주 문

원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다.

피고의 상고를 기각한다.

이 유

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 피고의 상고이유에 관하여

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 “내국법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 과세관청은 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라고 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형으로 제1호에서 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’를, 제9호에서 ‘기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다.

 나. 이러한 법령 규정의 내용, 그리고 자본거래로 인한 순자산의 증가나 감소를 익금 또는 손금에 산입하지 않도록 규정한 구 법인세법 제15조, 제17조, 제19조, 제20조의 각 규정 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 주주인 법인이 특수관계자인 다른 법인으로부터 그 발행의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이를 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’ 또는 ‘그에 준하는 경우’에 해당한다고 보아, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 또는 이에 준하는 행위에 관한 제9호를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수는 없다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두23488 판결 등 참조).

 따라서 원고가 BBBBBB 주식회사(이하 ‘BBBBBB’이라고 한다)로부터 이 사건 각 신주를 시가보다 높은 액면가로 인수한 행위는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 또는 이에 준하는 행위에 관한 제9호에서 정하는 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 아니한다.

 같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 위 시행령 규정에서 정한 부당행위계산부인의 대상에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다.

 그리고 원고가 이 사건 각 신주를 인수한 행위 등이 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 또는 이에 준하는 행위에 관한 제9호에서 정하는 부당행위계산부인의 대상에 해당함을 전제로 하여, 원고가 이 사건 각 신주를 인수하기 위하여 시가를 초과하여 납입한 대금을 익금에 산입하여 원고의 소득금액을 계산하여야 한다는 상고이유의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.

 다. 원심은 그 채택증거를 종합하여, 이 사건 각 신주의 1주당 시가를 이 사건 1차 유상증자 직후에는 0원으로, 이 사건 2차 유상증자 직후에는 24원으로 판단하였다.

 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 부당행위계산부인에 있어 시가 산정에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 잘못이 없다.

2. 원고의 상고이유에 관하여

 가. 원심은 그 채택증거를 종합하여, ① 1997년경 이른바 IMF 외환위기로 BBBBBB의 재정상태가 악화되었고, 1998년경 정부 주도의 산업구조조정 과정에서 ○○그룹, ○○그룹, ○○그룹의 각 항공사업 부문에 대한 통합이 예정된 사실, ② 한편 BBBBBB의 주주 겸 임원이던 CCC는 1999. 7.경 BBBBBB을 위하여 약 ○○억 원의 보증채무를 부담한 사실, ③ 이에 CCC는 향후 BBBBBB이 청산될 경우를 대비하여 유상증자로 자금을 조성하여 BBBBBB의 자산과 채무를 동일한 수준으로 맞추어 BBBBBB의 채무를 전부 변제하는 방안을 강구하도록 지시하였는데, 여기에는 자신의 보증채무를 원활히 해소하기 위한 목적이 포함되어 있었던 사실, ④ 그에 따라 원고를 비롯한 BBBBBB의 일부 주주들은 1999. 8. 12. 및 2000. 4. 25. BBBBBB이 2회에 걸쳐 실시한 주주배정방식의 이 사건 각 유상증자에 참여하여 BBBBBB의 신주를 시가보다 높은 1주당 5,000원의 액면가로 인수하고 합계 약 ○○억 원의 대금을 납입한 사실, ⑤ BBBBBB은 위와 같이 원고 등으로부터 받은 신주인수대금 합계 약 ○○억 원 등을 재원으로 하여 채권자들에 대한 채무를 모두 변제하였고, 그에 따라 CCC가 부담하던 약 ○○억 원의 보증채무는, 1999. 8. 12. 신주발행 이후 그 중 약 ○○억 원의 채무가 상환되고, 1999. 10. 1.경부터 1999. 12. 28.경까지 항공사업과 변속기사업 부문을 출자 또는 분할하는 과정에서 약 ○○억 원의 채무가 해당 사업 부문과 함께 이전되며, 2000. 4. 25. 신주발행을 전후로 하여 나머지 ○○억 원의 채무가 상환되어 소멸한 사실, ⑥ 한편 원고는 2000. 6. 9.경 이 사건 각 신주를 1주당 1원에 매도하고 그 처분손실을 손금에 산입하여 2000 사업연도의 법인세를 신고ㆍ납부한 사실 등을 인정하였다.

