주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1주당 순손익가치(A) 1주당 순자산가치(B) 이 사건 주식 1주당 평가액(A×3+B×2)/5

피고가 2012. 12. 3. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세(가산세포함)

2,648,095,120원의 부과처분 중 1,440,289,870원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고(2004. 9. 9. 주식회사 00오토라는 상호로 설립되어 2005. 6. 10. 현재의

명칭으로 상호가 변경되었다)는 자동차부품 제조 및 판매업을 영위하는 회사이다.

나. 자동차부품 사업 등을 영위하고 있던 구 주식회사 AAAA(이하 ‘분할 전

회사’이라 한다)는 2009. 1. 2. CC자동차부품 사업부를 물적분할하여 신 주식회사 AAAA(이하 ‘AAAA’라 한다)를, BB자동차부품 사업부를 물적분할하여 주

식회사 RR시스템코리아(이하 ‘RR시스템’이라 한다)를 설립하고, 상호를 주식회사 AAAA홀딩스(이하 ‘홀딩스’라 한다)로 변경하여 지주회사로 존속하였다.

다. 원고는 2009. 9. 25. 원고의 대표이사인 000의 아버지로서 원고와 특수관계자

에 해당하는 000로부터 홀딩스의 주식 10,000주(지분율 25%, 이하 ‘이 사건 주식’이

라 한다)를 증여받고, 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기

전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세

법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법

시행령’이라 한다) 제54조, 제56조 제1항 제1호에 따라 이 사건 주식의 1주당 가액을

아래와 같이 1,146,692원으로 평가하여 11,466,920,000원(=1,146,692원 × 10,000주)을

원고의 자산수증이익으로 계상하여 법인세를 신고납부하였다.

회사명 순자산가액 배분비율

홀딩스 8,124,402,350원 15.97%

AAAA 27,759,780,861원 54.56%

RR시스템 14,991,221,959원 29.47%

합계 50,875,405,170원 100%

구분 2006 2007 2008

○ 분할 전 회사의 순자산가액비율 산정

○ 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산정

312,390원 2,398,147원 1,146,692원

라. 원고는 이 사건 주식의 1주당 가액을 평가하면서, 구 상속세 및 증여세법 시행규

칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행규

칙’이라 한다) 제10조의2 제1항에 따라 분할 전 회사의 2006, 2007, 2008년도의 순손

익액을 홀딩스, AAAA, RR시스템의 분할 당시의 순자산가액 비율로 안분하여

이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 산정하였는데, 원고는 홀딩스의 순자산가액에 홀

딩스의 소유자산 중 지분법적용투자주식1)인 AAAABB(CC) 유한공사2)의

주식(이하 ‘BBBB’이라 한다)의 평가가액 33,841,409,121원을 제외한 후 홀딩스, AAAA,

RR시스템의 분할 당시의 순자산가액 비율을 정하여 이 사건 주식의 1주

당 순손익가치를 산정하였다. 원고가 산정한 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산정

방법은 다음과 같다.

1) 지분법적용투자주식이란 주식 중 다른 회사에 중대한 영향력을 행사할 수 있는 주식을 말하며, 지분법으로 평가된다. 보통 다

른 회사에 20% 이상을 투자한 경우, 20% 미만을 투자했어도 중대한 영향력을 행사할 수 있는 경우를 지분법 적용투자로 분류한다.

2) 홀딩스가 지분 100%를 보유한 BB 현지법인이다.

분할 전 회사의 분할

전 순손익액

5,500,252,927원 7,832,452,122원 8,595,027,603원

순자산가액비율 배분

순손익액

878,347,163원 1,250,781,044원 1,372,558,355원

각 사업연도 월수 12 12 12

연 단위 환산

순손익액

878,347,163원 1,250,781,044원 1,372,558,355원

사업연도말 주식 수 40,000 40,000 40,000

1주당 순손익액 21,958원 31,269원 34,313원

가중치 1 2 3

1주당 순손익액의

가중평균액

31,239원

할인율 10%

1주당 순손익가치 312,390원

명칭 금액

현금 6억 원

단기대여금 141억 원

미수금 37억 원

지분법적용투자주식 937억 원

기타 21억 원

총 자산 1,142억 원

부채 183억 원

순자산가액 합계(=총 자산 - 부채) 959억 원

1주당 순자산가치

(=순자산가액 합계 ÷ 40,000주)

