1. 처분개요

가. 청구인은 1999.11.13. OOO소재 대지 782.5㎡를 취득하여 2000.8.9. 그 지상에 근린생활시설 건물 연면적 2,972.34㎡(이하 토지를 “쟁점토지”, 건물을 “쟁점건물”이라 하고 토지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축한 다음, 그 곳에서 산부인과병원 및 부동산임대업을 운영한 자로, 2012.1.30. 쟁점부동산을 OOO양도한 후, 취득가액을 OOO(쟁점토지 OOO쟁점건물 감가상각누계액 차감 후 OOO)으로 하여 2012.4.2. 2012년 귀속 양도소득세 OOO신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 쟁점부동산의 장부가액을 토대로 취득가액을 OOO(쟁점토지 OOO쟁점건물 감가상각누계액 차감 후 OOO)으로 보고 양도소득을 재계산하여 2013.6.21. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.6. 이의신청을 거쳐 2014.1.28. 심판청구를 제기하였다.

라. 처분청은 이 건 심판청구 후 토지 매입 관련 채권할인액, 건물 신축 관련 매입세액불공제액, 양도소득세 신고수수료 등을 양도소득에서 차감하여 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO감액경정․환급하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인이 쟁점토지를 오래 전에 취득함에 따라 관련 증빙을 제출하지 못하고 있다고 하여 고액의 부동산 거래를 한 것에 대하여 중개수수료를 전혀 인정하지 아니함은 부당하다. 중개인 OOO청구인의 쟁점토지 취득 당시 토지거래의 중개를 하고 청구인으로부터 OOO천원을 받았으나 그 중 자기 몫으로 받은 OOO천원에 대하여만 확인서를 작성하여 주었고, OOO청구인의 세무대리인과 통화시 쟁점토지의 중개수수료로 OOO천원을 받았다는 취지로 진술(통화내용에 대한 녹취록)한 사실이 있으므로 청구인이 쟁점토지의 취득당시 중개수수료로 지출한 OOO천원을 쟁점토지의 취득원가로 인정하여야 한다.

 (2) 처분청은 장부가액이 실지 공사비와 일치하지 않음에도 장부가액을 토대로 취득원가를 계산하기를 강행하고 있으나, 13년이나 지난 일임에도 다행히 청구인은 관련 서류들을 상당부분 보관하고 있었기에 OOO(이하 OOO이라 한다)과의 공사계약서OOO, 계약변경합의서OOO추가공사계약서OOO정산서(OOO, 세탁실 제외), 신축공사정산서(OOO세탁실 포함), 건축사사무소가 작성한 공사견적서 등과 금융거래내역을 제출할 수 있었는데, 위 견적서에는 위 공사대금이 어떻게 구성되는지 약 82페이지 분량에 자세하게 기재되어 있고, 위 계약서, 변경계약서, 정산서에는 공사금액이 증감되어 최종적으로 OOO천원으로 합의된 경위가 구체적이고 일관되게 기재되어 있으며, 청구인이 쟁점부동산을 담보로 OOO은행으로부터 대출을 받을 때 OOO은행이 내부적으로 검토하기 위해 작성한 청구인의 현금수지예상표(처분청은 이 문서의 유형자산투자액을 기초로 쟁점토지의 실지취득가액을 평가하였으면서 쟁점건물의 실지취득가액을 평가함에 있어서는 이를 배척하여 동일한 문서의 기재내용 중 유리한 것만 부당하게 취사선택하여 과세자료로 활용하였다)에 기재된 쟁점건물의 투자액 OOO백만원이 위 계약서상 공사비와 유사하고, 최종 정산한 금액의 90% 정도에 대한 금융거래내역을 제출하였으므로 위 계약서 등에 의하여 확인되는 OOO공사비 OOO천원을 취득원가로 인정(처분청은 세금계산서상 OOO천원을 인정)하여야 한다.

  또한, 청구인은 OOO마무리 공사가 마음에 들지 않아 OOO공사를 중단하게 하고 OOO마무리 공사를 도급주고 OOO천원의 공사비를 지출(금융거래내역상 공사비의 수취인으로 나타나는 OOO대표자 OOO배우자)하였으나 이를 장부에 기장하지 못하였으므로 이를 추가로 취득원가로 인정하여야 한다.

  다만, 청구인은 OOO에게 쟁점건물 신축공사 전체를 도급주었으므로 그 공사비에 포함된 전기공사비 등은 필요경비에서 제외하고 계산하여야 한다.

