[주 문]

OOO장이 청구법인에게 한 2011년 제1기～2012년 제1기 부가가치세 합계 OOO의 각 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은「방위사업법」에 따라 방산업체로 지정된 업체로서 군함 등 특수선을 건조하는 등「조세특례제한법」제105조 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세 영세율을 적용받는 사업자이다.

나. 청구법인의 협력업체들은 특수선 건조와 관련하여 임가공용역을 제공하면서 부가가치세 영세율을 적용받아 왔으나, 국내함정 등 제작에 투입된 임가공용역의 경우 영세율 적용대상이 아님에도 영세율을 적용한 사실을 확인하고, 일반세율OOO을 적용한 수정세금계산서를 청구법인에게 발행․교부한 후 부가가치세를 수정신고하였고, 이에 따라 청구법인도 2014.7.22. 교부받은 수정세금계산서의 매입세액을 공제하여 달라는 취지로 2009년 제1기～2014년 제1기 과세기간의 부가가치세 합계 OOO원에 대한 각 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 경정청구 기한경과분(2009․2010년 귀속)과 협력업체의 폐업으로 인한 매입세금계산서 미수취분에 대하여는 경정청구를 거부하였고, 2012년 제2기 과세기간부터 세율을 잘못 적용한 경우에도 수정세금계산서를 교부할 수 있도록 「부가가치세법 시행령」이 개정됨에 따라 환급하였으나, 같은 법 시행령이 개정되기 이전인 2011년 제1기～2012년 제1기 과세기간의 부가가치세에 대하여는 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1)「부가가치세법 시행령」제59조 제1항 제5호에 의하면, “필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우”를 수정세금계산서 발급사유로 열거하였으나, 2012.2.2. 같은 령 개정으로 제9호 “세율을 잘못 적용하여 발급한 경우”를 따로 신설하여 2012.7.1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용하도록 하였다.

  2012.7.1. 이전에 발급된 세금계산서의 ‘영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우’에 이를 바로잡기 위하여 수정세금계산서를 발급할 수 있는지에 대하여 과세관청은 “일반세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급하고 영세율 세금계산서를 교부한 경우에는 그 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 OOO%의 세율을 적용한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것(재소비 46015-380, 2000.12.26.)으로서, 위 개정된 시행령은 그 시행일 이후에 발급되는 수정세금계산서부터 적용하는 것으로 그 이전에 발급된 수정세금계산서는 개정규정이 적용되지 않는다고 해석(부가가치세과-314, 2013.4.9.)하여 왔다.

 (2) 한편, 최근 대법원은 과세관청의 유권해석과 달리 다음과 같은 이유로 ‘영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우’에도 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 판시(대법원 2013.10.17. 선고 2010두12972 판결)하였다.

  즉, 대법원은 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에도(개정된 시행령 제59조 제1항 제9호의 소급적용이 아니라) 「부가가치세법 시행령」제59조 제1항 제5호에서 정한 “필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우”에 해당한다고 본 것으로서, 위 대법원 판결에 기초하여 볼 때 이 건의 경우 2012.7.1. 이전 거래분에 대하여도 수정세금계산서를 발행하는 것이 가능할 것이며 그에 따라 청구법인은 수정세금계산서에 기초하여 부담한 부가가치세액에 대해 경정청구를 통하여 매입세액을 공제받는 것이 가능하므로 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분은 부당하다

나. 처분청 의견

 (1) 수정세금계산서 교부사유 및 교부절차에 대하여 규정하고 있는

구「부가가치세법 시행령」제59조 제5항에 의하면, 필요적 기재사항 등을 착오로 잘못 기재한 경우에는 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 작성ㆍ교부할 수 있도록 규정하고 있으나,

  영세율 적용대상이 아닌 용역을 공급받으면서 영세율 적용대상 여부의 확인 없이 장기간(5년간)에 걸쳐 “임가공 용역제공 사실증명 확인서”를 발급해주어 거래처들이 영세율이라고 오인하게 만들어 영세율세금계산서를 교부하게 한 행위는 필요적 기재사항 등의 착오라기보다는 법령의 무지 또는 관행적으로 이루어진 것으로 보인다.