2,398,147원

○ 이 사건 주식의 1주당 순자산가치의 산정

마. SS지방국세청장은 2012. 5.경부터 2012. 9.경까지 원고에 대한 법인세 통합조

사를 실시한 후, 원고가 홀딩스의 분할 당시의 순자산가액에 홀딩스의 소유자산 중 BB

주식의 평가가액 33,841,409,121원을 제외한 채 분할 전 회사의 순손익액을 안분한

것은 잘못되었다고 판단한 후, BB주식의 평가가액을 포함한 홀딩스의 순자산가액을

기준으로 이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 969,060원으로 다시 산정하여 이 사건

1주당 순손익가치(A) 1주당 순자산가치(B) 이 사건 주식 1주당 평가액(A×3+B×2)/5

969,060원 2,398,147원 1,540,694원

회사명 순자산가액 배분비율

홀딩스 41,965,811,471원 49.54%

AAAA 27,759,780,861원 32.77%

RR시스템 14,991,221,959원 17.70%

합계 84,716,814,291원 100%

구분 2006 2007 2008

분할 전 회사의 분할

전 순손익액

5,500,252,927원 7,832,452,122원 8,595,027,603원

순자산가액비율 배분

순손익액

2,724,637,125원 3,879,928,817원 4,257,682,620원

각 사업연도 월수 12 12 12

○ 분할 전 회사의 순자산가액비율 산정

○ 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산정

주식의 가액을 아래와 같이 1주당 1,540,694원으로 평가하고, 이 사건 주식의 자산수증

이익 과소계상분 3,940,020,000원(=15,406,940,000원 - 11,466,920,000원)을 익금에 산

입하여, 2012. 12. 3. 원고에 대하여 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 2,648,095,120

원을 경정․고지하였다[위 부과처분 2,648,095,120원 중 이 사건과 관련하여 부과된 금

액은 1,207,805,250원(본세 866,804,400원 + 가산세 341,000,850원)이고, 이하 위 부과

처분 중 피고가 이 사건과 관련하여 부과한 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다)].

바. 이 사건 처분을 함에 있어 피고가 행한 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산

정방법은 다음과 같다.

연 단위 환산

순손익액

2,724,637,125원 3,879,928,817원 4,257,682,620원

사업연도말 주식 수 40,000 40,000 40,000

1주당 순손익액 68,115원 96,998원 106,442원

가중치 1 2 3

1주당 순손익액의

가중평균액

96,906원

할인율 10%

1주당 순손익가치 969,060원

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 3. 4. 조세심판원에 조세심판을 청구하였

으나, 조세심판원은 2014. 5. 15. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 4, 7호증(가지번호 있는 것은

각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 관계법령

가. 원고의 주장

원고는, 피고의 이 사건 처분은 다음과 같은 점에서 위법하고, 구 상증세법 시행령

에서 마련한 보충적 평가방법 중의 하나인 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호에

서 정한 추정이익을 근거로 이 사건 주식의 순손익가치를 다시 산정하여 이 사건 주식

의 가액이 평가되어야 한다는 취지로 주장한다.

1) 피고의 이 사건 주식가액의 평가방법은 구 상증세법이 마련한 보충적 평가방법

의 준용이 아님

원고가 취득한 이 사건 주식은 분할 전 회사로부터 AAAA와 RR시스템이 2009. 1. 2.

물적분할된 후 존속한 법인인 홀딩스의 주식으로, 이 사건 주식가액에 대한 평가방법

으로 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 후단, 같은 법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3

호의 규정(당해법인이 평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평

가기준일까지의 기간 중 분할을 한 경우)에 의하여 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1

호의 보충적 평가방법을 그대로 적용할 수 없고, 같은 법이 마련한 보충적 평가방법을

준용하여 그 주식가치를 가장 잘 반영할 수 있는 객관적이고 합리적인 방법을 준용하

여 산정하여야 한다.

