주 문

1. 피고가 2011. 12. 14. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 532,364,730원, 2010

사업연도 법인세 338,709,300원의 각 부과처분(각 가산세 포함), 2013. 6. 12.에 한

2011 사업연도 법인세 311,719,210원, 2012 사업연도 법인세 304,428,190원의 각

부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 2. 2. ★★ ★구 소재 ★★★ 터널 등의 건설·관리 및 운영을 목적

으로 ★★건설 주식회사(이하 ‘★★건설’이라 한다)가 100% 출자하여 설립된 회사이고,

★★공제회는 ★★공제회법에 의하여 설립된 법인으로 1999. 11. 30. ★★건설로부터

원고의 발행주식 전부 및 영업권 일체를 양수하여 원고의 주주가 되었다.

나. 원고는 ★★★터널 축조공사 민자유치시설사업(이하 ‘★★★터널 사업’이라 이라

한다)의 사업비를 조달하기 위하여 1999. 12. 3. ★★공제회로부터 대출한도액 500억

원(이하 ‘이 사건 차입금’이라 한다)을 이자율 연 13.06%(이하 ‘이 사건 이자율’이라 한

다), 연체이자율 연 25%로 정하여 차용하는 계약을 체결하였다.

다. 피고는 2011. 7.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고가 특수관계자인 ★★

공제회로부터 금전을 시가보다 높은 이자율로 차용하였고 이는 법인세법 제52조의 부당

행위계산부인 대상이라고 보아, 이 사건 이자율로 지급된 이자와 당좌대출이자율(2009

년~2011년 8.5%, 2012년 6.9%)로 계산한 이자의 차액을 손금불산입한 후 원고에게

2011. 12. 14. 2009 사업연도 법인세 532,364,730원, 2010 사업연도 법인세 338,709,300원

을, 2013. 6. 12. 2011 사업연도 법인세 311,719,210원, 2012 사업연도 법인세

304,428,190원을 각 부과하는 처분(이하 위 각 처분을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라

한다)을 하였다.

라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2014. 10. 27.

기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2호증, 제3호증의 1 내지 4의 각

기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 원고의 주장

이 사건 차입금은 ★★★터널 사업의 사업비를 조달하기 위한 것으로 위 사업이

최소운영수입보장(MRG) 방식이기는 하나 최소운영수입이 과소산정될 경우 채무불이행

의 위험이 높고, 만기는 대출약정일을 기준으로 18년에 달하는 초장기이며, 이 사건 차

입금 약정 당시 IMF 구제금융의 신청 및 이에 따른 금융기관 구조조정으로 인하여 자

금조달이 어려운 상황이어서 시장금리가 높았고, 다른 민자사업시행자의 차입이자율도

이 사건 이자율과 비슷한 수준으로 형성되었다. 이 사건 이자율 13.06%는 이와 같은

위험 등을 고려하여 정하여진 적절한 것이고, 피고가 주장하는 당좌대출이자율은 위와

같은 위험 등을 반영하지 아니한 것이어서 이를 이 사건 차입금의 적절한 이자율이라고

볼 수 없다. 따라서 이 사건 차입금이자율의 시가가 당좌대출이자율임을 전제로 한 이

사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) ★★★터널 사업 실시협약의 체결 및 승인

★★건설은 1995. 12. 9. ★★광역시와 ★★★터널 사업 실시협약을 체결하였다.

제1조(목적)

본 협약은 사회간접자본시설에 대한 민간투자법, 동법 시행령, 민간투자사업기본계획 및 ★★★터널

사업 기본계획에 따라 ★★★터널 사업을 시행함에 있어, ★★광역시와 사업시행자간에 필요한 사항

에 대하여 협약함을 목적으로 한다.

이후 ★★건설이 1996. 2. 2. ★★★ 터널 등의 건설, 관리 및 운영을 목적으로 100%

출자하여 원고를 설립하고 ★★광역시에 타인자본 차입이자율을 13.06%로 반영한 총

민간투자비 재무모델이 담긴 실시계획을 제출하였으며, ★★광역시는 1996. 5. 16. 인

천광역시 고시 제1999-78호로 위 실시계획을 승인하였다.

2) 원고의 ★★★ 터널 실시협약 변경신청 및 ★★광역시의 통보

원고는 1999. 10. 15. ★★광역시에게 출자자를 ★★건설에서 ★★공제회로 변경

하는 내용의 변경실시계획서를 제출하면서 실시협약의 변경을 신청하였고, 1999. 11. 3.

★★건설과 ★★공제회 사이에 양수도 가계약이 체결된 후 1999. 11. 19. 변경협약서를

제출하였으며, ★★광역시는 1999. 11. 30. 출자자변경을 조속히 완료하고 그 결과를

즉시 제출할 것을 통보하였다.

