주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 경기도 OOO 외 1필지 토지와 동 지상의 농수산물 보관창고와 축사 및 퇴비사를 창고로 사용하던 중 OOO 신축과 관련한 초등학교 용지로 동 부동산을 시행사인 OOO에 양도(수용)하면서 이에 대한 보상의 일부로 OOO 소유의 경기도 OOO 토지 중 일부에 농수산물 보관창고와 축사 및 퇴비사를 이축할 수 있는 권리(이하 “쟁점이축권”이라 한다)을 부여받았다.

나. OOO 명의의 경기도 OOO 토지 중 3,356㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 2004.7.1. OOO에게 소유권이전등기되었고, 동 지상의 농수산물 보관창고 498㎡와 축사 및 퇴비사 445.9㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)는 2005.12.1. 사용승인되어 2009.5.27. 청구인의 명의로 소유권보존등기되었다가 2010.1.14. OOO에게 소유권이전등기되었다.

다. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사 결과, 청구인이 OOO로부터 쟁점토지를 취득하였다가 동 토지에 건축허가를 받은 후 자신의 명의로 등기하지 않은 상태에서 OOO에게 건축허가를 받은 쟁점토지를 양도한 것으로 보고, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2014.8.6. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.8.11. 이의신청을 거쳐 2014.9.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인이 OOO에게 쟁점이축권을 양도하게 된 경위를 보면, 이축권을 부여받은 후 OOO에 건축허가를 신청하였으나 OOO에서 당초 약속과 달리 처리를 미룸에 따라 더 이상 기다리지 못하고 다른 곳에 창고를 마련하였는데 그 후 건축허가가 났고, 청구인으로서는 이미 새로운 물류창고를 확보하였으므로 다른 창고를 신축할 필요가 없어졌으며, 그 과정에서 창고 신축자금 대부분을 사용하였으므로 창고 신축을 미루고 있던 중 OOO에게 쟁점이축권의 매매를 의뢰하여 OOO와 매매계약을 체결하게 되었다. 청구인은 쟁점토지를 OOO원에 매입하기로 OOO와 매매가계약을 체결하고 이행약정금으로 OOO원을 지급한 후 토지거래허가를 받지 않은 상태에서 동 가계약상의 권리를 변경함이 없이 OOO에게 양수인의 지위를 승계하여 주는 방법으로 이전하였으므로 청구인은 쟁점토지를 취득한 사실이 없다.

 또한, 청구인이 OOO에게 지급한 가계약에 따른 이행약정금 OOO원은 OOO에게 승계되었고, 설령 청구인과 OOO 사이의 가계약을 매매계약으로 보더라도 2004년 당시 쟁점토지는 토지거래허가구역으로서 유효한 부동산매매계약이 성립하기 위해서는 토지거래허가를 득하였어야 하나 청구인과 OOO는 토지거래허가를 득한 사실이 없어 동 계약은 유동적 무효의 상태에 있었고, 매매계약이 무효인 이상 그 매매대금이 양도인에게 지급되었다 하다라도 양도소득세 부과대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없으며(대법원 1996.7.26. 선고 96다7762 판결, 대법원 1993.1.15. 선고 92누8361 판결, 대법원 2000.10.27. 선고 98두13492 판결, 참조), 청구인은 토지거래허가를 득함이 없이 매매가계약권자로서의 권리의무를 그대로 OOO에게 승계하였으므로 처분청에서 청구인이 쟁점토지를 미등기양도한 것으로 본 것은 위법하다.