  만약, 청구인이 주장하는 실지취득가액을 인정할 수 없다면 처분청은 관련 증빙과 관련 진술 중 일부 유리한 면만 취하여 쟁점부동산의 실지취득가액 산정의 기초로 삼고 있으나, 처분청이 산정한 실지취득가액도 사실과 다른 것이며 그 근거도 빈약하므로 쟁점건물의 취득가액이 불분명한 경우에 해당하여 환산가액으로 산정한 후 양도소득을 재계산함이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점토지의 중개수수료로 OOO원을 지출하였다고 주장하나, 이와 관련하여 거래 당시 작성된 영수증이나 대금 지급 관련 금융증빙이 없고, 청구인이 제출한 OOO확인서는 중개수수료가 OOO이라는 취지이며, 토지거래가액 대비 수수료 비율이 5.2%로 법정 중개수수료 상한인 0.9%에 비해 과다한 점 등에 비추어 청구주장 중개수수료를 쟁점토지의 취득원가로 인정하기 어렵다.

 (2) 청구인은 「소득세법」상 기업회계기준에 따라 재무제표를 작성해야 할 의무가 있는 복식부기의무자로 청구인이 쟁점부동산을 취득하여 양도할 때까지 기업회계기준 및 세법에 따라 쟁점부동산을 사업용자산으로 기장하고 그 감가상각비를 필요경비로 계상하면서 이를 토대로 종합소득세 신고를 하여왔으며, 그 장부가액이 세금계산서, 주무관청에 제출한 공사계약서 등에 부합하므로 이를 토대로 쟁점건물의 취득원가를 경정한 처분은 잘못이 없다.

  청구인은 장부에 기장된 공사비보다 OOO(쟁점건물 신축공사업체)에게 실제로는 더 많은 공사비(OOO천원)를 지출하였다면서 OOO견적서, 계약서와 건축사사무소 OOO의 설계내역총괄표 등을 제출하였는바, 이에 의하면 OOO공사비에 전기, 설비, 타일 공사비가 포함되어 있는데 그 공사는 청구인의 장부에는 다른 업체의 공사비로 이미 계상되어 있어 청구인이 심판청구시 주장하는 OOO공사비의 신빙성이 떨어지고, 그에 상응하는 금융증빙도 없으므로 청구인이 장부에 기장한 OOO의 공사비를 토대로 쟁점건물의 취득원가를 계산한 것에 잘못이 없다.

  또한, 청구인은 OOO마무리 공사가 미진하여 OOO에게 마감공사를 추가로 도급주고 OOO천원을 지출하였다면서 견적서, 확인서, OOO에게 지급한 금융증빙을 제출하였으나, 공사계약서가 아닌 견적서만으로는 실제로 공사를 하였는지 여부가 확인되지 않고, OOO관계도 불분명하며, OOO공사비는 장부에 기장되어 있지도 아니하므로 OOO에 대한 추가공사비를 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 중개수수료 OOO천원을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

 ② 청구인이 복식부기의무자로서 기장한 가액을 토대로 쟁점부동산의 실지취득가액을 산정하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 쟁점부동산을 양도한 후 취득가액을 환산가액으로 산정하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 아래와 같이 청구인에 대한 양도소득세 조사를 하여 청구인의 장부가액과 부가가치세 신고내용 등을 토대로 쟁점부동산의 실지취득가액을 조사하여 양도소득세를 과세하였다.

  (가) 청구인은 2000년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점토지의 장부가액을 OOO백만원으로 계상하였는바, 쟁점토지의 전소유자 OOO과 OOO중 OOO아들 OOO쟁점토지를 평당 OOO백만원씩 OOO백만원(OOO백만원×782㎡÷3.3㎡/원)에 양도한 것으로 진술하였고, 청구인이 쟁점부동산에서 병원을 개업하기 위해 2000.5.29. 쟁점토지를 담보로 OOO억원을 대출받을 당시 산업은행이 작성한 청구인의 현금수지예상표에는 토지 관련 유형자산신규투자액이 OOO백만원으로 기재되어 있으므로 처분청은 청구인의 쟁점토지 장부가액을 시인하고 이에 청구인이 납부한 취등록세 OOO백만원과 토지매입 당시 구입한 채권할인손실액 OOO백만원(2차 경정시 반영)을 합하여 OOO백만원을 쟁점토지의 취득가액으로 산정하였다.

