주 문

OOO세무서장이 2013.10.31. 청구법인에게 한 부가가치세 2011년 제2기분 OOO2012년 제2기분 OOO의 부과처분은 2011.12.7.～2011.12.31. 및 2012.12.4.～2012.12.31. 기간 동안의 공사분이 어느 회차의 기성분에 포함되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.12.28. 설립되어 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제2호에 따른 방식으로 시행되는 OOO학위과정시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)의 임대형 민자사업시행자로, 2010.12.31. OOO주식회사 외 9개 법인(이하 “청구외컨소시엄”이라 한다)으로부터 쟁점시설의 건설용역(이하 “쟁점건설용역”이라 한다)을 공급받는 공사계약(계약금액 공급가액 OOO공사기간 2010.12.31.～2014.4.30.)을 2011.12.7. 체결한 후 건설용역을 제공받고 관련 세금계산서를 교부받았다.

나. 처분청은 2013.9.2.∼2013.9.6.에 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여, 청구법인이 시공사인 청구외컨소시엄으로부터 교부받은 세금계산서 공급가액 2011년 제2기 OOO백만원 및 2012년 제2기 OOO백만원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 중 공급가액 2011년 제2기 OOO〔3회차 공사기간 2011.9.1.∼2011.12.31. 중 2011.12.7.∼2011.12.31.(이하 “쟁점1기간”이라 한다)〕 및 2012년 제2기 OOO〔6회차 공사기간 2012.8.1.∼2012.12.31. 중 2012.12.4.∼2012.12.31.(이하 “쟁점2기간”이라 한다), 3회차와 합하여 “쟁점회차”, “쟁점기간” 및 “쟁점금액”이라 한다〕을 실제 공사용역이 이루어지기 전에 교부받은 선발급세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여, 2013.10.31. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제2기분 OOO2012년 제2기분 OOO경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

(1) 청구외컨소시엄이 기성기간에 대한 기성검사원을 제출하면서 기성신청을 하면, 청구법인은 제3의 감리업체로 하여금 기성신청일 현재까지 완료된 공사를 검사하고 기성검사보고서를 작성하도록 하여, 그 기성검사보고서상의 기성금을 청구외컨소시엄이 청구법인에게 청구하도록 하고 있고, 청구외컨소시엄은 기성검사보고서상의 기성금을 공급가액으로 하여 청구법인에게 세금계산서를 발행하는 바, 쟁점회차의 경우 다른 회차와 마찬가지로 청구법인은 청구외컨소시엄의 기성신청에 대하여 감리업체에게 기성검사를 요청하는 등 위와 같은 업무처리를 수행함에 따라, 감리업체의 기성검사보고서상 기성금이 아래와 같이 쟁점회차의 세금계산서 공급가액이 되었다.

 (2) 청구법인은 각종 일자에 관한 용어 “청구일”, “기성기간”, 그리고 “기성검사기간”의 의미와 감리업체의 기성검사보고서상 기성금이 어느 일자까지 완료된 공사를 토대로 한 것인지를 분명히 하기 위하여, 감리업체에게 질의하였고 아래와 같은 답변을 받았는바,

  특히 업무지침서 제59조 제1항에 따르면, 기성검사자는 계약서ㆍ시방서ㆍ설계서 등의 관계 서류에 따라 (i) 기성부분내역이 설계도서대로 시공되었는지, (ii) 사용된 자재의 규격 및 품질이 적합하였는지, (iii) 지급자재 수불이 잘 이루어졌는지 및 (iv) 지하 또는 기초부분의 시공 및 주요 시공과정이 적절히 이루어졌는지를 검사하여야 하는데, 이는 ‘특정일을 기준으로 그때까지 공사가 완료된 상태가 타당한지’를 검사하는 것을 의미하는 것이고, 미래에 이루어질 공사의 완료상태를 추정하는 것은 그 업무의 범위에 해당하지 않는바, 기성검사보고서상 기성금에 미래에 대한 추정이 개입될 여지는 없는 것이다.

 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점금액이 기성신청일까지 완료된 공사를 기준으로 산정된 기성금이라고 주장하나, 청구주장과 같이 기성공사보고서상 기성금이 기성신청일까지 완료된 공사를 기준으로 산정된 금액이라면 당초 청구외컨소시엄이 감리업체에 기성검사신청시 기성기간을 3회차 공사에는 2011.9.1.∼2011.12.6., 6회차 공사에는 2012.8.1.∼2012. 12.3.로 각각 명시하였어야 할 것이다.