 한편, OOO와 매매계약을 체결하는 과정에서 건축허가권이 없는 토지는 평당 약 OOO원이고 건축허가권이 있는 토지는 평당 약 OOO원인 점을 고려하여 총 매매금액을 OOO원으로 결정하였는바, 청구인이 OOO로부터 지급받은 금액은 OOO원은 청구인이 OOO에게 지급한 쟁점토지 관련 이행약정금 OOO원을 회수한 것)에 불과하고, 나머지 금액은 언제, 누구에게, 어떻게 지급되었는지 불분명(다만, 영수증은 OOO가 계약서대로 허위로 발급하여 OOO에게 교부함)함에도 처분청이 이에 대한 구체적인 조사없이 청구인이 쟁점토지의 매매대금을 포함한 금액을 수령하였다고 본 것은 부당한 점, 수원지방법원 안산지원과 서울고등법원 판결서에는 청구인이 2004년 10월경까지 쟁점토지와 쟁점이축권의 매매대금으로 OOO원을 지급받은 것으로 되어 있으나 청구인은 매매대금을 누가 지급받았는지가 아니라 청구인이 지급받지 못한 쟁점이축권 매매대금이 얼마인지가 다툼이라고 보아 OOO가 쟁점토지의 매매대금을 청구인에게 지급하였다고 주장하는 것에 대하여는 전혀 신경쓰지 않았기 때문일 뿐 OOO로부터 쟁점토지의 매매대금까지 지급받은 것은 아니고, OOO가 쟁점토지의 소유권이 OOO에게 이전되도록 관련 서류를 제공하였다는 것은 OOO가 쟁점토지에 대한 매매대금을 OOO에게 직접 지급하였다는 것을 방증하는 점, OOO는 서울고등법원에 증인으로 출석하여 자신이 청구인과 OOO에게 중개한 것은 쟁점이축권이고, OOO가 쟁점토지의 매매대금을 청구인에게 지급하였는지는 잘 모른다고 수차례 진술한 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 미등기양도한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

 (2) 설령, 청구인이 OOO로부터 쟁점토지를 취득하였다고 하더라도 동 토지를 OOO원에 취득, 동일한 금액에 양도하여 양도차익이 발생하지 않았음에도 처분청에서 쟁점이축권의 양도가액 OOO원을 모두 쟁점토지에 대한 양도차액으로 보아 과세함은 부당하고, 청구인은 OOO로부터 부당한 압력을 받아 원치 않는 수용을 당하면서 그 조건으로 쟁점이축권을 취득하였고, 이축권은 양도소득세 과세대상인 부동산을 취득할 수 있는 권리가 아니어서 이를 양도하는 경우 「소득세법」 제20조의2 제1항 제2호에서 규정하고 있는 일시재산소득으로 과세되는 것이므로 처분청에서 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 OOO와 매매대금 OOO원에 쟁점토지의 매매계약을 체결하였으나 OOO가 대금의 일부를 지급하지 아니하자, 매매대금 미지급액의 지급을 구하는 민사소송을 제기하여 일부 승소(수원지방법원 안산지원 2008.7.10. 선고 2007가합6267 판결 ; OOO는 매매잔금 OOO원에서 매매목적 토지의 면적 부족분에 대한 정산금 등을 차감한 OOO원을 청구인에게 지급하라)하였고, OOO가 동 금액을 지급하지 아니하자, 동 금액의 지급을 구하는 소를 제기하고 쟁점건물에 대한 강제경매를 신청하였으며, 서울고등법원 제5민사부는 조정결정(서울고등법원 2008나71485 건물명도, 2009나29092(반소) 건물명도, 2009.4.24. ; OOO는 청구인에게 OOO원을 지급하고, 청구인은 쟁점건물에 대한 강제경매신청을 취하한다)을 한 것으로 나타나는바, 동 조정조서에 의하면 청구인과 OOO는 매매대금 OOO원에 쟁점토지의 매매계약을 체결하였고, 청구인은 동 매매계약에 따라 OOO로부터 계약금 OOO원을 지급받은 것으로 기재되어 있다.

