주 문

  OOO세무서장이 2013.9.9. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 서울특별시 OOO의 건물 양도가액 OOO에서 잔여 부속토지 사용료 OOO을 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 전 배우자 황OOO이 2001.9.10. 취득한 서울특별시 OOO를 이혼으로 인한 재산분할로 2008.5.20. 취득하여 2013.3.26. 양도하고, 2013.4.24. 양도가액을 OOO, 취득가액을 OOO, 양도소득금액을 OOO으로 하여 2013년 귀속 양도소득세 OOO을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 임의로 구분 기재한 것으로 보아 기준시가에 의해 안분계산하고 쟁점금액을 필요경비 부인하여 2013.9.9. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.11.12. 이의신청을 거쳐 2014.3.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 양도가액은 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액으로 하는 것인바, 쟁점부동산의 부속토지 사용계약서상 특약사항에는 쟁점부동산을 분양받은 자가 타인에게 건물을 양도하는 경우 잔여 토지사용료를 반환요구할 수 없고, 매도인이 지주와 체결한 동일한 내용의 토지 사용료 계약을 지주와 매수인이 체결토록 하여 주어야 하며, 미경과된 토지사용료는 매수인이 지급할 토지사용료로 보도록 하고 있으므로 쟁점부동산의 양도 당시 미경과 토지사용료는 매도인의 지상권 양도가액에 해당하고 매수인의 지상권 취득가액에 해당한다. 따라서 쟁점부동산에는 건물 소유권과 지상권이 포함되어 있으며 지상권의 양도가액은 최초 건물 소유자인 황OOO의 취득가액OOO 중 양도일 현재 미경과된 토지 사용료는 OOO이며 나머지 OOO이 건물의 양도가액에 해당한다.

(2) 쟁점부동산은 건물에 대한 소유권만 이전되고 토지에 대한 대지권은 인정되지 아니하는 대신에 토지사용료 지불액 중 기간 미경과분을 지상권에 대한 대가로서 양수인이 양도인에게 양도대금으로 지불한바, 쟁점부동산 양도 당시 토지사용료 중 미경과분은 지상권의 양도가액에 해당하고 취득시 지불한 토지사용료인 쟁점금액은 지상권의 취득가액에 해당하므로 이를 필요경비에 산입하여야 한다.

  판례는 지상권 설정 대가의 소득구분에 대하여 “당사자 사이에 지상권을 설정하고 지료에 관한 약정이 있었던 이상 그 지료액 또는 지급시기를 등기하지 않았다고 하더라도 토지소유자가 받는 지료는 1회적으로 받는 금품은 물론이고 계속적으로 정기적으로 지급받는 경우에도 부동산임대소득이 아닌 기타소득에 해당한다”고 판시OOO하여 토지 소유자가 지상권자로부터 받는 지료는 부동산의 대여로 인한 부동산임대소득이 아닌 지상권의 설정대가로 보아 기타소득으로 구분하고 있으며, “토지 소유자가 지상권자로부터 받는 토지사용료인 지료는 법률행위로 지상권을 취득한 자와 법률의 규정 또는 관습에 의하여 지상권을 취득한 자 사이에 차이를 두어야 할 아무런 이유가 없으므로, 지상권을 설정하고 받는 금품인 기타소득에는 관습상의 법정 지상권자로부터 지급받는 지료도 포함된다”고 판시OOO하여 법정지상권과 관습법상 지상권의 구분에 관계없이 지료를 토지소유자의 지상권 설정대가로 보아 기타소득으로 구분하고 있다. 따라서 지상권자로부터 토지 소유자가 지급받는 지료는 부동산임대소득에 해당하지 아니하고 기타소득에 해당하므로 이를 지급하는 지상권자에 있어서도 이는 토지의 단순사용의 대가로 지급하는 임차료가 아니라 지상권의 설정대가로 지급하는 지상권의 취득가액에 해당한다.

  양도가액에 대한 필요경비 계산시 취득가액은 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 하되 양도자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 실지거래가액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 하도록 하여 이중공제를 배제하고 있는 바, 이는 실지취득을 위하여 소요된 가액이 필요경비에 해당하지만 이를 사업소득금액에서 공제받은 경우 또다시 양도소득금액에서 공제받게 되면 이중공제에 해당하기 때문에 이를 필요경비에서 공제하는 것이다. 따라서 지상권의 설정대가로 지급한 지료인 쟁점금액을 청구인 또는 청구인의 전 배우자 황OOO의 사업소득금액에서 필요경비로 공제받은 경우를 제외하고는 필요경비 계산시 지상권의 취득가액에서 공제하여서는 아니되는바, 지상권의 설정대가로 지급한 쟁점금액은 지상권의 취득가액에 해당하며 이 중 사업소득금액에서 공제받지 아니한 쟁점금액을 필요경비로 공제하여야 한다.

