[주 문]

OOO이 2012.12.4. 청구법인(본점)에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분, OOO이 2012.12.4. 청구법인(OOO)에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분, OOO이 2012.12.4. 청구법인(OOO지점)에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 정유사 발행 출하전표상의 거래처(주문자, 고객명)와 청구법인과의 유류거래 관계에 대한 확인 등을 토대로 쟁점거래처와의 실제 유류거래 또는 선의거래 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.4.23.부터 현재까지 OOO에서 ‘OOO 주식회사’라는 상호로 유류 도․소매업을 영위하는 법인사업자로, 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 매입세금계산서 10매(본점 5매 OOO원, OOO 지점 3매 OOO원, OOO 2매 OOO원이며, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았다.

나. OOO은 2010.1.20.～2010.6.15. 기간동안 쟁점거래처에 대하여 조사한 결과, 쟁점거래처가 청구법인을 포함한 매출처에 실물거래 없는 가공세금계산서를 교부한 것으로 확정하여 OOO(이하 “조사관서”라 한다)에 가공자료로 통보하였다.

다. 이에 조사관서는 2012.7.30.～2012.8.22. 기간동안 청구법인에 대하여 통합 조사한 결과 쟁점세금계산서 중 청구법인 OOO가 수취한 OOO원은 정상거래로 보고 나머지 공급가액 OOO원은 위장거래로 확정하여 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 2012.12.4. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(본점 OOO원, OOO지점 OOO원, OOO OOO원) 및 2009사업연도 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.4. 이의신청을 거쳐 2013.7.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점세금계산서는 정상적인 사업자로부터 수취한 적법한 세금계산서이다.

  (가) 청구법인은 OOO의 대리점 코드를 가지고 있으나, 유류판매의 가격경쟁력 때문에 다른 정유사의 매입코드(출하전표)를 받은 주유소 또는 일반주유소와 거래를 하거나 주유소협회를 통하여 유류를 매입하여 판매하는바, 쟁점세금계산서는 위와 같은 중간도매상인 쟁점거래처와 2009년 제2기 과세기간 중에 유류거래를 한 데 따른 것이다.

  (나) 쟁점거래처와 같은 중간도매상인 대리점들은 저유소를 가지고 있지 아니하여 정유사에서 출하전표를 부여받은 주유소로 직접 유류를 배달하므로 중간도매상인 대리점들은 정유사에 유류를 주문해도 지OOO(주), OOO(주) 등 정유사 발행 출하전표상의 기재내용이 대리점 코드를 부여받은 곳 즉, 정유사의 코드를 가지고 있는 저유소가 설치된 주유소로 출하전표상 기록될 수밖에 없는 것이 실정이다.

  (다) 청구법인은 쟁점거래처와 2년여 동안 계속적․반복적으로 유류거래를 해 왔으며, 정유사 발행 출하전표상 정유사의 코드를 부여받은 주유소가 기록되어 있다 하더라도 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 한 것이지 정유사 출하전표상에 기록된 주유소는 일면식도 없을 뿐만 아니라 청구법인과는 아무런 관계가 없는 주유소로 당해 주유소의 사업장이 어디인지 대표자가 누구인지 어떻게 해서 정유사 유류 매입코드(출하전표)를 부여받았는지 등에 대해 아는 바가 없으며, 오로지 쟁점거래처와 정상적인 거래를 하였고 모든 주유소들이 현재에도 그렇게 하고 있는 실정이며, 청구법인 또한 11년간 위와 같은 거래를 쟁점거래처 외에 타 거래처와 많은 거래를 하였음에도 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 불공제 받은 사실이 없다.

  (라) 청구법인은 2009년 제2기 과세기간 중 쟁점거래처로부터 정상적으로 유류를 매입하면서 거래명세서, 세금계산서, 출하전표 등에 의거 정상적으로 대금을 지급하였고, 관련 매입세액을 공제하여 법정기간 내에 부가가치세를 신고․납부하였으며, 이는 사업자등록증 사본, 거래명세서, 출하전표, 금융자료 등으로 입증되고 있다.

  (마) 쟁점세금계산서상의 거래는 쟁점거래처가 정유사 발행 출하전표를 타 대리점들의 시중가보다 싸게 구입하여 출하전표에 의해 구매자인 청구법인에게 공급하는 거래로서, 저유소가 출고시 발급한 출하전표상에 기재된 고객명은 출고시 기재된 주문표에 불과하고, 그 고객명이나 도착지는 실물거래와는 상관없는 제3자에 불과하며, 그 고객명으로 기재된 회사가 매입누락을 하였는지는 알 수 없으나 실제 도착지와 관련한 매출누락과는 상관없는 것이다.