 또한, 청구인은 법원에 제출한 계약서는 토지의 양도가 아니라 이축권의 양도에 대한 것이라고 주장하나, 법원의 판결서에 의하면 청구인은 잔금이 OOO원만 남아있고 공부상 쟁점건물의 소유 명의가 청구인으로 되어 있으니 잔금청산 전이라도 쟁점토지의 소유권을 넘겨 달라는 OOO의 요청에 따라 OOO로부터 소유권이전에 필요한 서류를 받아 OOO에게 제공하였고, OOO는 동 서류를 첨부하여 2004.7.1. OOO에 소유권이전등기를 신청한 것으로 나타나는 점, OOO에서 인증한, 쟁점토지의 중개를 담당했던 OOO에 대한 문답 내용에 의하면, 청구인이 쟁점토지는 건축허가가 나온 땅이니 팔아달라고 했고, 쟁점토지의 실제 소유자가 청구인이라며 소유권이전에 필요한 서류를 등기명의인인 전 소유자 OOO로부터 전부 받아주겠다고 하여 매도자를 청구인 명의로 하여 매매계약서를 작성하였다고 진술한 것으로 되어 있는 점, OOO에게 취득대금 지급방법에 대하여 질문한바, OOO 사무실에서 중개사의 입회하에 청구인을 만나 계약을 하였고, 계약금은 계좌로 보냈으며, 중도금과 잔금 일부는 청구인의 요청으로 현금으로 지급하였고, 청구인으로부터 이축권을 취득한 것이 아니라 건축허가가 난 토지를 취득한 것이며, 건축허가가 나지 않는 부동산이라면 당시 시세보다 비싸게 취득할 필요가 없다고 답변한 점 등에 비추어 청구인은 OOO로부터 OOO 소유의 경기도 OOO 토지 중 쟁점토지를 분할취득하여 2004.7.1. OOO에게 양도한 것임이 확인된다.

 한편, 토지거래허가구역 내의 토지를 허가 없이 매도한 경우 그 매매계약 및 전매계약이 무효라고 하더라도 소유권이전등기가 말소되지 아니한 채 남아 있고, 매매대금도 매수인 또는 제3자에게 반환되지 아니한 채 그대로 보유하고 있는 때에는 예외적으로 매도인 등에게 양도소득세를 과세할 수 있는 것(대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결, 같은 뜻임)이다.

 (2) 청구인과 OOO 간에 체결된 매매계약서상 매매대금은 OOO원으로 되어 있으나, 면적 감액분을 고려하고 민사소송을 거쳐 OOO원으로 확정되었고, 청구인과 OOO 간에 체결된 매매계약서(청구인은 가계약서라고 주장)상 매매대금이 OOO원이므로 양도차익이 발생하지 않았다는 청구주장은 이유 없고, 서울고등법원 제5민사부의 조정조서에 청구인이 경기도 OOO로부터 OOO 소유의 경기도 OOO 토지에 농수산물 보과창고 등을 이축할 경우 건축허가를 승인해 주겠다는 확인을 받은 사실 등이 기재되어 있는 점 등에 비추어 청구인은 이축권을 양도한 것이 아니라 건축허가를 받은 토지를 양도한 것이므로 양도소득세로 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점이축권이 부여된 쟁점토지를 미등기양도한 것인지 쟁점이축권만을 양도한 것인지 여부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

    제20조의2(일시재산소득) ① 일시재산소득은 당해 연도에 발행한 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 한다.

    제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

    제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 ‘양도소득산출세액’이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

3. 미등기양도자산

 양도소득과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제3호에서 “미등기양도자산”이라 함은 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.

 (2) 소득세법 시행령 제168조(미등기양도제외 자산의 범위 등) ① 법 제104조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인에 대한 양도소득세 결정내역은 아래 <표1>과 같고, 그 중 미등기자산 부분은 쟁점토지 및 쟁점이축권과 관련된 것이다.

<표1> 양도소득세 결정내역

 (2) 청구인은 경기도 OOO 외 1필지 토지와 동 지상의 농수산물 보관창고와 축사 및 퇴비사를 창고로 임대하고 있던 중 OOO 신축과 관련한 초등학교 용지로 동 부동산을 시행사인 OOO에 양도(수용)하면서 이에 대한 보상의 일부로 쟁점이축권을 부여받은 것으로 나타난다.

 (3) 부동산 등기부등본과 건축물대장에 의하면, OOO 소유의 쟁점토지는 2004.7.1. OOO에게 소유권이전등기되었고, 쟁점건물은 2005. 12.1. 사용승인되어 2009.5.27. 청구인의 명의로 소유권보존등기되었다가 2010.1.14. OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타나며, OOO의 자금으로 쟁점건물이 신축되었으나 소유 명의만 청구인으로 되어 있다가 OOO에게 이전된 것이라는 사실에 대하여는 청구인과 OOO 및 처분청 간에 다툼이 없다.

