주 문

OOO세무서장이 2014.3.20. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.8.1. OOO국 법인인 OOO와 OOO 등이 초기 외국인투자자본금 OOO을 출자하여 액정표시장치용 편광필름의 제조 및 판매를 사업목적으로 설립한 법인으로, 2002.7.15. 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업으로 등록되어 2003.4.11. 「조세특례제한법」제121조의2에 의하여 고도기술수반 외국인투자에 대한 법인세 등의 조세감면결정을 받았으며 2004사업연도 중 OOO의 유상증자에 의하여 OOO을 증자하였고, 2005사업연도 이후 최초로 소득이 발생하여 법인세 신고시 「법인세법 시행규칙」(2006.8.11. 재정경제부령 제520호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 별지 제8호 서식 부표 4 ‘공제감면세액계산서(4)’(이하 “쟁점계산서”라 한다)의 ⑧항 ‘감면세액’을 계산하면서 쟁점외자가 조세감면기준에 충족되지 아니한 것으로 보아 쟁점계산서 ⑦항 ‘감면비율’을 계산함에 있어 ‘2. 일반적인 감면비율 계산식’(이하 “일반산식”이라 한다)을 적용하여 법인세를 신고하였다가, 이후 쟁점외자에서 발생한 소득을 쟁점계산서 ②항 ‘감면대상사업 과세표준금액’에 포함하여 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’을 계산하고, ⑦항 ‘감면비율’ 계산시 ‘3. 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자 또는 합병하는 경우의 감면비율계산식’(이하 “쟁점산식”이라 한다)을 적용하여 2006사업연도 법인세에 대하여 경정청구를 하여 환급받았으며, 2008사업연도 법인세 신고시에도 같은 방식으로 감면세액을 계산하여 법인세를 신고․납부하였다.

나. 처분청은 감사원의 지적에 따라 청구법인이 쟁점외자에 대하여 기획재정부장관으로부터 조세감면결정을 받지 못하였음에도 감면세액을 계산하면서 쟁점외자에서 발생한 소득을 쟁점계산서의 ②항 ‘감면대상사업 과세표준금액’에 포함하여 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’을 계산하고, 동시에 ⑦항 ‘감면비율’ 계산시 쟁점산식을 적용하여 중복으로 감면을 적용받은 것으로 보아 ⑦항 ‘감면비율’ 계산시 일반산식을 적용하고 감면세액을 재계산하여 2014.3.20. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

1) 외국인투자에 대한 법인세 감면세액은 쟁점계산서에 따라 법인세 감면세액 = 법인세 산출세액 × ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’ × ⑦항 ‘감면비율’과 같이 계산하고, 동 산식 중 ⑦항 ‘감면비율’은 다음과 같이 세가지 유형에 따라 계산된다.

   (가) 일반적인 경우의 감면비율

   (나) 감면대상사업에 대한 증자가 있는 경우의 감면비율(일반산식)

   (다) 비감면대상사업에 대한 증자가 있는 경우 감면비율(쟁점산식)

        ×

청구법인은 2005․2006사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 「조세특례제한법」제121조의2 규정을 적용함에 있어, 조세감면결정을 받지 못한 증자금이 있는 경우의 감면비율 계산방법을 적용하면서 외국인투자에 대한 법인세 감면세액 계산방법을 일반산식으로 잘못 적용하여 감면비율을 60%로 산출하여 법인세를 신고․납부하였다가, 추후 기획재정부 예규OOO 및 국세청 질의회신OOO에 따라 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못한 경우에도 쟁점산식에 따라 감면비율을 계산하도록 규정하고 있어 그에 따라 감면비율을 93.33%로 산출하여 법인세 경정청구를 하였고, 이를 인정받아 2008.12.10. 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO을 환급받았으며, 위 경정청구의 인용에 따라 2008사업연도에 대한 법인세 신고 시 쟁점산식을 적용하여 법인세를 신고․납부하였다.

