[주 문]

OOO세무서장이 2014.5.2. 청구법인에 한 2009사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOO원을 2005사업연도의 연구 및 인력개발비로 보아 2009사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제 를 적용하여 증액 경정․고지한 세액을 한도로 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

 가. 청구법인은 국내외에서 건축, 토목, 플랜트, 주택 및 개발사업 등을 영위하고 있는 종합건설업체로서, 연구·인력개발비(R&D)에 대한 세액공제를 당해 사업연도 연구인력 인건비 OOO원에 공제율 6%를 적용하여 2009사업연도 법인세를 신고하였다.

 나. OOO국세청장은 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, 2009사업연도와 관련하여 임대수익누락, 가공일용노무비, 접대성 경비 등을 적출하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.5.2. 청구법인에 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인의 기술연구원은 1984.1.17. OOO로부터「조세특례제한법 시행령」별표6의에서 정하는 기업부설연구소로 인증을 받았으며, 토목, 건축 및 플랜트 등 관련 각종 건설기술에 대한 연구활동을 수행하고 있다.

 (2) 청구법인은 2005사업연도에 연구원의 인건비(3대 보험사용자 부담분 포함)로 OOO원을, 정부출연금으로 「조세특례제한법 시행령」별표6에서 규정한 연구개발 재료비, 시험제작비 및 산학협력단, 비영리연구기관, 기업연구용역분으로 위탁연구개발비 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지출한 사실이 재료비 및 위탁개발비 명세서에 의하여 확인된다.

청구법인은 2009사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제액 적용시 국책과제 수행을 위하여 수령한 정부출연금으로 지출한 연구비(재료비 등)와 총 연구전담요원의 인건비 중 일정 비율(인건비 이외 연구비 지출액 중 국책과제 연구비 지출액 비율) 및 3대 보험 사용자부담분을 제외하였고, 2009사업연도 법인세 신고시 당해 사업연도 발생액 기준으로 세액공제를 하였으나, 최저한세 적용에 따른 미공제액을 제외한 금액을 한도로 연평균 발생액 기준으로 연구 및 인력개발비 세액공제액을 아래 <표1>과 같이 추가로 적용하여 증액 경정된 세액을 감액 경정하는 것이 타당하다.

OOO

 나. 처분청 의견

청구법인은 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상으로 연구 인력의 인건비만을 계상한 다음 이에 공제율 6%를 적용하여 세액공제를 신청하였다가, 불복청구에서는 4년간(2005∼2008년)의 기간 동안의 연구 및 인력개발비 평균액에 세액공제율을 적용하여 제출하였는바, 과거 4년간의 연구 및 인력개발비 명세는 세무조사 당시 제출되지 아니하였던 서류로 해당 금액의 적정 여부 및 세액공제 가능 여부를 확인하기 위하여 재조사를 하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점금액을 2005사업연도의 연구 및 인력개발비로 보아 2009사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 국세기본법

제22조의2【경정 등의 효력】① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제22조【납세의무의 확정】① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

제45조의2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 (2) 국세기본법 시행령

제10조의2【납세의무의 확정】법 제22조 제1항에서 규정하는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통·에너지·환경세 : 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우는 제외한다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우: 그 결정하는 때

 (3) 법인세법

제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

 (4) 조세특례제한법

제10조【연구·인력 개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

  100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

 다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구법인은 2009～2011사업연도 중 당해 사업연도 연구개발비 발생액을 기준으로 R&D세액공제를 신청하였다가 2014.3.31. 2005～2008사업연도 중 실제로 발생한 개발비의 평균액에 의해 연평균발생액 기준으로 2009～2011사업연도의 세액공제 방식을 변경하는 것으로 경정청구를 하자 처분청은 2009사업연도의 경우 경정청구 기간이 도과하였을 뿐만 아니라 조사결정으로 공제가능 세액이 증가하여 2009사업연도 중 전액이 공제 가능하여 이월공제액이 발생하지 아니한다는 이유로 각하하고, 2010․2011사업연도의 경우 경정청구가 가능하므로 과거 4개연도 개발비 사용금액을 아래 <표2>와 같이 확인하여 연평균 발생액 기준으로 R&D세액공제 금액을 재계산하는 것으로 그 세액을 경정․결정한 사실이 확인된다.

OOO

  (나) 처분청의 청구법인에 대한 경정청구 검토서를 보면 “2009사업연도의 경우 조사결정에 의해 R&D세액 공제가 가능한 세액이 증가하였고, 청구법인이 경정청구한 세액이 2009사업연도 중 공제가 가능하여 차기 사업연도 이후로 이월세액이 발생하지 아니하여 경정청구기한이 도과하였으므로 각하대상이고,「건술기술관리법」및 「환경기술 및 환경산업지원법」에 의해 정부출연금을 수령하였고, 동 관련법에 의한 출연금은「조세특례제한법」제10조의2 특례규정에 의한 출연금에 해당되지 않으며, 국책과제 연구수행과 관련하여 체결한 연구개발확약서 등을 검토한바, 연구결과물은 주로 청구법인이 보유 및 기술실시료를 부담하고 기술을 실시하는 것으로 되어 있으므로 수령한 정부출연금을 세액공제 가능한 개발비에 사용하는 경우 R&D세액공제 대상에 해당된다”고 기재되어 있다.

  (다) 이후 처분청이 2014.5.2. 청구법인에게 이 건 2009사업연도분 법인세를 증액 경정하여 고지하자 청구법인은 2009사업연도 법인세(OOO원) 중 최저한세 적용에 따른 미공제액(OOO원)을 제외한 추가 세액공제 가능액 등에 대하여 심판청구를 제기하였다.

  (라) 청구법인은 2005～2009사업연도에 아래 <표3>과 같이 연구 및 인력개발비를 지출하였다고 주장하며 재료비 및 위탁개발비 명세서 등을 제출하였다.

OOO

  (마) 우리 원에서 청구법인이 2005사업연도에 지출한 연구 및 인력개발비 지출액이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당되는지를 처분청에 확인 요청함에 따라 OOO국세청장이 회신한 공문(OOO국세청 조사과-934. 2015.10.8.)을 보면 “청구법인의 2009사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 확정을 위한 2005사업연도 연구 및 인력개발비 OOO이 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상”이라고 기재되어 있다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2009사업연도 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제와 관련하여 처분청이 청구법인에 대한 2009사업연도의 법인세 증액경정처분을 하였으므로 증액된 세액을 한도로 세액공제가 가능하다고 할 것인바, 청구법인은「건설기술관리법」및「환경산업지원법」등에 의해 정부출연금을 수령하였고, 동 관련법에 의한 출연금은「조세특례제한법」제10조의2 특례규정에 의한 출연금에 해당되지 않으며, 국책과제 연구수행과 관련하여 체결한 연구개발확약서 등에 의하면 청구법인이 연구결과물을 주로 보유하면서 기술실시료를 부담하고 기술을 실시하는 것으로 되어 있어 청구법인이 수령한 정부출연금을 세액공제 가능한 개발비에 사용하는 경우 R&D세액공제 대상이라고 볼 수 있는 점, 청구법인은 2005사업연도에 정부출연금으로「조세특례제한법 시행령」별표6에서 나열한 연구개발 재료비, 시험제작비 및 산학협력단, 비영리연구기관, 기업 연구용역분으로 지급한 위탁연구개발비로 OOO원을 지출한 사실이 재료비 및 위탁개발비 명세서에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 쟁점금액을 2005사업연도의 연구 및 인력개발비로 보아 2009사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 증액 경정․고지된 세액을 한도로 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.