[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1973.10.16.부터 현재까지 OOO에서 택시 운수업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2009년 제1기～2011년 제2기 부가가치세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조의7에 따라 각 과세기간 합계 OOO원을 부가가치세 납부세액에서 경감하여 신고하였다.

나. 처분청은 2012.9.3.～2012.9.21. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2009년 제1기～2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 조특법 제106조의7에 따라 경감 받은 부가가치세 중 근로자의 복지향상에 사용하지 아니하였거나 운수종사자에게 직접 지급하지 아니한 금액이 합계 OOO원임을 확인하고, 매출누락액을 적출하여 2013.4.9. 청구법인에게 부가가치세 OOO원을 각 경정․고지하였고,

 청구법인이 운수종사자의 급여지급시 공제한 기준수입금액 미달액, 업무관련 범칙금(과태료), 연료비 초과사용액(위 금액을 합하여 이하 “쟁점공제금액”이라 한다)을 법인세 신고시 익금산입하지 않은 사실과 수입금액 초과달성 및 연료비 기준미달사용에 따른 성과급을 손금산입하지 않은 사실을 확인하여 그 차액을 익금산입하고 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 법인세 OOO원을 각 경정․고지하는 한편, 대표자 상여 OOO원을 소득금액변동통지하였다.

다. 청구법인은 2013.7.1. 이의신청을 통해 2009년 제1기～2010년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 각 부과처분은 조특법상 부가가치세 납부세액 경감세액을 추징하지 아니하도록 경정․결정 받았으나, 나머지 부분은 받아들여지지 아니하자 이에 불복하여 2014.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 청구법인은 운송수입금액 인식시점에서 전액을 운송수입금으로 처리하고 실제 운송종사자로부터 미입금된 금액에 대하여 가지급금 으로 회계처리한 후 급여지급시 미입금된 금액을 공제(기타공제)할 때 가지급금 변제로 처리한 것에 대하여 처분청이 잡이익으로 보아 2009사업연도～2011사업연도 법인세 부과처분 및 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

  청구법인의 회계처리에 대하여 처분청은 “수입금액이 모두 실제 입금된 것으로 표시되어 있고, 공제항목에 가불금이 있는 것으로 보아 미입금된 금액도 급여에서 차감하고 있는 것으로 판단된다”고 인정하면서 “운송종사자의 급여명세서상 총지급대상금액에서 차감한 공제금액이 음수가 발생하지 않아 실제 잡이익이 발생하였고, 법인세 결산서상 운수종사자로부터 미회수된 금액은 표시되어 있지 아니하며 설령 장부상 운수종사자로부터 미회수금액을 대표자 가지급금으로 회계처리하였다 하더라도 순자산의 차이는 발생하지 않으며, 급여지급 관련 손금은 회계처리하였는바, 쟁점공제금액을 익금계상에서 누락한 금액은 운수종사자로부터 미회수된 금액과 별개로 상여처분함이 타당하다는 의견이나,

  처분청이 급여지급액에서 쟁점공제금액을 차감하여 음수가 발생하지 않아 잡이익이라고 한 것은 이해가 되지 아니하며, 결산서상 운수종사자로부터 미회수금액이 표시되어 있지 않고 설령 가지급금으로 표시되어 있다 하더라도 순자산의 차이가 없어 인정하지 못한다는 것은 미회수금액을 매출채권으로 할 수 없어 가지급금으로 표시한 것이고, 순자산에 차이가 있어야 상여로 소득처분을 할 수 있다고 보이는데 거꾸로 순자산에 차이가 없음에도 불구하고 상여 처분한다는 것은 처분청이 회계 원리와 법리를 오해한 데에서 비롯된 것으로 보인다.

 (2) 처분청이 택시 부가가치세 경감세액과 관련하여 과세한 2010년 제2기～2011년 제2기(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

  국토해양부장관(현 국토교통부장관)의 위임을 받은 OOO시장이 청구법인의 쟁점과세기간 동안 부가가치세 경감세액에 대한 사용실태를 점검한 결과, 청구법인이 운수종사자에게 OOO원을 부가가치세 경감세액이 아닌 근로장려금 명목으로 선지급한 것을 처분청에 통보하였는바, 이는 위 집행금액을 점검기관도 인정하였으나, 다만 근로장려금과 택시 부가가치세 경감세액이 따로 있는지를 조사하여 과세에 참고하라는 의미이지 택시 부가가치세 경감세액을 지급하지 않았다는 취지는 아니며, 청구법인이 조특법 제106조의7 제2항 규정이 없다면 근로장려금을 지급할 이유가 없으며, 이에 대하여는 당시 일용직(수습) 운수종사자 명부를 보면 사실관계가 명백하게 확인되므로 부가가치세 경감세액을 운수종사자에게 지급하지 않은 것으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  청구법인에 대하여 쟁점공제금액을 익금산입하고 부외 지급한 금액을 손금산입하여 법인세를 과세하고, 그 차액을 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것과 미집행한 부가가치세 경감세액을 추징한 처분은 아래와 같은 사유로 정당하다.

