주 문

1. 피고는 원고들에게 각 15,504,730원 및 이에 대하여 2012. 12. 26.부터 2014. 7. 17.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈

을 지급하라.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다(원고들은 2012년 2기분 부가가치세로 31,009,460원을 납부하여 청구취지

‘각 15,504,740원’은 ‘각 15,504,730원’의 오기로 보인다).

이유

1. 인정사실

가. 원고들은 서울 000 00동(이하 ‘00동’이라고만 한다) 1027-9 대 188.3㎡ 및

1027-10 대 153㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)과 그 지상 건물(이하 ‘이 사건건물’이

라 한다)에 관하여 서울남부지방법원 2005. 6. 30. 접수 제45686호로 각 2분의 1지분

씩 소유권이전등기를 마쳤다. 원고들은 사업자등록을 마친 후 이 사건 건물에서 부동

산 임대업을 하고 있다.

나. 00주택재개발정비사업조합(이하 ‘소외 조합’이라 한다)은 개발정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 위한 사업시행인가를 받고, 원고들로부터 사업 구역 내에 위치한 이 사건 토지 및 건물을 매수하려고 협의하였으나 협의가 되지 않자 서울특별시지방토지수용위원회(이하 ‘위원회’라 한다)에 재결을 신청하였다.

위원회는 2012. 8. 17. ‘사업시행자는 이 사건 사업을 위하여 이 사건 토지를 수용하고 이 사건 건물은 이전하게 하며 손실보상금은 원고들 각 1,521,568,560원(=토지보상금1,852,537,770원+건물 보상금 169,030,790원)으로 한다, 수용의 개시일은 2012. 10. 5.로 한다’고 수용재결을 하였다.

다. 소외 조합은 이 사건 토지 및 건물에 관하여 서울남부지방법원 2012. 10. 5. 접

수 제44014호로 같은 날짜 수용을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고들은 수용재결에 따라 공탁된 수용보상금을 이의를 유보하고 수령하였다. 원

고들은 2012. 11. 25. 양천세무서장에게 수용일인 2012. 10. 5.을 폐업일자로 이 사건

건물에 대한 손실보상금과 관련하여, 과세표준 307,328,709원, 매출세액 30,732,870원으로 2012년 2기 부가가치세 확정신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)를 하였고, 2012.12. 25. 2012년 2기 부가가치세 31,009,460원(가산세 276,590원 포함)을 납부하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

① 원고들은 신고한 과세표준이나 세액이 과다한 경우 국세기본법 제45조의2 제1항

의 경정처분을 통해 이를 바로잡고, 관할세무서장이 이를 거부하는 경우 심사청구 또

는 심판청구를 거쳐 경정거부처분 취소 소송을 제기하여야 한다. ② 대법원 2013. 3.

21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결에 따라 당사자소송을 제기할 수 있는 경우는,

부가가치세 환급세액이 이미 확정되어 있는 경우에 한정되어 환급세액에 다툼이 있는

경우까지 당사자소송을 제기할 수 없다.

나. 판단

1) 원고들은 이 사건 신고에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연 무효라는 이유로

납부한 세금의 반환을 구하고 있다.

살피건대, ① 조세채권을 확정시키는 신고행위가 무효인 경우 그 신고행위는 외형상

존재할 뿐 법률상 아무런 효력이 없어 신고행위가 무효임을 이유로 한 과오납금 반환

청구는 실질적으로 부당이득반환청구인 점, ② 국세기본법 제45조의2 제1항의 경정청

구권은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자에게, 법정신고기한이 지난 후 3

년 이내에 제한적으로 인정되는 제도로서 조세채권이 유효하게 확정되었음을 전제로

하는 점, ③ 경정청구제도가 신고행위가 무효임을 전제로 한 과오납금 반환청구를 막

거나 부가가치세법에서 규정된 환급세액 지급청구를 막는 것은 아닌 점 등을 고려하

면, 원고는 경정청구와 별도로 신고행위가 무효임을 이유로 과오납금 반환청구를 함으

로써 무효인 신고행위를 다툴 수 있다(대법원 2013. 4. 26. 선고 2010두23019 판결 참조).

