주 문
OOO세무서장이 2013.6.27. 청구법인에게 한 2008∼2010사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분은
1. 「조세특례제한법」제121조의2의 외국인투자에 대한 감면세액의 경정액에 대하여 납부불성실가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2000.7.14. 네덜란드 법인인 OOO가 70.1% 지분(현재 80.1%)을 투자하여 설립된 외국인투자기업으로서 자동차를 생산하여 왔고, 2000.8.30. 재정경제부장관으로부터「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2 제1항에 의해 고도기술에 해당하는 가솔린저공해초희박엔진 등에 대한 감면을 승인받았으며, 2003.12.19. 전자제어식 엔진 등(이하 “쟁점엔진”이라 한다)을 고도기술사업으로 인정받아 조세감면을 승인받았다.
나. 청구법인은 2003사업연도부터 법인세를 감면받으면서 감면대상인 완성품 차량에 부품으로 사용되는 쟁점엔진의 소득금액을 반제품 형태로 대리점에 판매되는 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 기준으로 산정하여, 아래 <표1>과 같이 청구법인의 자동차 제조 및 판매 등의 전체 사업 중 감면소득에 상당하는 2008∼2010사업연도에 법인세 OOO원을 감면받았다.
OOO
다. OOO국세청장은 2012년 8월부터 2013년 1월까지 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 정비용 엔진의 대리점 판매가격이 아니라 국외 특수관계자에 대한 엔진 OEM 수출가격(생산원가에 2.8% 가산)으로 감면소득 및 감면세액을 재계산하여야 한다는 조사결과를 통보하였고,
이에 청구법인은 과세전적부심사를 제기하였으며, 국세청장은 최종 제품(자동차) 매출액에 투입된 부품액 중 감면대상 부품액(쟁점엔진)의 비율로 계산한 금액을 시가로 보아 감면소득을 계산하는 방법(이하 “원가비례법”이라 한다)으로 과세하도록 과세전적부심사결정하였다.
라. 처분청은 위 과세전적부심사결정에 따라 원가비례법을 적용하여 감면소득 및 감면세액을 재계산하여 아래 <표2>와 같이 감면세액 OOO원을 부인하고, 2013.6.27. <표3>과 같이 조사된 다른 경정사항을 포함하여 청구법인에게 2008∼2010사업연도 법인세 합계 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.
OOO
마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.16. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청의 원가비례법에 의한 법인세 과세처분은 수차례의 공적인 견해표명에 반하는 처분으로서 신의성실의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.
청구법인은 쟁점엔진과 관련한 감면소득(감면사업의 매출액) 계산방법에 관하여 구체적인 사실관계를 포함하여 (갑설) 감면대상 부품과 비감면대상 부품의 제조원가 비율로 안분하여 감면대상 매출액을 산정하는 방법과 (을설) 정비목적 엔진 판매가격 등의 시가로 매출액을 계산하는 방법으로 구분하여 질의하였고, 이에 국세청은 유권해석(서면인터넷방문상담 2팀-866, 2004.4.23.)을 통해 감면대상 소득의 계산을 위한 매출액은 독립된 사업자간 통상 거래조건에 따라 그 부품을 매매할 때의 시가를 적용하는 것이라고 회신하여 청구법인이 그 동안 적용한 방법과 동일한 취지로 공적인 견해를 표명하였다.
이러한 유권해석에서 회신한 방법은 시가로서 객관적으로 확인할 수 있는 외부 매매가격을 의미하고, 이에 반하여 처분청이 적용한 원가비례법에 의한 가격은 내부적인 원가정보를 바탕으로 산출되는 것으로서 서로 전혀 다른 성질을 갖고 있는바, 처분청은 위와 같은 공적인 견해표명에 상반되는 원가비례법을 적용하여 과세하였으므로 이는 신의성실원칙에 위배된다.
(2) 청구법인이 적용한 부품대리점에 공급한 엔진의 판매가격은 정상적인 시가에 해당하고 그러한 가격에 의하여 감면대상 소득을 산정하여야 하므로 과세처분은 부당하다.