3) ★★건설과 ★★공제회 사이의 양수도 계약의 체결 및 이 사건 차입금 약정 체결

★★건설은 1999. 11. 30. ★★공제회에 원고의 발행주식 전부 및 영업권 일체를

양도하는 계약을 체결하였고, 원고는 1999. 12. 3. ★★공제회로부터 이 사건 차입금

500억 원을 이 사건 이자율 연 13.06%로 정하여 차용하는 계약을 체결하였다.

4) ★★★ 터널 변경협약의 체결 및 승인

이후 원고는 2002. 1. 9. ★★광역시와 아래와 같은 내용을 포함한 ★★★터널

사업 변경협약을 체결하였고, ★★광역시는 2002. 3. 21. 위 협약에 따라 작성된 실시

계획을 승인하였다.

제3조(사업시행자의 지정)

★★광역시장은 민간투자법, 동법 시행령 및 본 협약에 따라 원고를 본 사업에 대한 사업시행자로

지정한다.

제5조(무상사용기간)

사업시행자에게 부여되는 무상사용기간은 본 협약에 따라 연장 또는 단축되지 아니하는 한 운영개시

일로부터 20년간으로 하며 동기간 동안 관리운영권이 존속하는 것으로 한다.

제6조(본 사업시설의 귀속)

본 사업시설의 소유권은 관리운영권의 설정과 동시에 ★★광역시에 귀속된다.

제8조(총 민간사업비의 산정)

① 본 협약 체결시 총 민간사업비는 644.87억 원으로 그 내용은 부록1과 같다.

제28조(사업수익율)

본 사업의 사업수익율은 ★★광역시와 사업시행자간에 합의한 세후 실질사업수익률로써 9.62%로 한

다.

제29조(통행료의 징수)

① 사업시행자는 본 협약에 따라 운영기간 동안 본 사업시설을 통행하는 차량들로부터 통행료를 징

수한다.

1999년 2000년 2001년 2002년 2003년

국고채(5년) 8.59% 8.67% 6.21% 6.26% 4.76%

산금채(1년) 7.53% 7.92% 5.55% 5.29% 4.53%

회사채(장외 2년,

AA-)

8.86% 9.35% 7.05% 6.56% 5.43%

금리 변동 시기 이자율(%)

5) 이 사건 차입금 약정 당시의 대출이자율

한편, 이 사건 차입금 약정 당시 국내 시장금리, ★★공제회의 회원대출이자율 및

비특수관계자에 대한 PF 대출이자율, 다른 민자사업시행자의 차입이자율은 아래 [표]

기재와 같다.

[표1] 이 사건 차입금 약정 당시 국내 시장금리

[표2] ★★공제회의 회원대출이자율

1998. 10. 1. 14.00

1999. 2. 11. 12.95

1999. 5. 13. 11.25

2000. 7. 14. 10.50

2002. 1. 1. 8.20

사업 대출시기 대출액(원) 이자율(%)

★★로 5지구 아파트 재건축 사업 2002. 9. 150억 14.3

★★ ★★동 아파트 사업 2002. 11. 600억 14.3

★★동 아파트 재개발사업 2002. 12. 900억 13.7

용인 ★★ ★★하이빌 아파트 신축사업 2003. 800억 13.5

민자사업명 협약시기 이자율(%)

★★신외항 2000. 12. 13.00

★★신항만 2000. 12. 13.25

★★★★간고속도로 2000. 12. 12.40

★★★★순환고속도로 2000. 12. 12.75

대구★★고속도로 2000. 12. 12.00

★★국제공항고속도로 2000. 12. 13.00

★★2순환1구간 2000. 12. 11.20

★★북항1 2001. 8. 12.66

★★북항2 2001. 8. 12.50

[표3] ★★공제회의 비특수관계자에 대한 PF 대출이자율

[표4] 다른 민자사업시행자의 차입이자율

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 각 증거, 갑 제9호증의 1, 2, 제10호증, 제11호증

의 1 내지 4, 제13호증의 1, 2, 제14 내지 17호증, 제19호증, 제22 내지 24호증의 각

기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

법인세법 제52조 제1항은 “내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와

의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정

되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)에 관계없이 그 법

인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고 있고, 제2항은 “부당행위

계산부인은 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에

서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격인 ‘시가’를 기준으로 한다.”고 규정하고

있다. 또한 같은법 시행령 제88조 제1항 제7호는 ‘금전 기타 자산 또는 용역을 시가보

다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’를 부당행위계산의 한 유형

으로 규정하고, 제89조 제3항은 ‘기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율 또는 가중평

균차입이자율’을 금전의 대여 또는 차용시의 시가로 규정하고 있다.

