심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.2.28. 자녀 OOO에게 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 부담부증여하고, 2007.4.19. ｢조세특례제한법｣ 제99조의3에 따라 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면세액 OOO적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면세액을 OOO하여 2012.7.1. 청구인에게 쟁점아파트의 양도에 따른 2007년 귀속 양도소득세 OOO경정·고지하였다.

다. 청구인은 대법원 판결(2014.12.11. 선고 2013두2273 판결)에서 「국세기본법」제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보아 2015.6.8. 기납부한 2007년 귀속 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 경정청구기간이 도과하였다는 이유로 2015.8.31. 청구인의 위 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2015.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인은 쟁점아파트를 부담부증여하면서 양도소득세 신고시 쟁점아파트가 준공 후 5년이 경과되었으므로 감면세액을 ‘전체 양도소득×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가–취득시의 기준시가)÷(양도시의 기준시가–취득시의 기준시가)’의 방법으로 계산하였으나, 처분청은 2012년 7월 청구인에 대한 경정․고지시 쟁점아파트의 감면세액을 ‘쟁점아파트 신축 후 양도소득×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가–취득시의 기준시가)÷(양도시의 기준시가–취득시의 기준시가)’의 방법으로 하였다. 그러나, 대법원 판례에서 양도소득세 감면세액 계산시 기준소득을 ‘전체 양도소득’으로 하여야 한다고 판결하였으므로 처분청에서 이 건에 대해 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 이 건의 쟁점은 유사 사건의 대법원 판결이 청구인의 양도소득세 환급을 구하는 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부에 관한 것인바, ｢국세기본법｣ 제45조의2 제2항 제1호에 의하여 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 그 확정된 것을 안 날로부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 동 규정에서 ‘판결’이란 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서, 그로 말미암아 해당 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하며, 그 영향은 해당 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아닌 점에 비추어 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인의 경정청구가 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 (2) 국세기본법 시행령

  제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고․결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고․결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고․결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

 (3) 조세특례제한법

  제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 : 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 쟁점아파트를 양도하고 감면세액을 OOO하여 2007년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 쟁점아파트의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 쟁점아파트의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 다음 <표1>과 같이 감면세액을 OOO하여 2012.7.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO경정·고지한 것으로 결의서 등 심리자료에 나타난다.

 (2) 청구인은 신축주택 감면에 관련한 국세청의 계산방식에 대해 다른 판결을 한 대법원 판례에 따른 경정청구라는 취지로 2015.6.8. 처분청에 경정청구한 것으로 경정청구서에 나타난다.

 (3) 청구인은 관련 판결문(대법원 2014.12.11. 선고 2013두2273 판결)을 제출하였고, 청구인은 해당 판결의 당사자가 아닌 것으로 나타난다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인이 제출한 대법원 판결이 이 건의 후발적 경정청구사유에 해당하므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 후발적 경정청구사유와 관련하여 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서 ‘과세표준신고서를 법정 신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자’라 함은 당해 판결서상 소송당사자에 국한되는 것으로 해석함이 타당하다 할 것(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인이 제출한 판결의 당사자는 청구인이 아니어서 후발적 경정청구사유에 해당하지 아니하는 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.