2) 부가가치세법령이 환급세액의 정의 규정, 그 지급시기와 산출방법에 관한 구체

적인 규정과 함께 부가가치세 납세의무를 부담하는 사업자(이하 ‘납세의무자’라 한다)

에 대한 국가의 환급세액 지급의무를 규정한 이유는, 입법자가 과세 및 징수의 편의를

도모하고 중복과세를 방지하는 등의 조세 정책적 목적을 달성하기 위한 입법적 결단을

통하여, 최종 소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업

자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을

징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제·환급받는 과정을 통하여 그 세

액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종 소비자에게 이

를 부담시키는 것을 근간으로 하는 전단계세액공제 제도를 채택한 결과, 어느 과세기

간에 거래징수된 세액이 거래징수를 한 세액보다 많은 경우에는 그 납세의무자가 창출

한 부가가치에 상응하는 세액보다 많은 세액이 거래징수되게 되므로 이를 조정하기 위

한 과세기술상, 조세 정책적인 요청에 따라 특별히 인정한 것이라고 할 수 있다.

따라서 이와 같은 부가가치세법령의 내용, 형식 및 입법취지 등에 비추어 보면, 납세

의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과

세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계

없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로서, 그 법적 성질은 정의

와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득

반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고

조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하다.

따라서 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무에 대응하는 국가에

대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제

3조 제2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다(대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결, 대법원 2013. 4. 26. 선고 2012다203522 판결 참조).

신고행위가 당연 무효임을 이유로 하는 부가가치세 환급세액의 지급청구도 구 부가

가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 단서에서 규정한 환급세액에 해당하고, 부가가치세법령 규정에 의하여 직접 발생하는 것이므로 행정소송법상 당사자소송 절차에 따라야 한다.

3) 피고의 본안 전 항변은 모두 이유 없다.

3. 본안에 관한 판단

가. 원고들의 주장

원고들이 수용보상금을 지급받은 것은 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령

령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 시행령’이라고만 한다) 제14조 제4항에 따라 재화의 공급이 아님에도 원고들은 이 사건 신고를 하고, 부가가치세를 납부하였다. 이 사건 신고는 시행령에 위반하여 위법하고 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이다. 따라서 피고는 원고들이 납부한 부가가치세를 환급할 의무가 있다.

나. 관계 법령

별지. 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 부가가치세법 시행령 제14조 제1항은 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공

급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 규정하면서, 제4호로 ‘경매·수용·현물출자

기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것‘을 들고 있

다. 같은 법 시행령 제14조 제4항은 제1항 제4호에도 불구하고 도시정비법, 공익사업

법에 따른 수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건

으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하

고 있다. 한편, 공익사업법 제75조 제1항은 건축물에 대하여는 이전에 필요한 비용(이

전비)으로 보상하되, 제1호(건축물을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물 등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우), 제2호(건축물 등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우)에 해당하는 경우에는 해당 건축물의 가격으로 보상하도록 하고, 제75조 제5항은 사업시행자는 사업예정지에 있는 건축물 등이 제1항 제1호, 제2호에 해당하는 경우에는 관할 토지수용위원회에 그 물건의 수용 재결을 신청할 수 있다고 규정하고 있다.

살피건대 아래와 같은 사정들을 종합하면, 위 ‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재

화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’란 사업시행자가 해당 건물

의 사용가치가 아닌 그 대지를 취득하는 것을 궁극적 목적으로 하는데 그 대지상 건물

의 이전이 물리적으로 곤란하거나, 경제적으로 상당하지 아니하여 그 철거를 조건으로

해당 건물에 대한 대가를 지급하는 경우를 의미하고, 해당 건물의 소유자가 철거비용

을 부담하였는지 또는 건물 철거를 직접 수행하였는지는 이 사건 시행령 조항의 해당

여부와 관계가 없다고 보아야 할 것이다(실제로 이 사건 시행령 조항은 2013. 2. 15.

대통령령 제24359호로 개정되면서 ‘해당 재화를 철거하는 조건으로’라는 문구가 삭제

되었다).

① 건물과 토지의 매매대금에 건물의 가치가 포함되어 있으나, 계약의 해석상 매도인

의 급부의무가 건물의 소유권이전이나 인도 의무에 초점이 맞추어진 것이 아니라 사업

시행으로 인해 해당 건물이 철거될 것이 예정되어 있어 매매대금 중 건물 가치에 상당

하는 부분은 재화의 공급에 따른 대가가 아니라 건물 철거에 따른 손실보상금의 성격

을 가진 경우에는 부가가치세법 제6조 제1항에 정한 재화의 공급으로 볼 수 없다(대법

원 1989. 1. 17. 선고 88누4713 판결 참조).