(2) 조세감면결정을 받지 못한 쟁점외자를 기존 감면사업의 운용자금으로 사용시 쟁점계산서 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’에서 차감해서는 아니된다(쟁점외자에서 발생한 소득은 쟁점계산서 ③항 ‘비감면사업 과세표준금액’에 기재할 것이 아니라 ②항 ‘감면대상사업 과세표준금액’에 기재하여야 한다).

(가) 청구법인은 2003.4.11. 기획재정부장관으로부터 ‘액정용 OOO의 가공기술’ 수반사업에 대한 조세감면결정을 받았는데, 청구법인의 조세감면결정 내용은 고도기술을 수반하는 사업에 대한 감면으로서, 조세감면의 근거가 되는 「조세특례제한법」제121조의2 제2항에서도 ‘감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하는 것’으로 정의할 뿐 ‘증자시 조세감면결정을 받지 못한 자본금에서 창출한 소득은 제외한다’ 등으로 정의하지 않았으며, 이러한 사실은 국세청 질의회신, 대법원 판결OOO에서 ‘감면대상이 되는 사업을 기준으로 이를 영위함으로써 발생한 소득’이라고 판시하고 있을 뿐이다.

(나) 청구법인의 경우 인가사업을 효율적으로 수행하기 위하여 증자자본금이 필요하였고, 그로 인해 생산량의 증가 등 인가사업을 효율적으로 수행하였다면 증자자본금은 효율적 행위에 해당됨에도 불구하고 ‘증자시 조세감면결정을 받지 못한 자본금에서 창출한 사업은 제외한다’라는 의미가 포함되었다고 보는 과세관청의 논리는 확장해석을 엄격히 금하는 세법해석의 원칙에 반하는 것이다.

(다) 또한, 청구법인은 쟁점외자 전액을 감면결정받은 ‘액정용 OOO의 가공기술’ 사업의 운영자금으로 사용하였으며, 감면사업 외에 비감면사업을 영위하지 아니하므로 청구법인의 감면사업에서 발생하는 모든 소득이 감면대상 소득에 해당하며, 당초 투자가 있은 후에 추가 증자가 있었다는 이유로 해당 증자분에 대해서 별도의 사업을 구분하고자 하더라도 합리적으로 구분할 수 있는 방법이 없다.

(3) 조세감면결정을 받지 못한 증자분에 대한 감면비율 산정방법은 쟁점산식을 적용하는 것이 타당하다. 청구법인은 비록 쟁점외자에 대한 신청기술이 「조세특례제한법 시행령」제116조의2의 규정에 의한 조세감면기준을 충족하지 못하여 조세감면결정을 받지 못하였으나, 기획재정부 예규OOO 및 국세청 질의회신OOO에 따르면, ‘감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하였으나 동 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못한 경우’도 ‘증자를 통하여 비감면사업을 영위하게 되는 경우’에 포함되는 것으로 보고 있으므로 쟁점외자에 대한 감면비율은 감면사업을 영위한 외국인투자기업이 증자를 통하여 비감면사업을 영위하게 되는 경우와 동일한 산식(쟁점산식)으로 감면비율을 산정하여야 하며, 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 계산함에 있어서 쟁점계산서의 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’과 ⑦항 ‘감면비율’이 각 독립적으로 산정되어 상호 영향을 미치지 아니하므로 증자분에서 발생한 소득을 쟁점계산서의 ②항 ‘감면대상사업 과세표준’에 포함하고, ⑦항 ‘감면비율’에 재차반영하는 등 외국인투자에 대한 감면세액을 잘못 신고하였다고 하는 것은 부당하다.