법인세법 제52조 제1항에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자

와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행

령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 ★용함으로써 조세부담을

부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정

하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도

로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경

제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성

유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가

건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부

에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여

야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 참조). 그리고 부당행위계산부인

의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9.

27. 선고 2013두10335 판결 참조).

여기서 부당행위계산의 판단 시기는 그 ‘행위시’를 기준으로 하여야 할 것이고, 따

라서 금전대여 당시 당좌대출이자율 또는 그 이상으로 금전을 대여하여 부당행위계산

부인의 대상이 아니었던 금전대여가 이후 당좌대출이자율이 변동되었다는 사정만으로

부당행위계산 부인의 대상으로 변한다고 하는 것은 불합리하다고 할 것이다(대법원

2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결 등 참조)

위 관계 규정과 앞서 본 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사

실들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 이자율

13.06%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인

것이라고 볼 수 없고, 피고가 제출한 증거만으로는 당좌대출이자율이 이 사건 차입금

이자율의 시가라고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사

건 차입금이자율의 시가가 당좌대출이자율임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하

다.

① ★★건설이 ★★광역시와 ★★★터널 사업 실시협약을 체결한 이후 최초로 ★★광

역시에 제출하여 ★★광역시가 승인한 실시계획에 이미 이자율 13.06%을 기준으로 하

여 예상 민간투자비가 산정·계획(이하 ‘자금조달계획’이라 한다)되어 있었는데, 이 당시

에는 원고가 ★★공제회로부터 차입할 것이 예정되어 있지도 아니하였다.

② 이후 ★★건설과 ★★공제회 사이의 양수도 가계약이 체결되고 원고가 ★★공제회

로부터 이 사건 차입금을 차입하기로 논의할 무렵인 1999년 10월~11월경 위 자금조달

계획과 같이 이 사건 차입금을 연 13.06%로 차입하기로 논의되고 있었는데, 그 당시에

는 아직 원고와 ★★공제회 사이에 특수관계가 존재하지도 아니하였다.

③ 또한 이 사건 차입금 약정 당시 IMF 구제금융의 신청 및 이에 따른 금융기관 구조

조정으로 인하여 자금조달이 어려운 상황이어서 국내 시장금리 상당히 높게 형성되어

있었고, 이후 시장금리가 하락하기는 하였으나 이와 같이 시장금리가 하락하리라는 점

을 당시로서는 예측하기가 어려웠다. 따라서 변동금리가 아닌 고정금리로 이 사건 차

입금 약정을 하였다고 하더라도 불합리하게 차입금 약정을 하였다고 볼 수 없다.

④ ★★공제회가 회원에게 대출한 경우의 이자율은 일반적으로 비회원에게 대출한 경

우보다 낮다고 할 것인데, 1998년~2000년 사이의 이자율을 비교해보았을 때 이 사건

이자율 13.06%보다 약간 낮거나 비슷한 수준으로 이자율이 형성되어 있었다.

⑤ ★★공제회가 비특수관계자에 대하여 PF 대출한 경우의 이자율은 이 사건 이자율

보다 약간 높거나 비슷한 수준으로 이자율이 형성되어 있어 특수관계자인 원고에게

PF 대출한 경우와 이자율이 별반 다르지 않았다.

⑥ 그리고 다른 민간투자사업의 경우를 보더라도 이자율은 이 사건 이자율과 거의 비

슷한 수준이어서 이 사건 이자율이 다른 민간투자사업의 경우와 비교하여 적정하지 않

다고 볼 수도 없다.

⑦ ★★광역시는 2002. 3. 21. ★★공제회를 출자자로 하고, 이자율 13.06%을 기준으로

하여 예상 민간투자비를 산정한 실시계획을 최종적으로 승인하였다.

⑧ 피고가 이 사건 이자율의 시가로 본 당좌대출이자율은 2009년 내지 2012년의 것으

로서 이 사건 이자율의 약정당시의 것이 아니고 그 시점의 차이가 10여년이나 되므로

피고의 이러한 입장은 행위시인 약정당시를 기준으로 부당행위계산의 해당여부를 판단하는 기본법리에 반한다.

⑨ 더구나 피고가 시가로 본 당좌대출이자율은 일반적으로 단기 대출에 적용되는 것인

반면 이 사건 차입금은 만기가 18년 후인 장기 대출인바, 당좌대출이자율은 이 사건

차입금 거래의 만기프리미엄을 전혀 반영하지 못하였으며, 또한 이 사건 차입금은 문

학산터널 사업의 사업비 조달을 위한 것인데, ★★★터널 운영수입이 예상대로 발생하

지 않을 가능성을 완전히 배제하기 어려움에도 당좌대출이자율에는 이에 따른 위험프

리미엄도 반영되지 아니하였다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이

판결한다.