주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 충남 서산시 대산항 지역의 입출항 선박에 대한 예인선업을 주업으로 하는 업체로, 총괄 해운대리점(이하 “총괄대리점”이라 한다)의 위탁을 받아 외국항행선박(이하 “외항선박”이라 한다)의 입‧출항 관련 용역을 제공하고 그 대가로 예선, 강취, 통선, 대리점수수료 등의 명목으로 용역비를 수령하면서, 예선, 강취, 통선 등의 용역수수료는 영세율 기타매출(국내 사업장이 있는 외항선박의 경우 선주를 대상으로 영세율 세금계산서를 교부)로 신고하고, 외항선박의 화물적재량(DWT)에 따라 일정하게 산정되는 대리점수수료(이하 “쟁점수수료”라 한다)는 외항선박의 국내총괄대리점을 공급받는 자로 하여 2008년 제2기부터 2013년 제1기 과세기간 동안 영세율 매출세금계산서 1,550,871,872원을 교부하고 부가가치세 영세율 과세표준 신고하였다.

나. 청구법인은 예인선을 새로이 취득할 목적으로 2007.1.26. 엔진도입계약, 2008.5.20. 선박건조계약하고 2008년 819백만원, 2009년 3,946백만원을 들여 예인선을 취득하였으며, ｢조세특례제한법｣ 제26조제1항(2009.5.21. 개정된 것)을 적용하여 계산한 745,505,485원을 임시투자세액 공제대상으로 하여 2009사업연도 법인세 신고 시 350,832,853원(이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 세액공제 하였다.

다. 처분청은 2013.8.19.부터 2013.9.26.까지 청구법인을 대상으로 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 외항선박의 국내총괄대리점을 공급받는 자로 하여 영세율 매출세금계산서를 교부한 1,550,871,872원은 영세율이 적용되지 아니하는 것으로 판단하였고, 예인선은 2009사업연도에 최초로 투자가 개시된 것이 아니므로 세액공제 대상이 아닌 것으로 판단하여, 2013.11.11. 청구법인에게 2008년 제2기부터 2013년 제1기까지 부가가치세 총 210,507,660원과 2010∼2012사업연도 법인세 총 403,627,680원, 합계 614,135,340원을 경정·고지하였다.

 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.12. 이의신청을 거쳐 2014.5.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

1) 외항선사 총괄대리점의 위탁을 받아 외항선박에 입․출항 관련 용역을 제공하고, 총괄대리점으로부터 수령한 대리점수수료는 영세율 적용대상이다.

 가) 기초 사실관계는 아래와 같다.

  (1) 청구법인의 2010사업연도의 수입금액은 약 78억원으로 세부 구성 내역은 아래와 같다.

(금액 : 천원, 비율 : %)

  (2) 청구법인이 대산항에 입항한 외항선박에 제공한 용역은 아래와 같다.

   ① 대리점용역 거래절차

   ② 총괄대리점과의 업무위수탁계약서 내용 중 일부 발췌

  ③ 청구법인에게 업무를 위탁한 후의 총괄대리점의 업무 내용과 회계처리 유형

 나) 쟁점수수료는 해운업법에서 규정하고 있는 “해운대리점업 수입”이 아니라 외항선박에 직접 제공하는 용역이며, 청구법인의 주 업무인 예선 등에 부수하여 공급하는 용역으로 영세율 적용대상이다.

  ① ｢해운법｣제2조제6호에서 “해운대리점업”이란 해상여객운송사업이나 해상화물운송사업을 경영하는 자를 위하여 “통상 그 사업에 속하는 거래를 대리”하는 사업이라고 규정하고 있으므로 청구법인이 여객·화물운송 사업자를 대리하여 거래상대방과 여객·화물운송사업의 주된 업무와 관련된 계약을 체결하는 업무를 의미하는 것으로 해석하여야 하므로, 쟁점수수료는 해운업법에서 규정하고 있는 “해운대리점업 수입”이 아니라 외항선박에 직접 제공하는 용역이다.(조심2014부903, 2014.5.23. 참조)

