주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

1. 처분개요

가. 청구법인은 1989.8.31. 개업하여 OOO에서 전자기기 제조업을 영위하는 법인으로, 2010.6.8. 특수관계법인인 주식회사 OOO건설(이하 “OOO건설”이라 한다)로부터 OOO 전 170㎡ 외 20필지의 토지 41,611㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득(이하 “쟁점거래”라 한다)하면서 토지 OOO원, 건설중인 자산OOO원 및 건설중인 자산분 부가가치세 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)로 구분하여 매매계약서를 작성하고, 건설중인 자산에 대하여 세금계산서를 교부받아 쟁점매입세액을 공제하여 2010년 제1기 확정 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 부가가치세 항목별 사후관리를 실시한 결과, 쟁점거래는 사실상 토지만 거래된 것이고 쟁점매입세액은 토지의 취득과 관련한 매입세액으로서 공제할 수 없다고 보아 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2013.8.16. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 OOO원(신고·납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적) 청구법인은 순수하게 토지만 매수한 것이 아니고 토지상의 건축허가와 공장설립승인을 받은 허가권을 일괄하여 매수한바, 이 허가권은 건설중인 자산으로 구분하였고, 건설중인 자산은 토지와 구분되며 건축허가권이라는 무형의 자산이 합체된 것이므로 쟁점매입세액을 불공제하는 것은 위법하다. 또한 와이케이건설은 청구법인으로부터 부가가치세를 거래징수하여 납부하였고, 이러한 경우 2013년 개정된 「부가가치세법」은 매입세액 불공제를 하지 못하도록 개정되었으므로 처분청의 부과처분은 부당하다.

  (2) (예비적) 설사 매입세액 공제 자체에 문제가 있다고 하더라도 청구법인으로서는 나름대로 토지와 지상 권리를 구분하여 계약을 하였고 이에 따른 것이므로 매입세액 공제에 정당한 사유가 있으므로 가산세의 부과는 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) (주위적) OOO건설은 2007년에 쟁점토지를 매입하여 주식회사 OOO건설(이하 “OOO건설”이라 한다)과 토목공사 계약만을 체결하고 외주가공비로 계상하였다가 2010년에 토목공사가 완료된 후 토지 및 외주가공비를 완성건물(매출원가 OOO원)로 대체하여 청구법인에게 나대지 상태로 쟁점토지를 양도하였고, 인터넷 ‘다음’ 및 ‘네이버’의 로드뷰 및 스카이뷰에 의하면 현재까지 쟁점토지는 긴 옹벽에 2단으로 구성된 나대지인 상태로 확인된다.

   청구법인이 제시한 쟁점토지에 대한 감정평가서를 보면 쟁점토지를 순수한 토지만으로 평가하였고, 개발행위가 이루어진 부분(㎡당 OOO원)과 그 외의 부분(㎡당 OOO원)으로 상당한 차이를 두어 평가한 점 등을 종합해보면, 금광건설의 쟁점토지에 대한 공사는 공장용지로 토지의 형질을 변경하여 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 토목공사(자본적 지출)인 것으로 확인된다.

   또한, 「부가가치세법」 제17조 제2항 제2호의2에서는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하지만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다는 단서 조항이 있으나, 이는 부칙 제2조에 이 법 시행 후(2013.1.1. 이후) 재화 또는 용역을 공급받은 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 2010.6.8. 발생한 쟁점거래에 적용할 수는 없다.

    따라서 쟁점금액은 쟁점토지의 취득과 관련된 비용에 해당되어, 쟁점금액에 대한 부가가치세 상당액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하므로 처분청의 쟁점금액의 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

 (2) (예비적) 청구법인은 가산세 부과는 위법하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원 2002두10780, 2004.06.24. 외 다수),

   OOO건설의 쟁점토지에 대한 공사는 공장용지로 토지의 형질을 변경하여 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 토목공사(자본적 지출)에 해당하며, 쟁점거래 당시의 관계법령은 쟁점세액을 매출세액에서 공제하는 매입세액에 제외한다고 규정되어 있으므로, 청구법인이 나름대로 토지와 지상 권리를 구분하여 계약을 한 사실이 있다 하더라도 이를 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  ① 쟁점매입세액을 토지의 취득과 관련한 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부

  ② 가산세와 관련하여 청구법인이 의무를 이행하지 아니한 데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2010.4.23. OOO건설과 매매계약서를 작성한바, 부동산매매계약서상 계약물건은 쟁점토지 41,611㎡이고, 매매대금총액은 OOO원으로 하되 토지 OOO원, 건설중인 자산 OOO원으로 구분하였으며, 건설중인 자산분 부가가치세 OOO원(쟁점매입세액)은 별도로 기재한 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인은 부동산매매계약에 따라 건설중인 자산에 대하여 세금계산서를 교부받아 쟁점매입세액을 공제하여 2010년 제1기 확정 부가가치세 신고를 하였으나, 처분청은 쟁점거래가 사실상 토지만 거래된 것이므로 쟁점매입세액은 토지의 취득과 관련한 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고 본 건 부가가치세를 과세한 것으로 나타난다.

