주 문

OOO세무서장이 2014.9.18. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 「국세기본법」제13조 제1항 제2호(2007.12.31. 개정되기 전의 것)에 따른 “공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것”에 해당하는지 여부와 OOO 외 32필지 토지 36,905㎡가 정관에 따른 고유목적에 3년 이상 사용하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 한센인(나병환자)의 집단 거주지에서 주민들의 공동권익 증진과 사회경제적인 지위향상을 목적으로 설립된 단체로 2006.7.13. OOO 외 32필지 토지 19,571㎡ 및 건물 3,242㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 OOO(이하 “매수법인”이라 한다)에게 양도하였고, 쟁점부동산이 2013.5.24. 토지거래 허가구역에서 해제되었으나, 양도소득세 과세대상이 아니라고 보아 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 2014.4.14.～2014.6.12. 기간 동안 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시하여 청구인을 「소득세법」상 1거주자로 보고 쟁점부동산을 양도소득세 과세대상으로 보아 2014.9.18. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.12. 이의신청을 거쳐 2015.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은「국세기본법」제13조 제1항 제2호(2007.12.31. 개정되기 전의 것)에 따라 관할세무서장의 승인 여부와 관련 없이 ‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것’에 해당되는 단체이므로 「법인세법」이 적용되는 법인으로 보아야 함에도 처분청이 관할세무서장으로부터 승인을 받지 아니하였다는 이유로 청구인을 법인으로 인정하지 아니한 것은 법리를 오해한 것이다.

  (가) 쟁점부동산은 청구인의 공동이익을 위한 한센인(나병환자) 집단마을의 형성과 운영을 위하여 청구인과 회원(최고 90세대, 최저 75세대)들의 자체 노력만으로 확보한 불특정 다수인(한센인 및 외부방문자 등)이 공동으로 사용한 부동산으로 대부분이 도로(약 80% 상당)이고, 나머지 토지는 경로당과 마을회관의 부지로 사용함으로써 1978년 이후부터 양도일까지 3년 이상 계속하여 정관에 따른 고유목적사업에 사용하였다.

  (나) 쟁점부동산은 한센인들의 거주지역이라 정상인들이 거주하지 아니하고 오로지 한세인의 공익목적과 불특정 다수인이 사용할 수 있도록 취득하였다가 도시개발에 따라 강제로 수용당한 것이다.

  (다) 청구인의 회원은 100% 한세인으로 대부분이 무학 또는 초등학교 졸업 미만의 학력이라 이른바 ‘무식이 상식’으로 통용되는 상황이므로 법률적 지식을 얻을 기회도 없었고 해당 규정을 알거나 들은 사실조차도 없었으며, 오로지 외부로부터 완전히 격리된 오지에서 한센병을 숙명으로 받아들이고 모든 것을 체념한 채 안식할 거처를 마련하여 거주하였고, 한센인은 사회로부터의 집단적 멸시, 타의에 의한 고의적 격리 및 정부차원의 불임단종조치 등의 불이익을 당하면서 쟁점부동산 소재지에 정착하여 1978년 자생적인 공익단체인 청구인을 설립한 이후 현재까지「국세기본법」에 따른 비영리법인으로 보기 위하여 승인신청을 할 것을 고려한 적은 없지만 쟁점부동산을 실질적으로 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였다.

 (2) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도대금을 분배하였다는 의견이나, 정관 등에 분배비율을 정하지 아니하였고 청구인이 쟁점부동산을 출연받을 당시 분배를 염두에 두고 미리 비율을 계산한 사실도 없어 분배비율이 존재할 수 없으며, 쟁점부동산을 마을의 공동소유재산으로 유지, 관리 및 보존한 것은 오로지 한센인의 복지증진 등 청구인의 고유목적사업을 위한 때문이고 따라서, 대금을 분배한 것도 새로운 정착지로 이사할 비용 등을 대여한 것에 불과하다.