 (4) 청구인과 OOO 간에 체결된 부동산매매계약서(계약일 미기재)에 의하면, 매매대상 부동산은 경기도 OOO 중 약 3,454㎡(약 1,045평)이고, 매매대금은 OOO으로 계약시 계약금 OOO원, 2004.3.19. 잔금 OOO원을 지급하는 것으로 되어 있으며, 특약사항으로 지분등기후 매수인에게 분할해 주고, 분할과정에서 면적 증감시 별도 계산하는 것으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

 (5) 청구인과 OOO 간에 2004.4.9. 체결된 부동산매매계약서에 의하면, 매매대상 부동산은 경기도 OOO 전 약 1,045평과 건물허가(축사 약 135평과 농산물창고 약 150평)이고, 매매대금은 OOO원으로 계약시 계약금 OOO원을 지급하는 것으로 되어 있으며, 특약사항으로 중도금시 매도인은 토지 분할하여 이전등기해 주고 잔금에 대해선 어음공증하기로 하며 건물은 허가서대로 매도하는 것으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

 (6) 청구인은 OOO가 매매대금의 일부를 지급하지 아니하자, 매매대금 미지급액의 지급을 구하는 민사소송을 제기하여 일부 승소(OOO는 매매잔금 OOO원에서 매매목적 토지의 면적부족분에 대한 정산금 등을 차감한

OOO원은 계약당일에, 중도금 OOO원은 2004.5.25.에, 잔금 OOO원은 2004.10.30.에 각 지급받기로 하였다.

  (나) OOO는 자신의 비용을 들여 경기도 OOO(같은 동 168-1에서 분할된 토지임) 지상에 축사 345.8㎡와 퇴비사 100.1㎡를, 같은 동 168-9(같은 동 168-1에서 분할된 토지임) 지상에 농수산물 보관창고 498㎡를 신축한 후 2005.12.1. 청구인의 명의로 사용승인을 받았다.

  (다) OOO는 2004년 10월경까지 청구인에게 위 매매계약상 매매대금으로 총 OOO원을 지급하였다.

  (라) 청구인과 OOO는 매매계약당시 매매목적 토지의 면적부족분에 대해 추후 정산하기로 하고, 쟁점건물에 대한 설계비용은 청구인이 부담하기로 약정하였던바, OOO가 청구인으로부터 매수하기로 한 토지의 면적(약 3,455㎡)과 실제로 소유권이전등기가 마쳐진 토지의 면적(3,386㎡)의 부족분에 대한 정산금은 OOO원이고, 청구인이 부담하기로 한 쟁점건물 설계비 OOO원은 OOO가 청구인을 대신하여 지급하였다.

  (마) 위 기초사실에 비추어 보면, OOO는 특별한 사정이 없는 한 청구인에게 OOO 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

 (8) 서울고등법원 조정조서(2009.4.24. 성립 2008나71485 건물명도, 2009나29092(반소) 건물명도)에 의하면, OOO는 청구인에게 2009. 5.31.까지 OOO원을 지급하고, 청구인은 위 금액을 지급받음과 동시에 수원지방법원 안산지원 2008타경17376 부동산 강제경매신청을 취하하며, 청구인은 OOO에게 쟁점건물에 관하여 청구인 명의로의 소유권보존등기 및 OOO 명의로의 소유권이전등기에 필요한 일체의 서류를 교부하는 것으로 하여 조정이 성립된 것으로 나타난다.

 (9) OOO장의 공문(녹지관리과-3516, 녹지관리과-3519)에 의하면, 청구인은 2004.2.16. 쟁점토지 지상에 행위허가(농수산물창고와 축사 공공이축)를 신청하였고, OOO장은 2004.4.13. 이를 허가하였으며, 허가조건에 의하면 임시사용승인을 득한 후 실제 6개월 이상 사용확인 후 사용승인 처리된다는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

 (10) 청구인은 OOO가 서울고등법원에서 신문받은 내용을 기재한 “증인 OOO에 대한 신문사항”의 인증서(2008.1.28. 등부 2008년 제378호 OOO)를 제출하였고, 동 인증서의 주요 내용은 다음과 같다.