  (바) 정유사의 출하전표를 받은 유류 즉, 실제 청구법인의 유류를 OOO 대표 OOO이 독자적(OOO만 운송)으로 청구법인에게 운반하였으며, OOO이 발급한 거래명세서를 보더라도 출하처, 도착지, 출하전표, 유종, 수량, 운반비 등이 나타나므로 청구법인이 매입처인 쟁점거래처로부터 정상적인 거래를 하였음이 확인된다.

  (사) 조사관서는 정유사 발행 출하전표에 기재된 고객명과 도착지에 대하여 청구법인과 어떤 관계인지, 청구법인에게 주문을 받은 것인지 등에 대한 아무런 조사 없이 출하전표상의 고객명과 도착지로 타 업체가 기재되어 있다는 사유만으로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제 하였는바, 이는 유류의 거래행태를 오인한 것으로 보인다.

 (2) 출하전표상에는 고객명과 도착지에 청구법인이 기재되어 있지 아니하였다 하더라도 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다.

  (가) 정유사 발행 출하전표상의 고객명과 도착지는 정유사의 출하코드를 얻기 위한 주문표의 기재에 불과한 것으로 매입․매출과는 전혀 관계없는 것이며, 정상적인 거래상대방은 대금결제를 받고 세금계산서를 발급한 쟁점거래처이다.

  (나) 청구법인이 쟁점거래처로부터 유류를 매입하면서 사업자등록증 사본, 쟁점거래처 계좌번호, 출하전표, 거래명세서, 세금계산서를 적법하게 수수하여 법정기한 내에 부가가치세를 신고․납부한 것은 쟁점거래처를 실제 사업자로 보고 거래한 것이므로 선량한 관리자의 주의의무를 다하였다고 볼 수 있다.

  (다) 따라서, 정상적인 거래상대방으로부터 수취한 세금계산서는 적법한 것으로서 정유사 발행 출하전표상 고객명과 도착지에 청구법인이 기재되어 있지 아니하였다 하여 처분청이 청구법인을 선의의 거래당사자로 보지 아니한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점세금계산서는 실물거래를 수반한 세금계산서이며, 쟁점거래처는 실제 공급자라는 청구주장에 대하여

  (가)「부가가치세법」상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것으로 쟁점거래처와의 거래는 모두 공급받은 주체와 일치하지 아니하는 거짓세금계산서이다.

  (나) 청구법인에 유류를 공급한 거래처가 매입내역이 전부 가공거래인 것으로 확인되었는바, 이처럼 쟁점거래처가 매입한 유류가 없는 상황에서 청구법인에게 실제로 자신의 유류를 공급하였다고 볼 수 없는 점과 쟁점거래처가 유류저장시설, 유류수송장비를 보유한 적이 없거나 석유판매업 등록을 하면서 이를 임차하였다고 신고하였더라도 실제로 전혀 사용한 적이 없었던 점 등을 종합하여 보면, 쟁점세금계산서상의 공급자는 쟁점거래처가 아닌 제3자라고 보아야 함이 타당한바, 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 거짓세금계산서에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

  (다) 따라서, 청구법인의 매출내역과 신용카드발행내역, 현금영수증 발행내역, 거래대금지급내역 등을 통해 세금계산서에 기재된 물량의 유류를 실제로 공급받은 사실은 인정되나, 그렇다 하더라도 유류를 공급받은 거래처가 세금계산서상의 공급자가 아니라 다른 공급자라면 각 세금계산서는 거짓세금계산서가 되는 것이므로 사실과 다른 세금계산서이다.

 (2) 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다는 주장에 대하여

  (가) 실제공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급 을 주장하는 자가 입증하여야 하는 것(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 참조)인바,

  (나) 청구법인은 표면적으로 확인되는 거래대금 입금내역, 출하전표, 운반거래명세서를 제시하고 있으나,

   1) 청구법인이 쟁점거래처와 거래하게 된 경위도 기존 거래업체 보다 저렴한 가격에 공급해 주겠다는 말을 듣고 유류를 공급받았다는 것인바, 리터당 가격에 따른 매출변동이 매우 큰 유류업계의 현실 및 조사업체의 유류거래량을 감안 할 때, 청구법인이 의심 없이 거짓세금계산서 교부업체와 거래하였다는 것도 쉽게 납득이 가지 않는다.