(4) 청구법인은 기획재정부 예규와 국세청의 질의회신을 신뢰하였고 그에 따라 경정청구를 하여 법인세를 환급받았을 뿐만 아니라, 그 이후에도 경정청구의 취지에 따라 법인세 감면세액을 산출하여 신고․납부하여 오고 있는바, 과세관청이 청구법인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해의 표명이 존재하고, 과세관청의 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없으며, 청구법인이 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 감면세액을 산출하여 법인세 신고․납부행위를 적극적으로 하였으며, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 이 건 부과처분을 함으로써 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 등 청구법인에게 신의성실의 원칙이 적용될 수 있고, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 받아들여진 경우에 해당하여 그에 따라 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보아야 하며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세할 수는 없으므로 처분청의 이 건 부과처분은 소급과세금지의 원칙에도 저촉된다.

(5) 특히, 고도기술로 인가받은 사업에 관련된 추가증자를 쟁점계산서 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’에서 차감한다면 정부의 외국인투자유치 목적에 반하는 결과를 초래한다. 「조세특례제한법 시행규칙」별지 제8호 서식 부표 4 개정시(2001.12.22.) 기획재정부는 ‘비감면대상에 증자나 합병시 감면세액이 축소되는 문제점을 해결하기 위함’이라는 개정취지를 명시하고 있으며, 이는 증자로 인하여 감면세액이 이중으로 축소되는 불합리한 점을 방지하기 위한 것으로 판단된다.

외국인투자 대상 법인에 대한 추가증자를 통한 자본의 증가는 해당 법인의 안정적인 사업운영을 가능케 하고, 한국내 외화유입의 긍정적인 효과가 있음에도 불구하고 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’에서 차감한다면 청구법인과 같은 증자 법인은 차관도입 등을 통해 차입경영을 하는 법인보다 불리한 처우를 받게 되는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위할 경우에 일반산식을 적용하게 되면 비감면사업의 소득은 ‘감면대상사업 과세표준’에서 제외되어 있음에도 ‘감면비율’이 낮아져 감면세액이 중복 축소되는 문제점을 해결하고자 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」을 개정하여 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하는 경우에 쟁점산식을 적용할 수 있도록 한 것이다.

(2) 「조세특례제한법」제121조의2 제6항 및 제8항의 규정에 따르면, 외국인투자기업이 법인세 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일(증자의 경우에는 자본증가에 관한 변경등기를 한 날)이 속하는 과세연도 종료일까지 기획재정부장관에게 별도의 조세감면신청을 하여야 하며, 기획재정부장관은 주무부장관과 협의하여 그 감면․감면내용변경․감면대상 해당 여부를 결정하도록 되어 있고, 같은 법 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분의 조세감면에 대해서는 같은 법 제121조의2를 준용하도록 되어 있는바, 따라서 외국인투자기업이 증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 새로운 조세감면을 받기 위해서는 별도의 조세감면신청을 하여 조세감면결정을 받아야 하며, 외국인투자기업이 증자분에 대하여 조세감면결정을 받지 못하였다면 해당 증자사업에서 발생한 소득에 대해서는 외국인투자에 대한 법인세 감면을 받을 수 없다.

(3) 한편, 기획재정부장관은 2009.3.27. 국세청장으로부터 감면결정을 받지 못한 증자대금을 기존 감면사업 공장의 증설에 사용한 경우 당해 증설공장에서 발생한 소득이 감면대상사업 소득인지 등에 대한 질의를 받고, 2009.6.10. 위 질의에 대해 기존에 고도기술로 조세감면결정을 받은 사업으로서 감면기간이 남아 있는 경우에는 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못하였다 하더라도 해당 증자분이 투입된 사업은 감면대상사업으로 보아야 하고, 조세감면결정을 받지 못한 증자분에서 발생한 소득을 ‘감면대상사업 과세표준금액’에서 제외할 경우 차입을 통해 공장을 증설한 경우보다 감면세액이 작아져 불합리하다는 등의 사유로 감면결정을 받지 못한 증자대금이 투입된 사업에서 발생한 소득 전부를 감면대상사업 과세표준에 포함시켜야 한다고 회신OOO하였다.

