주 문

 심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.5.12. OOO 주유소용지 1,127㎡를 취득, 2006.9.4 그 지상에 철근콘크리드구조 슬래브지붕 지하 2층 지상 9층의 제1종 근린생활시설을 신축하여(이하 “쟁점①부동산”이라 한다) 2006.9.1. 부동산 임대업(503-17-*****, 이하 “쟁점①사업장”이라 한다)으로 사업자등록 하였다.

 나. 2006.11.30. 경매절차에서 OOO 잡종지477㎡ 외 1필지 지상에 지상 4층 철근콘크리트조 경사스라브지붕 4층 근린생활시설(이하 “쟁점②부동산”이라 한다) 중 8/10 지분(처 이OOO 2/10 지분)을 매각받아 2006.12.5. 위 지분에 관하여 소유권이전등기를 마친 후, 부동산임대업자로 사업자등록(503-15-*****)을 한 후 부동산임대업(이하 “쟁점②사업장”이라 한다)을 하였다.

   다. OOO국세청장은 아래 <표1>과 같이 쟁점①사업장의 2008년, 2009년 귀속 사업용자산 합계액이 OOO원(이하 “각 초과인출금”이라 한다)이 각 발생하였다는 이유로, 청구인에게 각 초과인출금과 관련된 지급이자를 필요경비에 불산입하여 과세할 것을 시정지시하였다.

   라. 이에 처분청은 쟁점①사업장에 대한 2008년, 2009년 귀속 장부계상 이자비용 OOO원, OOO원 중 이 사건 각 초과인출금과 관련된 지급이자 OOO원을 필요경비에 각 불산입하고, 2006년 귀속 이월결손금을 공제한 후, 2011.2.8. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.4. 심판청구를 제기하였고, 2006. 9.4. 하나은행에서 쟁점①부동산을 담보로 대출한 차입금 OOO원 전액을 쟁점①부동산의 취득에 사용한 것이 아니라, 그 중 약 OOO원은 쟁점①부동산의 취득에, 나머지 약 OOO 원은 쟁점②부동산의 취득에 각 사용하였으므로, 위와 같이 각 사업장에 실제 사용된 차입금을 나누어 계상하면 이 사건 각 초과인출금은 발생하지 않는다고 주장하였다.

   바. 2012.9.10. 청구인의 위 주장 취지를 감안하여 차입금이 청구인의 각 사업장의 취득에 실제로 사용된 내역을 재조사하여 그 결과에 따라 각 사업장의 초과인출금을 계산하고, 초과인출금의 지급이자에 대하여는 필요경비 불산입하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 재조사 결정을 하였다.

   사. 이에 조사청인 OOO세무서장은 2012.11.30. 처분청에게, 재조사 결과 이 사건 차입금은 쟁점①부동산의 취득(건설)자금으로 전액 사용되었을 뿐 쟁점②부동산의 취득에는 사용되지 아니하였음이 확인되었고, 쟁점①부동산의 임대보증금 OOO원이 쟁점②부동산의 취득자금으로 사용된 사실이 확인되지만 임대보증금은 특정부동산에 대한 고정부채로서 설령 타사업장의 사업자금으로 사용되었다고 하더라도 부채에서 제외되는 것이 아니므로, 쟁점①부동산의 차입금을 모두 쟁점①부동산의 부채금액에 포함시켜 초과인출금을 산정하고 관련 지급이자를 필요경비에 불산입하여 과세표준을 계산한 당초의 과세처분은 적법하다고 결정하고, 다만 당초 과세처분시 과소공제된 이월결손금 OOO원에 대하여 이를 직권으로 시정하여 2008년 귀속 종합소득세 OOO원을 감액하는 내용의 경정결의안을 통지하였다.

   아. 이에 따라 처분청은 2012.12.10. 위와 같은 내용으로 감액경정결정(이하 2011. 2. 8.자 부과처분 중 감액되고 남은 2008년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2009년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분 ‘이 건 처분’이라 한다)을 하였다.

   자. 쟁점①사업장에 관한 2008년 및 2009년의 구체적인 자산 및 부채 내역은 다음과 같다.

차. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「국세심판사무처리규정」 제26조 제6항 및 제8항에 따라 처분청은 재조사 결정 통지를 받은날로부터 30일 이내에 재조사 결정하여 처리결과를 통지하여야 하며, 부득이한 사정이 있어 기한연장이 필요한 경우 「국세기본법」 제81조의8 제6항에 따라 세무조사기간을 연장하는 경우 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 함에도 불구하고, 청구인은 재조사 기간 내내 재조사 개시 및 기한 연장을 알리는 어떠한 문서도 수령하지 못하였고 재조사 결정문을 요청한 문서에 대한 회신도 받지 못하는 등, 적법한 절차에 따라 재조사를 진행하지 않았으므로 해당 재조사에 의한 처분은 적법한 처분이 아니다.

   쟁점①부동산에서 발생한 초과인출금의 원인인 차입금과 임대보증금 모두 쟁점①부동산의 부채로 그 성격이 동일하며 부인대상 이자비용이 발생한 차입금이 당해 부동산의 취득에 사용되었으며 그 임대보증금은 쟁점②부동산의 취득에 투입되었다면 이 또한 차입금과 동일하게 그 실제 사용처에 따라 초과인출금을 재계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 조사청은 현장확인하여 적법한 절차에 따라 이 건 재조사 결정하였는바, 설령 세무조사의 사전통지절차의 위반 및 조사사무처리규정의 조사기간 준수 및 세무조사 연장통지와 관련하여 흠결이 있더라도 세법이 정한 과세요건을 충족하면 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 한다. 조세의 탈루 사실에 대하여 과세하지 않는다면 합법성의 원칙을 저해하고 공평과세의 원칙을 위반하므로, 세무조사 사전통지의 절차 위반 등을 이유로 과세처분이 무효․취소하기는 어렵다.

  (2) 재조사 결과, 쟁점②부동산의 취득자금OOO은 2006년 쟁점①부동산의 임대보증금 OOO원 중 일부가 있고 쟁점②부동산의 취득에 차입금 OOO원이 사용된 근거는 없으며, 차입금은 쟁점①부동산 취득대금으로만 전액 사용되어 쟁점①사업장의 초과인출금 산정시 부채액에 포함되는바, 「소득세법 시행령」제61조 제1항 제2호에의 쟁점①사업장의 초과인출금 계산시 부채액에는 차입금 OOO원과 임대보증금 2008년 OOO원, 2009년 OOO원이 포함된다. 청구인은 쟁점①부동산 임대보증금을 쟁점②부동산 취득대금으로 사용된 것으로 주장하지만, 임대보증금은 차입금과 성격이 다르고, 쟁점①사업장의 고정부채이다.

    개인사업자의 경우 사업과 가계의 구분이 불명확하여 사업과 무관한 비용은 소득 처분적, 소비적 성격을 갖기 때문에 필요경비에 산입하지 않으며, 쟁점①,②부동산에서 임대사업을 하는 청구인은 「소득세법」제160조 제5항에서 각 사업장 별로 구분기장 한다고 규정하고 있는바, 초과인출금 계산에도 부채액을 각 사업장별로 구분․계산하여 쟁점①부동산의 초과인출금 계산한 당초 처분은 정당하다.

    (3) 재조사 결과, 쟁점②부동산 취득시 쟁점①부동산의 차입금 OOO원 중 OOO원은 사용되지 않아 OOO원을 쟁점②사업장에 대여하였다고 주장을 변경하지만, 이는 부동산거래에 부채제외 주장이 사실이 아니므로 자산증가처리하여 초과인출금 계산을 부인하려는 의도로 쟁점②부동산 취득자금 조사시 쟁점①부동산 사업장에서 OOO원을 대여한 사실이 없어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

   부동산임대업의 사업장 2개를 운영하면서, 쟁점①,②사업장별 차입금을 실제 사용용도에 의하여 초과인출금에 대한 지급이자를 필요경비 부인하여 소득세를 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 2012.11.29.자 OOO세무서장의 재조사 종결보고서에 의하면, 쟁점①사업장은 청구인, 쟁점②사업장은 청구인과 청구인의 처 이OOO의 공동사업(청구인 80%, 이OOO 20%)으로 청구인은 정형외과 전문의[정형외과 및 OOO(2003.6.1.~2005.6.30.) 등 운영]이고, 이OOO은 약사로 1990.6.10.부터 OOO에서 OOO약국, OOO약국 등 운영한다고 기재되었다.