 (1) 급여명세서상 수입금액이 모두 실제 입금된 것으로 표시되어 있고 공제항목에 가불금이 있는 것으로 보아 미입금된 금액도 급여에서 차감하고 있는 것으로 판단된다. 청구법인이 운수종사자로부터 미회수된 금액을 표시한 장부를 세무조사 종결시점까지도 제시하지 아니하다가 과세전적부심사청구 심리 종료기일이 다 되어서야 운송수입월보 등을 제출한 사실이 있으며, 미수추가금, 미입금, 가불금 등 그 집계금액도 원시자료에 의해 구체적으로 확인되지 아니하며, 설령 장부상 운수종사자로부터 미회수된 금액을 대표자 가지급금으로 회계처리하였다 하더라도 순자산의 차이는 발생하지 아니하고, 급여지급 관련 손금을 사외유출로 회계처리 하였는바, 처분청이 청구법인을 조사하여 쟁점공제금액 관련 잡이익 등 익금계상에서 누락한 금액을 운수종사자로부터 미회수된 금액과는 별개로 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

  또한, 청구법인은 이의신청시 “처분청은 기준수입금액, 연료비, 과태료와 관련한 급여 차감액을 익금산입하고 대표자에게 상여로 소득처분하였으나, 등록기사(정규직) 급여에서는 위 차감액 등을 차감하더라도 음수가 발생하지 아니하는 것이므로 익금산입하고 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자에게 상여로 소득처분 할 수 있는 것이나 일용직(수습) 급여에서 차감하면 음수가 발생하여 익금에 산입하고 대표자에게 상여로 소득처분함은 부당하다”고 주장하였으나, 처분청이 이에 대해 확인한 결과 일용직 급여에서 쟁점공제금액을 차감하더라도 마이너스 금액이 발생하지 않았으므로 익금산입하고 그 귀속이 불분명하므로 대표자에게 상여로 소득처분하였다.

 (2) 청구법인은 쟁점과세기간의 부가가치세 경감세액 중 OOO원을 사전집행하면서 근로장려수당으로 표기하여 지급하였고 이를 감독기관인 국토해양부장관이 부당사용으로 처분청에 통보하였으나, 이는 실제 운수종사자에게 택시 부가가치세 경감세액을 지급하였고 명칭만 근로장려수당으로 표시한 것이라고 주장하면서 국토해양부장관의 처분청 통보는 근로장려금 따로 택시 부가가치세 경감세액 따로 있는지를 조사하여 과세에 참고하라는 뜻이지 택시 부가가치세 경감세액을 지급하지 않았다는 취지는 아니라고 주장하나, 세무조사 결과 쟁점과세기간 동안 택시 부가가치세 경감세액의 집행내역 중 70%는 부가가치세 신고 후에 현금으로 집행한 사실이 확인되었고, 운수종사자의 노동조합과 합의하여 근로장려수당으로 선집행된 금액이 OOO원으로 확인되어 이를 정상집행 금액으로 인정하였으나, 그 외의 금액은 근로자의 복지를 위해 사용하였다는 주장에 대한 객관적인 증빙이나 회계처리내역을 확인할 수 없었다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  ① 쟁점공제금액을 잡이익으로 보아 각 사업연도 소득금액 계산시 익금산입하고 이를 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

  ② 쟁점과세기간 부가가치세 경감세액의 일부를 근로자에게 직접 지급하지 아니한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

제67조(소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

 (2) 법인세법 시행령(2010.12.31. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

 (3) 조세특례제한법(2011.7.25. 법률 제10907호로 개정되기 전의 것)

제106조의7(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감) ① 「여객자동차 운수사업법」에 따른 일반택시 운송사업자(이하 이 조에서 "일반택시 운송사업자"라 한다)에 대해서는 부가가치세 납부세액의 100분의 90을 2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세기간분까지 경감한다.

② 일반택시 운송사업자는 제1항에 따른 경감세액 전액을 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 경감된 부가가치세의 확정신고납부기한 종료일부터 1개월 이내에 「여객자동차 운수사업법」에 따른 일반택시 운수종사자(이하 이 조에서 "일반택시 운수종사자"라 한다)에게 현금으로 지급하여야 한다. 이 경우 일반택시 운송사업자는 지급하는 현금이 부가가치세 경감세액임을 일반택시 운수종사자에게 알려야 한다.