  ② 외항선박이 입항하면, 국내총괄대리점에서 업무 위‧수탁계약서에 근거하여 입항하는 선박에 대한 제반해운용역을 수행할 대리점을 지정하는 메일을 청구법인에 보내오면, 청구법인은 입항선박에 대한 기본 매뉴얼에 의해 주 업무인 예선용역과 더불어 강취, 통선, 대리점용역 등 제반용역을 직접 제공하고 있음이 업무 위‧수탁계약서 및 대리점업무 절차서와 더불어 국내총괄대리점에 청구한 용역수입정산서 등에 의해서 확인되고 있으므로 주된 용역인 예선업의 부수용역에 해당한다.(부가606, 2012.5.25. 참조)

  총괄대리점과의 위‧수탁계약은 외항선에 제공하는 제반용역을 위탁하기 위한 기본용역계약으로서, 대리점용역에 한정하여 계약한 것이 아니며, 용역수입정산서에 예선, 통선, 강취, 등의 용역대가를 명확하게 구분하여 청구하는 것은 모든 상거래의 기본이므로 이것 때문에 대리점 용역이 별도로 제공되었다는 판단은 잘못된 것이다.

  따라서 청구법인이 여객·화물운송사업자의 국내총괄대리점으로부터 위탁받아 외국항행선박에 예선용역 등과 함께 부수되는 용역을 직접 제공하고 받은 쟁점수수료는 명칭만 대리점 수수료로 하였을 뿐, 주된 용역인 예선, 강취, 통선 등과 하나의 단위로 일괄 제공하면서 부수되는 용역을 수행한 것이므로 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 용역의 공급에 부수하여 공급되는 용역에 해당하므로 영세율 적용에 잘못이 없다.

  ③ 또한, 외항선에 용역을 직접제공 하였다면, ｢(구)부가가치세법 시행령｣ 제26조제1항제3호의 외국을 항행하는 선박에 공급하는 재화 또는 용역에 해당되어 대가를 외화 또는 원화로 받느냐, 직접 받느냐, 간접으로 받느냐에 상관없이 영세율 적용이 가능한 것으로 통칙 및 예규 등에서 해석하고 있다.

  ④ 한편, 청구법인이 외국항행 선박에 용역을 제공하면서 “사단법인 한국선박대리점협회” 선박대리점 수수료율을 준용하여 수수료를 받고 있으나, 이는 청구법인이 제공하는 용역의 성격이 “해운대리점업”에 해당하기 때문인 것은 아니며, 단지 수수료 계산의 편의와 관행에 따른 것이고, 이 같은 이유 때문에 국내총괄대리점과 체결한 계약서에도 선박대리점 수수료율을 적용한다고 하지 않고 “준용한다”라고 명시하였다.

  따라서 청구법인의 대리점수입은 ｢국세기본법｣ 제14조 제2항 및 기본통칙 14-0-5(거래의 실질내용 판단기준) 거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래 관례, 구체적인 증빙, 거래 당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다라고 규정하고 있으므로 ｢(구)부가가치세법 시행령｣ 제26조 제1항 제3호 외국을 항행하는 선박에 직접 제공한 용역에 해당한다.

  ⑤ 청구법인이 대리점수입에 대하여 세금계산서를 교부한 것은 대리점수입을 외항선주로부터 받아 6 : 4로 분배하는 과정에서 실무자의 판단착오로 교부하지 않아야 할 것을 잘못 교부한 것에 불과할 뿐, 이것 때문에 용역을 제공받은 자가 외항선박이 아니고 총괄대리점이 될 수는 없다.

  ⑥ 또한, 외항선박 등에게 용역을 제공하는 경우 구체적 사안에서 영세율 및 세금계산서 교부여부가 불분명하여 마찰이 발생하는 문제가 많아 2007.2.28. 납세자가 세금계산서 교부여부를 선택할 수 있도록 ｢부가가치세법 시행령｣ 제26조 제1항 제3호를 개정(대통령령 제19892호)한 바 있다.

  처분청은 아래와 같은 예규 등의 질의 내용이 청구법인의 대리점용역 공급 내용과 절차가 동일하거나 가장 유사한 유권 해석을 참고 하여야 함에도 청구법인의 용역공급 절차와 내용이 다른 외국법인의 국내사업장으로부터 발주 받은 용역 및 건설용역의 하도급 등의 예규를 적용한 것은 합당하지 않다.

  ⑦ 영세율이 적용되는 쟁점수수료에 대해서 국내총괄대리점한테 세금계산서를 교부한 것이 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 가산세 부과대상인지 여부는 영세율적용 배제와는 별론으로 하여야 한다.