   2) 쟁점거래처로부터 교부받은 출하전표는 단순히 거래처, 도착지, 품종, 유량만을 기재하였을 뿐이며 실제 유류의 주문 및 정품여부 등을 확인할 수 있는 정유사에서 발행한 출하전표를 최초 소명한 서울지방국세청에 제출하지 아니하고 조사관서의 조사이후 제출한 점으로 보아 허위로 작성된 것임을 알 수 있었던 것으로 보인다.

   3) 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 하면서 공급하는 자의 명의 계좌로 거래대금을 모두 입금한 사실이 확인되나 이 사실은 실제로 유류를 구입하였다는 증빙은 될 수 있지만 거래처가 세금계산서 발행업체임을 증명하는 것은 아닌바, 정상적인 공급가격보다 싸게 공급받으면서도 쟁점거래처가 유류저장시설 등과 같은 유류도매를 위한 물적 설비를 갖추었는지 여부 등을 확인도 하지 않은 채 유류거래를 하였다는 것은 수년간 주유소를 운영한 경험이 있는 거래당사자의 행동으로서 쉽게 납득이 가지 않는다.

   4) 쟁점거래처와의 거래와 관련된 정유사 발행 출하전표 중 OOO 등에 출하요청한 주문자가 청구법인과 동일한 소매 주유소 형태로 가격 경쟁력을 가지려면 청구법인에서 직접 매입하거나 대량 구입능력이 있는 도매상에서 출하 요청되어야 하나 일반 주유소에서 출하 요청하여 중간도매상인 쟁점거래처를 거쳐 청구법인에 유류가 이동한 것은 가격경쟁력이 저하되어야 함에도 오히려 유류의 가격 경쟁력이 높다고 한 것은 거래에 있어 충분한 주의의무를 다하지 아니한 것으로 보여진다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부 및 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)

제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(정정) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 (2) 부가가치세법 시행령(2010.1.27. 대통령령 제22003호로 개정되기 전의 것)

제60조(매입세액의 범위) ② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조에 따라 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서 내역은 아래 [표1]과 같고, 처분청이 청구법인에 대하여 과세한 내역은 아래 [표2]와 같다.

[표1] 쟁점세금계산서 수취내역

[표2] 부가가치세 및 법인세 부과내역

 (2) 청구법인은 쟁점거래처와의 유류거래 증빙으로 거래대금 지급관련 금융거래내역을 제시하였는바, 청구법인의 법인계좌(OOO 221115-51-******)에서 쟁점거래처의 법인계좌(OOO 933901-01-13***)로 OOO원을 이체한 사실이 나타나며(쟁점세금계산서상 공급대가는 OOO원), 청구법인의 유류운송사업자인 OOO(운송자 OOO) 간의 거래명세표, 거래내역 및 관련 금융증빙을 제시하였다.

 (3) OOO의 쟁점거래처에 대한 세금계산서 추적(자료상)조사 종결보고서(2010년 6월)에 의하면, 쟁점거래처는 유류판매업 등록을 하기 위해 유류저장 시설을 보유한 ㈜OOO과 임대차계약서를 작성하고 세금계산서는 교부받았으나 유류저장시설을 실제 사용은 하지 않은 것으로 확인되었고, 쟁점거래처의 세금계산서 가공적출 현황은 아래 [표3]과 같은 바,

[표3] 쟁점거래처의 세금계산서 가공 적출현황

  (가) 쟁점거래처는 2009년 제2기 과세기간 동안 청구법인 외 OOO개 매출처에 실물거래 없이 가공매출세금계산서 OOO매 OOO원을 발행하였고, ㈜OOO으로부터 실물거래 없이 가공매입세금계산서 OOO매 OOO원을 수취한 것으로 보아 자료상으로 확정하고 쟁점거래처의 대표이사(OOO), 영업부장(OOO)을 「조세범처벌절차법」에 따라 고발하고, 허위세금계산서 수취 거래처는 관할세무서로 자료통보하고 조사 종결한 것으로 나타나며,

  (나) 특히, 쟁점거래처의 매출처 조사를 통하여 청구법인과의 거래금액 OOO원 전부를 가공거래로 확정한 것으로 나타난다.

  (다) 쟁점거래처의 영업부장(OOO)은 OOO 소재 주식회사 OOO(쟁점거래처와 법인명이 동일하고 대표자 OOO, 2007.10.15. 개업 후 2012.7.25. 폐업하였음, 이하 “구 OOO”라 한다)의 영업부장으로 근무하다가 2008년 OOO이 자료상 혐의로 조사하자 퇴사한 후 2009.7.8. OOO을 대표자로 내세워 쟁점거래처를 설립한 것으로 조사되었다(쟁점거래처 폐업 2011.6.1.).