  (나) 청구인은 2000년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점건물의 장부가액을 OOO백만원으로 계상하였는바, 청구인이 수취한 매입세금계산서상 공사비는 OOO백만원이고, 기장내용이 세금계산서 수취내역 및 청구인이 건축허가 신청시 OOO제출한 공사도급계약서 공사대금(OOO백만원)에 부합하므로 처분청은 위 장부가액 OOO백만원(증빙이 없는 OOO백만원이 포함된 금액이며, 2차 경정시에는 동 금액이 면세 매출 관련 매입세액불공제액의 기장분이라고 보았다)을 토대로 기장 누락액[1999년 공사비 지출액 OOO백만원, 취등록세 납부액 OOO백만원, 면세 매출 관련 매입세액불공제액 미기장분 OOO백만원(2차 경정시 반영)]을 가산하여 쟁점건물의 취득원가를 OOO백만원(1차 경정시에는 OOO백만원)으로 산출하였다.

  (다) 한편 청구인이 2000.5.29. 쟁점토지를 담보로 OOO억원을 대출받을 당시 OOO은행이 작성한 청구인의 현금수지예상표에는 건물 관련 유형자산신규투자액이 OOO백만원으로 기재되어 있으나, 처분청은 청구인이 대출용으로 허위계약서를 제출하여 인정받은 것이라는 입장이고, 청구인은 처분청이 위 문서에 기재된 토지취득가액은 처분근거로 삼으면서 건물취득가액은 허위라고 부인함은 부당하다고 주장한다.

 (2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구인은 쟁점토지를 매입할 당시 지출한 중개수수료 OOO백만원을 토지원가로 인정하여야 한다고 주장하며 확인서(2014.2.22., OOO공인중개사 대표 OOO1999년경 쟁점토지 거래를 중개하고 청구인으로부터 중개수수료로 OOO받았다는 취지), 녹취록(2014.1.21. 세무대리인 OOO통화내용) 등을 제출하였다.

  (나) 한편 청구인은 2012년경 쟁점부동산을 OOO억원에 양도할 당시에는 OOO백만원의 중개수수료를 지출한 것으로 증빙을 수취하여 양도소득세를 신고하였다.

  (다) 이상의 사실 관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 통상적인 수준에서 상당히 벗어난 금액을 중개수수료로 지출하였다고 주장하면서도 그에 대한 증빙으로 관련인의 진술증거만을 제시하고 있는바, 그러한 증빙만으로는 청구인이 위 중개수수료를 실제로 지출하였는지 여부가 객관적으로 확인된다고 인정하기 어려우므로 이 부분 청구주장을 받아들이기 어렵다.

 (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저, OOO지출한 공사비 부분을 보면, 청구인은 쟁점건물 신축공사를 OOO에게 도급주고 수차례 도급가액 변경을 거쳐 아래 [표]와 같이 최종적으로 OOO공사대금을 지급하였다고 주장하며 도급계약서 등을 제출하였다가, 심판관회의자료 사전열람 후 청구인이 OOO공사내역에 포함된 전기공사 등 특수공사비(OOO) OOO대한 공사비와 별도로 인정받은 사실을 인정하고 위 특수공사비는 청구주장 OOO대한 공사비에서 차감하여야 한다는 취지로 청구주장내용을 변경(일부 철회)하였다.

  (나) 청구인이 OOO공사비 관련 증빙으로 제출한 견적서, 설계예산서, 공사도급계약서, 계약변경합의서, 추가공사내역, 정산서, 세탁실 추가공사내역, 신축공사 정산서 등은 OOO1999년경부터 2000년경까지 쟁점건물신축일반공사를 하면서 설계변경 등을 거쳐 최종적으로 공사비를 OOO으로 정산하였다는 취지로, 각 공사공정별 공사비 상세내역이 포함되어 있으며, 그 공사내역에는 청구인이 별도 공사비로 인정받은 전기공사, 설비공사, 타일공사가 모두 포함되어 있다.

  (다) 청구인은 처분청이 금융증빙에 의하여 청구주장 공사비 지출여부가 확인되지 아니한다고 지적하자, OOO작성한 공사대금 수금내역과 함께 계좌거래내역 등 금융증빙을 제출하였는바, 이를 정리하면 아래 [표]와 같고, 이에 대해 청구인은 OOO에게 공사비로 지급한 것으로 확인되는 금액은 OOO이라는 주장이나, 청구인이 제출한 증빙에 청구인이 OOO또는 OOO직원이라고 주장)에게 지급한 것으로 명시되어 있는 것은 OOO정도이고, 나머지는 거래상대방이 누구인지 확인되지 않거나 객관성이 떨어지는 수기 입금표 등이다.