2) 과거 수 십년 동안 영세율을 적용하여 왔음에도 그에 반하여 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

 가) 국세청예규 부가46015-1383(1999.5.15.)에서는 외항선사와 외항선박의 입‧출항수속업무계약을 체결한 국내선박대리점으로부터 입‧출항수속 및 승무원의 통선용역을 하청 받아 외항선박에 당해용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제11조제1항제4호 및 같은 법 시행령 제26조제1항제3호의 규정에 의하여 영세율이 적용되고, 서삼46015-10645(2003.4.17.)에서는 예선업무 중 화재진압을 하여주고 그 대가를 받은 경우에도 예선업의 부수용역으로 영세율이 적용되며, 부산지방국세청장이 질의한 부가1265.1-63-1363(1980.6.16)에서도 주된 수입의 일부(부수수익)로 외항선에 용역을 직접 제공한 것으로 보고 영세율 적용이 되는 것으로 해석 하였다.

 나) 총괄대리점은 외항선의 용역업무를 수주하여 청구법인에게 하청을 주는 것이 아니고, 외항선이 입항하면 위‧수탁계약을 체결한 지방대리점을 지정(중개)해 주는 역할만하는 사업자로서, 대리점을 지정(중개)해 준 대가로 지방대리점의 대리점용역 대가 중에서 60%를 배분하는 것으로 약정되어 있으므로 부가가치세 도입 이후 현재까지 관행적으로 영세율 세금계산서를 발급한 것이다.

 다) 따라서 청구법인과 동종업계에서 수 십년동안 관행적으로 영세율로 신고해 왔음에도 영세율 적용을 부인한 처분은 ｢국세기본법｣ 제8조제3항 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다는 규정에 반하는 처분이다.

3)선박건조와 달리 선박엔진의 경우 수입승인일이 2009.3.2.이므로 이 때를 투자시기로 보아 적법한 세액공제 대상이다.

 가) 청구법인의 선박취득 형태는 선박건조와 엔진구입을 분리하여 선박건조는 2008.5.20. 국내의 AA조선공업㈜ 2,550,000,000원에 선박건조계약을 체결하여 2009.6.30. 준공되었으나, 엔진은 2009.3.2. L/C를 개설하여 일본으로부터 2009.3.23. 수입한 것이며, (구)기본통칙26-23-4 제1항 제2호에서 수입의 경우 투자개시일을 수입승인을 얻은 때로 규정하고 있으므로 L/C 개설일을 수입승인을 얻은 때로 판단하여야 할 것이므로 임시투자세액공제대상인 것이다.

 나) 또한 유기적으로 결합되어 제품을 생산하는 기계장치의 경우에는 하나의 투자단위로 보아 판단하는 것이나, 청구법인의 경우에는 공장 건물은 건설회사와 도급계약을 체결하고 기계장치는 별도로 주문제작하는 것과 같으므로 선박건조는 공장건물 신축과 같으며, 엔진수입은 기계장치 수입에 해당하는 것이므로 투자개시일을 별도로 판단하여야 한다.

나. 처분청 의견

1) 쟁점수수료가 영세율 적용대상이라는 주장에 대하여

 가) 외항선사가 국내총괄대리점에 의뢰한 입출항 관련 용역을 총괄대리점은 이를 다시 지역 대리점인 청구법인에 위탁하고 있으며, 청구법인은 위탁받은 용역 중 예선, 강취, 통선 등의 용역은 외항선박에 직접 용역을 제공하는 것으로 하고 있으나,

  선박의 입출항 수속 등과 관련된 용역은 국내총괄대리점과 위‧수탁계약에 따라 용역을 제공하고 있고, 이에 대하여 선박의 화물적재량(DWT) 등에 의하여 일정하게 책정되는 대리점수수료(AGENCY FEE) 항목으로 하여 쟁점수수료를 청구하는 등 예선, 통선, 강취 등의 용역과 명확히 구분된다.

 나) 또한 청구법인은 쟁점수수료와 관련하여 선사로부터 용역제공을 직접 의뢰받는 경우에는 선사에게 세금계산서를 교부하였고, 국내총괄대리점으로부터 용역제공을 의뢰받는 경우에는 국내총괄대리점을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발행하였으며, 국내총괄대리점을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발행한 이유도 업무지시를 총괄대리점에서 받았으며 대금도 총괄대리점으로부터 받았기 때문이라고 스스로 인정하고 있다.