③ 국토해양부장관은 일반택시 운송사업자가 제1항에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 확정신고납부기한 종료일부터 1개월 이내에 제2항에 따라 지급하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장은 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합친 금액을 추징한다.

1. 일반택시 운수종사자에게 지급하지 아니한 경감세액 상당액

2. 다음 계산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액 상당액의 이자상당액

이자상당액 = 제1호의 경감세액 상당액 × 제1항에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일의 다음 날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액 상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 법인사업자 조사종결보고서 및 세무조사 보충조서(2012년 12월)에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (나) 조사결과

  (다) 처분청의 세무조사 보충조서의 주요내용은 다음과 같다.

   1) 2009년 제1기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 택시 부가가치세 경감세액 집행과 관련하여 노사의 합의로 조합원의 복지향상을 위한 조합원교육 및 복리후생비로 택시허가 면허대수 당 OOO원씩 노동조합에 지급하기로 한 노사합의서가 확인되나, 동 합의와 관련하여 집행된 내역은 OOO원 이외에는 확인되지 아니한다.

   2) 2010년부터 선집행을 2010.6.20. 노사합의로 매월 급여에 근로장려수당 명목으로 지급하기로 한 노사합의서가 확인되며, 근로자 급여대장을 확인한바 2010년 7월부터 2010년 12월까지 지급된 근로장려수당은 총 OOO원이다.

   3) 청구법인이 2011년 선지급하였다고 제출한 (임금대장)집계표의 개별내역을 확인한바, 2011년 제1기 당초 선지급하였다는 금액은 OOO원, 확인금액은 OOO원으로 그 차액은 OOO원이며, 2011년 제2기는 당초 선지급액은 OOO원이고 확인금액은 OOO원으로 그 차액은 OOO원이다.

   4) 청구법인은 2009년 제1기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 노조에 지급이 확인된 금액 외에도 추가로 근로자의 복지를 위한 비용으로 집행하였다고 주장하며 관련 서류를 제출하였으나, 청구법인이 수취한 세금계산서 관련 비용은 명절선물이나 운전복으로 부가가치세 경감조치 이전부터 사용자가 부담했던 비용이고, 휴가비나 학자금 지급은 실지 지급여부가 불분명하며(대표자의 통장에서 인출하여 지급하였다고 주장하나, 직접적인 연관관계가 없고 대표자가 6개의 업체를 운영하고 있어 현금인출 금액이 동 항목에 사용되었는지 불분명함), 실제 지급되었다 하더라도 동 항목도 부가가치세 경감조치 이전부터 사용자가 부담했던 비용에 해당하고, 청구법인이 노조에 지급하여 근로자의 복지를 위해 사용하였다고 주장하는 부분도 청구법인이 노조에 관련 금액을 지급하였다는 객관적인 증빙이나 회계처리 내역을 확인할 수 없으며, 근로자의 복지를 위해 지출한 항목이라며 제출된 영수증 또한 대부분 노조 사무실 운영비에 해당할 뿐 아니라 공급받는 자가 누구인지 확인되지 않는 간이영수증이고, 지출한 재원이 청구법인으로부터 받은 금액인지 노조원의 노조회비인지 확인이 불가능한 상태이다. 따라서, 청구법인이 2009년 제1기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 감면세액 부당사용혐의 금액이 정상집행된 것이라며 추가 제출한 서류는 감면세액을 근로자의 복지향상에 사용하였다고 볼 수 없어 부가가치세 감면세액을 추징한다.

   5) 쟁점과세기간인 2010년 제2기부터 2011년 제2기까지 근로자에게 100% 지급하여야 하는 부분과 관련하여 정규직 근로자 외에 계약직 근로자에게 감면세액을 사전 집행하였다며 근로계약서를 제출하였으나, 계약직 직원과 맺은 근로계약서상 임금체계 조항에 ‘계약직 근로자의 임금은 기본급과 법정 제수당 및 부가가치세 경감액 지급수당이 포함된 일급식 임금제로 한다’라고 규정하면서 각 항목별 상세금액은 표시되어 있지 않고, ‘계약직 근로자의 임금은 일 OOO원으로 기준하여 승무일수를 승산하여 지급한다’고 기재되어 있어 부가가치세 경감세액 지급액이 얼마인지 불분명하며, 청구법인은 임금계약서 후단에 임금조견표가 별도로 있다고 주장하면서 기본급은OOO원으로 임금계약서가 작성되어 있다고 주장하여 당시 계약직 근로계약서를 확인한바, 현재 보존되어 있는 것은 일부분이고, 보존된 근로계약서도 임금조견표가 붙어있지 않은 것이 많으며, 붙어있는 계약서는 계약서의 위·변조를 방지하기 위해 사용하는 간인이 임금조견표 페이지에는 없을 뿐 아니라 근로계약서 본문에도 임금조견표를 둔다는 내용이 없는 것으로 보아 청구법인의 주장은 당초 임금계약서에 임금조견표를 임의로 붙여 제출한 것으로 판단된다. 또한, 부가가치세 감면세액 집행 감독기관인 인천광역시에 보고된 개인별 부가가치세 감면세액 지급내역서에도 계약직 근로자는 사전집행한 금액이 없거나 기재되어 있는 경우에도 임금조견표상 최고금액인 OOO원보다 많은 OOO원으로 기재하여 보고한 사실로 보아 제출된 계약직 근로계약서에 의거 계약직 근로자에게 택시 부가가치세 경감세액을 사전집행하였다는 주장은 신빙성이 없다.

