산서를 요구하였으나 ㈜OOO종합건설은 2007.10.31. 직권폐업되어 세금계산서를 발급할 수 없는 상태였으므로 부득이 실제공사를 한 OOO전설(주)로부터 쟁점세금계산서를 수취한 점, 쟁점세금계산서를 교부한 OOO전설(주)가 2009년 제2기 과세기간에 대하여 부가가치세를 신고․납부한 점, OOO전설(주)로부터 매입세금계산서를 수취한 후 부가가치세 신고시 2009년 제2기분은 매입세액 공제를 하였으나 2010년 제1기 및 제2기 신고시에는 매입세액 공제를 하지 아니한 것으로 나타나는바, 청구법인이 적극적인 의사를 가지고 부당하게 매입세액 공제를 받으려고 한 것으로 보이지는 아니하는 점 등을 종합할 때, 청구법인이 「국세기본법」제47조의3 및 같은 법 시행령 제27조에 규정하는 부당한 방법으로 과소신고한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 청구법인에게 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.