 또한, 1978년부터 1985년까지 마을의 공동소유재산으로 출연받을 당시의 회원(75～85명)과 한센인의 복지증진을 위한 고유목적사업으로 대여할 당시의 회원이 전혀 다르고, 모든 회원에게 동일한 금액(2007.2.12. 회원 58명에게 각 OOO원, ; 2011.11.11. 회원 53명에게 각 OOO원)을 대여한 것임에도 처분청이 수익을 구성원에게 분배한 것으로 간주함은 부당하다.

 (3) 처분청은 이 건 양도소득세의 부과처분시 쟁점부동산의 양도(2006.7.13.) 당시의 법률이 아니라 부과처분 당시의 것을 적용한 잘못이 있다.

 즉,「국세기본법」제13조 제1항의 ‘수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것’은 2007.12.31. 개정된 법률에 따라 추가된 것이어서 청구인은 ‘법인격이 없는 단체’의 성립요건인 수익의 구성원에게의 분배 여부와 관련이 없음에도 처분청이 쟁점부동산의 양도대금을 분배한 것으로 보아 청구인을 법인으로 인정하지 아니한 것은 부당하다.

 또한, 법률은 확장해석하거나 유추해석이 금지되어 있음에도 처분청이 엄격해석주의와 문리해석을 넘어 일방적으로 분배를 하였으니 청구인을 1거주자에 해당하는 것으로 보았는데, 쟁점부동산의 양도 당시 존재하지 아니한「소득세법 시행령」제3조의2 제2호(2013.2.15. 신설)를 적용한 것은 조세법률주의를 위배한 처분이다.

 (4) 처분청은 쟁점부동산의 양도대금을 청구인의 회원들에게 일정하게 분배하였으니 1거주자로 보아야 한다는 의견이나, 청구인을 비영리법인으로 간주할 수 없다면, 비록 한센인으로 천대와 멸시를 받고 살았지만 국민의 도리인 납세의무를 이행하고 싶은 만큼, 쟁점부동산의 양도 당시의 구「소득세법 시행규칙」제2조 제2항의 ‘명시적으로 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니하더라도 사실상 이익이 분배되는 경우에는 그 단체 등의 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 법을 적용한다’는 규정에 따라 청구인이 아니라 회원들 각자에게 양도소득세를 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 비영리법인에 해당한다고 주장하나,「국세기본법」및「법인세법」상 ‘법인으로 보는 단체’로 인정받기 위해서는 단체의 수익을 구성원들에게 분배하지 아니한다는 전제 하에 「국세기본법」제13조 제1항에 따라 주무관청의 인가나 허가를 받거나 또는 등록을 하거나, 같은 조 제2항에 의하여 단체의 대표자나 관리인을 선임한 후 단체 명의의 재산을 독립적으로 운용하고 같은 조 제4항 및 제5항에 따라 대표자나 관리인을 선임한 후 그 선임이나 변경에 대하여 관할세무서장에게 신청하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였으므로 「소득세법」제2조 제3항에 의하여 청구인을 1거주자로 본 것은 정당하다.

 (2) 청구인은「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제8호의 ‘공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업’을 영위하는 공익법인이라고 주장하나, 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 공익법인은「법인세법」상 비영리법인에 해당하고, 같은 법 제1조 제2호의 비영리법인은「국세기본법」상 제13조 제4항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’를 포함하는데, 이 경우 그 단체는 수익을 구성원에게 분배할 수 없는 것임에도 청구인이 쟁점부동산의 양도대금을 일부 회원들에게 분배한 사실이 청구인의 회의록(2007.2.12. 공동자금 분배의 건)에 나타난다.

 또한, 청구인의 정관 제6조(자산 등) 제2항에 ‘청구인의 재산은 공동자산으로 하며 사원총회의 결의에 의하여 그 일부 또는 전부를 분배할 수 있다’고 규정되어 있고, 제11조(사원 자격 득실 및 자산분배 대상) 제4항에는 ‘청구인의 자산(그 자산의 매도대금을 포함한다)을 사원에게 분배하고자 할 때에는 청구인의 사원인 자에 한하여 정관에 의한 결의에 따라 위원장이 배분한다’고 규정하는 등을 고려하면 청구인은 정관상 쟁점부동산의 처분수익을 분배할 수 있어 「법인세법」상 비영리법인에 해당하지 아니한다.