② 토지수용절차에서 건축물에 대한 보상은 공익사업법 제75조 등 법령에 정해진 요건

과 절차에 따라 이루어질 뿐이므로, 수용절차에서 건물소유자가 수용재결이 없고 보상

금도 결정되지 않은 상태에서 스스로 건물을 철거한 후 사후에 해당 건물의 가치 상당

액과 철거비용을 사업시행자로부터 보상받는 경우를 상정하기는 어려울 뿐 아니라, 주

택재개발 등 통상의 정비사업에서는 사업시행자가 전문 철거업체에 사업구역 내의 지

장물 철거작업을 일괄하여 위임하는 것이 보통이므로, 이 사건 시행령 조항을 해석함

에 있어 건물 철거의 주체를 재화의 소유자로 한정할 경우 납세의무자를 보호하기 위

해 신설된 위 조항이 유명무실해질 가능성이 있다. 이 사건 시행령 조항에서 ‘재화의

소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’란 실제

철거행위의 주체가 누가 되었든지 간에 소유자가 해당 재화가 철거됨으로 인하여 대가

를 받는 경우라고 해석하는 것이 합리적이다.

③ 소외 조합은 수용재결에 따른 손실보상금을 공탁하면서 별도로 부가가치세를 납부

하지 않았고, 수용에 의한 취득에서 토지소유자가 정비사업 시행자로부터 건물의 손실

보상금에 대한 부가가치세 상당액을 지급받을 수단이 없다.

이 사건에 관하여 보건대, 소외 조합은 주택재개발을 목적으로 이 사건 건물을 취득

하여 이 사건 건물을 철거할 것을 예정하고 있는 점, 원고들은 공익사업법에 따른 수

용절차에서 보상금을 지급받은 점 등을 고려하면, 원고들이 수용에 의하여 소외 조합

에 이 사건 건물을 양도하는 것은 이 사건 시행령 규정에 따라 재화의 공급에 해당하

지 않는다.

2) 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으

로는 부족하고, 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고, 객관적으로 명백한 것이어야

하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별하는 데에는 그 과세처분의 근

거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안

자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰할 필요가 있다(대법원 2009. 4. 23. 선고

2006다81257 판결 등 참조).

살피건대, 원고들이 소외 조합에 이 사건 건물을 양도한 것은 재화의 공급에 해당하

지 않아 부가가치세 과세대상이 아니다. 이 사건 신고는 과세대상이 아닌 것을 대상으

로 하여 중대한 하자가 있다. 또한 과세대상인지에 관하여 이 사건 시행령 규정에서

명확하게 규정하고 있는 점, 이 사건 시행령 규정은 기존 판례를 명문화 한 것으로

해석에 큰 이의가 없고, 조건과 관련하여 불분명한 부분까지도 변경된 점 등을 고려하

면, 명백한 하자라고 봄이 상당하다.

3) 이 사건 신고가 당연무효인 이상 피고는 원고들에게 환급세액 각 15,504,740원

및 이에 대하여 납부일 다음날인 2012. 12. 26.부터 원고들이 구하는 바에 따라 이 사

건 판결선고일인 2014. 7. 17.까지는 민법에서 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는

날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에서 정한 연 20%의 비율로 계산한 지연손해금을

지급할 의무가 있다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

별지. 관계 법령

▣ 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고

및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관

할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하

여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한

이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27>

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결

정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을

초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는

해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금

액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내

에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구

를 한 자에게 통지하여야 한다.

▣ 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에

대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금

액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로

한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

제24조(환급)

① 사업장 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령으로 정하는 바에

따라 사업자에게 환급하여야 한다.

② 사업장 관할 세무서장은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고

대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.

1. 제11조의 영세율을 적용하는 경우

2. 사업 설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 경우

▣ 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것)

제14조(재화공급의 범위)

① 법 제6조제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 현금판매·외상판매·할부판매·장기할부판매·조건부 및 기한부판매·위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재

화를 인도 또는 양도하는 것

2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화에 공작을 가하여 새로

운 재화를 만드는 가공계약에 의하여 재화를 인도하는 것

- 11 -

3. 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는

양도하는 것

4. 경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것

5. 국내로부터 보세구역에 있는 창고(제2항제1호 및 제2호의 창고로 한정한다)에 임치된 임치물을 국내

로 다시 반입하는 것

④ 제1항제4호에 불구하고 「도시 및 주거환경정비법」·「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한

법률」 등에 따른 수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그

재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

▣ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제75조(건축물등 물건에 대한 보상)

① 건축물·입목·공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건(이하 "건축물등"이라 한다)에 대하여는 이전에 필

요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경

우에는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다.

1. 건축물등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된

경우

2. 건축물등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우

3. 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우

⑤ 사업시행자는 사업예정지에 있는 건축물등이 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 관할 토

지수용위원회에 그 물건의 수용 재결을 신청할 수 있다.

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 물건 및 그 밖의 물건에 대한 보상액의 구체적인 산정 및 평가

방법과 보상기준은 국토교통부령으로 정한다. <개정 2013.3.23> 끝.