 (4) 조사청은 OOO으로부터 가공거래로 통보받아 청구법인에 대하여 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서 중 청구법인 OOO지점이 쟁점거래처로부터 수취한 OOO원만을 정상거래로 보고 나머지 공급가액 OOO원(본점 OOO원, OOO지점 OOO원, OOO OOO원)에 대하여는 위장거래로 확정하였다.

 (5) 쟁점세금계산서 거래관련 정유소 발행 출하전표에 의하면, 거래처(고객명) 및 도착지(인도지)가 대부분 청구법인이 아닌 다른 사업체로 나타나고[2009.9.12.자 거래분(경유 OOO원)에 대해서만 도착지가 쟁점거래처로 기재되어 있음], 동 출하전표상 “인수자”로 기재된 OOO 등은 청구법인의 소속 근로자임이 2009년 근로소득원천징수부에 의하여 확인된다.

 (6) 한편, OOO의 2009.1.12.〜2009.6.2. 구 OOO의 2008년 제1기〜제2기 거래분에 대하여 자료상 조사종결보고서(2009년 5월)에 의하면, 아래 [표4]와 같이 구 OOO는 매입세금계산서 가공사실(가공비율 OOO%)을 일부 확인하였으나, 청구법인을 포함한 매출처 조사에서 구 OOO의 매출처는 OOO의 출하전표에 기록된 차량으로 출하일지에 OOO의 각 지사 및 정유사에서 유류를 공급받아 매출처로 운반된 것이 OOO 출하기록에 의해 확인되고 구 OOO로부터 확보한 마감일보(판매일지)에 출하처(저유소), 판매처(주유소), 운반차량번호, 운반기사가 기재되어 있어 정유사의 차량출하내역과 운반기사에게 확인한 바, 구 OOO가 지정한 주유소로 실지 운송되었음이 확인되어 모두 정상매출거래로 인정된 것으로 나타난다[청구법인과의 매출거래분OOO도 전부 정상거래로 인정되었음].

[표4] 구 OOO의 세금계산서 가공(위장) 적출현황

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이 건은 조사청이 쟁점거래처를 자료상으로 확정하고 파생한 자료에 따라 과세한 것으로서 쟁점거래처의 매출처인 청구법인에 대하여 실제 유류거래여부에 대한 구체적인 조사나 확인이 없었던 점, 청구법인은 쟁점거래처로부터 유류를 매입하면서 사업자등록증을 미리 확인하고, 거래대금을 청구법인의 법인계좌에서 쟁점거래처 법인계좌로 송금하였으며, 유류 출하전표․거래명세서 및 세금계산서 등을 적정하게 수취하여 법정기한 내에 적법하게 부가가치세를 신고․납부한 점, 정유사 출하전표상 유류 운송자(OOO)는 청구법인으로부터 적정하게 유류운송대금을 수령하였으며 유류 인수자도 청구법인의 직원으로 확인되는 점, 청구법인은 2008년부터 쟁점거래처의 영업부장(OOO)을 통해 지속적으로 유류거래 관계를 유지하였을 뿐만 아니라 조사청이 일부 거래금액OOO에 대하여는 정상거래로 인정한 점, OOO의 구 OOO에 대한 2008년 제1기～제2기 거래분 조사결과 청구법인과 구 OOO 사이에 OOO 상당의 유류거래에 대하여 전부 정상거래로 인정하였는바 그 유류거래의 형태나 주요 운송수단 등에 변동이 없었던 것으로 보아 2009년 이후에도 청구법인은 의심없이 법인명이 동일한 쟁점거래처와 거래관계를 지속한 것으로 보이는 점, 쟁점세금계산서의 유류거래는 2009.7.31.부터 2009.11.30.까지로 「석유 및 석유대체연료사업법」개정(2009.1.30.)에 따라 대리점간의 수평거래가 허용된 이후의 거래인 점 등에 비추어 쟁점거래처에 대한 자료상 조사결과 쟁점거래처가 실물거래가 없는 전부 자료상으로 확정․고발되었다는 사정만으로 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 위장거래에 따른 것이거나 선의의 거래당사자로 볼 여지가 없다고 할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 정유사 발행 출하전표상의 거래처(주문자, 고객명)와 청구법인과의 유류거래 관계 등에 대한 확인 등을 토대로 쟁점거래처와의 실제 유류거래 여부 및 선의의 거래당사자 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.