설령, 처분청의 주장대로 지상권이 존재하지 아니하는 것으로 볼 경우에도 쟁점부동산의 양도가액 OOO에는 부속토지에 대한 미경과 토지사용료 OOO이 포함되어 있는바, 이는 건물 양도가액이 아니라 선납한 임차료를 반환받은 것에 불과하므로 쟁점부동산의 양도가액에서 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산의 매매계약서상 건물분과 지상권에 대한 구분 기재 가액이 없어 건물 및 지상권 양도가액의 구분이 불분명하므로 「소득세법」제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항에 따라 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 양도차익을 산정한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 쟁점부동산에는 건물가액과 지상권가액이 포함되어 있고 쟁점부동산 취득시 토지사용료로 지급한 쟁점금액이 지상권의 취득가액에 해당한다고 주장하나, 지료는 건물의 취득이나 양도를 위한 직접적이거나 필수적인 비용이 아닌 단순한 토지 사용의 대가로「소득세법」제97조 및 같은 법 시행령 제163조 제3항에 열거된 필요경비에 해당하지 않으므로 쟁점금액을 필요경비에서 제외하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점부동산의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

 제94조【양도소득의 범위】①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

(2) 소득세법 시행령

 제163조【양도자산의 필요경비】①법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의2.「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3.「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가.「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기 전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

(3) 소득세법 시행규칙

 제79조【양도자산의 필요경비 계산등】① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 「하천법」·「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

(4) 부가가치세법 시행령

 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.5.20. 취득한 쟁점부동산을 2013.3.26. 한OOO에게 양도하고, 양도가액을 OOO, 취득가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고한데 대하여, 처분청은 쟁점부동산의 매매계약서상 건물과 지상권에 대한 구분 기재가액이 없으므로 양도 당시 기준시가에 의해 안분계산하고 쟁점금액을 필요경비 부인하여 양도소득세를 과세하였다.

OOO

(2) 쟁점부동산 매매계약서 및 등기사항전부증명서 등에 의하면, 쟁점부동산은 당초 토지 소유자인 서OOO이 2001.9.10. 청구인의 전 배우자 황OOO에게 매매대금 OOO에 양도하였고, 2008.6.10. 이혼으로 인한 재산분할로 청구인에게 소유권 이전되었으며, 청구인 등의 지상권설정등기 사실은 확인되지 아니한다.

(3) 청구인과 쟁점부동산의 부속토지 소유주인 서철이 2008.5.20. 체결한 부속토지사용계약서에 의하면, 계약기간은 계약일로부터 30년간이고, 사용료는 OOO이며, 특약사항으로 23년 1개월이 경과하기 전에 토지소유자가 토지를 타에게 처분하거나 소유권을 잃는 경우 위 매년 사용료에 경과하지 아니한 연도분의 토지사용료를 반환하여야 하고, 건물을 분양받은 자가 타인에게 건물을 양도 또는 소유권을 잃는 경우는 잔여 토지사용료를 반환요구할 수 없으며, 위 사용자는 사용자와 지주와 체결한 이 건과 동일한 계약을 지주와 체결토록 하여 주어야 하고 위 기 지급한 토지사용료OOO 중 경과하지 아니한 토지사용료는 새로운 사용인이 지급할 토지사용료로 본다고 기재되어 있다.

(4) 쟁점부동산의 양수인인 한OOO의 확인서에 의하면, 청구인으로부터 2013.3.26. 취득한 쟁점부동산의 매매대금 OOO에는 부속토지에 대한 18년 3개월간의 사용료 OOO이 포함되어 있고 매매대금OOO 이외에 부속토지 사용료를 별도로 지급한 사실이 없는 것으로 기재되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 동일인 소유였던 토지와 그 지상건물의 소유권이 분리되어 건물소유자가 관습상의 법정지상권을 취득한 후 토지소유자와 간에 건물소유를 위한 임대차계약을 체결하고 임차권을 취득한 경우에는 관습법상의 법정지상권을 포기한 것으로 보는 것OOO인바, 청구인의 쟁점부동산에 대한 지상권설정 등기 사실이 확인되지 아니하는 점, 청구인은 2008.5.20. 쟁점부동산의 부속토지에 관한 임대계약을 체결하여 스스로가 취득하게 될 관습법상의 법정지상권을 포기한 것으로 보이는 점, 쟁점부동산의 양도가액 OOO에는 잔여 부속토지 사용료 OOO이 포함되어 있는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도가액에 건물가액과 지상권가액이 포함되어 있으므로 지상권 취득가액인 쟁점금액을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

  다만, 쟁점부동산의 부속토지사용계약서에는 잔여 토지사용료를 쟁점부동산의 양수인이 승계하도록 되어 있으므로 쟁점부동산의 양도가액OOO에 포함된 잔여 부속토지 사용료OOO를 쟁점부동산의 양도가액에서 차감하여 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.