주 문
OO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 2013년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 가산세 OOO원을 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO에서 농산물 도․소매업을 영위하는 법인사업자로, OOO의 농산물산지유통센터(Agricultural Products Processing Center, 이하 “OOO"라 한다) 건립지원사업 대상자로 선정되어 OOO 내 OOO(지하1층, 지상 2층, 연면적 4,002.87㎡) 건축공사 중 2013년 제1기 과세기간 부가가치세 신고시 과세사업에 사용예정한 공사비(공급가액 OOO원)의 매입세액 OOO원과 공통매입금액(공급가액 OOO원)의 예정사용 면적비율OOO에 따라 안분계산한 매입세액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하고 부가가치세를 신고하였다.
나. 처분청은 OOO 사업계획서 및 보조금 지급세부내역을 검토한 결과, OOO는 고유목적사업(농산물 선별 및 포장) 외의 용도로 사용할 수 없도록 제한되어 있다고 보아 건축공사 관련 공사비 전액을 면세사업 관련 매입으로 판단하여 쟁점매입세액을 불공제하고 OOO 청구법인에게 2013년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
「부가가치세법」상 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용될 것으로 예정된 매입세액에 대해서는 공급가액비율 등으로 안분하되 건물신축의 경우 예정사용면적비율로 안분계산하고 실제 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고시 이를 정산하도록 규정하고 있는바, 공통매입세액을 안분하는 것은 과세 및 면세비율이 신축당시와 정산시점에 다를 수 있음을 예정하고 있는 제도이므로 당초 안분계산한 쟁점매입세액 공제액이 확정시점에 정산하는 매입세액공제액 보다 많아 추가로 납부할 세액이 발생하더라도 가산세를 부과하지 않도록 하고 있다.
처분청은 청구법인의 2013년 제1기 과세기간 부가가치세 확정신고에 대한 조사과정에서 OOO 담당자의 ‘OOO 건립 관련 건축물에서 과세사업의 운영이 불가하다’는 답변만 듣고 OOO관련 매입세액 전액을 면세사업으로 보아 환급신청을 거부하였으나, OOO는 농산물 선별․세척․포장․보관이라는 과세사업(이하 “원재료농산물처리용역”이라 한다)과 농산물유통이라는 면세사업에 공통으로 사용될 예정이었고, OOO 건립 이후 발생한 매출구성을 보면 면세 및 과세매출 모두 발생되었으므로 예정사용면적을 기준으로 안분계산하고 건물이 완공되어 실제 면적이 확정되면 매입세액을 정산해야하는 것이다.
OOO내에서 원재료농산물처리용역을 제공할 수 있는지 여부를 국민신문고를 통하여 농림축산식품부에 질의한 결과 ‘수수료를 받고 농산물을 세척․선별 등의 처리를 해주는 경우는 동 사업목적에 위해 된다고 보이지 않는다’는 회신을 받았는바, 청구법인은 농림축산식품부장관의 승인을 받을 필요없이 과세사업인 원재료농산물처리용역을 제공할 수 있는 것이다.
처분청의 매입세액공제 규모는 별론으로 하더라도 OOO건립 중 공통매입세액을 예정면적 기준으로 안분한 후 실제 면적이 확정될 때 가산세 없이 공통매입세액을 정산하는 것이므로 처분청이 정산시기가 도래하기도 전에 청구법인이 신고한 공통매입세액안분계산을 부인하고 가산세를 부과한 처분은 부당하다.
나. 처분청의견
청구법인의 OOO는 현대화된 산지유통시설을 설립하고 농업생산자의 소득증대에 기여하기 위해 OOO의 국고보조금을 일부 지원받아 설치된 것으로, OOO 사업계획서 및 보조금지급 세부내역을 살펴보면 보조금 지급대상은 건물공사비, 집하‧선별‧포장장비, 저온창고 및 선별포장장비 등으로 보조금이 지원되는 건물공사비 및 설비투자는 OOO 고유사업 외의 용도로 사용할 수 없도록 제한되어 있고 용도변경시 보조금 교부결정을 취소하도록 되어 있으나, 청구법인은 과세사업인 임가공용역을 하는 등 보조금을 변칙적으로 사용하고 부가가가치세 환급을 신청하였다.
청구법인은 과세 및 면세사업을 영위할 계획에 있으므로 안분계산하여 신고한 것은 정당하다는 주장이나, 청구법인의 2013년 제1기 과세기간 부가가치세 신고는 고유목적사업인 면세사업과 관련된 냉동설비기계의 매입에 따른 환급신청으로 처분청의 현장확인 당시 불분명한 예정사용면적에 따라 매입세액을 안분계산하였고 청구법인의 농림축산식품부의 질의회신 내용은 일반적인 사항에 대한 답변일 뿐으로 이 건 처분과는 관련이 없는 사항이다.
청구법인이 OOO내에서 제공하는 원재료농산물처리용역 등 부가가치세가 과세되는 용역을 추후 제공한 것은 처분청이 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분과는 관계가 없다.