 (3) 처분청의 조사내용에 의하면, 쟁점토지는 OOO건설이 옹벽공사를 하여 2단으로 조성한 공장부지로서 공장 신축을 하지 않고 나대지 상태로 있으며, OOO건설의 장부상에도 구축물이나 건물에 대한 회계처리 내용은 없고 토지원가가 반영된 미완성공사계정에서 2010년 완성건물로 대체하여 매매한 것으로 확인된다.

 (4) 심리자료에 의하면, OOO건설은 2007년 쟁점토지를 OOO원에 취득하고 2007.12.5. OOO건설과 공사금액(공급가액) OOO원의 ‘주식회사 OOO공장신축공사(토목공사)’ 계약을 체결하여 2007.12.27.부터 2010.6.16.까지 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 후 관련 매입세액을 공제하였으나, OOO세무서장은 토목공사비에 대하여 쟁점토지를 공장부지로 조성한 후 공장을 신축하지 아니한 상태에서 매각하여 해당 비용은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로 판단하고 OOO건설의 2008년 제1기～2010년 제1기 부가가치세를 경정한 것으로 나타난다.

 (5) 특수관계자간의 거래로서 시가 산정을 위한 감정평가서(OOO감정평가법인, OOO감정평가법인 주식회사 OOO지사)의 평가내역은 아래 <표>와 같은바, 공장 예정지 및 토지로만 평가되어 있고 구축물이나 건설중인 자산에 대한 평가내용은 없는 것으로 확인된다.

 (6) 청구법인은 쟁점거래에서 순수하게 토지만 매수한 것이 아니고 토지상의 건축허가와 공장설립승인을 받은 허가권을 일괄하여 매수하였다고 주장하면서, 2010년 8월 밀양시장의 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 공장신설변경 승인서를 제출한바, 이에 의하면, 당초 OOO건설에서 청구법인으로 업체를 변경함을 승인한 것으로 나타난다.

 (7) 구 「부가가치세」(2010.10.27. 법률 제10409호로 일부 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제6호 및 같은 법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 일부 개정되기 전의 것) 제60조 제6항 제1호에서는 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고,

   쟁점거래 이후 신설된 「부가가치세법」(법률 제11873호, 2013.6.7. 전부개정된 것) 제17조 제2항 제2호의2에서는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하나, 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 있는바, 이는 부칙 제2조에 이 법 시행 후(2013.1.1. 이후) 재화 또는 용역을 공급받은 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

 (8) 쟁점①에 대하여 본다.

   살피건대, 청구법인은 쟁점매입세액은 순수한 토지의 매매대금에 관련한 것이 아니라 건축허가권을 매수한 것에 대한 매입세액이므로 공제되어야 한다고 주장하나,

   처분청의 조사결과 및 항공사진에 의하면 양도 당시 쟁점토지가 긴 옹벽에 2단으로 구성된 나대지인 상태로 나타나는 점, 쟁점토지의 시가 산정을 위한 OOO감정평가법인 및 OOO감정평가법인 주식회사 OOO지사의 감정평가서에 의하면 공장 예정지 및 토지로만 평가되어 있고 구축물이나 건설중인 자산에 대한 평가내용은 없는 것으로 확인되는 점, 청구법인과 OOO건설 사이의 부동산매매계약서상으로 공장건축허가권의 양도에 관한 사항은 나타나지 아니하는 점 등을 고려하면 쟁점거래는 실질적으로 토지만의 거래로 판단될 뿐만 아니라,

   부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급받으면서 과세대상으로 잘못 인지하여 세금계산서를 발급받아 부가가치세를 부담한 경우 에도 재화나 용역을 공급하는 자가 납부세액을 모두 납부하였다면 매입세액공제를 허용하는 내용으로 2013.6.7. 「부가가치세법」 제17조 제2항 제2호의2가 개정되었으나 부칙 제2조에 의하면 시행일 2013.1.1. 이전에 발생한 쟁점거래는 적용대상이 아니므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

 (9) 쟁점②에 대하여 본다.

   청구법인은 의무를 이행하지 아니한 데에 대하여 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로(조심2012광3791, 2012.12.26. 같은 뜻), 처분청의 이 건 가산세 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.