대리점에 정비용으로 공급하는 엔진의 가격은 청구법인이 제3자인 불특정 다수의 독립적 사업자와 통상적인 거래조건에 따라 계속적으로 거래한 유일한 시가이고, 그 가격은 한국자동차산업협회에도 고시되어 협회 웹사이트를 통해 누구나 확인할 수 있는 가격이며, 정비용으로 공급한 엔진의 거래회수가 많지 않더라도 객관적인 교환가치를 적정히 반영하는 것이라면 시가로서의 대표성을 갖기에 충분하고, 엔진이 자동차의 핵심기술인 점을 고려할 때 감면대상인 엔진의 판매로 인한 감면사업의 이익률이 비감면사업의 이익률보다 높은 것은 당연한 결과이며, 정비용 엔진의 대리점 공급가격은 사업자에 대한 도매가격으로서 유통마진(22%)이 제외된 것이므로 부당하게 높게 책정된 것도 아니다.
(3) 위 (1)에서 제시한 바와 같이 청구법인은 감면대상 소득을 정확하게 산정하기 위하여 그 산정방법을 질의하여 유권해석을 회신받았고, 유권해석을 근거로 신청한 감면세액에 대한 경정청구 및 심판청구과정에서도 과세관청은 청구법인이 적용한 대리점 공급가격을 유권해석상 시가에 해당한다고 보아 이견을 표명하지 않았으며, 2007년 정기 세무조사 과정에서도 엔진의 시가는 쟁점이 되지 않았다.
또한, 원가비례법은 법적 적용근거가 없고 감면사업과 비감면사업의 이익률을 평준화시키는 매우 비합리적인 방법으로서 이를 적용할 경우 고도기술도입 사업으로서 고부가가치 사업인 감면사업의 이익률을 실질과 다르게 낮게 평가하므로 청구법인에게 큰 불이익을 초래한다.
결론적으로 청구법인은 최선의 노력을 다하였으나 유권해석 이외의 다른 방법을 선택할 수 없었음에도 불구하고 처분청이 갑자기 법적 근거와 합리성이 결여된 원가비례법을 적용하여 과세함은 유권해석에 반하는 것이고, 원가비례법을 적용할 경우 그 비합리성으로 인하여 오히려 청구법인에 심각한 불이익을 초래하는 상황이므로 감면소득 계산과 관련하여 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 과세전적부심사결정에 따라 원가비례법으로 감면세액을 경정한처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.
국세청은 유권해석(서면인터넷방문상담 2팀-866, 2004.4.23.)시 질의한 갑설과 을설이 아닌 감면대상 소득금액 계산을 위한 일반적인 원칙인 『감면대상 소득의 계산을 위한 매출액은 독립된 사업자간 통상거래조건에 따라 그 부품을 매매할 때의 시가를 적용하여 계산』하도록 회신한 것에 불과하고, 이를 청구법인은 자의적으로 을설을 채택한 것으로 판단하여 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 시가로 보고 감면세액을 계산하였다. 국세청의 유권해석은 갑설과 을설 중 어느 하나를 채택하지 않은 채 감면세액 계산을 위한 일반 원칙만을 제시하였고, 일반 원칙이 적용되지 않는 예외적인 경우에 적용할 방법에 대해서는 별도로 언급하지 아니한 것이다.
또한, 이 건과 관련된 과세전적부심사결정에서는 조사기관인 OOO국세청장이 제시한 국외 특수관계자 OOO에 대한 OEM수출가격과 청구법인이 적용한 정비용 엔진의 대리점 가격 모두가 시가로 볼 수 없다는 취지이고, 이와 같이 일반원칙을 적용하기 어려운 예외적인 상황에서는 갑설(원가비례법)이 을설(대리점 가격)보다 합리적이라고 결정한 것이다.
국세청 예규는 어디까지나 과세관청 내부에서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 그 자체만으로는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하지 아니한다고 판시한 대법원 판례(대법원 2003.9.5. 선고 2001두403 판결)는 별론으로 하더라도, 위와 같이 관련 유권해석(서면인터넷방문상담 2팀-866, 2004.4.23.)에서도 청구법인이 법인세 신고시 적용한 을설(대리점 가격)을 적정한 시가로 채택한 바도 없으므로 과세전적부심사결정에 따라 감면세액을 부인한 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.
(2) 정비용 엔진의 대리점 가격은 시가에도 부합하지 못하므로 과세처분은 정당하다.
(가) 자동차 정비용 부품은 완성차 판매 후 그 구매고객에 대한 공급으로서 수요의 비예측성, 부품공급의 긴박성, 소량수요, 부품의 비대체성 등의 시장 특성을 가지고 있어 완성차 업체에 공급되는 부품가격에 비하여 판매가격이 높게 책정되는 것이 일반적인바, 청구법인이 시가라고 주장하는 대리점 판매가격은 정비용 부품시장에 적용될 수 있는 가격이지 완성차 납품 시장에 적용될 수 있는 가격이 아니므로, 청구주장을 받아들일 수 없다.