   (2) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 살펴본다,

    (가) 초과인출금 계산시 사업장별로 구분하여 산정하는지에 대하여 보면,

       초과인출금에 대한 이자비용의 필요경비 불산입 처분은 「소득세법 시행령」 제61조 제1항에 의하여 자산의 합계액이 부채 합계액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액에 상당하는 부채의 지급이자를 필요경비불산입하는 것으로 사업장의 자산액을 초과하는 부채액에 대하여 사업에 직접 관련 없는 이자비용으로 보아 필요경비에 불산입한다고 규정되어 있고, 또한 개인사업자의 경우 사업과 가계의 구분이 명확하지 아니하고 사업과 관련 없는 비용은 소득 처분적, 소비적 성격을 갖기 때문에 필요경비에 산입하지 아니하는 것으로서, 청구인은 쟁점①,②부동산의 복수의 사업장에서 임대사업을 각각 영위하므로 원칙적으로 소득세법이 정하는 바에 따라 장부를 별도로 비치․기장하고 「소득세법」 제160조 제5항에서 ‘2이상의 사업장을 가진 사업자의 경우에는 사업장별 거래내용이 구분될 수 있도록 기장하여야 한다’라고 되어 있으므로, 초과인출금 계산에도 부채액을 각각 사업장별로 구분하여 산정하며, 청구인은 사업장별로 구분하여 사업내용을 기장하였으며 종합소득세 확정신고시 사업장별로 구분하여 대차대조표, 손익계산서 및 그 부속서류를 제출하여 신고하였다.

    따라서, 청구인의 부동산임대소득은 사업장별로 구분․경리함으로 인해 각각 사업장에서 수입금액에 대응하는 필요경비를 공제하여 당기순이익을 산정하는 것이며, 이는 사업소득 수입금액에서 필요경비는 사업장별로 발생한 필요경비로서 이 사건 처분과 같이 사업장별로 지급이자에 대하여 당해 사업수입금액에 대하여 사업과 관련 없는 지급이자를 필요경비 불산입하는 것으로서 사업장별로 사업용 자산의 합계액과 부채의 합계액으로서 계산하여야 하는 것이고, 따라서 쟁점①부동산의 초과인출금을 계산하기 위한 부채액에는 쟁점①부동산의 장기차입금 OOO원(이하 “쟁점차입금”이라 한다)과 쟁점①사업장의 임대보증금 OOO원(2008년), OOO원(2009년)으로 초과인출금을 산정하는 것으로서 당초 결정은 적법하다.

    청구인은 쟁점①사업장과 쟁점②사업장에서 각각 부동산임대업을 하고 있으며, 쟁점①사업장은 단독사업자이나, 쟁점②사업장은 공동사업장으로서, 청구인지분 80%, 이OOO지분 20%이며, 공동사업장은 단독사업장과는 성격을 달리하며 전적으로 원고의 사업장이 아니고 공동사업 손익 분배지분에 의한 공동수익 사업장이다. 구 「소득세법」 제43조에서 “부동산임대소득 또는 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업(경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령이 정하는 출자공동사업자가 있는 공동사업을 포함한다)의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다”고 규정하고 있으므로 청구인의 단독사업장과 공동사업장은 당연히 구분․기장하고, 필요경비와 소득금액 산정은 각각 별도로 산출되어야 한다. 따라서, 쟁점①사업장과 쟁점②사업장에 있어서 사업용 자산에 비하여 부채액이 과다하여 발생한 초과인출금 산정은 각각 사업장별로 구분하여 계산하는 것이 타당하다.