  (라) 다음으로, OOO건축사무소에 대한 공사비 부분을 보면, 청구인은 OOO한 마감공사가 맘에 들지 않아 OOO에게 마감공사를 추가로 도급주고 OOO공사대금을 지급하였다고 주장하며, 견적서, 확인서(OOO), 사진, 계좌거래내역 사본(2000.6.20. OOO은행 계좌번호 미상 계좌에서 OOO에게 송금된 것으로 되어 있는 등이 나타나는 거래내역) 등을 제출하였다.

  (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 납세자가 양도자산의 취득가액에 대하여 그 증빙의 미비 등으로 실지 거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 과세관청이 실지거래가액인 취득가액을 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없다고 할 것이다. 나아가 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자가 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수 있는 것은 아니다(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결).

  그러나 납세의무자는 양수도거래 당사자로서 매매계약서, 영수증, 대금지급자료 등을 직접 소지하고 있거나 손쉽게 구하여 실지거래가액을 증명할 수 있을 것으로 기대되므로 과세관청은 반드시 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실지거래가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하면 족하다고 할 것이며, 그러한 상당한 사정이 입증된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액에 대한 다른 증빙자료, 즉 매매계약서상 거래가액이나 취득 당시의 은행감정가액 등과 다르다는 점이나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없는 사정을 입증하여야 한다고 봄이 상당하다. 그렇지 않은 경우 장부가액을 부인하는 납세의무자의 주장을 뒷받침할 증거가 전혀 없거나 납세의무자의 주장 자체가 모순이라면 과세관청이 납세의무자의 주장을 배척하고 해당 장부의 기재를 실지취득가액으로 인정한 것은 적법하다고 할 것이다.

 이 건의 경우, 청구인은 쟁점부동산을 양도가액은 실지거래가액으로 신고하면서 취득가액은 불분명하다면서 환산가액으로 신고하였으나 청구인이 해당부동산을 사업용자산으로 사용하면서 장부에 취득원가와 감가상각비 등을 계상하여 온 사실이 있고, 그 장부가액이 실질에 부합한다고 볼 만한 정황이 충분하므로 처분청이 그 장부가액을 토대로 쟁점부동산의 취득가액을 실지조사하여 쟁점부동산의 양도차익을 산정한 것에는 잘못이 없다 할 것이다.

  그렇다면, 청구주장과 같이 쟁점건물에 대해 장부가액과 다른 실지취득가액을 인정할 만한 사정이 있는지를 보면, 우선 OOO대한 마감공사비의 경우, 청구인이 이를 장부에 전혀 반영하지 아니하였고, 거래당사자들이 모두 그 거래사실을 신고한 사실이 없으며, 이에 대해 청구인과 OOO사이에 작성된 공사계약서도 없고, 청구인이 제시한 금융거래내역으로는 청구주장 금액이 쟁점건물의 마감공사비로 수수되었는지 여부가 객관적으로 확인되는 것은 아니므로 청구인이 제출한 증빙만으로는 청구인이 쟁점건물에 대해 청구주장 미기장 공사비를 지출한 것으로 인정하기 어렵다할 것이다.

  그러나, OOO대한 건물신축공사비의 경우, 청구인은 이전까지는 쟁점건물의 환산취득가액으로 과세할 것을 주장하여 오다가 심판청구를 하면서 장부가액과 다른 실지취득가액을 주장하며 우리원에 OOO사이에 작성된 공시계약서, 변경계약서, 정산서, 견적서, 설계예산서, 계좌거래내역 등 금융거래증빙을 제출하였는바, 청구주장에 부합하는 위 매매계약서, 변경계약서, 정산서, 견적서, 설계예산서 등에는 쟁점건물의 신축공사비의 상세내역, 변경경위, 정산경위 등이 자세하게 기재되어 있고, 청구인이 제시한 정산서, 금융거래증빙에 나타난 대금지급내역이 청구주장 공사비와 비슷하나, 청구인이 제시한 금융거래내역 중에는 거래상대방이 OOO인지 여부가 확인되지 아니하는 금액 등이 포함되어 있으므로 청구인이 쟁점건물의 신축공사비로 실지 지출한 금액 중 장부에 반영되지 아니한 금액이 있는지 여부를 다시 조사하여 그 결과에 따라 쟁점부동산의 양도차익을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.