 (2) 부가가치세 매입세액은 원칙적으로 거래시기가 속하는 당해 과세기간에 교부받은 세금계산서에 대하여 그 공제가 가능하도록 규정하면서, 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 이후에는 OOO%의 세율을 적용하여「부가가치세법 시행령」제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없다고 해석(재소비-46015-380, 2000.12.26.)하고 있고,

  기획재정부의 법령해석(재부가-298, 2015.4.9.)도 사업자가 영세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하고 영세율 세금계산서를 교부하는 경우에는 수정세금계산서를 교부할 수 없다고 해석하고 있으므로 착오에 의한 수정세금계산서, 과세기간내 발행된 수정세금계산서에 해당하지 아니한 이 건 수정세금계산서에 의한 경정청구는 거부함이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  2012년 제2기 부가가치세 과세기간 이전 거래분에 대하여도 영세율 세금계산서를 교부한 후 수정발급 사유가 발생한 경우 일반세율의 수정세금계산서를 교부할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

   제105조【부가가치세 영세율의 적용】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

1. 「방위사업법」에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 같은 법에 따른 방산물자(경찰이 작전용으로 사용하는 것을 포함한다)와 「비상대비자원 관리법」에 따라 중점 관리대상으로 지정된 자가 생산공급하는 시제품 및 자원 동원으로 공급하는 용역

 (2) 부가가치세법(2010.12.27. 법률 제10409호로 개정된 것)

   제11조【영세율의 적용】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

2. 국외에서 제공하는 용역

3. 선박 또는 항공기의 외국항행 용역

4. 제1호부터 제3호까지의 재화 또는 용역 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

   제16조【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 작성·발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정된 것)

   제59조【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 : 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.

 (4) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정된 것)

   제59조【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 : 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우 : 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우 : 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.

 (5) 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것)

   제45조의2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인이 2014.7.22. 처분청에 경정청구한 부가가치세 내역과 2015.9.11. 우리 원에 심판청구한 세액(계속사업자 합계분 OOO원)은 아래 <표1>과 같이 나타난다.

<표1>

 (2) 처분청의 경정청구 검토조서에 의하면, ‘영세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 OOO%의 세율을 적용하여 수정세금계산서를 교부할 수 없다’는 국세청 예규(부가가치세과-314. 2013.4.9)에 따라「부가가치세법 시행령」제59조 제1항 제9호(신설) 개정 전인 2011년 제1기～2012년 제1기 부가가치세 과세기간은 세율적용 착오에 대해 수정세금계산서 발행이 불가하다고 검토한 것으로 나타난다.

 (3) 한편, 대법원 판례(대법원 2013.10.17. 선고, 2010두12972 판결)는 국세청 예규와 다르게 2007년 제1기 부가가치세 과세기간에 교부된 영세율 세금계산서에 대하여 ‘영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에도 필요적 기재사항에 착오가 있는 경우에 해당한다(구「부가가치세법 시행령」제59조 제5호)고 보아야 할 것이고 세무서장이 경정하기(고지서 발부) 전까지는 비록 공급시기가 다르더라도 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것’으로 판시하고 있다.

 (4) 처분청은 2014.9.17. 청구법인에게 통지한 ‘부가가치세 경정청구에 대한 진행 안내문’을 발송하면서 2011년 제1기～2012년 제1기 기긴동안 부가가치세 경정청구는 쟁점사안에 대해 국세청 해석과 상이한 판례가 있어 과세기준자문 중에 있음을 알려드린다고 되어 있고,

   청구법인이 2014년 7월 국세청에 과세기준자문을 신청한 사유를 보면 예규에 따라 판단시 수정세금계산서 발급 불가능하여 경정청구를 거부하여야 하나, 대법원 판례에 따를 경우 수정세금계산서 발급이 가능하므로 경정청구를 인용해야하는 문제가 발생한다고 되어 있다.

 (5) 국세청의 2012년 개정세법 해설에 의하면, 납세자와의 다툼소지를 제거하기 위한 취지로 아래 <표2>와 같이 수정세금계산서 발급사유를 확대한 것으로 나타난다.

<표2>

종전

개정 후

□ 세금계산서 수정발급 사유

◦ 환입, 공급가액 증감, 내국신용장․구매확인서 사후개설, 계약해제, 필요적 기재사항 착오기재 등

□ 수정발급 사유 확대

◦ 세율적용을 잘못한 경우(영세율↔OOO%)

◦ 발급대상이 아닌 거래에 대해 발급한 경우

◦ 공급받는 자 등이 잘못 적힌 경우→착오여부에 관계없이 확정신고기한까지 수정발급

☞ 적용례 : 2012.7.1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용함(「부가가치세법 시행령」부칙 제7조)

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 일반세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우에는 그 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 OOO%의 세율을 적용한 수정세금계산서를 교부할 수 없다는 의견이나, (5)항의 법령개정 전에도 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제5호에서 정하는 필요적 기재사항인 ‘공급가액과 부가가치세액’에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보이는 점(대법원 2013.10.17. 선고 2010두12972 판결, 같은 뜻임), 납세자와의 다툼의 소지를 제거하기 위한 취지로「부가가치세법 시행령」제59조 제1항 제9호를 신설하여 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우에도 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것으로 개정한 점 등에 비추어 이 건 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에도 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 봄이 타당하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.