    (나) 차입금용도에 의한 초과인출금 지급이자 필요경비 불산입에 대하여 보면,

      청구인은 쟁점①부동산의 쟁점차입금의 사용내역을 제시하지 않았으며, 조사청의 쟁점②부동산 취득자금 재조사 결과, 쟁점차입금이 쟁점②부동산의 취득자금으로 사용되지 않았으며, 청구인도 쟁점차입금을 쟁점②부동산 취득에 사용하지 않은 것으로 확인하고 있는바, 쟁점②부동산의 취득자금OOO에 대한 자금원천에 대한 재조사 결과 아래와 같고, 그 중 쟁점①부동산의 출처자금으로는 임대보증금일부인 OOO원이 사용되었다.

     쟁점①부동산의 쟁점차입금 OOO원은 사용되지 않았고, 쟁점①부동산 사업장의 초과인출금 계산시 부채액에 모두 산입되었으며, 「소득세법시행령」 제61조 제1항 제2호에 따라 쟁점①사업장의 초과인출금 계산시 부채액에는 쟁점①부동산 담보로 차입한 하나은행 쟁점차입금 OOO원과 쟁점①사업장에서 수령한 임대보증금 2008년 OOO원, 2009년 OOO원이 포함되며, 쟁점차입금은 쟁점①부동산 부채액에 포함하고, 청구인은 쟁점①부동산 임대보증금 일부가 쟁점②부동산 취득대금으로 사용되었다고 하면서 대여금과 차입금 회계처리를 주장하나, 임대보증금 인출사실이 개인사업자인 원고가 공동사업장(쟁점②사업장)에 출자한 경우이므로 초과인출금 필요경비 불산입 대상에 해당하고, 임대보증금이 출자금에 해당하지 않더라도 임대보증금은 차입금과는 달리 당해 사업장의 수입금액에서 발생하는 고정적 부채로서 임차인에게 반환하여야하는 부채로서 초과인출금 계산에서 당해 사업장 부채에 포함되어야 한다.

    (다) 쟁점①사업장 임대보증금을 쟁점②사업장에 사용하였는지에 대하여 살펴보면, 쟁점①사업장에서 수령한 임대보증금 중 일부가 쟁점②사업장에 지출되어 대여금 등의 회계처리가 누락되었다는 청구주장이나, 쟁점②사업장은 공동사업장으로서 (차)부동산/(대)자본금으로 회계 처리되어, 청구인이 공동사업장에 출자한 자본금이다

      청구인과 이OOO은 2006.11.30. 쟁점②부동산을 총OOO원으로 계약 하였는바, 채무승계금액 OOO원을 제외한 대금지급액은 OOO원으로, 중도금은 2006.12.4.에, 잔금 OOO원은 2006.12.22.에 은 지급되고, 2006.12.5. 소유권이전등기를 하고, 부동산임대 공동사업장 사업자등록은 2006.12.29.이다. 공동사업장인 부동산임대업을 영위하기 위해서는 공동사업자 각자의 출자비율에 따른 금원을 출자하여 부동산을 취득하므로, 출자금에는 부동산매매 대금 모두 포함되어야 하며, 청구인과 공동사업자 이OOO은 쟁점②부동산의 매매대금을 지급하고 부동산을 취득하였으므로 취득대금 일부로 사용되었다고 하는 쟁점①부동산 임대보증금OOO은 청구인의 공동사업장 부동산을 취득하기 위한 출자금에 해당한다. 따라서, 당초 장부상 (차)부동산/(대)자본금 (공동사업자인 신OOO의 출자금)으로 회계 처리한 것이 정당한 것인바, 차입금이라는 주장은 잘못된 것이다. 그리고, 실질내용에 의하여 차입금에 대한 지급이자 필요경비 인정 측면에 있어서도, 공동사업장에 출자하기 위하여 차입한 차입금은 공동사업 전체와 무관한 개인적인 채무의 부담으로 보아 당해 차입금의 지급이자를 필요경비로 인정받을 수 없다 할 것이므로, 청구인이 쟁점②부동산의 취득대금으로 사용된 임대보증금을 공동사업장의 차입금으로 계상하였다고 하더라도 이는 공동사업장 수입금액과는 무관한 부채이다.

    따라서, 청구인은 부동산임대소득의 사업장별 구분기장과 필요경비공제로 인한 소득금액계산 법리를 잘못 이해한 것으로, 이 건 종합소득세 부과처분을 취소하라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.