  (가) 청구주장과 같이 기성신청일을 기준으로 기성금을 산정한다면 다음 회차 기성검사 신청시 기성기간을 전 회차 기성기간 종료일의 익일로부터 시작해야 하나 개산급 신청 사유서 및 시공 기성검사 보고서를 보면 금회 기성기간 시작일이 4회차에는 2012.1.1., 7회차 2013.1.1.로 각각 명시되어 있는바, 청구주장대로라면 2011.12.7.∼2011.12.31., 2012.12.3.∼2012.31. 기간은 전체 기성기간 중 어느 기성기간에도 포함되지 않는 모순이 발생하게 된다.

  (나) 처분청의 부가가치세 현지확인 당시 관련 직원의 자유로운 의사에 의해 “금회 기성기간”은 “금회 기성 청구의 대상인 공사의 시작일과 종료일”을, “기성 검사기간”은 “기성검사 실시일”을 의미한다고 진술하였고, 청구법인이 증거로 제출한 “공사기준 지급기준 요청의 건” 및 “공사기성 지급기준 요청 회신건”은 현장확인 결과로 과세관청이 매입세액 불공제 처분 의사를 밝힌 이후 청구법인 및 청구외컨소시엄으로부터 선택된 “을(乙)”의 입장인 감리업체와 주고받은 문서로서 이는 건전한 경제 상식에 맞지 않은 일방적인 주장에 불과한 문서이다.

 (2) 청구법인은 공사가 이루어지지 않은 부분이 기성 청구시에는 포함되었으나 기성 검사시 차감되어 실제 기성분만이 기성검사보고서상 기성금을 구성하고, 청구외컨소시엄의 기성검사신청서상 기성금에 비해 감리업체의 기성검사보고서상 기성금이 감액되었다고 주장하나, 처분청에서 현지확인시 수집한 자료에 따르면 아래와 같이 금액이 감액되지 않았다.

  (가) 청구법인이 증빙으로 제출한 “개산급 신청 사유서” 및 “공사 기성부분 검사원”은 당초 처분청의 현지확인시 청구법인이 임의 제출한 원본 복사본과 상이하고 특히 제3회차 공사 증빙서류는 시공사인 OOO주식회사의 날인도 누락되어 있는 등 증거능력이 의심된다.

  (나) 또한 청구법인이 제출한 서류상의 기성 누계금액, 공정률은 현장확인시 확인된 금액 및 비율보다 낮은 바, 이는 종된 주장(실제 공사가 이루어지지 않은 부분이 기성금에 포함되었으나 감리업체의 기성검사에 의해 기성금이 감액되었다)을 하기 위해 허위로 작성된 서류로 판단되는바, 이를 정리하면 아래와 같다.

 (3) 현지확인시 입회한 청구법인의 종사직원 및 시공사인 OOO주식회사의 종사직원 등에게 기성청구와 관련된 서류 일체를 제출받으며 기성청구와 관련된 사항을 질문할 당시 위 2인은 공사 및 기성청구 관련 내용을 진술하였고, 공사가 이루어지지 않은 부분에 대한 공사비에 대해 질문하자 첨부의 “월별공사비”를 제출하였으며, 그 중 3회차 및 6회차 월별 공사비(단위 : 백만원, 공급대가) 내역은 아래와 같은 바,

  월별공사비현황을 보면 3회차 및 6회차의 월별 공사금액은 거의 매월 동일한 것으로 확인되며, 청구주장과 같이 2011년 12월 및 2012년 12월 공사가 이루어지지 않은 부분에 대해 기성금이 포함되지 않았다면 상당한 금액의 차이가 나야함에도 불구하고 실제 월별공사비는 매월 동일한 것으로 확인되고, 또한 상기 월별 공사금액의 합계금액이 기성청구금액과 일치하는 것으로 확인된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 연도말까지의 기성금액이 포함된 선발급세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제9조【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

제54조【세금계산서의 발급특례】② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

1. 거래 당사자간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것

2. 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것

3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013.9.2.∼2013.9.6. 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인 조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 선발급세금계산서로 조사하였는 바, 주요 조사내용 및 과세논거는 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 청구외컨소시엄으로부터 쟁점시설의 건설용역을 공급받기로 하는 공사계약을 2011.12.7. 체결하고, 건설용역에 대한 대가는 기성고에 따라 청구․지급하였으며 기성분 청구내역은 아래의 <표1>과 같다.