그런데, 피고와 같이 분할 전 회사의 순손익액을 분할 후의 존속법인인 홀딩스,

분할신설법인인 AAAA, RR시스템의 분할 당시의 순자산가액비율로 각 안분하

여 홀딩스의 순손익액을 계산한 것은 구 상증세법 시행규칙 제10조의2 제1항을 유추

적용한 것으로, 이러한 평가방법은 구 상증세법에서 마련한 보충적 평가방법의 준용이

라 할 수 없고, 구 상증세법령상 아무런 근거가 없는 평가방법이다.

2) 홀딩스의 순손익액을 계산할 때 북경주식을 자산가액에 포함시키는 것은 객관

적이고 합리적인 평가방법으로 볼 수 없음

피고와 같이 분할 전 회사의 순손익액을 분할 후의 존속회사인 홀딩스, 분할신

설회사인 AAAA, RR시스템의 분할 당시의 순자산가액비율로 각 안분하여 홀

딩스의 순손익가치를 계산하면서 홀딩스의 순자산가액에 지분법적용투자주식으로서 분

할 전 회사의 최근 3년간(2006년~2008년)의 순손익액과 전혀 무관한 자산인 북경주식

을 포함시켜 이 사건 주식의 가액을 평가한 것은 손익 배분의 왜곡이 발생되므로 위와

같은 평가방법은 객관적이고 합리적인 평가방법으로 볼 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법여부

가. 관련 법리

구 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목은 비상장주식의 평가는 당해 법인의 자산

및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다고 규정하고 있다.

이러한 법률의 위임에 따라 같은 법 시행령 제54조 제1항은 비상장주식은 1주당 순손

익가치와 순자산가치를 3:2의 비율로 가중평균한 가액에 의하고, 1주당 순손익가치는 1

주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 국세청장이 정한 순손익가치 환원율을 적

용하여 산정한 가액이라고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제56조 제1항 전단, 제1호는 1

주당 최근 3년간의 순손익액은 평가기준일 이전 1년, 2년, 3년이 되는 각 사업연도의 1

주당 순손익액을 3:2:1로 가중평균한 가액(제1호 가액)에 의하고, 같은 조 제1항 후단,

제2호는 제1호의 가액에 의하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령이 정하는 경우에

는 기획재정부령이 정하는 신용평가전문기관 또는 공인회계사법에 의한 회계법인 중 2

이상의 신용평가전문기관 또는 회계법인이 기획재정부령이 정하는 기준에 따라 산출한

1주당 추정이익의 평균가액(제2호 가액)에 의하되 납세의무자가 증여세과세표준신고의

기한 내에 이를 신고한 경우에 한하는 것으로 정하고 있다. 이러한 시행령의 위임에

따라 같은 법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호는 평가기준일전 3년이 되는 날이 속하

는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병․분할․증자 또는 감자를 하

였거나 주요업종이 바뀐 경우 제2호 가액으로 할 수 있다고 정하고 있다.

따라서 같은 법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호에 규정된 사유가 있다면, 특별한

사정이 없는 한 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호에서 정한 ‘1주당 최근 3년간의 순

손익액의 가중평균액’(제1호 가액)을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없고, 나아

가 같은 항 제2호에서 정한 가액(제2호 가액)이 산정되지 아니하였다거나 제2호 가액

이 적용될 수 있는 요건을 갖추지 못하여 제2호 가액을 적용할 수 없는 경우라 하더라

도 제1호 가액에 의하는 것이 불합리한 이상 마찬가지라 할 것이며, 이러한 경우에는

순자산가치만에 의하여 평가할 수 있도록 한 같은 법 시행령 제54조 제4항의 방법 등

상증세법이 마련한 보충적 평가방법 중에서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평

가할 수 있을 것이다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두31253 판결 등 참조).

나. 판단

1) 피고의 이 사건 주식가액의 평가방법이 적법한지

이 사건 주식의 평가기준일은 이 사건 주식의 취득일인 2009. 9. 25.인데, 그 전

3년이 되는 날(2006. 9. 25.)로부터 평가기준일(2009. 9. 25.)까지의 기간 중인 2009. 1.