 이어서 원심은, 원고가 특수관계자인 BBBBBB이 실시한 이 사건 각 유상증자에 참여하여 이 사건 각 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하고, BBBBBB으로 하여금 원고로부터 받은 신주인수대금 등으로 자신의 채권자들에 대한 채무를 변제하게 함으로써 원고의 다른 특수관계자인 CCC가 BBBBBB의 채권자에 대한 보증채무를 면하게 한 일련의 행위는 원고가 CCC에게 보증채무 해소라는 이익을 분여한 행위로서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호에서 정하는 부당행위계산부인의 대상에 해당한다는 취지로 판단하였다.

 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 그 이유 설시에 다소 미흡한 점이 있으나 그 결론은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호에서 정하는 부당행위계산부인의 대상에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

 나. 한편 원심은, BBBBBB이 이 사건 각 유상증자로 받은 신주인수대금만으로 CCC의 보증채무를 해소하였음을 전제로 하여 원고의 CCC에 대한 이익분여액을 ○○원으로 산정하였다.

 그러나 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, BBBBBB은 1999. 10. 1. 항공사업 부문을 DDDDD산업 주식회사에 현물출자하여 33.33%의 지분을 취득한 후 2000. 2. 16. 이를 약 ○○억 원에 양도하고, 1999. 12. 28. 상용차 및 중기 변속기사업 부문을 분할하여 EEEEE 주식회사를 설립한 후 그 지분을 약 ○○억 원에 양도하며, 2000. 2. 1. 우주사업 부문을, 2000. 4. 6. 위성사업 부문을 각 양도하는 등 적어도 약 ○○억 원을 넘는 매각대금을 보유한 사실 등을 알 수 있으므로, 원심으로서는 이러한 매각대금 등이 신주인수대금과 함께 CCC의 보증채무 해소를 위한 재원으로 사용되었는지를 추가로 심리하여 CCC에 대한 이익분여액을 산정하였어야 했다.

 그런데도 이에 관하여 심리하지 아니한 채 원고의 이익분여액을 산정한 원심의 판단에는 부당행위계산부인에 있어 분여이익 산정에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

 다. 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3 제2항은 “세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”고 규정하고 있다.

 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조).

 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ① 피고가 2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29.까지 원고에 대하여 조사대상 세목을 ‘법인세 외’로, 조사대상기간을 ‘1996년부터 1998년까지’로, 과세대상기간을 ‘1996년부터 2000년까지’로 하는 정기 세무조사를 실시한 후 2000 사업연도의 임대료 수입누락, 계열사 선급금 과다지급 등의 사유로 2000 사업연도 법인세 약 ○○억 ○천○백만 원을 부과할 예정임을 고지한 사실, ② 피고는 2005. 12. 7.부터 2006. 1. 5.까지 다시 원고에 대하여 조사대상 세목을 ‘법인세 등’으로, 조사대상기간을 ‘2000 사업연도’로, 조사사유를 ‘BBBBBB 주식변동내용 확인’으로 하는 이 사건 세무조사를 실시한 후 그 결과에 기초하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 세무조사는 원고의 2000 사업연도 법인세에 대한 거듭된 세무조사로서 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상에 ‘BBBBBB 주식변동내역’에 관한 부분이 제외되어 있었다고 하여 달리 볼 수는 없으므로, 이 사건 법인세 부과처분은 위법한 재조사에 기초하여 이루어진 것으로서 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.

 그런데도 원심은 이와 달리, 같은 세목 및 과세기간에 대하여 다시 세무조사를 하더라도 그 조사대상이 중복되지 아니한 경우에는 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 세무조사가 위법한 재조사에 해당한다는 원고의 주장을 배척하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 결론

 그러므로 원고의 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.