  (나) 6회의 기성청구 중 연도말인 3회차(공사기간 2011.9.1.∼2011.12.31.) 및 6회차(공사기간 2012.8.1.∼2012.12.31.)의 쟁점금액은 실제 공사용역이 이루어지기 전에 공사대금을 빨리 받기 위해 예정공사가액을 포함하여 기성청구한 선발급세금계산서로 적출내역은 아래의 <표2>와 같고, 선발급세금계산서는 공사기간이 미경과 되었음에도 불구하고(3회차 25일, 6회차 28일) 예정가액으로 기성청구에 포함하여 감리확인 후 기성확정하여 교부받은 것으로 이는 「부가가치세법」제9조 제3항에 규정하는 선발급세금계산서(공급시기 이전 세금계산서 발급)에 해당하고 선발급세금계산서 중 발급일로부터 7일 이내 대가를 지급하는 경우 세금계산서를 발급한 것으로 간주하나, 청구법인의 지급일은 3회차에 8일 경과, 6회차에 13일이 경과하였으므로 매입세액 불공제 대상이다.

 * 3회차 OOO백만원 = OOO백만원*25일 / 122일, 6회차 OOO백만원 = OOO백만원*28일/153일

  (다) 청구법인은 청구외컨소시엄이 단순한 실수로 기성신청시 기성기간을 잘못 기재하였고 이와 관계없이 외부 감리업체는 정확히 기성을 검사하였다고 주장하나, 이는 청구법인의 일방적인 추측이다.

    1) 기성검사는 ① 청구외컨소시엄이 기성기간을 특정하여 공사가 진행된 부분에 대해 청구법인에게 기성을 확인해 줄 것을 신청하고, ② 이에 대하여 감리업체는 기성을 검사하고 기성검사보고서를 작성 후 청구법인에 보고하는 절차이다.

    2) 청구외컨소시엄이 3회차 공사 기성청구시 제출한 “제3회 기성검사원(개산급) 제출의 건(件)”을 보면, 금회기성기간이 2011.9.1.∼2011.12.31.로 명시되어 있고, 이에 대하여 감리업체에서 기성을 검사하고 작성한 기성검사 결과보고서에도 금회기성기간이 2011.9.1.∼2011.12.31.로 명시되어 있는바, 이러한 기성기간의 표시는 3회차 공사뿐만 아니라 다른 모든 회차의 기성검사신청서 및 결과보고서에 명확히 표시되어 있다.

    3) 이와 같은 일련의 과정에 대하여 청구법인은 기성검사신청서 및 결과보고서에 명시되어 있는 기성기간이 청구외 컨소시엄과 감리업체가 단순한 실수로 잘못 기재한 것이고, 그럼에도 불구하고 감리업체에서는 2011.12.6.과 2012.12.13.을 기성기간 종료일로 보고 이를 기준으로 기성검사를 하였다는 이치에 맞지 않는 주장을 하는 것이다.

  (라) 청구법인은 청구외 컨소시엄의 기성금 청구절차에 대하여 ① 청구외컨소시엄이 기성금 청구서를 감리업체에 제출 ⇒ ② 감리업체에서 기성검사 후 기성금을 확정 ⇒ ③ 청구외컨소시엄은 이를 토대로 다시 기성금 청구서를 작성하여 감리업체에 제출 순으로 이루어지고, 처분청에서 증거로 제출한 기성금 청구서는 청구외컨소시엄과 감리업체가 조정을 거쳐 확정된 기성금을 토대로 작성된 ①의 기성금 청구서이고 청구법인이 증거로 제출한 기성금 청구서는 감리업체와의 조정이 이루어지기 전의 ③의 기성금 청구서이기 때문에 이 두 개의 기성금 청구서가 금액이 다르다고 주장하나, 청구법인이 제출한 ①의 기성금 청구서와 처분청이 제출한 ③의 기성금 청구서는 모두 2011.12.6. 청구법인으로 발송된 것으로 확인되는바, 청구법인의 주장대로라면 상기 절차가 모두 같은 날 처리되었다는 것인데 이는 일반적으로 납득할 수 없는 주장이라 할 것이다.