OOO 사업계획서상 채소 및 과일류의 선별포장과 유통․위생․저온저장 시설물의 신축은 면세관련 사업으로 청구법인의 부가가치세 환급신청 당시 건축물 및 설비가 완료되지 않았더라도 면세사업에 사용될 것으로 예상할 수 있는 상황에서 OOO 건립과 관련하여 발생한 매입세액 전액을 면세사업 관련 매입세액으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
처분청이 OOO 건립과 관련하여 추후 일부 매입세액공제를 인정하면서 가산세를 부과한 처분의 당부
나. 관련법령
(1) 부가가치세법(2013.7.1. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)
제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1. 가공되지 아니한 식료품{식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다} 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것
제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
(2) 부가가치세법 시행령(2013.7.1. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)
제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
공통매입세액 × 면세공급가액
면세사업에 관련된 매입세액 ＝ -----------------------------
총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
(3) 보조금 관리에 관한 법률
제22조【용도 외 사용 금지】① 보조사업자는 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분에 따라 선량한 관리자의 주의로 성실히 그 보조사업을 수행하여야 하며 그 보조금을 다른 용도에 사용하여서는 아니 된다.
(4) 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률
제51조【농수산물산지유통센터의 설치ㆍ운영 등】① 국가나 지방자치단체는 농수산물의 선별ㆍ포장ㆍ규격출하ㆍ가공ㆍ판매 등을 촉진하기 위하여 농수산물산지유통센터를 설치하여 운영하거나 이를 설치하려는 자에게 부지 확보 또는 시설물 설치 등에 필요한 지원을 할 수 있다.
다. 사실관계 및 판단
(1) OOO의 보조금교부결정서를 보면 청구법인의 OOO 건립지원사업에 OOO원의 보조금을 지원하기로 결정하였고, 청구법인은 OOO 설계도면에 기초하여 전체면적OOO 중 지하 냉동창고OOO, 지상 냉장창고OOO 및 지하 냉동피킹장소OOO 면적OOO을 과세면적으로 보아 예정과세사용면적을 OOO로 하여 설계용역 등에 대한 매입세액을 안분계산하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하고 2013년 제1기 부가가치세를 신고하였으며 그 세부내역은 아래 <표1>과 같다.
<표1>
(2) 처분청의 2013년 제1기 부가가치세 확정신고 조기환급 현장확인검토서 등에 의하면, OOO의 고유목적사업이 부가가치세가 면제되는 수익사업으로 보아 저온저장시설 시설투자(공급가액 OOO원)에 대한 매입세액 OOO원과 시설투자(공급가액 OOO원)에 대해 예정사용면적으로 안분계산한 공통매입세액 OOO원을 매출세액에서 불공제하고 아래 <표2>와 같이 2013년 제1기 부가가치세를 경정․고지한 것으로 나타난다.
<표2>
(3) OOO의 OOO 건립지원사업 추진계획서를 보면 보조금의 사용용도로 토목공사(부지내 기반공사 및 부대설비공사 등), 건축공사(집하장, 선별장, 포장장 및 저온냉장고 등), 선별 및 포장 시설․장비류 설치공사 등에 사용될 수 있다고 되어 있고, 보조금교부결정서상 보조사업의 목적은 산지농산물의 규격화 및 상품화를 위해 필요한 집하․선별․포장․저장․출하 등의 기능을 수행하는 복합시설건립을 지원하는 것으로 되어 있다.
(4) 청구법인이 입증자료로 제출한 OOO 답변내용에 의하면, OOO내 용역제공범위와 관련한 문의사항에 대해 농림축산식품부 담당자는 OOO시설은 농산물을 규격화 및 상품화를 위해 필요한 집하, 선별, 포장, 저장 및 출하 등의 기능을 수행하는 시설이고 수수료를 받고 농산물을 세척․선별 등의 처리를 해주는 경우는 동 사업목적에 위배되지 않는다고 답변하였고, OOO가 청구법인에게 OOO 회신한 공문에 따르면 OOO내 식품원재료 처리용역제공과 관련하여 수수료를 받고 농산물을 세척․선별 등의 처리를 해주는 경우는 동 사업목적에 위배된다고 보이지 않는다고 답변한 것으로 되어 있다.
(5) 처분청의 2014년 제1기 부가가치세 확정신고 조기환급 현장확인검토서 등에 의하면, OOO와 관련하여 과세전용인 전처리실은 연면적 대비 전처리실 면적으로 안분하여 매입세액을 공제하고 면세전용인 소분장은 연면적 대비 소분장 면적으로 안분하여 매입세액 불공제하였으며, 공통사용면적은 총 공급가액 비율에 의해 안분하여 정산하고 냉장설비 등의 매입세액 정산과 관련하여 전처리실에 전용되는 커터키, 소독기 등은 매입세액을 공제하였으며 그 외 냉장설비 등은 총 공급가액 비율로 안분하여 청구법인이 정산한 것으로 확인한 후 처분청은 그 신고내용이 적정한 것으로 판단하였고, 2013년 제1기～2014년 제1기 과세기간 공통매입세액에 대해 면세공급가액 비율을 OOO로 보아 안분계산하여 매입세액 공제를 인정하면서 쟁점매입세액 중 OOO원의 매입세액을 매출세액에서 공제한 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO내에서 면세사업만 가능하다고 주장하면서도 OOO 건립 후 2013년 제1기 부가가치세 신고분에 대해 일부를 과세사업으로 보아 매입세액 공제를 인정하였고, OOO의 사업계획서 및 OOO의 회신공문 등에서 청구법인에게 OOO내 과세사업을 영위할 수 있다고 답변한 점,「부가가치세법 시행령」제61조 제4항에서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적의 비율로 매입세액을 안분계산하도록 규정하고 있고 청구법인은 설계도면에 기초하여 과세사업과 면세사업 관련 예정사용면적을 산정한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 OOO 건립과 관련하여 쟁점매입세액 중 일부 매입세액의 공제를 인정하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.