 다) 처분청이 영세율이 적용되지 않는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 쟁점수수료는 국내총괄대리점으로부터 용역제공을 의뢰받아 이를 수행하고 대금도 총괄대리점으로부터 원화로 지급받았으며, 국내총괄대리점을 공급받는 자로 하여 영세율 세금계산서를 발행하고 부가가치세 과세표준 신고한 부분으로,

  이는 청구법인과 외항선박의 국내사업자에 해당하는 총괄대리점과의 거래로 ｢(구)부가가치세법 시행령｣ 제26조【그밖의 외화획득 재화 및 용역 등의 범위】제1항제3호의 규정에 따른 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로 볼 수 없는 것(부가46015-2786, 1996.12.28., 제도46015-10940, 2001.5.4.)이다.

 라) 하도급 형태로 공사가 많이 이루어지는 건설 용역의 경우, 공사발주처(갑)가 을에게 도급을 주고, 을은 병에게 다시 하도급을 주어 공사가 진행되는 경우에 있어서 병은 을에게, 을은 갑에게 각각 세금계산서를 교부하여야 하며, 병이 갑을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부할 수 없는 것(부가46015-229, 2001.2.6.외 다수)으로

  청구법인이 외항선박과 관련한 쟁점수수료에 대하여 국내총괄대리점을 공급받는 자로 하여 영세율 세금계산서를 발행하고도 이를 외항선박에 직접 제공한 용역으로 영세율 적용이 정당하다는 주장은 이유 없다.

 마) 처분청은 조사 당시에 쟁점수수료의 영세율 적용 여부와 관련하여 본청 법규과에 질의하여 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다는 취지의 회신을 받았으며, 청구법인의 주장대로 쟁점수수료를 외항선박에 용역을 직접 제공한 대가로 보아 영세율이 적용된다면 청구법인이 국내총괄대리점을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발행한 것은 (구)부가가치세법 제16조【세금계산서】규정을 위반한 사실과 다른 세금계산서로 보아야 할 것이다.

 바) 청구법인이 제시한 2012.9.11. 인터넷 질의 회신내용에 의하면 “외국선사의 국내대리점과 계약에 의해 외항선박에 용역을 공급하고 외국선사의 국내대리점을 공급받는 자로 하여도 영세율세금계산서를 발행할 수 있는지?”에 대하여 “외국선사의 국내대리점과 계약에 의해 외항선박에 하역용역을 공급하는 경우에는 영세율이 적용되지 아니하는 것으로 판단됩니다.” 라고 회신하고 있는 것으로 보아 외항선박에 대한 예선업의 부수용역으로 영세율이 적용되어야 한다는 청구주장은 이유 없다.

 사) 청구법인은 대리점 수수료에 대하여 총괄대리점으로 세금계산서를 발행한 것은 실무자의 판단착오에 의한 것이라는 주장이나,

  청구법인은 쟁점수수료에 대하여 선사로부터 직접 용역 제공을 의뢰받는 경우에는 선사에게 세금계산서를 발행하였고, 총괄대리점으로부터 용역 제공을 의뢰받는 경우에는 총괄대리점에게 세금계산서를 발행하였음을 확인하고 있으며, 세금계산서는 사업자와 거래상대방 관계에서는 송장, 외상거래에서는 대금 청구서, 현금거래에 있어서는 재화 또는 용역대가 및 부가가치세액의 영수증, 장부 기장시의 증빙자료 등의 기능을 수행하는 것으로 청구법인은 약 100여 개의 총괄대리점과 거래를 하고 있고 총괄대리점에 대리점 수수료에 대하여 세금계산서를 발행하였으며 세금계산서를 교부받는 총괄대리점도 수취한 세금계산서에 대하여 세금계산서합계표를 제출한 것으로 보아 실무자의 판단착오로 잘못 교부한 것이라는 청구주장은 이유 없다.