    1) 설령, 청구주장대로 최초 기성청구서가 별도로 존재하고 감리업체에서 이를 감액하여 기성금을 확정하였다 하더라도 이러한 사실이 청구인의 “쟁점기간이 기성검사기간에 제외되었기 때문에 기성금이 감액되었다”라는 주장을 입증할 수 없고, 기성검사보고서 중 제2회 OOO검사내용과 3회 OOO검사내용을 살펴보면 아래의 〈표3〉과 같이 2회차 공사에서는 기성기간의 종료일과 기성검사 보고서일이 2011.8.31.로 일치하고 청구외컨소시엄이 청구한 기성금에 비해 최종 확정 기성금이 18.23% 감액되었다.

    2) 청구주장대로라면 2회차 공사에서는 청구외컨소시엄의 기성청구시 명시한 기성기간과 감리업체에서 확인한 기성기간이 차이가 없으므로 청구기성금에 비해 최종 확정기성금은 감액되지 않거나 감액되더라도 3회차 또는 6회차 공사시 조정율보다 적게 감액되어야 할 것이나, 2회차 공사의 확정기성금은 신청기성금에 비해 18.23% 감액되었는바, 이러한 사실을 미루어 볼 때 쟁점기간이 기성기간에 포함되지 않았기 때문에 기성청구금액에 비해 기성확정금액이 감액 조정되었다는 청구주장은 논리에 맞지 않다.

    3) 청구법인은 감리업체 선정 주체가 청구법인 및 청구외컨소시엄이 아니라 OOO이기 때문에 “공사기성 지급기준 요청 회신건”은 객관적인 증거력을 갖는다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 청구외 컨소시엄은 기성금 신청에 있어서 감리업체와의 조정을 거쳐 기성신청금을 확정하고 이를 반영하여 기성금을 신청하고 있고, 또한 실제 공사진행에 대해 감독을 수행하는 감리업체 입장에서는 청구외컨소시엄이 제출한 서류에 의존하여 감리할 수밖에 없고 감리업체가 열흘 이내의 촉박한 기성검사기간 동안 분기 또는 그 이상의 기간 동안 진행되는 공사에 대한 기성확인을 하기 위해서는 청구법인 혹은 청구외컨소시엄의 협조가 절대적으로 필요하고, 감리용역의 대가를 청구법인이 지급하는 점 등을 미루어 볼 때 감리업체와 청구법인의 관계는 직접적인 갑을관계는 아니라 할지라도 이와 유사한 관계이거나 혹은 밀접한 관계라 할 것이므로 감리업체가 제출한 “공사기성 지급기준 요청 회신건”은 청구법인에게 유리하게 작성되었을 가능성이 매우 높아 이는 객관적인 증거가 될 수 없다.

 (2) 청구법인은 기성신청시 기성기간을 연도 말까지로 기재한 것은 단순한 실수에 불과한 것이고, 외부 감리업체가 기성신청일 현재의 정확한 기성을 검사하여 실제 진행된 공사만이 기성에 반영된 것이라는 주장으로 주요 논거는 다음과 같다.

  (가) 처분청은 청구법인의 주장대로라면 쟁점기간은 전체 기성기간 중 어느 기성기간에도 포함되지 않는 모순이 발생하게 된다는 의견이나, 이는 기성의 의미를 곡해하는 것으로서 특정일을 기준으로 기성검사를 하면 그 일자까지 실제로 진행된 공사만이 기성이 되는 것이고, 금회 기성은 전회 기성을 차감하여 계산되는 것이므로, 어느 기성기간에도 포함되지 아니하는 기간은 존재하지 아니하는바, 쟁점기간(2011.12.7.～12.31.과 2012.12.3.～31.)은 자연스럽게 다음 회 기성에 포함된 것이다.

  (나) “공사기성 지급기준 요청 회신건”은 제3회 및 제6회차 기성금이 정확히 어느 시점까지 이루어진 공사를 기준으로 산정된 것인지에 대하여 기성검사 업무를 수행한 외부 감리업체가 각각 2011.12.6. 및 2012.12.3.로 확인해 준 문서로, 이 문서에 따르면 쟁점기성금은 이 날짜까지 완성된 공사만을 근거로 산정된 것으로서, 이는 2011.12.31. 및 2012.12.31.까지의 공사를 추정하여 기성을 산정하였다는 처분청의 의견을 부인하는 중요한 증거이다.