 (3) 청구인은 세무조사 당시에 제출한 정관 외의 다른 정관을 이의신청시 제시하면서 수익을 구성원들에게 분배할 수 없다고 주장하나, 청구인의 사원인 정OOO에게 발송한 내부문서(제목 : 공동자산 분배금 회수 통지의 건)에 ‘사원총회의 결의가 있어야만 비로소 분배될 수 있다’라고 기재되어 있어 이의신청시 제출한 정관의 출처를 의심할 수밖에 없으며, 쟁점부동산의 양도대금은 약 OOO원이었으나, 현재 압류한 예금채권은 약 OOO원 정도로 나머지 대금의 소재가 불분명하고, 그 동안 청구인의 자산을 관리․운영한 자료를 미제출하는 점 등에 의하면, 비영리법인으로 자산을 고유목적사업에 사용하였다는 청구주장을 인정할 수 없다.

 (4) 청구인은 1거주자로 보아 부과한 이 건 양도소득세를 취소하고, 회원들 각자에게 손익분배비율에 따라 과세하여야 한다고 주장하나,「소득세법 시행령」제3조의2에서 구성원 간 이익 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니하거나 확인되지 아니한 경우에는 해당 단체를 1거주자로 보아 과세하도록 규정하고 있어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

①청구인을 「소득세법」상 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 청구인이 아니라 회원들 각자에게 양도소득세를 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산은 2006.7.13. 양도 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항에 의하여 토지거래허가구역으로 지정되어 있다가 2013.5.24. 해제되었으나, 청구인이 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 양도소득과세표준 예정신고를 하지 아니하자, 처분청이 청구인에 대하여 실지조사를 실시하여 이 건 양도소득세를 부과처분한 사실이 결정결의서 등에 나타난다.

 (2) 쟁점부동산의 필지별 내역은 다음 <표1>과 같고, 회원들이 청구인에게 증여 및 매매의 형식으로 소유권이전등기를 하였으며, 2006.7.10. 주식회사 OOO자산신탁에게 신탁하였다가 2006.7.13. 매수법인에게 양도한 사실이 등기부등본 등에 나타난다.

 청구인은 쟁점부동산을 공용도로 15,018㎡, 공공시설 2,747㎡, 기타 1,806㎡ 등으로 사용하여 정관상 고유목적에 사용하였다고 주장하나, 청구인이 보유한 기간 동안의 토지 및 건물 이용실태에 대하여 처분청이 조사를 실시하지 아니한 사실이 조사서 등에 나타난다.

OOO

 (3) 처분청이 청구인의 양도소득세 조사 당시 청구인이 제시한 정관은 다음 <표2>와 같다.

OOO

 (4) 청구인은 OOO를 주사무소로 하고 단체 명칭은 ‘OOO’로 하여「부동산등기법」제41조의2,「법인 아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산 등기용 등록번호부여 절차에 관한 규정」제8조에 근거하여 부동산등기용 등록번호(1131-00***)를 교부받은 사실이 나타나지만 주무관청의 인가나 허가를 받아 설립되었다거나 관할세무서장에게 신청하여 승인을 받은 사실이 없으며,「민법」기타 특별법에 의하여 법인격을 부여받은 사실도 나타나지 아니한다.

 (5) 처분청이 제시한 청구인 회의록의 주요내용은 다음 <표3>과 같고, 청구인이 2007.2.12. 회원 58명에게 각 OOO원씩 합계 OOO원 및 2011.11.11. 회원 53명에게 각 OOO원씩 합계 OOO원을 지급한 것에 대하여, 청구인은 회원별로 작성된 ‘차용증서’를 제시하면서 향후 공동집단 취락지역으로 입주하기 전까지 지출한 주거이전비를 동일한 금액을 무이자로 대여한 것이라고 주장한 반면, 처분청은 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 대여금이 아니라 각자에게 분배한 금액이라는 의견이다.