실제로 자동차 부품업체 중 한 곳인 OOO의 재무현황을 살펴보면 아래 <표4>와 같이 완성차 납품 사업부문의 영업이익에 비하여 정비용부품 사업부문의 영업이익이 3∼4배까지 높은 것을 확인할 수 있다.
OOO
(나) 청구법인이 적용한 정비용 엔진의 대리점 공급 가격의 경우 그 거래 수량이 너무 적어 시가로 볼 수 없다.
청구법인이 2008년부터 2010년까지 완성차에 탑재하여 판매한 엔진은 434,996대에 이르나, 정비용으로 판매한 엔진 수량은 14대에 불과하여 그 가격은 완성차에 탑재한 엔진 가격을 대표할 수 없고, 정비용 엔진을 판매하지 아니한 경우에도 내부적으로 책정한 정비용 엔진의 판매가격을 적용하여 감면 매출액을 계산하였으므로 정비용 엔진의 대리점 판매가격은 시가로 볼 수 없다.
OOO
또한, 청구법인은 심판청구과정에서 엔진의 부분품에 해당하는 쇼트와 베어 매출 수량까지 합하여 엔진의 매출수량이 수백대에 이른다고 주장하나, 쇼트와 베어는 감면대상 전자제어식 엔진의 부분품에 불과하여 조세감면대상 물품에 해당하지 아니한다.
(다) 청구법인이 감면대상 엔진가격을 부당하게 높은 가격으로 적용함으로써 감면대상 엔진제조부문의 영업이익을 전체 제조부문의 영업이익을 초과하게 과다 계상되었고, 이로 인해 비감면대상인 서비스 사업부문의 영업이익에 대해서도 감면받는 부당한 결과를 초래하였다.
청구법인은 감면대상 엔진을 탑재하여 완성한 신차를 매출하여 영업손실이 발생하였으나 완성차를 구성하는 부품 중 엔진에 대해서만 막대한 영업이익이 발생한 것으로 신고함으로써 아래 <표7>과 같이 완성차 제조와 관련 없는 서비스 사업부문(R&D 및 디자인 매출)의 영업이익에 대한 법인세까지도 감면받은 결과를 초래하였다.
OOO
또한, 국세청 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-803, 2007.5.1.)에 따르면 외국인 투자법인이 비감면대상 공정과 감면대상 공정을 순차적으로 거쳐 제품을 생산하는 경우 감면대상 소득은 각 공정별로 귀속되는 소득을 합리적으로 구분 계산하여 산출하는 것이라 하였으나, 청구법인은 아래 <표8>과 같이 총매출액 대비 감면매출액 비율은 최저 9.3%에서 최대 16.8% 수준에 불과하나, 총소득금액 대비 감면소득금액 비율은 최저 48.6%에서 최대 161.4%에 이르는 비정상적인 결과가 도출되었다.
OOO
(라) 원가비례법으로 감면대상 매출액을 계산하는 방법은 완성차 납품시장에서의 독립된 사업자간 거래가격을 확인하기 어려운 상황에서 선택할 수 있는 최선의 대안이다.
감면대상 매출액을 적정하게 산정하려면 시가에 해당하는 완성차 납품시장에서 형성된 엔진의 거래가격이 있어야 하나, 국내 완성차 납품시장에서 형성된 비교 가능한 엔진의 거래가격을 찾기가 매우 어려우므로, 완성차 판매가격에서 엔진의 정비용가격이 완성차 전체 부품의 정비용가격에서 차지하는 비율을 곱하여 계산된 엔진의 기여도를 엔진의 시가로 보는 방법을 적용할 수 없었는바, 최종 완성차 매출액에 투입된 부분품 중 감면 해당 부품(엔진)의 원가 비율대로 계산된 금액 즉 원가비례법에 의해 계산된 엔진의 기여도를 감면대상 엔진부품의 시가로 보는 것이 감면대상 매출액 및 감면소득을 계산하는 가장 합리적인 방법이다.