2) 비과세 관행인 신의칙 위반이라는 주장에 대하여

  조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 함(대법원2002두11233, 2004.07.22.선고 판결참조)에도,

  청구법인은 과세관청이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다고 주장하면서 “외항선박에 직접 용역을 제공하는 경우 영세율을 적용한다”는 규정만 제시할 뿐, 쟁점수수료에 대하여 영세율을 적용한다는 과세관청의 공적인 견해 표명사실에 대한 입증자료를 제시하지 못하고 있어 청구주장은 받아들일 수 없다.

3) 엔진에 대한 투자금은 임시투자세액공제대상이라는 주장에 대하여

 가) 청구법인이 2009사업연도에 대한 법인세 신고 시 임시투자세액으로 공제 신청한 745백만원은 2009.5.21. 개정된 ｢조세특례제한법｣ 제26조제1항제1호(당해 사업연도에 투자한 금액에 대한 산정액)와 신설된 제2호(해당 과세연도의 개시일로부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균 투자액을 초과하는 금액에 대한 산정액)에 의하여 산정하였으며, 개정세법 부칙(제9671호, 2009.5.21.) 제2조(임시투자세액에 대한 적용례)에 의하면 “이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다”라고 규정하고 있다.

 나) 새로이 투자하는 기계장치가 독립된 개개로는 제품을 생산하지 못하고 수개의 기계장치가 유기적으로 결합되어야 제품을 생산하는 경우 설비 전체를 하나의 투자단위로 보아 투자개시시기를 판단하여야 하는 것(서이46012-10696, 2002.4.1.)이므로, 선박건조와 엔진은 유기적으로 결합되어야 예인선으로서의 역할을 할 수 있는 것이며 이 경우 전체를 하나의 투자단위로 보아 투자개시시기를 판단하여야 하는 것이다.

  2007.1.26. 엔진도입계약을 하고, 2008.5.20. 선박건조계약을 체결하여 같은 날 선박건조 계약금 255백만원과 2008.10.10. 1차 중도금 459백만원 및 2008.12.31. 엔진계약금 105백만원을 지급하여 취득한 대동9호의 투자개시일이 2009년 이전에 이루어진 것으로 확인되므로 임시투자세액 부인한 처분은 정당하다.

 다) 또한 신용장 개설일과 수입승인일은 별개의 개념으로 청구법인이 수입한 선박엔진은 “수입 승인을 얻어야하는 경우”에 해당하지 않아 관계기관의 수입 승인을 받지 않은 것(대산세관 유선확인)으로 확인되어 2009.3.2.이 수입승인일이라는 청구주장 또한 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  1) 외항선사 국내총괄대리점의 위탁을 받아 외항선박에 입․출항 관련 용역을 제공하고, 국내총괄대리점으로부터 수령한 대리점수수료가 영세율 적용대상인지 여부

  2) 과거부터 계속적으로 영세율을 적용하였음에도 이를 부인하는 것은 신의칙 위반이라는 청구주장의 당부

  3) 선박건조는 국내에서 이뤄지고, 이와 별도로 엔진을 수입하였으므로 엔진의 경우 수입승인일을 투자개시일로 보아 임시투자세액공제대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법[2010.1.1-9915호] 제11조 【영세율 적용】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

  1. 수출하는 재화

  2. 국외에서 제공하는 용역

  3. 선박 또는 항공기의 외국항행 용역

  4. 제1호부터 제3호까지의 재화 또는 용역 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 ③ 제1항의 재화와 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2) 부가가치세법 시행령[2010.10.1-22424호] 제26조 【그 밖의 외화획득 재화 및 용역 등의 범위】

 ① 법 제11조제1항제4호에 규정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

  1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것

  마. 컨테이너수리업, 보세구역의 창고업, 「해운법」에 따른 해운대리점업 및 해운중개업

  1의2. 비거주자 또는 외국법인의 국내사업장이 있는 경우에 국내에서 국외의 비거주자 또는 외국법인과 직접계약에 의하여 공급되는 재화 또는 용역중 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 해당 국외의 비거주자 또는 외국법인으로부터 외국환은행을 통하여 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것

  3. 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 사업자가 법 제16조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우에는 그러하지 아니하다.