OOO

 (6) 청구인은 처분청의 양도소득세 조사 당시에는 쟁점부동산 양도대금 사용내역을 제출하지 아니하였으나, OOO국세청장에게 제기한 이의신청 심리 중 다음 <표4>와 같이 제시한 사실이 이의신청결정서 등에 나타난다.

OOO

 청구인은 위 <표4>에 기재된 재단법인 OOO은 앞으로 이주할 지역(OOO)이 소재할 ‘OOO’의 “청”자와 ‘OOO’의 “인”을 조합한 명칭으로 향후 청구인을 인계받아 계속하여 한센인 복지증진 사업을 이어갈 목적으로 2007.3.14. 설립된 재단법인이라 주장하고 있다.

 (7) 다음 <표5>의 간추린 개정세법과 같이「국세기본법」제13조 제1항이 2007.12.31. 개정되면서 ‘수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것’이라는 문구가 추가되었는데, 이는 같은 법상으로는 ‘법인으로 보는 단체’에 영리·비영리 단체가 모두 포함되는 것으로 해석되어 비영리법인으로 제한하고 있는「법인세법」및 상증법과 상충함에 따라 ‘법인으로 보는 단체’에 대한 세법상 적용기준을 일치하기 위하여 개정한 것이며, 이에 따라 2008.1.1.부터는 구성원에게 수익을 분배하는 단체에 대하여는 비영리법인으로 볼 수 없도록 하였다.

OOO

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 「국세기본법」제13조 제1항(2007.12.31. 개정되기 전의 것)은, 법인격이 없는 사단․재단 기타 단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있으며, 제1호에서 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단․재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것, 또한 제2호에서 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것을 들고 있으므로, 법인격 없는 사단은 주무관청의 허가를 받아 설립된 것이 아니면 세법의 적용에 있어서 법인으로 볼 수 없다고 할 것이나, 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 등기되지 아니한 것은 주무관청의 허가와 상관 없이 법인으로 보는 것인바(조심 2013서3218, 2010.12.2. 같은 뜻임),

 정관 및 회의록 등에 의하면, 청구인은 한센인의 집단 거주지에서 주민들의 공동권익 증진과 사회경제적인 지위향상을 목적으로 설립된 단체로 보이고 공익을 목적으로 출연된 기본재산인 쟁점부동산이 있는 재단으로 볼 수 있는 측면이 있는 등 청구인을 위「국세기본법」제13조 제1항 제2호에서 규정한 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 등기되지 아니한 공익법인에 해당한다는 청구주장이 설득력이 있어 보이나, 처분청이 청구인의 설립 경위 및 활동상황 등에 대하여 조사를 실시하지 아니하여 청구인이 제시한 입증서류만으로는 주장을 인정하기는 어렵다 할 것이다.

 또한, 「국세기본법」제14조 제2항에서 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하도록 규정하고 있고,「법인세법」제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 의하면, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있으며, 고유목적사업에 직접 사용한 토지에 해당하는지 여부는 당해 비영리법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실질사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 것인바,

 쟁점부동산은 청구인의 회원들이 공동으로 사용하는 마을의 도로용지, 마을회관 및 관리사무소 부지로 출연받은 때로부터 양도일까지 3년 이상 고유목적사업에 계속 사용한 부동산에 해당한다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이나, 청구인이 쟁점부동산을 정관에 따른 고유목적에 3년 이상 실제 사용하였는지 여부를 조사하지 아니하여 이에 대한 사실확인 없이 고유목적사업에 사용하였다는 청구주장을 인정하기 어렵다 할 것이다.

 따라서, 조사청이 청구인의 설립 경위, 재산출연내역, 고유목적사업, 활동내역, 재산관리, 쟁점부동산의 실제 이용현황 등 객관적인 증빙서류를 통하여 재조사하고 그 결과에 따라 이 건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 (9) 쟁점②는 별도로 심리 실익이 없어 이를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.