2. 분할 전 회사로부터 AAAA, RR시스템이 분할되고 분할 전 회사가 상호변경

하여 홀딩스로 존속한 사실, 피고가 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제1호, 같은 법

시행규칙 제10조의2 제1항에 따라 홀딩스가 보유한 북경주식의 평가액을 홀딩스의 순

자산가액에 포함시켜 홀딩스의 순자산가액을 정하고, 이를 기준으로 분할 전 회사의

순손익을 홀딩스, AAAA, RR시스템의 순자산가액 비율로 안분하여 홀딩스의 1

주당 순손익가치를 산정한 후, 이를 순자산가치와 3:2의 비율로 가중평균하여, 1주당

가액을 1,540,694원으로 산정한 사실은 앞에서 본 바와 같고, 원고가 증여세 과세표준

신고의 기한 내에 증여세 신고를 하거나 1주당 추정이익의 평균가액을 신고한 적은 없

는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

위 사실관계를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 보면, 홀딩스는 구 상증세법 시

행규칙 제17조의3 제1항 제3호가 규정한 ‘평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업

연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 분할한 경우’에 해당하므로 홀딩스의 주식

1주당 순손익가치를 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액을 기초로 산정하는

것은 위법하고, 나아가 피고가 물적분할 전의 순손익액을 분할 전 회사 전체의 순손익

액 중 분할 전 회사 전체의 순자산에서 홀딩스로 이전된 사업부문의 순자산이 차지하

는 비율에 따라 산출한 것은 아무런 법적 근거가 없을 뿐만 아니라(피고가 제시하고

있는 국세청 예규는 행정관청 내부의 지침에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 법규

적 효력이 있다고 볼 수 없다) 사업부문의 수익이 자산비율로 발생하는 것이 아니므로

합리성이 있다고 보기도 어려우므로, 위 가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정한 것

도 위법하다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두39203 판결, 대법원 2012. 4. 26. 선고

2010두26988 판결 등 참조).

따라서 피고가 이 사건 주식의 가액을 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호에서

정한 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 기초로 산정한 것은 위법하다 할

것이다.

2) 정당한 세액의 계산

가) 관련 법리

과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분

에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것

이므로, 과세관청이 과세표준과 세액의 산출․결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이

위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지

아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라

면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것이 아니다(대법

원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등 참조).

나) 판단

(1) 앞에서 본 바와 같이 피고가 이 사건 주식의 가액을 같은 법 시행령 제56

조 제1항 제1호의 가액을 기초로 1주당 1,540,695원으로 산정하고, 이 사건 주식의 자

산수증이익 과소계상분 3,940,020,000원을 익금에 산입하여 이 사건 처분을 한 것은

위법하나, 이 사건 주식의 정당한 평가가액이 1주당 1,540,695원을 초과한다면, 피고의

이 사건 처분은 정당세액 범위 내에서 이루어진 것으로서 이를 취소할 수 없다 할 것

이다.

(2) 그러므로 살피건대, 앞에서 본 법리에 의하면, 같은 법 시행규칙 제17조의3

제1항 각 호에 규정된 사유가 존재하여 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호에서 정한

가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없거나 같은 항 제2호에서 정한 가액이

적용될 수 있는 요건을 갖추지 못하여 제2호 가액을 적용할 수 없는 경우에는 순자산

가치만에 의하여 평가할 수 있도록 한 같은 법 시행령 제54조 제4항의 방법 등 상증세

법이 마련한 보충적 평가방법 중에서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평가할 수

있다고 할 것이므로(위 대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두31253 판결 등 참조), 이 사

건 주식의 평가기준일 당시의 가액은 구 상증세법령에 규정된 보충적인 평가방법 중에

서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평가할 수밖에 없다고 할 것이다.

그런데, 앞에서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같

은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 주식의 평가기준일 당시의 가액은 구 상증세법

시행령 제54조 제4항에 따라 평가기준일 당시 홀딩스의 순자산가액을 홀딩스의 발행주

식총수로 나누는 방법, 즉 순자산가치만에 의하여 평가하도록 하는 방법에 따라 평가

하여야 한다고 봄이 상당하다.