  (다) 처분청은 “현지확인 시 청구법인이 임의 제출한 원본 복사본과 상이하고 특히 제3회차 공사 증빙서류는 시공사인 OOO주식회사의 날인도 누락되어 있는 등 증거능력이 의심”된다고 보았는데, 처분청이 이렇게 본 이유는 기성금 청구 및 검사 후 확정의 업무 흐름 때문인 것으로 생각되는바, 관련 업무 흐름은 다음과 같다.

    1) 처분청이 입수한 것은 ③의 내부자료이고 청구법인이 제출한 것은 ①의 내부자료이므로, 같은 내부자료라 하더라도 서로 금액이 다른 것은 당연하다. ①의 내부자료는 작성 당시에는 기성금이 미확정된 상태이므로 청구외컨소시엄의 대표인 OOO주식회사가 날인을 (하는 것이 올바른 업무처리겠으나) 하지 않더라도 특별히 문제될 것은 없다.

    2) 한편, 청구법인이 ①의 내부자료를 제출한 이유는, 청구외컨소시엄이 최초에 요청한 기성금(①의 내부자료)에 비해 기성검사 후 확정된 기성금이 더 작으므로 외부 감리업체가 업무를 제대로 하였음이 입증된다는 주장을 하기 위해서로 최초 요청 기성금은 청구외컨소시엄의 내부자료와 외부 감리업체의 ‘기성검사보고서’ 각각에 기재되어 있으므로 ①의 내부자료 또는 ③의 내부자료와 관계없이 ‘기성검사보고서’만으로도 청구주장이 사실임을 알 수 있다.

  (라) 처분청은 월별 공사금액이 거의 매월 동일한 것으로 확인된다는 의견과 관련, 처분청의 현지확인시 청구법인은 처음에는 회차별 공사비 자료를 제공하였고, 처분청이 ‘월별 공사비를 달라’라고 요구하여 ‘월별로는 관리를 하지 않기 때문에 월별 공사비는 없다’라고 답변하였고, 이에 대해 처분청이 ‘그렇다면 월수로 나누어서 달라’라고 하여 단순히 회차별 공사비를 회차 내의 월수로 나누어 표시해 준 것일 뿐으로, 처분청이 수령하였다는 ‘월별 공사비 자료’는 처분청의 의도에 따라 청구법인이 임의로 작성한 것에 지나지 않는다.

 (3) 청구법인은 이 건 심판청구 과정에서 쟁점1기간(2011.12.7.～2011.12.31.)에 수행되었던 공사의 기성금이 3회차가 아닌 4회차에 포함되었고, 쟁점2기간(2012.12.4.～2012.12.31.)에 수행되었던 공사의 기성금은 6회차가 아닌 7회차에 포함되었다는 주장에 대한 증빙자료로 공사일지 등을 아래 <표4> 및 <표5>와 같이 제시하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 제3회차의 ‘OOO제출의 건’ 문서에서 금회 기성기간이 2011.9.1.～2011.12.31.로 명시되어 있고, 이에 대한 감리업체의 기성검사 결과보고서에도 동일한 날짜로 기재되어 있는 등 쟁점기간의 일수에 상당하는 금액은 선급금으로 보아 관련 매입세액을 불공제하였으나, 청구법인이 우리 원에 심판청구 과정에서 쟁점기간의 공사분은 다음 회차의 기성금 청구분에 포함되어 있다는 주장과 함께 공사일지 등의 증빙자료를 제시하였고, 당초 세무조사 과정에서 동 자료의 타당성을 조사한 사실이 없어 이를 처분청에 송부하여 이에 대한 의견을 제시하도록 하였으나, 처분청이 당초 의견 이외에 동 자료에 대한 검토의견을 제시하지 아니하고 있고, 청구법인이 쟁점기간의 공사분이 다음 회차의 기성금에 포함되어 있다는 주장과 함께 쟁점기간 동안의 세부 공사내역 및 공사일지 등의 증빙자료를 제시하고 있는 점 등에 비추어 처분청은 청구법인이 제시하는 증빙자료 등을 추가로 조사하여 쟁점기간 중 수행된 공사가 다음 회차의 기성금에 포함되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.