 (3) 처분청이 세무조사시 2009년 제1기～2011년 제2기 부가가치세 과세기간의 부가가치세 경감세액 집행내역을 확인한 결과는 다음과 같은바, 쟁점과세기간의 부가가치세 경감세액은 총 OOO원이며, 이 중 실집행금액은OOO원, 부당집행금액은 OOO원으로 확인되었다.

 (4) OOO시장은 택시 부가가치세 경감세액 사용지침에 따라 청구법인에 대하여 부가가치세 경감세액 사용실태를 점검한 결과, 쟁점과세기간 동안 택시 부가가치세 경감세액을 지급한 금액 중 OOO원을 부가가치세 경감세액임을 표시하지 않고 근로장려수당으로 지급하였으므로 부적정한 집행금액이라고 관할 과세관청(OOO국세청)에 통보한 것으로 나타난다.

 (5) 청구법인은 쟁점①과 관련하여 운송수입을 전액 계상하면서 실제 운수종사자로부터 미입금된 금액까지 모두 입금으로 계상하였으며, 미회수금액은 가지급금으로 회계처리하였다가 급여지급시 가지급금 변제로 처리하였으므로 잡이익이 발생하지 않았다는 주장이며, 쟁점②와 관련하여 부가가치세 경감세액을「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하였다고 주장하며, 그에 대한 증빙으로 청구법인이 2012.11.26. 부가가치세 경감세액 관련 질의에 대한 OOO시장의 회신 공문(2012.11.28), 정규직 및 계약직 근로자의 근로계약서 샘플, 청구법인과 노동조합 간의 합의서(2009.9.23., 2010.8.24.), OOO시 점검시 청구법인이 작성․제출한 확인서[2012.6.25. 쟁점과세기간의 부가가치세 경감세액 총 OOO원 중 노사합의서에 의거 근로자 임금지급시 부가가치세 경감세액임을 표시하지 않고 근로장려수당 명목으로 지급한 사실(부적정 지급액 총 OOO원)이 있음] 등을 제출하였다.

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 수입금액으로 인식하지 아니한 것으로 보아 쟁점공제금액을 잡이익으로 익금산입(대표자 상여)하여 법인세 과세 및 소득금액변동통지하였고, 청구법인은 쟁점공제금액을 모두 수입금액으로 인식하여 회계처리하였다고 주장하고 있는바, 쟁점공제금액이 청구법인이 각 사업연도에 신고한 수입금액에 포함되었는지 여부(쟁점공제금액이 모두 수입금액에 포함되었는지 여부, 손금항목의 경우 수입금액에 포함되지 않았으면 손금에 미반영되었는지 여부)가 청구법인 및 처분청이 제시한 자료만으로는 불분명하므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO시장이 청구법인의 부가가치세 경감세액 사용실태를 점검한 결과 쟁점과세기간의 부정적 집행금액(OOO원)은 부가가치세임을 표시하지 않고 근로장려수당 명목으로 집행한 금액으로 확인하고 있으므로 처분청이 이를 실제 근로자에게 지급하지 아니한 것으로 보아 부가가치세를 추징한 것은 부당하다고 주장하나, 처분청이 실지조사한 바에 따르면, 쟁점과세기간의 부가가치세 경감세액 OOO원 중 청구법인이 근로장려수당 명목으로 지급한 금액을 포함하여 운수종사자에게 지급한 금액이 OOO원임을 확인하고 이를 모두 정상사용으로 인정한 것으로 나타나고, 나머지 OOO원에 대하여 청구법인은 운송종사자에게 이를 지급한 사실을 심판청구 심리일 현재까지도 객관적으로 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.