 3) 부가가치세법 제14조 【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

 ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

  1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

  2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

 4) 국세기본법 제14조 【실질과세】

 ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 5) 국세기본법 제15조 【신의·성실】

 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

 6) 조세특례제한법[2009.05.21-9671호] 제26조 【임시투자세액공제】

 ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 합한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

  2. 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액(신설)

 ⑥ 제1항제2호에 따른 3년간 투자한 금액의 연평균투자액의 구분 및 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 7) 조세특례제한법[2009.5.21-9671호] 부칙

 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

 제2조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제26조제1항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 제26조제1항제1호의 개정규정은 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시되어 이 법 시행일 현재 투자가 진행 중에 있는 것에 대하여는 이 법 시행일 이후 투자분에 대하여도 적용한다.

 8) 조세특례제한법 시행령[2009.4.21-21445호] 제23조【임시투자세액공제】

 ⑧ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 국내ㆍ국외 제작계약에 따라 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때

  2. 제1호의 규정에 의한 발주에 의하지 아니하고 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때)

  3. 당해 시설을 수입하는 경우로서 승인을 얻어야 하는 경우에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 수입승인을 얻은 때

  4. 자기가 직접 건설 또는 제작하는 경우에는 실제로 건설 또는 제작에 착수한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착수한 때에 포함하지 아니한다.

  5. 타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다.

 9) 해운법 제2조 【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "해운업"이란 해상여객운송사업, 해상화물운송사업, 해운중개업, 해운대리점업, 선박대여업 및 선박관리업을 말한다.

  5. "해운중개업"이란 해상화물운송의 중개, 선박의 대여ㆍ용대선 또는 매매를 중개하는 사업을 말한다.

  6. "해운대리점업"이란 해상여객운송사업이나 해상화물운송사업을 경영하는 자(외국인 운송사업자를 포함한다)를 위하여 통상 그 사업에 속하는 거래를 대리하는 사업을 말한다.

다. 사실관계

 1) 국세통합전산망에는 청구법인의 주 업태‧종목명은 운수서비스/해운대리점업, 선박관리, 항만운송부대사업으로 나타나며, 부 업태‧종목명은 운수업/예인선업, 운수서비스/항만운송사업, 부동산/임대 및 선박/임대로 나타난다.

 2) 청구법인이 쟁점수수료에 대하여 총괄대리점을 매입처로 하여 영세율세금계산서를 발행한 금액은 아래와 같다.

(단위 : 천원)

 3) 외항선박 입․출항 시까지 발생하는 수입항목 관련 용어는 다음과 같다.

  ① 대리점료(AGENCY FEE) : 외항선박 회사의 선박 대리업무를 수행하고 있는 국제해운대리점 화주(갑)의 대행자인 총괄대리점이 외항선사를 대신하여 선박의 용역에 관련된 모든 업무를 위임받아 대행하는 업체에 위탁하고 수탁업체와 정산하는 비용

  ② 예선수입(TUGGAGE) : 예인선박을 사용하여 항구의 일정한 장소까지 해당 용역선박을 부두접안시설이나, 목적지까지 선박을 이동시켜주고 받는 대가

  ③ 통선수입(WORKING BOAT CHARGE) : 선원들의 상륙이나, 귀선 시 승선․하선의 용역을 제공하고 받는 대가

  ④ 강취수입(LINE HANDLING CHARGE) : 선박의 입항 또는 출항 시 줄로 고정시키거나, 고정시킨 줄을 제거해 주고 받는 대가

  ⑤ 물품공급업 수입 : 보세물품이나 선용품, 식수 등 공급하고 받는 대가

 4) 총괄대리점과 청구법인 간의 업무 위수탁 계약서(샘플)의 주요 내용은 아래와 같다.

 5) 청구법인의 대리점 업무 절차서를 요약하면 아래와 같다.

 6) 청구법인의 용역수입 정산서(샘플)를 보면 아래와 같이 비용을 구분하여 청구하고 있다.

 7) 청구인이 제시한 사단법인 한국선주협회와 한국해운대리점협회가 협정한 대리점료는 다음과 같다.

 8) 조사청이 세무조사 과정에서 청구법인의 회계팀 이사로부터 받은 진술서 내용은 아래와 같다.