또한, 기획재정부장관은 2003.12.2. 「조세특례제한법」 제121조의2에서 정한 고도기술 수반사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하면서 동 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못한 경우 감면비율의 산정방법에 대한 질의를 받고, 2004.2.13. 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통하여 비감면사업을 영위하게 되는 경우 법인세 등 감면세액 계산시 적용하는 감면비율은 쟁점산식에 따르는 것으로 회신OOO한바 있다.

그런데, 쟁점산식은 비감면사업에 증자된 경우로서 ‘감면대상사업소득비율’ 및 일반산식에 따른 ‘감면비율’이 중복 축소되는 경우에 한정하여 적용하는 것이 타당하므로 감면사업을 영위하던 외국인투자기업이 감면결정을 받지 못한 증자대금을 기존 감면사업에 사용한 경우에 증자분에서 발생한 소득을 질의회신①과 같이 ‘감면대상사업 과세표준금액’에 포함하게 되면 ‘감면대상사업 과세표준금액’이 확대되어 ‘감면비율’ 계산시 위 질의회신②에 따른 쟁점산식을 적용할 수 없다.

기획재정부장관이 위 질의회신①에서 감면결정을 받지 못한 증자대금을 기존 감면사업에 사용한 경우 감면결정을 받지 못한 증자대금에서 발생한 소득도 감면대상사업 소득에 해당하는 것으로 회신하면서, 이 경우 감면비율을 계산함에 있어 어떤 산식을 적용하여야 하는지에 대해서는 질의회신의 내용에 포함하지 않았다.

그 결과, 일부 외국인투자기업에서 각각의 질의회신을 잘못 적용하여 감면결정을 받지 못한 증자대금을 기존 감면사업에 사용한 후 해당사업에서 발생한 소득 전부를 ‘감면대상사업 과세표준금액’에 포함하여 쟁점계산서 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’을 증가시키면서 동시에 ⑦항 ‘감면비율’ 계산시 쟁점산식을 적용하여 감면세액을 산정함에 따라 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’과 ⑦항 ‘감면비율’을 중복 적용하여 법인세를 과다하게 감면받고 있는 것이다.

(4) 또한, 증자분에서 발생한 소득과 기존 자본금에서 발생한 소득에 대해 구분경리를 하지 않았다면 일반산식을 적용하여야 할 것인바, 청구법인은 실무적으로 구분경리가 불가능하다고 하나 합리적으로 구분할 방법이 없는 경우에도 가장 합리적 방법을 찾아야 하고 세법에서 규정하는 구분경리의 개념은 장부 및 매출액 등의 물리적인 구분을 요구하고 있는 것이 아니라 특정 사업 또는 재산에서 발생한 소득이 합리적으로 구분 계산되어야 한다는 의미로 해석되어야 할 것이다. 이는 증자로 인한 자본금이 감면사업에 사용되었다면 사용된 자본금으로 인해 생산수율, 매출액 등 생산과정이나 최종완제품 생산에 반영되어 있을 것이므로 원가분석 등을 통해 증자분 관련사업과 기타사업으로 구분경리가 가능하다 할 것이다.

(5) 청구법인은 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나 청구법인의 법인세 신고내용에 오류가 있고, 구분경리 등의 의무를 해태하였을 경우까지 신의성실의 원칙을 적용할 수는 없을 것이므로 처분청이 외국인투자에 대한 감면세액을 잘못 신고하였다고 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

당초 외국인 투자에 대한 법인세 감면사업을 영위하던 법인이 조세감면 결정을 받지 못한 증자액을 감면사업에 사용한 경우 감면비율을 과다하게 계산한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

  1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 「외국인투자촉진법」 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

    나. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업

② 「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호ㆍ제2호 및 제121조의4 제4항에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.

⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면에 대해서는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

제121조의4(증자의 조세감면)

① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2 제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

(2) 법인세법 시행규칙(2006.8.11. 재정경제부령 제520호로 개정되기 전의 것)

별지 제8호 부표 4 ‘공제감면세액계산서(4)’ : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2002.8.1. 외국인투자자본금 OOO과 내국법인 자본금 OOO 등 OOO의 자본금을 출자하여 설립되었고, 2002.7.15. 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업으로 등록된 후, 2003.7.15. 「조세특례제한법」제121조의2에 의하여 고도기술수반 외국인투자에 대한 법인세 등의 조세감면 결정을 받았으며, 최초로 소득이 발생한 2005사업연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 사업연도까지 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 사업연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면받도록 되어 있으며, 2004사업연도 중 25억원의 쟁점외자를 유상증자하였고, 쟁점외자를 종전의 감면사업에 계속하여 사용한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 같이 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하였으나 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못하고 감면사업에 사용한 경우 쟁점계산서의 ⑦항 ‘감면비율’을 계산함에 있어 쟁점산식을 사용하려면 비감면사업에 증자된 경우로서 ⑥항 ‘감면대상사업 과세표준금액’ 및 ⑦항 ‘감면비율’이 중복 축소되는 경우에 한정하여 적용하여야 하고, 이 경우에 해당되지 않는 경우에도 쟁점산식을 사용하려면 증자분에서 발생한 소득과 종전 자본금에서 발생한 소득을 구분경리한 후 이를 ②항 ‘감면대상사업 과세표준금액’과 ③항 ‘비감면사업 과세표준금액’에 구분기재하여 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’ 또는 ⑦항 ‘감면비율’ 중 1개 항목만 적용하여야 함에도 구분경리 의무 등을 해태한 청구법인이 ⑥항과 ⑦항을 중복 적용하여 법인세를 과다감면 받았다는 의견이나, 청구법인의 경우, 2002.8.1. 법인설립시의 초기 자본금 OOO에 대하여 조세감면결정을 받아 동 자본금에서 최초로 소득이 발생한 2005사업연도부터 향후 5년간 법인세 등 감면대상세액 전액을 감면받도록 되어 있으므로 증자한 쟁점외자에 대하여 감면결정을 받지 못했다고 하더라도 처분청의 의견처럼 일반산식을 적용하여 ⑦항 ‘감면비율’을 산출하게 되면 기존의 감면세액이 축소될 수 있어 불합리해 보이는 점, 쟁점외자를 전액 감면대상사업에 사용하였으므로 쟁점외자에 대하여 조세감면결정을 받지 못하였다 하더라도 쟁점외자가 투입된 사업을 감면대상사업으로 분류하는 것이 타당해 보이는 점, 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위할 경우에 일반산식을 적용하게 되면 비감면사업의 소득은 쟁점계산서의 ②항 ‘감면대상사업 과세표준금액’에서 제외되어 있음에도 ⑦항 ‘감면비율’도 낮아져 감면세액이 중복 축소되는 문제점을 해결하고자 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」을 개정하여 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하는 경우에 쟁점산식을 적용할 수 있도록 한 것으로 보이는바, 청구법인의 경우 유상증자 자본금인 쟁점외자를 감면사업에 사용하였으므로 위 규정의 개정취지로 보아 쟁점외자에서 발생한 소득을 ②항 ‘감면대상사업 과세표준금액’에 포함하고, ⑦항 ‘감면비율’의 계산에서도 쟁점산식을 적용하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점외자를 종전 자본금과 동일한 감면사업에 투자하였으므로 증자분에서 발생한 소득과 종전 자본금에서 발생한 소득에 대해 구분경리하기에 어려움이 있어 보이는 점 등에 비추어 감면사업을 영위하는 외국인투자기업인 청구법인이 감면사업에 사용한 쟁점외자에서 발생한 소득에 대하여 쟁점계산서 ②항 ‘감면대상사업 과세표준금액’에 포함하여 ⑥항 ‘감면대상사업소득비율’을 계산하고, 동시에 쟁점산식을 적용하여 ⑦항 ‘감면비율’을 산출하여 감면세액을 계산하고 법인세를 신고한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.