(3) 청구법인이 지목하는 유권해석은 독립된 사업자간 통상거래조건에 따라 부품을 매매할 때의 “시가가 없거나 불분명한 경우” 대안으로 적용 가능한 방법을 제시한 바도 없고, 이에 대해 청구법인이 구체적으로 다시 질의하지도 아니한 상황에서 단지 유리하다고 판단되는 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 자의적으로 시가로 보아 부당하게 감면을 적용하였으므로, 가산세를 면제하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
ⓛ 외국인 투자에 의하여 법인세가 감면되는 자동차 엔진과 감면대상이 아닌 기타의 부품을 조립하여 완성차를 제조·판매하는 경우 감면대상 소득의 계산방법
② 납부불성실가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법 제121조의2 [외국인투자에 대한 법인세등의 감면] ① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(괄호 생략)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
②「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제2호의4 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간중에 내국법인(감면기간중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제116조의2 [조세감면의 기준등] ① 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세·등록세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 기획재정부장관이 「외국인투자촉진법」 제27조의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업 외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.
2. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업
(3) 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제47조의5 [납부·환급불성실가산세] ① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액의 100분의 300을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인이 대리점에 판매되는 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 기준으로 감면대상 소득(쟁점엔진의 소득금액)을 산정하여 위 <표1> 내역과 같이 2008～2010사업연도 법인세 등을 신고납부한 사실, 이에 대하여 처분청은 최종 제품(자동차)의 매출액에 투입된 제조원가 중 감면대상 부품(쟁점엔진)의 제조원가가 차지하는 비율로 계산(원가비례법)한 금액을 시가로 보아 위 <표2> 내역과 감면세액을 재계산하여 이 건 법인세 등을 과세한 사실이 확인된다.
(2) 청구법인이 제시한 국세청 예규(서면인터넷방문상담 2팀-866, 2004.4.23.)에 의하면, 자동차 제조를 위해 법인세 감면대상인 엔진 등 부품과 감면대상이 아닌 기타의 부품을 조립하여 완제품을 제조·판매하는 경우, 감면사업 및 비감면사업의 매출액을 계산함에 있어서 자동차 매출액을 감면대상인 엔진 등의 제조에 투입된 원가와 기타 부품의 제조에 투입된 원가의 비율로 안분하여 계산할 수 있는지 여부에 대하여, “조특법 제121조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제116조의2 제1항의 규정에 의하여 감면사업과 기타의 사업을 겸업하고 있는 외국인투자법인이 조세감면대상인 고도의 기술을 수반하는 사업에서 생산된 부품 등을 감면외 사업인 최종제품 제조를 위하여 사용하는 경우, 감면대상 소득의 계산을 위한 매출액은 독립된 사업자간 통상거래조건에 따라 그 부품을 매매할 때의 시가를 적용하여 계산하는 것입니다”라고 회신한 것으로 되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여
(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점엔진의 소득금액에 대하여 청구법인이 제시하고 있는 대리점 판매가격의 경우 위 <표5>에서 살펴본 바와 같이 2008～2010사업연도 기간 동안 완성차에 탑재하여 판매된 엔진 수량이 434,996대에 이르는데 정비용으로 대리점에 판매된 엔진 수량은 14대에 불과하여 그 거래 수량이 과소할 뿐만 아니라, 그 거래조건 또한 정비용으로 단품 거래된 것으로 제조단계에서 완성차에 탑재되어 매출된 경우와 동일하다고 볼 수도 없어 이를 정당한 가격으로 보기 어려운 반면, 쟁점엔진의 제조원가 대비 이익률이 다른 자동차 부품의 경우보다 높다는 등 쟁점엔진에 대하여 처분청이 제시하고 있는 원가비례법을 적용하는 것이 타당한 것으로 보이므로 원가비례법을 적용하여 감면소득 및 감면세액을 재계산하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.
(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 독립된 사업자간 통상거래조건에 따라 그 부품을 매매할 때의 시가를 적용하여 감면대상 소득 등을 계산하여야 한다는 국세청 예규를 근거로 하여 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 기준으로 감면대상 소득을 산정하여 법인세 등을 신고납부하였다고 소명하고 있고 이와 달리 법인세 신고 당시 시가가 없는 경우의 감면대상 소득 산정에 관한 명확한 법령이나 지침이 보이지 아니한 점, 처분청 또한 OEM 수출가격으로 감면소득 등을 재계산하여야 한다는 취지로 세무조사 결과를 통보하였다가 과세전적부심사에 이르러 그 견해를 변경하여 원가비례법으로 재계산하여야 한다고 결정한 점 등에 비추어 청구법인의 경우 처분청이 적용한 원가비례법에 따라 감면소득 등을 계산하여 당초 법인세 등을 신고하는 것을 기대하기 어려워 보이므로 이 건 법인세를 과세하면서 납부불성실가산세를 가산한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.