  (가) 청구인이 건축허가가 나온 땅이니 팔아달라고 의뢰하여 중개를 하게 되었고, OOO가 마침 창고부지를 찾고 있다는 것을 알고 소개를 하게 되었다.

  (나) 쟁점토지의 소유자는 OOO인데 매매계약서에 매도자를 청구인으로 기재한 것은 청구인이 쟁점토지의 실제 소유자가 자신이라고 하면서 소유권이전에 필요한 서류를 등기명의인인 OOO로부터 전부 받아 주겠다고 하여 청구인을 명의인으로 작성하게 되었다.

  (다) 매매계약서에 OOO이라고 기재되어 있는 것은 본인이 건물이 아니라 건축물 허가권을 중개하였다는 것이다.

  (라) 매매계약서 특약사항에 “건물은 허가서대로 매도한다”라고 기재되어 있는 것은 아직 건축허가를 득하기 전이기 때문에 건축허가가 나오면 허가한 내용 그대로 계약한 것으로 한다는 의미이다.

  (마) 매매잔금이 정산되지 않았는데 쟁점토지의 소유권이전등기가 경료된 것은 OOO가 찾아와 건축비 투입액이 OOO원이 넘고, 토지 면적의 감소로 정산할 부분도 있으니 건물의 소유권만 가지고 있어도 잔금OOO에 대한 담보가치가 충분하다면서 소유권을 먼저 이전해 달라고 요구함에 따라 청구인을 설득하여 등기하게 되었다.

  (바) 매매계약서상 매매대금 OOO원 중에 토지의 금액은 OOO로부터 청구인이 매입하기로 한 금액OOO으로 계산하여 OOO원 가량되고, 나머지는 건물허가권 가격이다.

  (사) 일반적으로 건축허가권을 매매하면 준공전에 건축주 명의의 변경이 되는데 이 건 이축권은 청구인이 OOO로부터 강제로 수용당하면서 수용에 동의하는 조건으로 받은 이축권이라 시청에서 명의변경을 해주지 않은 것으로 알고 있다.

 (11) 청구인은 청구인과 OOO 간의 매매거래를 중개한 OOO가 2009.4.7. 서울고등법원에서 신문받은 내용을 기재한 증인신문조서의 주요 내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 증인신문조서의 주요 내용

 (12) 청구인은 OOO로부터 쟁점이축권의 매매대금 OOO원을 지급받고, OOO원은 지급받지 못하여 소송을 제기하였으며, 쟁점토지의 매매대금은 전혀 지급받은 사실이 없다고 주장하면서 청구인 명의의 OOO을 제출하였는바, 동 거래내역에 의하면 2004.4.9. OOO가 위 계좌로 OOO원을 입금한 것으로 나타나고, 그 외에 쟁점토지 또는 쟁점이축권의 매매와 관련된 것으로 보이는 고액의 입금내역은 확인되지 않으며, 청구인는 2004년에 자신이 거래하던 계좌는 위 계좌 하나 밖에 없었다고 주장하고 있다.

 (13) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 OOO에게 쟁점이축권만을 양도한 것이라고 주장하나, 청구인과 OOO 간에 2004.4.9. 체결된 매매계약서에 의하면, 쟁점토지와 쟁점이축권을 OOO원에 매매하는 것으로 되어 있는 점, 청구인과 OOO 간의 거래를 중개한 OOO는 서울고등법원의 증인 신문시 청구인이 쟁점토지의 실제 소유자가 자신이라고 하면서 소유권이전에 필요한 서류를 등기명의인인 OOO로부터 전부 받아 주겠다고 하여 청구인을 명의인으로 하여 매매계약서를 작성하게 되었다고 진술한 점, 수원지방법원 안산지원의 판결서와 서울고등법원의 조정조서에 의하면, 청구인은 2004년 10월 경까지 쟁점토지와 쟁점이축권의 매매대금으로 총 OOO원을 지급받은 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점이축권이 부여된 쟁점토지를 미등기양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.