 9) 청구법인이 제출한 공증인가법무법인 ○○에서 청구법인에게 회신한 문서(R2013-246, 2013.11.8.)를 보면, ①대리점수수료의 법적 성격에 대하여 화물운송 중개, 선박 대여, 용선, 매매 등의 사업이 아니므로 해운중개업으로 볼 수 없고, 해운대리점업은 여객운송 또는 화물운송 사업자를 대리하여 거래상대방과 여객운송사업 또는 화물운송사업의 주된 업무와 관련된 계약을 체결하는 것을 의미하므로 이에 속한다고 볼 수 없으며, 대리점수수료와 관련된 용역은 외국항행 선박에 대한 용역 및 이에 관련된 금원으로 판단된다고 하고 있으며, ②영세율 적용가능 여부와 관련하여서는 외항사와 직접 계약 체결한 사실이 없고, 대금을 직접 수령하지 않으며, 총괄대리점과의 계약에 따라 외항사에 용역을 제공하였다고 하더라도 외국항행 선박 등에 용역을 제공한 사실이 명백하므로 영세율 적용 대상이라고 밝히고 있다.

 10) 한국표준산업분류에 따르면, ①화물운송 중개, 대리 및 관련서비스업은 화물운송업자와 화주 간에 화물 운송을 주선하는 산업활동을 말하는 것으로 설명하고 있으며, 예시에서는 해운대리점을 포함하고 있으며, ②기타 해상 운송업에 대한 설명에서는 예인선 운영 등이 포함된다고 하고 있다.

 11) 쟁점수수료가 과거부터 영세율 적용대상이라는 청구주장과 관련하여 제출한 예규 등은 아래와 같다.

 12) 예인선 관련 투자내역과 계약내용은 다음과 같다.

  ① 엔진 : 엔진 공급‧구매계약서(2007.1.26.)를 보면, 엔진 등 2세트를 1억 3,500만엔(JPY)에 공급하며, 계약금(DOWN PAYMENT로 기재됨)은 계약일로부터 1개월내에 10%를 지급하고, 잔금 90%는 선적 2개월 전에 L/C를 개설하는 조건으로 되어 있다. 계약금 1,350만엔(JPY)은 2007.2.23. 수입대금 사전송금방식으로 송금한 것이 확인된다. 한편, 청구법인이 제출한 수입신고필증의 수리일자는 2009.3.23.로 확인된다.

* 계약금 : 당초 선급금으로 계상하여 온 것을 2008.12.31. 계약금으로 계정대체

  ② 선박 : 선박건조 계약서(2008.5.20. 계약)를 보면, 공급대가는 25억 5,000만원이며, 대금지급은 계약 및 착공금(2008.5.20.), 기공시(강재 절단 2008.10.), 선각 선대 탑재 시(2009.1.15.), 주기관 탑재 시(2009.4.6.), 본선의 진수 시(2009.6.8.), 준공 완료 및 인도 시(잔금 2009.6.20.)로 구분하여 총 6차례에 걸쳐 지급하기로 하고, 선주(청구법인)는 엔진에 해당하는 주 기관과 축계 및 추진기 각 2대를 공급하는 것으로 되어있다.

  ③ 총투자금액 (엔진 + 선박) : 4,766,016,870원

라. 판단

  첫째, 쟁점수수료가 외항선에 직접 제공하는 용역에 대한 대가로 영세율 적용대상이며, 나아가 외항선에 직접 제공하는 용역인 예선용역에 부수되는 용역으로서 예선용역이 영세율 적용대상이므로 이에 부수되는 쟁점수수료 또한 영세율을 적용하여야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

  먼저, 쟁점수수료가 외항선에 직접 제공하는 용역에 대한 대가로 영세율 적용대상이라는 청구주장에 대하여 살펴보면, 쟁점수수료는 총괄대리점으로부터 외항선박의 지방항만 입출항시 관련 용역을 총괄로 의뢰받아 분야별 작업을 수행할 업체를 수배하고 작업지시 하는 등 그 대행업무의 대가로서 화물적재량에 따라 차등하여 정해진 요율표에 따라 총괄대리점으로부터 지급 받는 것으로, 모든 업무보고 사항을 총괄대리점에게 보고하고 지시를 받고 있으며 세금계산서를 총괄대리점에게 발급하고 있는 점, 정산서에는 청구법인이 직접 공급한 내역과 다른 회사를 통하여 공급하는 내역이 구분되어 나타나며 용역제공에 따른 대가는 당해 용역제공의 내용에 따라 업체별로 송금하고 있어 도선용역, 통선용역, 예선용역 등과 같이 직접 외항선박에 용역을 제공하는 것과 달리 쟁점수수료는 국내 총괄대리점이 수행할 역할을 대신 수행하는 업무대행 용역으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점수수료는 외항선박에 직접 제공하는 용역에 대한 대가로 보기 어려운 것으로 판단된다.