① 구 상증세법에서는 비상장주식의 평가방법으로, ㉠ 같은 법 시행령 제54조

제1항, 제56조 제1항 제1호, 제2호에 따라 비상장법인의 1주당 순손익가치와 1주당 순

자산가치를 가중평균한 가액에 의하여 평가하는 방법, ㉡ 같은 법 시행령 제54조 제4

항에 따라 당해법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나누는 방법으로 평가기준일 현재

비상장법인의 순자산가치만을 산출하여 평가하는 방법, ㉢ 같은 법 시행령 제56조의2

에 따라 당해 법인의 자산․매출규모 및 사업의 영위기간 등을 감안하여 동종의 업종

을 영위하고 있는 다른 법인(주권상장법인 등)의 주식가액과 비교할 때 같은 법 시행

령 제54조 내지 제56조의 규정에 의하여 평가하는 것이 불합리하다고 인정되는 중소

기업기본법 제2조에 의한 중소기업이 증여세 과세표준신고기한 만료 70일전까지 평가

심의위원회에 비상장주식의 평가를 신청하는 경우 평가심의위원회가 제시하는 평가가

액에 의하거나 동 위원회가 제시하는 평가방법 등을 감안하여 계산한 평가가액에 의할

수 있는 평가방법을 각 규정하고 있다.

② ㉠ 앞에서 본 바와 같이 이 사건에서 이 사건 주식의 순손익가치를 피고와

같이 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액인 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의

가중평균액’을 기초로 이 사건 주식의 가액을 산정하는 것은 위법하고, ㉡ 원고가 증여

세 과세표준신고의 기한 내에 증여세 신고를 하거나 1주당 추정이익의 평균가액을 신

고한 적은 없으므로, 같은 법 시행령 제56조 제1항 제2호의 1주당 추정이익의 평균가

액을 순손익액으로 하여 이 사건 주식의 가액을 산정할 수도 없으며, ㉢ 원고가 증여

세 과세표준신고의 기한 만료 70일전까지 평가심의위원회에 비상장주식의 평가를 신청

하였음을 인정할 자료도 없으므로, 같은 법 시행령 제56조의2에 의하여 이 사건 주식

의 가액을 산정할 수도 없다.

③ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18177호로 개정

되어 2004. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제54조 제1항에서 비상장주식의 평가방법에 대하

여 원칙적으로 순손익가치에 의하되, 순손익가치가 순자산가치보다 작은 경우에는 순

자산가치에 의한다고 규정하였다가 2003. 12. 30. 대통령령 제18177호로 구 상증세법

시행령 규정과 같이 순손익가치와 순자산가치를 가중산술평균한 가액으로 평가하는 취

지로 개정되었는바, 이 사건과 같이 홀딩스의 순손익가치를 산정할 수 없는 경우 이

사건 주식의 가액을 평가기준일 당시 홀딩스의 순자산가치에 의하여 산정한다고 하더

라도 그 방식이 특별히 불합리하다고 볼 수 없다 할 것이다.

(3) 결국 이 사건 주식의 평가기준일 당시의 가액은 구 상증세법 시행령 제54

조 제4항에 따라 이 사건 주식의 1주당 순자산가치가 된다 할 것이고, 홀딩스의 평가

기준일 당시의 홀딩스의 순자산가액이 약 959억 원이고, 홀딩스의 발행주식총수가

40,000주로서 평가기준일 당시 이 사건 주식의 1주당 순자산가치가 2,398,147원(≒959

억 / 40,000주)인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 위 가액이 피고가 산정한 이 사

건 주식의 1주당 가액인 1,540,695원을 초과함은 계산상 명백하다.

따라서 이 사건 처분은 이 사건 주식가액의 평가방법의 선택을 잘못한 위법

이 있으나, 원고에게 부과고지된 세액이 원고가 부담하여야 할 정당한 세액의 범위를

넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것도 아

니므로 위와 같은 위법이 있다 하여 이를 취소할 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.