  다음으로, 쟁점수수료가 예선 등의 용역에 부수되는 용역에 대한 대가로 영세율 적용대상이라는 청구주장에 대하여 살펴보면, 주된 용역에 필요불가결하게 부수되는 용역은 주된 용역이 영세율 대상이면 부수용역도 영세율을 적용하는 것이나, 이 건과 같이 청구법인은 예선용역과 도선용역 등을 다른 업체에 의뢰할 수 있고 의뢰받은 업체에서는 외항선박에 예선용역 등을 제공하면서 필요불가결하게 대리점용역을 같이 제공하는 것이 아니라 의뢰받은 예선용역이나 도선용역만을 제공하는 것이므로 대리점용역을 예선용역 등에 필요불가결하게 부수되는 용역으로 보기 어려운 것으로 판단된다.

  둘째, 쟁점수수료는 과거부터 계속적으로 영세율을 적용하였음에도 이를 부인하는 것은 신의칙 위반이라는 청구주장에 대하여 살펴본다.

  세금을 부과하지 않는 것이 국세행정의 관행으로 되었다고 보려면 상당한 기간에 걸쳐 세금을 부과하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 세금을 부과할 수 있음을 알면서도 어떤 특별사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시된 경우에 한하여 성립되는 것(대법원86누4, 1987.12.8. 참조)인 점에 비추어 보면, 청구법인이 제시한 과거 예규 등은 통선, 예선 등의 용역을 외항선박에 직접 제공한 경우에 영세율을 적용한다는 내용일 뿐, 이 건과 같이 쟁점수수료에 대하여 과세관청이 세금을 부과할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사를 공적으로든 묵시적으로든 표명하였다고 보기 어려우므로 신의칙을 위반한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  셋째, 선박건조는 국내에서 이루어지고 이와 별도로 엔진을 수입하였으므로 엔진의 경우 수입승인일을 투자개시일로 보아 적법한 임시투자세액공제 대상이라는 청구주장에 대하여 살펴본다.

  2009.5.21. 개정된 ｢조세특례제한법｣ 제26조는 부칙에서 그 시행일을 개정된 법 시행일이 속하는 과세연도인 2009년도에 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제23조제8항에서는 투자의 개시시기를 제작계약에 따라 발주하는 경우 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때(1호), 매매계약의 경우 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(2호), 수입하는 경우로서 승인을 얻어야 하는 경우 수입승인을 얻은 때(3호), 자기가 직접 건설 또는 제작하는 경우에는 실제로 건설 또는 제작에 착수한 때(4호), 타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때(5호)로 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 선박엔진의 경우 수입하는 데에 별도로 승인이 필요하여 수입승인을 받은 경우가 아니므로 일반적인 매매계약(2호)에 따른 투자시기를 적용하여야 하는 것으로 선박엔진 매매계약은 2007.1.26. 체결하면서 계약금 10%를 계약일로부터 1개월 내에 지급하기로 되어 있으며 실제로 동 계약금은 2007.2.23. 지급하였음이 확인된다.

  나아가 선박엔진과 선박이 독립된 개개로서는 그 기능을 다하지 못하고 서로 유기적으로 결합되어야 하는 하나의 투자단위로 보면 선박건조의 투자개시일이 2009년 전이므로 엔진의 투자시기 또한 선박건조와 같이 보아야 한다는 처분청의 주장은 별론으로 하더라도, 청구법인은 수입승인을 얻은 때를 수입신고필증 수리일자인 2009.3.23.로 보아야 한다는 주장이나 위와 같이 시행령에서 ‘수입 승인을 얻어야 하는 경우’로 한정하고 있으므로 별도 수입승인을 거치지 아니한 이 건 선박엔진의 경우 일반적인 매매계약에 해당되어 계약금을 지급한 때를 투자시기로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  따라서 위에서 살펴본 내용을 종합하여 보면 쟁점수수료를 영세율 적용대상에서 제외하고, 선박엔진의 투자개시일을 2009년 전으로 보아 임시투자세액공제 부인하여 부가가치세와 법인세를 경정·고지한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.